1.

Fiksasi Nitrogen Nitrogen adalah unsur yang paling berlimpah di atmosfer (78% gas di
atmosfer adalah nitrogen). Meskipun demikian, penggunaan nitrogen pada bidang biologis
sangatlah terbatas. Nitrogen merupakan unsur yang tidak reaktif (sulit bereaksi dengan unsur
lain) sehingga dalam penggunaan nitrogen pada makhluk hidup diperlukan berbagai proses, yaitu
diantaranya: fiksasi nitrogen, mineralisasi, nitrifikasi, denitrifikasi. Siklus nitrogen sendiri adalah
suatu proses konversi senyawa yang mengandung unsur nitrogen menjadi berbagai macam
bentuk kimiawi yang lain. Transformasi ini dapat terjadi secara biologis maupun non-biologis.
Siklus nitrogen secara khusus sangat dibutuhkan dalam ekologi karena ketersediaan nitrogen
dapat mempengaruhi tingkat proses ekosistem kunci, termasuk produksi primer dan
dekomposisi. Aktivitas manusia seperti pembakaran bahan bakar fosil, penggunaan pupuk
nitrogen buatan, dan pelepasan nitrogen dalam air limbah telah secara dramatis mengubah siklus
nitrogen global. Di alam, Nitrogen terdapat dalam bentuk senyawa organik seperti urea, protein,
dan asam nukleat atau sebagai senyawa anorganik seperti ammonia, nitrit, dan nitrat. Tahap
pertama Daur nitrogen adalah transfer nitrogen dari atmosfir ke dalam tanah. Selain air hujan
yang membawa sejumlah nitrogen, penambahan nitrogen ke dalam tanah terjadi melalui proses
fiksasi nitrogen. Fiksasi nitrogen secara biologis dapat dilakukan oleh bakteri Rhizobium yang
bersimbiosis dengan polong-polongan, bakteri Azotobacter dan Clostridium. Selain itu ganggang
hijau biru dalam air juga memiliki kemampuan memfiksasi nitrogen. Tahap kedua Nitrat yang di
hasilkan oleh fiksasi biologis digunakan oleh produsen (tumbuhan) diubah menjadi molekul
protein. Selanjutnya jika tumbuhan atau hewan mati, mahluk pengurai merombaknya menjadi
gas amoniak (NH3) dan garam ammonium yang larut dalam air (NH4+). Proses ini disebut
dengan amonifikasi. Bakteri Nitrosomonas mengubah amoniak dan senyawa ammonium menjadi
nitrat oleh Nitrobacter. Apabila oksigen dalam tanah terbatas, nitrat dengan cepat
ditransformasikan menjadi gas nitrogen atau oksida nitrogen. Fungsi Dalam Ekologi Nitrogen
sangatlah penting untuk berbagai proses kehidupan di Bumi. Nitrogen adalah komponen utama
dalam semua asam amino, yang nantinya dimasukkan ke dalam protein, tahu kan kalau protein
adalah zat yang sangat kita butuhkan dalam pertumbuhan. Nitrogen juga hadir di basis
pembentuk asam nukleat, seperti DNA dan RNA yang nantinya membawa hereditas. Pada
tumbuhan, banyak dari nitrogen digunakan dalam molekul klorofil, yang penting untuk
fotosintesis dan pertumbuhan lebih lanjut. Meskipun atmosfer bumi merupakan sumber
berlimpah nitrogen, sebagian besar relatif tidak dapat digunakan oleh tanaman. Pengolahan
kimia atau fiksasi alami (melalui proses konversi seperti yang dilakukan bakteri rhizobium),
diperlukan untuk mengkonversi gas nitrogen menjadi bentuk yang dapat digunakan oleh
organisme hidup, oleh karena itu nitrogen menjadi komponen penting dari produksi pangan.
