Bab 9 An introduction to taxonomy: the bacteria.

TAKSONOMI
Taksonomi adalah ilmu klasifikasi. Masing-masing kategori tersebut disebut takson. Alasan dilakukan klasifikasi adalah
(1) untuk menetapkan kriteria untuk mengidentifikasi atau organisme, (2) untuk mengatur organisme terkait ke dalam
kelompok, dan (3) untuk memberikan informasi penting tentang bagaimana organisme berevolusi.
BINOMIAL NOMENCLATURE
Binomial Nomenklatur adalah sistem untuk menamai semua makhluk hidup. Dicetuskan oleh Carolus Linnaeus.
Peraturan sistem binomial nomenklatur :
(1) nama depan menunjukkan genus suatu organisme (huruf pertamanya dikapitalin),
(2) Sedangkan nama kedua adalah spesifik julukan, dan itu tidak dikapitalisasi bahkan ketika berasal dari nama orang
yang menemukannya.
(3) tulisannya italic atau di underlined (kalo tulis tangan)
Regangan (strain) adalah subkelompok spesies dengan satu atau lebih karakteristik yang membedakannya dari
subkelompok lain dari spesies yang sama. Setiap strain diidentifikasi dengan nama, nomor, atau huruf yang mengikuti
julukan tertentu. Misalnya strain E.coli K12.
Selain memperkenalkan sistem binomial nomenklatur, Linnaeus juga membentuk hierarki peringkat taksonomi:
spesies, genus, famili, ordo, kelas, filum atau divisi, dan kingdom. Pada tingkat tertinggi, Linnaeus membagi semua
makhluk hidup menjadi dua kerajaan—tanaman dan hewan.

MENGGUNAKAN KUNCI TAKSONOMI

Yang paling umum adalah kunci dikotomis, yang memiliki pernyataan berpasangan menggambarkan ciri-ciri
organisme. Pernyataan berpasangan menyajikan pilihan "salah-atau", sehingga hanya satu pernyataan adalah benar.
Setiap pernyataan diikuti dengan petunjuk untuk pergi ke pasangan pernyataan lain sampai nama organisme akhirnya
muncul.
Permasalahan pada taksonomi yaitu laju perubahan evolusioner yang cepat dalam mikroorganisme dan kesulitan
dalam memutuskan apa yang merupakan kerajaan dan apa yang merupakan spesies.

Perkembangan Sejak Zaman Linnaeus

1) Lineaus → 2 kingdom besar (plantae dan animalia)
2) Ernst H. Haeckel di 1866 → masalah pengklasifikasian mikroorganisme →tambah 1 kingdom, Protista
3) Tahun 1956, Lynn Margulis dan H. F. Copeland → sistem klasifikasi 4 kingdom berikut ini:
1. Monera: prokariota (bakteri sejati, alga biru-hijau)
2. Protoctista : alga eukariotik, protozoa, dan jamur
3. Plantae: semua tumbuhan hijau
4. Animalia : semua hewan yang berasal dari zigot
4) Whittaker → sistem taksonomi pada tahun 1969 yang memisahkan Protoctista menjadi 2 kingdom—Protista dan
Fungi—tetapi mempertahankan Monera, Plantae, dan Animalia → 5 kingdom

SISTEM KLASIFIKASI 5 KINGDOM

KLASIFIKASI 3 DOMAIN

KLASIFIKASI VIRUS
Virus adalah agen infeksi aseluler yang hanya sedikit berbagi karakteristik dengan
organisme hidup, tidak termasuk dalam salah satu dari 5 kingdom. Virus
diklasifikasikan berdasarkan asam nukleatnya, komposisi kimia, dan morfologi.

Studi tentang virus (virologi) sangat penting dalam setiap kursus mikrobiologi
karena (1) Virologi adalah cabang mikrobiologi yang diakui, dan teknik mempelajari
virus berasal dari teknik mikrobiologi; dan (2) virus menjadi perhatian ilmuwan
kesehatan karena banyak menyebabkan penyakit pada manusia, hewan lain,
tumbuhan, dan bahkan mikroorganisme.

PENCARIAN HUBUNGAN EVOLUSIONER

- Metode Khusus Diperlukan untuk Prokariota
Metode khusus diperlukan untuk menentukan hubungan di antara prokariota karena mereka memiliki sedikit
karakteristik morfologis eristik dan hanya meninggalkan sedikit catatan fosil. Beberapa metode, termasuk
taksonomi numerik dan homologi genetik, saat ini digunakan untuk menentukan hubungan evolusi di antara
organisme
A) Taksonomi Numerik
Dalam taksonomi numerik, organisme dibandingkan berdasarkan sejumlah besar karakteristik dan
dikelompokkan menurut persentase karakteristik bersama.
B) Homologi Genetik
Homolopi gen adalah kesamaan DNA di antara organisme yang berbeda, yang memberikan ukuran keterkaitan
diantara mereka. Beberapa teknik yang menentukan homologi genetik tersedia. Persentase relatif basa dalam
DNA adalah ukuran keterkaitan. Komposisi dasar DNA ditentukan, dan persentase G-C dibandingkan di antara
organisme.

Urutan basa dapat diidentifikasi dengan probe DNA. Dalam hibridisasi DNA, tingkat kecocokan antara untaian DNA
dibandingkan antar organisme. Profil protein, dibuat dengan elektroforesis gel poliakrilamida (PAGE), digunakan untuk
menunjukkan apakah protein yang sama terdapat pada organisme yang berbeda. urutan asam amino dari organisme
terkait serupa, sehingga penentuan urutan asam amino adalah ukuran keterkaitan lainnya.

TAKSONOMI DAN NOMENKLATUR BAKTERI

Kriteria Klasifikasi Bakteri

Sejarah dan Signifikansi Manual Bergey

• Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology adalah yang pertama diterbitkan pada tahun 1923 dan telah
direvisi beberapa kali; edisi kesembilan diterbitkan pada tahun 1994.
• Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (5 volume set) memberikan informasi definitif tentang identifikasi
dan klasifikasi bakteri.

Masalah Terkait dengan Taksonomi Bakteri

Ahli taksonomi tidak setuju dengan anggota kerajaan Prokariota (Monera) harus dibagi. Banyak spesies bakteri telah
dikelompokkan ke dalam genera dan beberapa ke dalam keluarga. Empat divisi (setara dengan filum) telah ditetapkan.
Banyak informasi yang diperlukan untuk menentukan hubungan dan membangun kelas dan pesanan.

Bakteri
Kelompok bakteri yang penting : spirochetes, mycoplasmas, rickettsiae, chlamydiae, mycobacteria, dan cyanobacteria.