BAB 1

STRUKTUR DNA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang sangat panjang

yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida, yang masing-masing tersusun dari satu
basa, satu gula dan satu gugus fosfat. Apabila kita ibaratkan suatu tubuh, maka DNA diibaratkan
sebagai otak yang dapat mengatur segala proses di dalam tubuh. Di samping itu, DNA juga
mempunyai peran penting dalam pewarisan sifat. DNA merupakan suatu senyawa kimia yang
penting pada makhluk hidup. Tugas utamanya membawa materi genetik dari suatu generasi ke
generasi berikutnya. DNA juga merupakan senyawa polinukleotida yang membawa sifat-sifat
keturunan yang khas pada kromosom.
DNA penting dalam hal hereditas. Paket semua informasi genetik dan dibagikan pada
generasi berikutnya. Dasar untuk ini terletak pada kenyataan bahwa DNA membuat gen dan gen
membuat kromosom. Manusia memiliki 23 pasang kromosom – total 46 kromosom. Dua puluh
dua dari pasangan ini, yang disebut autosom, terlihat sama pada laki-laki dan perempuan. Ke 23
Pasangan disebut kromosom seks dan berbeda antara pria dan wanita. Wanita memiliki dua
salinan dari kromosom X atau XX, sedangkan pria memiliki satu X dan satu kromosom Y. Kedua
orang tua memiliki sel reproduksi – sperma di dalam ayah dan ovum atau telur pada ibu. Sperma
dan telur mengandung setengah jumlah kromosom – 23 masing-masing. Ketika telur dan sperma
membuahi, ini menimbulkan sebuah sel yang memiliki set lengkap. Jadi seseorang mewarisi
Bagian-bagian Kromosom terdiri dari; (1) Kromomer adalah struktur berbentuk manik-
manik yang merupakan akumulasi materi kromatin, (2) Sentromer adalah daerah lekukan
(kontriksi) disekitar daerah pertengahan kromosom, dimana juga dijumpai kinetokor, (3)
Kinetokor adalah daerah tempat perlekatan benang-benang spindel dan tempat melekatnya
lengan kromosom, (4) Telomer adalah daerah terujung kromosom fungsinya menjaga stabilitas
bagian ujung kromosom agar DNA tidak terurai. Satelit adalah bagian kromosom yang berbentuk
bulatan dan terletak di ujung lengan kromatid

Gambar 1.1. Kromosom

Berdasarkan letak sentromer dan lengan, bentuk kromosom dibedakan menjadi empat
macam; (1) Bentuk telosentrik, yaitu jika letak sentromer berada di ujung, (2) Bentuk
akrosentrik, yaitu letak sentromer mendekati ujung, (3) Bentuk submetasentrik, yaitu jika letak
sentromer agak jauh dari ujung kromosom dan biasanya membentuk huruf L atau J (4) Bentuk
metasentrik, yaitu jika letak sentromer berada di tengah sehingga panjang masing-masing lengan
sama.
Istilah lain yang erat kaitannya dengan pembahasan DNA adalah gen. Menurut Morgan,
gen adalah suatu zarah yang kompak dan menempati suatu lokus pada kromosom yang
mengandung satuan informasi genetika dan mengatur sifat menurun tertentu. Fungsi dari gen
adalah untuk; (1) mengatur pertumbuhan/ perkembangan dan metabolisme individu, dan (2)
menyampaikan informasi genetik dari generasi ke generasi berikutnya. Sedangkan tempat gen
dalam kromosom yang homolog (kromosom berada dalam pasangan) disebut lokus. Secara kimia
gen dibangun oleh DNA

Gambar 1.2. Bentuk-bentuk kromosom berdasarkan letak sentromer

Basa pada molekul DNA membawa informasi genetik, sedangkan gula dan gugus fosfat
mempunyai peranan struktural. Gula dalam deoksiribonukleotida merupakan deoksiribosa.
Awalan deoksi menunjukkan bahwa gula ini kekurangan satu atom oksigen yang ada pada
ribosa, senyawa induknya. Basa nitrogen merupakan derivat purin dan pirimidin. Purin dalam
DNA adalah adenin (A) dan Guanin (G), serta pirimidinnya adalah timin (T) dan sitosin (C).
Sebuah nukleosida terdiri dari basa dan purin atau pirimidin yang berikatan dengan gula.
Keempat unit nukletida dalam DNA disebut deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksitimidin, dan
deoksitidin.
 Gambar 1.4. Mekanisme kerja DNA.