Kelimpahan atau kelangkaan dari bentuk "tetap" nitrogen, (juga dikenal sebagai nitrogen reaktif),
menentukan berapa banyak makanan yang dapat tumbuh pada sebidang tanah. Transformasi
nitrogen ini dapat terjadi secara biologis maupun non-biologis. Walaupun terdapat sangat banyak
molekul nitrogen di dalam atmosfir, nitrogen dalam bentuk gas tidaklah reaktif. Hanya beberapa
organisme yang mampu untuk mengkonversinya menjadi senyawa organik dengan proses yang
disebut fiksasi nitrogen. Fiksasi nitrogen adalah proses alam, biologis atau abiotik yang
mengubah nitrogen di udara menjadi ammonia (NH3). Mikroorganisme yang mem-fiksasi
nitrogen disebut diazotrof. Mikroorganisme ini memiliki enzim nitrogenaze yang dapat
menggabungkan hidrogen dan nitrogen. Reaksi untuk fiksasi nitrogen biologis ini dapat ditulis
sebagai berikut : N2 + 8 H+ + 8 e− → 2 NH3 + H2 Mikro organisme yang melakukan fiksasi
nitrogen antara lain : Cyanobacteria, Azotobacteraceae, Rhizobia, Clostridium, dan Frankia.
Selain itu ganggang hijau biru juga dapat memfiksasi nitrogen. Beberapa tanaman yang lebih
tinggi, dan beberapa hewan (rayap), telah membentuk asosiasi (simbiosis) dengan diazotrof.
Selain dilakukan oleh mikroorganisme, fiksasi nitrogen juga terjadi pada proses non-biologis,
contohnya sambaran petir. Lebih jauh, ada empat cara yang dapat mengkonversi unsur nitrogen
di atmosfer menjadi bentuk yang lebih reaktif : a. Fiksasi biologis: beberapa bakteri simbiotik
(paling sering dikaitkan dengan tanaman polongan) dan beberapa bakteri yang hidup bebas dapat
memperbaiki nitrogen sebagai nitrogen organik. Sebuah contoh dari bakteri pengikat nitrogen
adalah bakteri Rhizobium mutualistik, yang hidup dalam nodul akar kacang-kacangan. Spesies
ini diazotrophs. Sebuah contoh dari hidup bebas bakteri Azotobacter. b. Industri fiksasi nitrogen :
Di bawah tekanan besar, pada suhu 600 C, dan dengan penggunaan katalis besi, nitrogen
atmosfer dan hidrogen (biasanya berasal dari gas alam atau minyak bumi) dapat dikombinasikan
untuk membentuk amonia (NH3). Dalam proses Haber-Bosch, N2 adalah diubah bersamaan
dengan gas hidrogen (H2) menjadi amonia (NH3), yang digunakan untuk membuat pupuk dan
bahan peledak. c. Pembakaran bahan bakar fosil : mesin mobil dan pembangkit listrik termal,
yang melepaskan berbagai nitrogen oksida (NOx). Fiksasi nitrogen yang lain terjadi karena
proses geofisika, seperti terjadinya kilat. Kilat memiliki peran yang sangat penting dalam
kehidupan, tanpanya tidak akan ada bentuk kehidupan di bumi. Walaupun demikian, sedikit
sekali makhluk hidup yang dapat menyerap senyawa nitrogen yang terbentuk dari alam tersebut.
Hampir seluruh makhluk hidup mendapatkan senyawa nitrogen dari makhluk hidup yang lain.
