RANGKUMAN MATERI

“BIOLOGI MOLEKULER DAN BIOKIMIA ENZIM”

Disusun oleh :

AULIA ILMA DEWANTI 205070601111025

PROGRAM STUDI S1 KEBIDANAN

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

TAHUN 2021
Senin, 21 Juni 2021

dr . Happy Kurnia P, PhD

Rangkuman materi Biologi Molekuler dan Biokomia Enzim

BIOLOGI MOLEKULER
 Biomolekuler adalah suatu ilmu yang membahas DNA, RNA, dan protein, dimana dapat
diketahui semua sel mengandung gen yang sama. Gen yang diekspresikan menentukan jenis
sel.
 Perbedaan antara prokariotik dan eukariotik adalah :
o Ekspresi gen prokariota biasanya diatur oleh operon, kumpulan situs pengontrol yang
berdekatan dengan urutan pengkodean protein polikistronik
o Regulasi gen eukariotik lebih kompleks karena eukariota memiliki nukleus.
o Dua kategori regulasi gen eukariotik
1. Jangka pendek (gen dengan cepat dihidupkan dan dimatikan sebagai respon
lingkungan dan tuntutan sel)
2. Jangka Panjang (gen untuk perkembangan dan diferensiasi)
 Struktur Kromosom Eukariotik
o DNA eukariotik dikemas menjadi kromatin
o Struktur kromatin berhubunngan dengan control ekspresi gen
o Struktur kromatin dimulai dengan pengorganisasian DNA menjadi nukleosom
o Nukleosom dapat memblokir RNA polimerasi II dalam akses ke promotor
 Regulasi Kromatin
o Asetil Histon (memungkinkan faktor transkripsi untuk mengikat DNA
o DNA methylation (terjadi setelah sintesis DNA)
 Regulasi gen lainnya di tingkat DNA
o Penghapusan gen
o Duplikasi gen
o Penataan Ulang DNA
o Amplifikasi gen
o Aktivator Kimia
o Aktivator Lingkungan

TRANSKRIPSI

a. Cis-acting element
Cis-acting element adalah DNA sequence yang dekat dengan gen yang diperlukan untuk
ekspresi gen.
 Komponen cis-acting element :
 Promotor
Promotor terjadi di awal transkripsi, beberapa menentukan tempat dimulainya
transkripsi.
 Promotor Inti
o Eukariotika : TATA-box, Inisiator (Inr)
o Prokariotika : wilayah -10, Inrb.
 Terminator
Terminator sdalah sequence DNA di bagian akhir segmen pengkodean suatu gen,
yang dikenali oleh RNA polymerase sebagai sinyal untuk menghentikan transkripsi.
 Enhancer
Enhancer berfungsi untuk meningkatkan kecepatan transkripsi, bisa terjadi di awal
ataupun di akhir dari awal transkripsi.
 Silencer
Silencer adalah sequence DNA yang membantu mengurangi atau mematikan ekspresi
gen di dekatnya.
 Isolator
b. Trans-acting factor
Trans-acring factor biasanya adalah protein yang mengikat cis-acting element untuk
mengontrol ekspresi gen.
o RNA Polymerase
o Faktor transkripsi
o Aktivator dan ko-aktivator

Transkripsi melibatkan RNA Polimerase II dan faktor transkripsi. RNA polymerase II

menempel pada promotor (kotak TATA) sequence untuk memulai transkripsi.

PEMROSESAN RNA

 Penyambungan RNA alternatif

Daerah yang berbeda dari pra-mRNA berfungsi sebagai intron atau ekson
menciptakan untaian mRNA yang berbeda tergantung pada apa yang dihapus dan
disambungkan bersama.

STABILISASI MRNA

mRNA dapat distabilisasi dengan poly A tail dan metyletid cap. Semakin Panjang ekor, pesan
yang distabilkan lebih banyak. Kontrol pemrosesan RNA:

- Pemrosesan RNA mengatur produksi mRNA dari RNA prekursor. Dua mekanisme regulasi
independen terjadi:

o Poliadenilasi alternatif : di mana poly A tail ditambahkan

o Penyambungan alternatif : ekson mana yang disambungkan
o Poliadenilasi dan penyambungan alternatif dapat terjadi bersamaan. RNA - RNA
dibuat di nukelus dan digunakan pada sitoplasma.