Gambar 1.5. Perbedaan antara Deoxyribonucleotide dan Ribonucleotide.

A. STRUKTUR DOUBLE HELIX DNA
Friederich Miescher untuk pertama kali memisahkan DNA dari inti sel dalam
tahun 1896 dan menamakan zat yang baru ditemukan itu "nuklein", suatu awal dari istilah
asam nukleat. Walaupun DNA secara luas dipelajari selama tahun-tahun berikutnya,
namun peranan biologiknya sebagai pembawa informasi genetik tetap tidak jelas hingga
selama masa akhir tahun 1940-an ketika Averi dan kawan-kawan menunjukkan bahwa
DNA yang dimurnikan dapat memindahkan khasiat keturunan dari suatu turunan bakteri
ke yang lain. Pada tahun 1953, penelitian kristalografik dengan sinar-X oleh James
Watson dan Francis Crick mengungkapkan struktur tiga dimensi DNA dan segera
menyimpulkan replikasinya. Pencapaian yang menakjubkan ini merupakan salah satu
yang paling berarti dalam sejarah biologi karena membuka jalan untuk pemahaman
tentang fungsi gen pada tingkat molekul. Watson & Crick melakukan analisis gambaran
difraksi sinar-X serat-serat DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins
dan menetapkan satu model struktural yang pada dasarnya terbukti benar. Ciriciri penting
model DNA mereka adalah:
1. Dua rantai heliks polinukleotida melingkar mengelilingi satu sumbu. Kedua rantai
memiliki arah yang berlawanan

Gambar 1.6. Konfigurasi menyeluruh dari heliks rangkap DNA. Perhatikan bahwa kedua
untaian adalah komplementer dan anti-paralel. Ikatan Hidrogen antara dua basa
2. Basa purin dan pirimidin terdapat di bagian dalam heliks, sedangkan unit-unit fosfat
dan deoksiribosa terdapat di bagian luar. Bidang-bidang basa tegak lurus terhadap sumbu
heliks. Bidang-bidang gula hampir tegak lurus terhadap bidang basa.

3. Diameter heliks adalah 20 A. Jarak antara basa yang bersebelahan ialah 3,4 A pada
poros heliks dengan sudut rotasi sebesar 36°. dengan demikian, putaran heliks berulang
setelah 10 residu pada setiap rantai, yaitu pada interval 3,4 A.

4. Kedua rantai saling berhubungan melalui ikatan hidrogen antara pasangan-pasangan

basa. Adenin selalu berpasangan dengan timin; guanin selalu berpasangan dengan sitosin.

5. Urutan basa sepanjang rantai polinukleotida tidak dibatasi dengan cara apapun. Urutan
yang tepat basa-basa itu mengandung informasi genetik.

Gambar 1.7 Ikatan hidrogen antara dua basa.

 BAB 2
REPLIKASI DNA

Replikasi DNA yaitu ronde penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi DNA
terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota berjalin-jalin memainkan replikasi DNA. Pada
eukariota, saat terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum
mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut menggunakan enzim DNA polimerase yang
menolong pembentukan ikatan sela nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Ronde
replikasi DNA mampu pula dilakukan in vitro dalam ronde yang disebut reaksi berantai
polimerase (PCR)002E
Replikasi DNA terdapat 2 bagian yaitu :
1. Garpu Replikasi
2. Replikasi di prokariota dan eukariota

1. Garpu replikasi
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah susunan yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini diwujudkan dampak enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan
hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari suatu untaian tunggal DNA. Masing-masing
cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan
urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
memperpanjang oligonukleotida yang diwujudkan oleh enzim primase dan disebut primer.

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotida—dalam hal
ini, deoksiribonukleotida—ke ujung 3'-hidroksil lepas nukleotida rantai DNA yang sedang
tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA
polimerase memainkan usaha pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun demikian, salah
satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berpandangan 3'→5', sementara untaian lainnya
berpandangan 5'→3', dan helikase memainkan usaha membuka untaian rangkap DNA dengan
arah 5'→3'. Oleh karena itu, replikasi mesti berlanjut pada kedua arah berlawanan tersebut.