Oleh sebab itu, reaksi fiksasi nitrogen sering disebut proses topping-up atau fungsi penambahan
pada tersedianya cadangan senyawa nitrogen. Vertebrata secara tidak langsung telah
mengonsumsi nitrogen melalui asupan nutrisi dalam bentuk protein maupun asam nukleat. Di
dalam tubuh, makromolekul ini dicerna menjadi bentuk yang lebih kecil yaitu asam amino dan
komponen dari nukleotida, dan dipergunakan untuk sintesis protein dan asam nukleat yang baru,
atau senyawa lainnya. Jajaran Organisme Pengikat Nitrogen Ada beberapa organisme yang dapat
mengikat nitrogen. Pertama, semua bakteri : prokaryota sederhana yang tak berinti. Meskipun
telah banyak dilakukan pengamatan, namun belum ada satu pun ditemukan organisme eukaryotik
berinti yang melakukan fiksasi nitrogen. Kedua anggota kelompok pengikat nitrogen itu secara
taksonomi banyak macamnya dan terjadi secara sporadic. Ketiga, banyak bekteri yang tidak
mampu mengikat nitrogen sendiri. Tapi hidup bersimbiosa dengan tumbuhan tinggi. Ini terjadi
juga dengan masalah energi. Jika bakteri itu hidup bersama dengan tumbuhan hijau yang
mengikat karbon, hasilnya adalah pertukaran bahan nutrisi yang saling menguntungkan.
Tumbuhannya mendapat nitrogen yang telah difiksasi, sedangkan bakterinya menerima karbon
yang telah terfiksasi pula, yang dipakai untuk menghasilkan energi. Biokimia Nitrogenase
Kemampuan khusus bakteri pemfiksasi nitrogen untuk mereduksi N2 menjadi ammonia
tergnatung pada system enzimyang disebut “kompleks nitrogenase”. Kompleks ini ternyata sama
benar sifatnya dalam mengikat nitrogen sampai kini. Pengetahuan yang di dapat kini
menunjukkan, bahwa kompleks nitrogenase terdiri dari enam protein dan mengandung dua
aktivitas enzim berbeda. Satu disebut nitrogenase saja, dan yang lain disebut nitrogenase
reduktase. Komponen nitrogenase dari kompleks itu mengandung empat subunit yang dibina atas
dua macam protein. Masing-masing protein rangkap dua. Molekulnya juga mengandung
kofaktor. Kofaktor itu adalah besi molybdenum, berarti mengandung besi molybdenum. Struktur
kofaktor belum diketahui meski telah bertahun-tahun diselidiki. Reduksi N2 banyak
mengandung energi. Ada 20 sampai 30 molekul adenosine trifosfat (ATP), alat tukar energy
dalam sel, diperlukan untuk menunjang reduksi satu molekul nitrogen menjadi ammonia.
Lagipula reaksi nitrogenase banyak menghasilkan ampas, karena ia juga menghasilkan ion
nitrogen menjadi molekul hydrogen, H1 yang berupa gas. Nitrogenase reduktase berberat
molekul 60.000 dan terdiri dari dua molekul subunit protein yang identik. Cirinya berwarna
coklat, karena mengandung untaian besi dan belerang. Masalah Oksigen Satu lagi hal yang
penting ttentang nitrogenase ialah bahwa oksigen meracun baginya. Jika terpapar udara enzim itu
kehilangan separuh aktivitasnya dalam tempo 30 detik, dan tidak dapat pulih kembali. Salah satu
strategi yang diambil oleh bakteri genus Clostridium ialah hidup dalam lingkungan yang bebas
oksigen. Bagi bakteri ini risiko kerusakan oleh oksigen tak pernah muncul. Pengikat nitrogen
lain seperti bakteri Klebsiella pneumonia, dapat hidup baik dalam lingkungan beroksigen
maupun tak beroksigen, tapi hanya dapat mengfiksasi nitrogen jika tumbuh dalam lingkungan
anaerobis. A. Sifat Genetik Fiksasi Nitrogen Makin banyak bakteri pemfikasi nitrogen yang kini
sedang diamati dengan teknik genetika dan biologi molekuler. Tetapi organism yang dipakai
oleh eksperimen yang asli untuk pengamatan demikian dan yang telah dianalisa paling rinci ialah
Klebsiella pneumonia. Bakteri ini tidak bersimbiosa dengan organism lain dan dapat tumbuh
dengan baik dalam kultur. Lagi pula, bakteri ini mendapat perlakuan genetis yang sama dengan
yang dilakukan terhadap Escherichia colii, jenis bakteri yang ada hubungan kerabat dengannya.