TRANSLASI

RNA
- RNA dibuat di nucleus dan digunakan pada sitoplasma

- RNA ada dalam 3 bentuk :

o mRNA (messenger) dibuat oleh RNAP II eukariotik

Nukleotida RNA ditranskripsi dari DNA. mRNA memiliki codon (triplet nukleotida mRNA
yang mengkode asam amino).
o tRNA (transfer) dibuat oleh RNAP III eukariotik
tRNA berfungsi membawa asam amino untuk membuat polipeptida rantai. tRNA
mengandung anticodon. Enzim kunci pengaktifan mRNA adalah Aminoacyl tRNA
synthetase.
o rRNA (ribosomal) dibuat oleh RNAP I eukariotik Struktur ribosom :
1. Ribonukleoprotein terdiri dari rRNA dan protein. rRNA dibuat di nucleolus (eukariotika).
rRNA terdiri dari 2 subunit yitu besar (60S) dan kecil (40S). Ukuran akhirnya adalah 80S.
2. S (Svedberg) adalah satuan ukuran berdasarkan kecepatan benda mengendap.
3. Ribosom binding site terdiri dari 1 mRNA binding site dan 3 tRNA binding site (E, P, A)

MEKANISME TRANSLASI

Inisiasi
Elongasi
Terminasi
Modifikasi pasca translasi

PERBANDINGAN ANTARA TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Transkripsi Translasi

Input DNA mRNA

Kode Genetik triplets codons

Output mRNA Polypeptide ribosomes

Lokasi Nukleus RER/ sitoplasma

Molekul yang digunakan RNA, RNA Nucleotida Asam amino, tRNA

PROTEIN TRAFFICKING

A. Ribosom yang Tidak terikat

- Lokasi ribosom di dalam sel adalah citoplasma
- Jenis protein yang disintesis yaitu protein sitoplasma
- Tujuan organ adalah sitosol dan organel (mitokondria, kloroplas)

B. Ribosom Terikat
- Lokasi ribosom di dalam sel adalah sisi sitololik dan RE kasar
- Jenis protein yang disintesis yaitu protein sekretori
- Tujuan organ adalah membrane plasma, disekresikan dari sel, dan lisosom
Kode Pos Intraselluler

 Semua terjemahan dimulai dengan ribosom tidak terikat

Sistem Endomembran

 Protein yang disekresikan ke dalam ER meninggalkan vesikel ER di vesikel

 Transportasi vesikel ke badan golgi dimana terjadi modifikasi pasca translasi

Modifikasi pasca translasi

 Tambahan : gula, lipid, gugus fosfat

 Pemindahan (pembelahan) : dari beberapa asam amino atau seluruh rantai polipeptida
 Polimerasi : dua atau lebih polipeptida dapat bergabung membentuk protein

BIOKIMIA ENZIM
Enzim merupakan protein yang berfungsi untuk menjalankan metabolisme. Enzim merupakan
katalisator proses biologi, koloid, dan termolabil. Enzim berguna untuk merubah substrat menjadi
produk. Tindakan dari enzim :

 Menentukan pola transformasi kimia

 Memediasi transformasi bentuk energi yang berbeda
 Bekerja secara spesifik
 Tindakan sebagian besar enzim berada di bawah regulasi ketat dalam berbagai cara
 Enzim memiliki catalytic power
Enzim memiliki kekuatan katalitik yang besar untuk mempercepat reaksi dengan
mengurangi energi aktivasi (energi minimal yang dibutuhkan agar reaksi kimia dapat terjadi).

SIFAT PROTEIN ENZIM

Semua enzim bersifat protein dengan berat molekul besar. Kecuali ribozim (molekul RNA dengan
aktivitas enzimatik).

 Holoenzym merupakan gabungan dari apoenzyme (protein part) dan coenzyme (prosthetic
group).
 Monomeric enzymes (hanya satu rantai polipeptida dalam strukturnya)
 Oligomeric enzymes (lebih dari satu rantai polipeptida dalam strukturnya)
 Multienzym complex (Ketika banyak sisi reaksi katalis enzim yang berbeda terletak di sisi
yang berbeda dari makromolekul yang sama)

KOENZIM
 Koenzim adalah enzim yang spesifik, termostabil, berat mol rendah, zat organik non-protein.
Koenzim dapat berikatan kovalen atau non-kovalen dengan apoenzim. Koenzim dapat
diklasifikasikan berdasarkan golongan transfer yang difalisitasi.

 Transfer Hidrogen (NAD+, NADP+, FMN, FAD, Lipoic acid, Coenzyme Q)

 Transfer selain hidrogen (Fosfat gula, CoASH, TPP, pyridoxal phosphate, koenzim folat,
biotin, koenzim kobamin, lipoic acid.