2. Replikasi di prokariota dan eukariota

Replikasi DNA prokariota
Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus
pertumbuhannya. Kawasan ori pada E. coli, misalnya, mengandung empat buah tempat
pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA
ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju
pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota
mampu merasakan reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran
replikasi yang pertama kemudiannya. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima
kromosom yang beberapa telah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk susunan kompleks yang terdiri atas 30 sampai 40 buah molekul, yang
masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Kawasan ori akan mengelilingi kompleks DnaA-
ATP tersebut. Ronde ini membutuhkan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai
DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga
sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya
pengikatan protein DnaB, yang yaitu enzim helikase, yaitu enzim yang akan memakai energi
ATP hasil hidrolisis untuk memainkan usaha di sepanjang kedua untai DNA dan
memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase kemudian diselubungi oleh protein pengikat
untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk melindungi DNA untai tunggal
dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel
pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis
pada untai pengarah. Supaya replikasi mampu terus berlanjut menjauhi ori, diperlukan enzim
helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan disertai oleh pembentukan putaran
baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata tak
cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang
disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini yaitu target agresi antibiotik sehingga
pemberian antibiotik mampu mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah diterangkan di atas, replikasi DNA terjadi patut pada untai pengarah maupun pada
untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom akan menyintesis
sebanyak RNA primer dengan interval 1.000 sampai 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase
DnaB dan DNA primase.

Primer patut pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan merasakan elongasi dengan
bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit ini yaitu dimer, separuh akan
memainkan pekerjaan pada untai pengarah dan separuh lainnya memainkan pekerjaan pada untai
tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berlanjut dengan kecepatan yang
sama.

Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai
fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan berupa
eksonuklease 3’– 5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA polimerase I,
yang mempunyai kegiatan polimerase 5’ – 3’, eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease
penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’ - 3’ membuang primer, sedangkan polimerase akan
mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh
enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini
membentuk kompleks berukuran akbar yang disebut dengan replisom. Dengan benarnya
replisom sintesis DNA akan berlanjut dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan berjumpa anggaran pada posisi 180 °C dari ori. Di sekitar kawasan
ini terdapat sebanyak terminator yang akan menghentikan gerak-gerak yang dibuat garpu
replikasi. Terminator tersebut diantaranya berupa produk gen tus, suatu inhibitor untuk helikase
DnaB. Ketika replikasi berakhir, kedua lingkaran hasil replikasi sedang menyatu. Pemisahan
dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian
disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.

Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki
fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase
tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang bersambung akan
diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan
memainkan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada
masing-masing ori.

Berhubung dengan kompleksitas susunan kromatin, garpu replikasi pada eukariota memainkan
usaha hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum memainkan penyalinan, DNA mesti
dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerak-gerak yang dibuat garpu
replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan saat sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan
mamalia.

Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 sampai 50 replikon merasakan inisiasi secara
serempak pada saat tertentu selama fase S. Deretan yang merasakan inisasi sangat awal yaitu
eukromatin, sedangkan deretan yang kira-kira lambat yaitu heterokromatin. Kawasan sentromer
dan telomer dari DNA bereplikasi sangat lambat. Pola semacam ini mencerminkan aksesibilitas
susunan kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.

Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan
protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai
DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berlainan terlibat dalam elongasi. Untai pengarah
dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan kegiatan
primase yang yaitu bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera dialihkan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah
dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Patut DNA polimerase d maupun e mempunyai
fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh benarnya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen
(PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli.
Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga merasakan penggandaan
selama fase S.

Mesin replikasi yang terdiri atas seluruh enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi
akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut mampu divisualisasikan
memakai mikroskop dengan melabeli DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan
memakai analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli
tersebut dilakukan dengan imunofloresensi memakai antibodi yang mengenali BUdR.

Ujung kromosom linier tak mampu direplikasi sepenuhnya karena tak benar DNA yang mampu
menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5’ untai tertinggal. Dengan demikian,
informasi genetik mampu hilang dari DNA. Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota
(telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tak mengandung informasi
genetik dengan ujung 3’ melampaui ujung 5’. Enzim telomerase mengandung molekul RNA
pendek, yang beberapa sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sbg cetakan (templat) untuk penambahan sekuens repetitif pada ujung 3’.