Apa yang dipelajari tentang gen nif pada K. pneumonia bukan hanya member rancangan kerja
intelektual untuk mempelajari genetika biokimia fiksasi nitrogen. Tetapi juga dapat dipakai
untuk menganalisa proses fiksasi nitrogen pada bakteri lain yang sifat genetisnya tidak begitu
mudah dapat dianalisa. Sebagian kecil kromosom K. pneumonia, jika dipindahkan ke E. Coli,
membuat sel resipien itu dapat mengikat nitrogen. Ini menunjukkan bahwa gen nif dari K.
pneumonia membentuk suatu rangkaian pada kromosom. Meskipun reduksi N2 sehingga
menjadi amonia dapat terjadi sebagai reaksi yang berjalan langsung, namun untuk itu K.
pneumonia harus mengerahkan tak kurang dari 17 gen. semuanya diberi imbuhan huruf abjad
bagi nif : A, B, E, H, K dan seterusnya. Gen-gen nif yang menyandi reaksi itu menempati sekitar
22 kilobasa pada DNA kromosom. Gen nif menyandi protein nitrogenase reduktase, sedangkan
gen nifD dan nifK menyandi 2 komponen protein nitrogenase. Lima gen lain (nifH, X, V, N, dan
E) terlibat dalam mensintesa kofaktor besi molybdenum yang jalan reaksinya belum dapat
diungkapkan, dan dua gen (nifF dan J) menyandi polipeptida yang diperlukan untuk transfer
electron kepada nitrogenase reduktase. Tiga gen (nifM, S, V) diperlukan untuk mematangkan
kompleks nitrogenase yang fungsional, dan dua (nifA, dan nifL) ternyata mengatur ekspresi
semua gen nif lain. Akhirnya fungsi nifX dan nifY belum diketahui peranannya. Beberapa gen
nif pada organism pemfiksasi nitrogen lain terbukti sama benar strukturnya dengan yang terdapat
pada K. pneumonia. Namun, pada organism pemfiksasi nitrogen lain, gen-gen itu biasanya
tersebar sekitar genom, bukan membentuk suatu rangkaian rapat seperti pada K. pneumonia. B.
Mengatur Ekspresi Gen nif Jika bakteri pemfiksasi nitrogen menemukan sumber nitrogen yang
sudah terfiksasi, seperti berupa amonia, glutamate, atau asparagin, maka transkripsi gen-gen nif
pun berhenti. Dengan demikian organism itu tidak membuang-buang energy, karena ini masih
diperlukan untuk mensintesa protein. Juga tidak mebuang-buang ATP , karena ini diperlukan
pula untuk mendorong reaksi reduksi. Gen-gen itu juga tidak berekspresi jika selnya terpapar ke
udara. Ini juga membuat suasana kehidupan jadi baik. Pengaturan gen nif sangat kompleks.
Pemgaturan itu meliputi control local oleh gen dalam kompleks nif, dan komtrol yang lebih
menyeluruh oleh gen pengatur yang terletak dibagian lain genom. Agar gen nif mulai
berekspresi, seperti pada semua gen lain, diperlukan enzim RNA polymerase untuk
mentranskripsi DNA menjadi RNA messenger. Promotor adalah daerah pengontrol pada suatu
gen. RNA polymerase akan berikatan dengan promoter itu sewaktu transkripsi dimulai. Urutan
nukleotida gen nif berbeda sekali dengan promoter suatu gen yang sudah banyak diamati pada E.