Peran Ion Logam dalam Enzim :

 Membantu mempertahankan dan/atau memproduksi konforasi structural aktif dari enzim

 Pembentukan kompleks enzim substrat - Membuat perubahan struktur pada molekul substrat
 Menerima atau melepas electron
 Mengaktivasi dan berfungsi sebagai nukleofil
 Pembentukan kompleks terner dengan enzim atau substrat

Kategori Enzim Logam :

 Enzim yang diaktivasi logam

Logam membentuk kompleks yang longgar dan mudah dipisahkan. Ion logam dapat
dihilangkan dengan dialisis atau metode lain semacam itu dari enzim tanpa menyebabkan
denaturasi apoenzim.
 Metalloenzim
Dalam hal ini ion logam terikat erat pada enzim dan tidak terdisosiasi bahkan setelah
beberapa langkah pemurnian yang ekstensif.

NOMENKLATUR DAN KLASIFIKASI ENZIM

Enzim umumnnya dinamai dengan akhiran ‘ase’, namun terdapat pengecualian pada beberapa
enzim seperti tripsin, pepsin, dll. Enzim yang berada dalam bentuk tidak aktifnya disebut proenzim
atau zymogen.

SPESIFIKASI ENZIM

 Spesifisitas Optik
 Spesifitas reaksi (satu enzim hanya dapat mengkatalisis salah satu dari berbagai reaksi)
 Spesifitas substrat (mutlak dan substrat relative)
 Spesifisitas ikatan

MEKANISME ENZIM

E + S → ES → E + P

MODEL PEMBENTUKAN KOMPLEKS ENZIM SUBSTRAT

 Model lock and key (substrat dan enzim seperti gembok dan kunci karena masing-masing
berbentuk kaku sehingga harus sesuai)
 Model Induced-fit (Koshland)

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI TINDAKAN ENZIM

 1. Suhu
Dibutuhkan suhu optimal agar enzim dapat bekerja secara maksimal. Suhu optimal
pada manusia yaitu 35-40 C. Semakin tinggi temperature maka reaksi terjadi semakin cepat,
namun apabila sudah melewati suhu maksimal maka akan terjadi penurunan. Suhu panas
dapat menyebabkan enzim dematurasi.
2. pH
Suhu bekerja pada pH optimum, yaitu antara 4-9.
3. Konsentrasi Enzim
Semakin tinggi konsentrasi enzim maka reaksi yang terjadi semakin cepat.
4. Konsentrasi produk
5. Konsentrasi substrat
Reaksi berbanding lurus dengan konsentrasi substrat sampai dengan titik optimal.
Apabila melebihi titik optimal maka peningkatan reaksi substrat tidak mempengaruhi
kecepatan reaksi.
6. Activator dan Koenzim
7. Pengaruh modulator dan inhibitor
8. Pengaruh waktu
Waktu yang diperlukan untuk penyelesaian reaksi enzim meningkat dengan
penurunan suhu dari optimum. Namun pada kondisi pH dan suhu optimum, waktu yang
dibutuhkan untuk reaksi enzimatik lebih sedikit.

PENGHAMBAT ENZIM

 Penghambatan kompetitif (Reversible)

Menempati sisi katalitik yang sama dengan inhibitor (berebut). Contoh : allopurinol (gout),
sulphonamides (antibacterial), dan methotrexate (cancer), MAO inhibitor, physostugmine,
dicoumarol (antikoagulan).
 Inhibisi non-kompetitif (Ireversibel atau reversibel)
- Ireversibel : tidak dapat lepas dari enzim dan dapat merusak enzim Contoh : iodoacetate,
heavy metl ions, fluoride, dimercaprol, disulfiram (antabuse), DFP.
- Reversible : bisa lepas dari enzim
 Penghambatan alosterik
Penghambat alosterik adalah jenis penghambatan campuran ketika inhibitor mengikat enzim
di situs selain situs aktif tetapi pada wilayah yang berbeda dalam molekul enzim.

KEGUNAAN ENZIM

 Diagnosis dan prognosis Contoh : Creatinin phosphokinase (CPK/CK), Aspartate

transaminase (AST), Lactate dehydrogenase (LDH)
- Enzim serum di penyakit otot : S-GOT/S-GPT, Aldolase, CPK
- Enzim serum pada saluran pencernaan : Serum amylase dan serum lipase
- Enzim serum pada penyakit liver : Serum transaminase (SGOT/SGPT), alkaline
phosphatase, 5’-nucleotidase, Lactate dehydrogenase (LDH), isocitrate dehydrogenase
(ICD), cholinesterases, (OCT).
 Reagen laboratorium
- Enzim glukosa oksidase digunakan untuk memperkirakan glukosa sejati dalam darah dan
cairan tubuh.
- Enzim uricase digunakan untuk estimasi asam urat serum.
- Enzim urease digunakan untuk memperkirakan urea dalam darah dan cairan tubuh.
 Terapi
- Sistemik : Streptokinase, urokinase, L-asparaginase, serratopeptidase
- Lokal : Hyalurronidas