Hal yang menarik yaitu bahwa kegiatan telomerase merasakan penekanan di dalam sel-sel
somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan
kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi
genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam ronde
penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tak terkendali pada kebanyakan sel
kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
 BAB 3
TRANSKRIPSI

Transkripsi Merupakan tahapan pembentukan/sintesis mRNA (messager RNA) dari DNA

template. Enzim yang berperan dalam transkripsi - RNA polymerase.
1. Pada Prokaryotik: hanya memiliki satu RNA polimerase
- sintesis mRNA, r RNA, dan tRNA
- transkripsi dan translasi berpasangan
2. Pada Eukaryotik: memiliki tiga RNA polimerase
a. RNA polimerase I: sintesis rRNA
b. RNA polimerase II: sintesis mRNA
c. RNA polimerase III: sintesis tRNA dan 5S rRNA
Pada organisme Eukaryotik, transkripsi dan translasi terjadi pada lokasi yang berbeda

Tahapan Transkripsi
• Inisiasi (Initiation)
- pada ujung 5’ gen
- pengikatan RNA polimerase pada promotor
- pemutusan molekul DNA
• Elongasi (Elongation)
- penambahan nukleotida pada ujung 3’ rantai
pemanjangan (growing chain)
- basa dipasangkan secara komplemen
- sumber energi dari substrat NTP
• Terminasi (Termination)
- pada ujung 3’ gen
Penambahan Nukleotida pada Transkripsi

Pemasangan Basa (Base Pairing) saat Transkripsi

Regulasi Pasca Transkripsi(Post-transcriptional Regulation)
• Pada fase pasca transkripsi (post-transcriptional), terjadi
beberapa proses yang unik pada Eukaryotik:
1. capping : penambahan tudung (cap) pada ujung 5’
mRNA
2. poliadenilasi : penambahan gugus poli-A pada ujung
3’ mRNA
3. RNA splicing : pemotongan dan penyambungan RNA
4. RNA editing : penyuntingan mRNA

1. Capping
 metilasi (penambahan gugus metil), yang sebagian besar terakumulasi pada ujung 5’ mRNA
Struktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap), berupa molekul 7-
metilguanosin (m7G) Fungsi mRNA cap:
1. melindungi mRNA dari degradasi
2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA
3. meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus ke sitoplasma
4. meningkatkan efisiensi proses splicing mRNA
2. Poliadenilasi
 rantai poli-A ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang mengkode
rangkaian A atau T semacam ini - penambahan dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim
poli(A)-polimerase - fungsi poliadenilasi: meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA
mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak memiliki poli-A

3. RNA splicing

4. RNA editing
- misalnya terjadi pada sekuens mRNA sitokrom
oksidase III (COIII) Trypanosoma brucei sepanjang
731 nukleotida
ditambahkan 407 uridine (U) melalui proses
editing/penyuntingan
- penyuntingan selalu terjadi pada ujung 3’
- penyuntingan dilakukan oleh molekul RNA, yang
disebut guide RNA (gRNA)
 BAB 4
TRANSLASI

Translasi
• Proses pembacaan kodon dan menggabungkan asam amino melalui ikatan peptida
• mRNA dibaca pada ribosom
• tRNA membawa asam amino ke ribosom
• Asam amino dikombinasi untuk membentuk protein
• mRNA ditranslasi di dalam ribosom dengan
menggunakan tRNA sebagai molekul adaptor
• Sekuen nukleotida dibaca setiap 3 basa
• Setiap triplet atau 3 basa tersebut disebut kodon
• Setiap kodon mengkode asam amino
• Setiap asam amino bisa dikode oleh satu atau lebih
kodon
• Sejumlah 64 kodon yang mungkin diekspresikan menjadi
asam amino tertentu disebut kode genetik
• Kode genetik menghasilkan 20 asam amino yang
berbeda

Kode Genetik
• Komponen proses translasi
1. mRNA
2. ribosom
3. tRNA bersama dengan asam amino
4. enzim

• Tahapan translasi:
1. Inisiasi
2. Elongasi
3. Terminasi

Inisiasi •
- tRNA inisiator berikatan dengan subunit kecil pada ribosom
- Subunit kecil/kompleks tRNA berikatan dengan mRNA kemudian bergerak sepanjang sekuen
tersebut menuju ke start kodon (AUG)
- Subunit besar pada ribosom bergabung pada kompleks yang telah terbentuk

Elongasi
- mRNA melewati subunit ribosom (ribosomal subunit)
- tRNA menghantarkan asam amino ke sisi pengikatan ribosom (ribosomal binding site) sesuai
dengan sekuen/urutan pada mRNA
- Asam amino-asam amino berikatan dengan terbentuknya ikatan peptide

Terminasi
- Stop kodon bergerak menempatkan diri
- Tidak ada tRNA yang membawa anticodon
- Faktor rilis (release factors) berikatan dengan ribosom
- mRNA dan polipeptida dilepaskan