coli. Ini member pandangan bahwa DNA polymerase yang mengenal promoter gen nif beda dari
enzim yang berikatan dengan promoter gen lain. Pandangan ini belum lama berselang telah
dikukuhkan. Mutasi pada gen yang disebut ntrA (ntr adalah untuk mengatur nitrogen, nitrogen
regulation), bukan anggota kompleks nif, menyebabkan fiksasi nitrogen hilang. Boris Magasanik
dari Massachusetts, dan S. Kustu dari University of California di Davis, telah menetapkan bahwa
gen ntrA mengenal promoter gen nif. Tanpa protein ini gen nif termasuk pengatur nifA dan L,
tak dapat bertranskripsi, sehingga fiksasi nitrogen tak terjadi. Factor sigma lain menolong RNA
polymerase agar dapat mengenal promoter gen lain. C. Fiksasi Nitrogen Secara Simbiosa Bakteri
pengikat nitrogen yang terpenting, baik untuk pertanian maupun ekologi, adalah yang
berinteraksi dengan tumbuhan dengan cara simbiosa. Simbiosa ada yang berbentuk sedehana dan
yang kompleks. Bentuk interaksi sederhana terdapat pada bakteri Azosfirillumyang hidup sekitar
permukaan rumputan. Pada interaksi yang berbentuk kompleks, seperti interaksi bakteri genus
Rhizobium dan kacang-kacangan. Kacang-kacangan dapat subur pada tanah yang miskin
nitrogen, berkat kehadiran simbion yang memfiksasi nitrogen. Dengan demikian famili
tumbuhan ini sangat besar peranannya dalam pertanian. Memahami interaksi simbiotis
memerlukan analisa terhadap, bukan hanya gen nif , tapi juga tentang gen-gen khusus pada
tumbuhan dan bakteri yang membuat mereka hidup berinteraksi demikian kompleks.
Kebanyakan strain tak dapat di dorong untuk memfiksasi nitrogen jika ditanam sendirian dalam
kultur. Namun bakteri ini memiliki kemampuan khusus untuk mengenal dan menyusup ke
kacang-kacangan tertentu dan mendorong terbentuknya suatu reaksi yang terkordinasi dalam
tumbuhan tompangan. Reaksi itu diantaranya untuk mengatur pembelahan sel dan sintesa
seperangkat protein. Biasanya tempat infeksi berada di ujung bulu akar yang sedang tumbuh,
yang melengkung, bercabang atau berpilin seperti sekrup sebagai reaksi terhadap bakteri yang
menyusup. Bakteri itu masuk melalui benang infeksi, kehadiran benang infeksi, mungkin
bergabung dengan sinyal dari Rhizobium terhadap permukaan akar, mendorong terjadinya
pembelahan sel dalam akar, sehingga terbentuk bintul awal, ketika nodul tumbuh, benang infeksi
pertama terus tumbuh dan bercabang, masuk menyelusup diantara sel-sel akar tumbuhan inang.
Sel-sel Rhizobium yang memfiksasi nitrogen dan yang keluar dari bintul disebut bakteroid.
Dalam bentuk ini bakteri itu biasanya menjalankan gen nif untuk berekspresi, lalu mengeluarkan
amonia yang terbentuk ke dalam jaringan tumbuhan inang. Tumbuhan inang kemudian
menggunakan amonia itu dengan membuatnya berkondensasi dengan asam glutamat, untuk
membentuk glutamin. Kemudian glutamin ini dipakai untuk menebarkan nitrogen yang telah
terfik pada bagian lain tubuh tumbuhan inang itu. Spesies Rhizobium lain lebih banyak memiliki
perbedaan yang bersifat biokimia, di luar perbedaan dalam bentuk jenis tompangan. Spesies
kacang-kacangan tertentu hanya diinfeksi oleh spesies bakteri tertentu pula. Bagi beberapa
bakteri seperti R. leguminosarum, R. trifolii, dan R. phaseoli, yang membuat bintul masing-
masing pada ercis, clover, dan buncis Phaseolus, ternyata hanya jenis tompangan itu yang
menjadi ciri untuk membedakan berbagai spesies itu. Banyak gen yang tak berekspresi pada sel
bakteri bebas tapi berekspresi pada bakteroid atau sebaliknya. Susunan biokimia protein yang
dibuat dalam bintul juga memperlihatkan perubahan besar dibandingkan pada akar yang tak
diinfeksi, paling kurang ada 50 protein baru, disebut nodulin ditemikan khusus terdapat dalam
bintul. Secara keseluruhan jumlah macam protein yang khusus terdapat dalam bintul yang
berlipat ganda lebih banyak dari itu, beberapa diantaranya seperti enzim glutamin sintetase dan
urikase diperlukan untuk asimilasi amonia. Nodulin yang paling banyak ialah leghaemoglobin.
