Saat Jenderal Soeharto menguasai pemerintahan sepenuhnya tahun 1967, para para ahli ini
mulai menduduki posisi penting dalam kabinet. Selama lebih dari tiga dasawarsa masa
pemerintahan Orde Baru prakti semua ruang publik dikontrol dan diawasi penuh oleh negara
secara ketat, rakyat dilarang berpolitik, mendirikan organisasi politik, apalagi menjadi oposisi
terhadap pemerintah, semuamya demi menjaga stabilitas keamanan dan jalannya
pembangunan. Negara demokrasi yang menjadi kesepakatan bersama menuju cita-cita rakyat
tidak lebih hanya slogan kosong. Pemerintah sebagai pengemban amanah rakyat dalam
praktiknya justru menjadi penguasa bagi rakyat. Tidak heran jika kemudian selam rezim Orde
Baru negara begitu berkuasa dan nyaris tanpa kontrol dari rakyat hingga terjadi sangat
banyak praktik pelenggaran HAM di stiap daerah mulai dari Aceh hingga Papua.
Sebagaimana rezim-rezim otoriter pada umumnya, selam pemerintahan Orde Baru negar
telah berhasil dengan berbagai cara membentuk sikap dan keperibadian masyarakat hingga
tunduk dan patuh kepada negara. Akan halnya Aceh, daerah yang sepanjang sejarahnya selalu
diwarnai dengan pergolakan yang banyak menumpahkan darah, negara begitu perkasa
menindas rakyat. Penerapan DOM ( Daerah Operasi Militer ) selama hampir satu dasawarsa
sejak 1989-1998 adalah contoh dimana rakyat tidak berdaya terhadap kebijakan refresif
negara.
Baru pada akhir tahu 90-an dengan runtuhnya rezim Orde Baru dan seiring dengan era
reformasi terbuka kesempatan bagi rakyat untuk menentanng kekuasaan yang otoriter itu .
operasi militer mengerikan yang selam 10 tahun tertutup rapat dari pengetahuan publikpun
terbongkar. Presiden Soeharto dan rezimnya menyadari bahwa, kemenangan mereka dapat
tercapai antara lain berkat dukungan tokoh-tokoh islam termasuk ormas-ormasnya simpatisan
masyumi. Tetapi ketika muncul tuntutan dari tokoh-tokoh masyumi yang baru bebas dari
tahanan rezim Orde Lama, untuk merehabilitasi partainya, Soeharto tegas menolak dengan
alasan ”yuridis, ketatanegaraan, dan psikologi “. Bahkan Soeharto dengan nada yang agak
marah, mengaskan, Ia menolak setiap keagamaan dan akan menindak setiap usaha eksploitasi
masalah agama untuk maksud-maksud kegiatan politik yang tidak pada tempatnya. Dalam
kata lain, pemerintahan Orde Baru yang didominasi militer tidak menyukai kebangkitan
politik islam.