Leghaemoglobin menyebabkan bintul warna merah muda, mekipun banyak orang yang menduga
leghaemoglobin berperan untuk melindungi nitrogenase dari kerusakan oleh oksigen, namun
ternyata fungsi utamanya adalah untuk menyampaikan oksigen ke bakteroid. Gen
leghaemoglobin kedelai ternyata sama dengan gen haemoglobin mamal, bintul akar yang
terbentuk pada tumbuhan bukan kacang-kacangan oleh bakteri Frankia juga mengandung
leghaemoglobin. D. Analisis Genus Bakteri Rhizobium Bakteri Rhizobium jauh lebih sederhana
dan lebih mudah ditangani untuk dianalisa secara genetis daripada kacang-kacangan inang
mereka. Tak mengherankan, bila kemajuan dalam mengidentifikasi gen bakteri yang diperlukan
untuk kerja simbiosa dan memfiksasi nitrogen dan pembentukan bintul, jauh lebih cepat daripada
kemajuan dalam mengidentifikasi gen tumbuhan yang berperan dalam aktifitas ini. Lagipula
isolasi gen nif dari berbagai bakteri sama besar, sehingga gen K. pneumoniae dapat dipakai
sebagai probe untuk memancing gen nif spesies lain. Plasmid besar yang sama yang membawa
gen nif pada spesies Rhizobium tumbuh cepat, juga mengandung seuntaian gen nod yang
berperan dalam pembentukan bintul. Beberapa pengamat telah memperlihatkan bahwa
pemindahan DNA R. leguminosarum yang mengandung gen nod yang membuat bintul pada
ercis, pada bakteri rhizobium lain yang asalnya membuat bintul pada clover atau buncis,
membuat bakteri resipien itu mampu membentuk bintul normal pada ercis. Namun ini bukan
berarti bahwa untaian nod plasmid sajalah yang diperlakukan untuk mendorong bakteri
Rhizobium membuat bintul. Bakteri dari genus Agrobacterium sebenarnya sekerabat dekat
dengan bakteri rhizobium, namun spesies Agrobacterium tidak mampu membuat bintul ataupun
memfiksasi nitrogen. E. Pengaturan Ekspresi Gen Nod Gen terakhir dari untaian gen nod yaitu
nod telah diperlihatkan berperan sebagai pengatur, mengontrol transkripsi sendiri dan gen-gen
nod lain dalam untaian. Jika bakteri rhizobium ditumbuhkan dalam media kultur yang minimal,
gen nod berekspresi kuat, sedang gen-gen nod lain tidak bertranskripsi. Namun ditemukan
perbedaan besar jika sel bakteri itu dipaparkan pada zat getahan yang keluar dari akar ercis,
clover atau alfalfa. Transkripsi semua gen nod, kecuali nodD lalu meningkat sekitar tujuh puluh
kali lipat.

Sumber: http://forester-untad.blogspot.co.id/2013/06/materi-lengkap-tentang-fiksasi-
nitrogen.html
Konten adalah milik dan hak cipta forester untad blog