FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 1 dari 6

Judul trial: Pemeriksaan RT-PCR SARS-COV-2 menggunakan Kit Novel Coronavirus

(2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) Sansure
Biotech pada mesin Iponatic Portable Molecule Workstation (POCT)

Tanggal: 17 November 2022

Latar belakang:

Metode pemeriksaan RT-PCR merupakan salah satu jenis metode Nucleic Acid Amplification
Test (NAAT) yang saat ini dipergunakan oleh rumah sakit, laboratorium, dan fasilitas lain yang
ditetapkan oleh Pemerintah sebagai standar utama konfirmasi diagnosis COVID-19. Inovasi dalam
pengujian molekuler khususnya pada pengujian point-of-care (POCT) telah berkembang dari
laboratorium diagnostik molekuler ke laboratorium mikrobiologis klinis dan sekarang ke laboratorium
umum. Akses ke tes diagnostik penyakit menular yang sensitif dan cepat sangat penting untuk
diagnosis yang akurat, terutama dalam menangani pasien-pasien cito.

Tujuan Umum:

Melakukan validasi kemampuan kit Sansure Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid
Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) dalam mendeteksi adanya virus SARS-CoV-2
berdasarkan gen ORF1ab dan gen N dengan metode real time RT-PCR menggunakan VTM Sansure
dan mesin Sansure Iponatic Portable Molecule Workstation (POCT) dari specimen nasopharyngeal
swab dan oropharyngeal swab secara in vitro, serta membandingkan hasil pemeriksaannya dengan kit
Sansure Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing)
dan kit Vazyme 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Triplex RT-qPCR Detection Kit yang
dijalankan menggunakan mesin Vazyme FMR3. Hal ini bertujuan agar Laboratorium BSL-2
Mayapada Hospital dapat menggunakan kit Sansure Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid
Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) di mesin Sansure Iponatic Portable Molecule Workstation
(POCT) dalam pemeriksaan PCR untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2.

Tujuan Khusus:

Membandingkan hasil pemeriksaan kit Sansure Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid
Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) di mesin Sansure Iponatic Portable Molecule Workstation
(POCT) dalam mendeteksi gen ORF1ab dan gen N SARS-CoV-2 yang specimennya diambil
menggunakan VTM Sansure, dengan hasil pemeriksaan kit Vazyme 2019-Novel Coronavirus
(2019-nCoV) Triplex RT-qPCR Detection Kit di mesin Vazyme FMR3 yang specimennya diambil
menggunakan VTM Vazyme. Hal ini bertujuan agar Laboratorium BSL-2 Mayapada Hospital
dapat membandingkan sensitivitas pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 di kedua platform
tersebut secara keseluruhan.
Goals / Endpoint:
 FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 2 dari 6

Hasil pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2 menggunakan kit Sansure Novel Coronavirus (2019-
nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) pada mesin Iponatic Portable
Molecule Workstation (POCT) minimal harus memenuhi parameter berikut.

Parameter Kriteria penerimaan

Sensitivitas Minimal 90%
Gen yang mampu dideteksi Minimal 2
Total durasi waktu Maksimal 2 jam

Departemen yang terlibat:

Laboratorium BSL-2

Peraturan dan/atau referensi akreditasi terkait:

N/A

Rencana trial:

Tugas Pelaksana Tanggal

Pengumpulan specimen trial Cory Febrina 17 November 2022
Pemeriksaan PCR specimen trial dengan kit saat ini Cory Febrina 17 November 2022
Pelaksanaan trial Jasminta Waluyo 17 November 2022

Variabel proses:

 Sample eluen yang digunakan berasal dari 2 VTM yang berbeda (Sansure dan Vazyme)
 Alat-alat PCR yang digunakan sebagai perbandingan dalam pemeriksaan specimen trial (mesin
PCR Iponatic Portable Molecule Workstation (POCT) dan Vazyme FMR03) memiliki sensitivitas
yang berbeda-beda

Bahan baku yang dibutuhkan:

 FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 3 dari 6

Sample Release Reagent (Buffer lysis)

Vazyme DNA/RNA Extraction Kit
Vazyme 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Triplex RT-qPCR Detection Kit
Sansure Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing)
Specimen

Alat yang dibutuhkan:

Mesin Iponatic Portable Molecule Workstation (POCT)

Mesin Vazyme FMR3

Prosedur trial:

1. Pilih 9 nama pasien yang akan diswab menggunakan VTM Sansure dan VTM Vazyme.
2. Pada jadwal yang telah ditentukan, lakukan pengambilan specimen untuk setiap pasien dengan
VTM Sansure dan VTM Vazyme di waktu yang sama. Kemas VTM sesuai SOP
039/CORP/MED-BSL/VI/2021 Pengambilan Specimen COVID-19
3. Untuk specimen yang diambil menggunakan VTM Vazyme.
3.1. Lakukan ekstraksi RNA sample menggunakan kit ekstraksi Vazyme DNA/RNA Extraction
Kit sesuai SOP 023/CORP/MED-BSL/VI/2021 Ekstraksi RNA Virus SARS-CoV-2.
3.2. Siapkan reagen master mix Vazyme 2019-Novel Coronavirus Triplex RT-qPCR Detection
Kit dengan volume setengah dari yang tertera pada SOP 022/CORP/MED-BSL/VI/2021
Preparasi Reagen Master Mix PCR Virus SARS-CoV-2.
3.3. Tambahkan eluen hasil ekstrasi ke reagen master mix sebanyak setengah yang tertera pada
SOP 024/CORP/MED-BSL/VI/2021 Penambahan Template RNA Virus SARS-CoV-2 ke
Master Mix PCR, yaitu 10 ul.
3.4. Sample dirunning pada mesin PCR Vazyme FMR03 dengan menggunakan protokol PCR
yang sama sesuai IFU Vazyme 2019-Novel Coronavirus Triplex RT-qPCR Detection Kit.
4. Untuk specimen yang diambil menggunakan VTM Sansure.
4.1. Untuk specimen yang akan dirunning menggunakan Vazyme 2019-Novel Coronavirus
Triplex RT-qPCR Detection Kit, ulangi langkah 3.1 sampai 3.4 namun menggunakan bahan
baku specimen dari VTM Sansure.
4.2. Untuk specimen yang akan dirunning menggunakan Sansure Novel Coronavirus (2019-
nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) di mesin FMR3, ulangi
langkah 3.1 sampai 3.4 namun menggunakan VTM Sansure dan kit Sansure.
5. Untuk specimen yang diambil menggunakan VTM Sansure dan akan dirunning di mesin Iponatic.
5.1. Siapkan master mix sesuai SOP IPonatic Sansure SQ31B (terlampir).
5.2. Homogenkan sampel swab VTM Sansure pada vortex mixer selama 5-10 detik, masukkan 50
ul sampel ke dalam kolom A (Untuk QC, masukkan 50 ul kontrol negatif/positif ke dalam
kolom A).
5.3. Seluruh sampel di running pada mesin PCR Iponatic Portable Molecule Workstation (POCT)
sesuai IFU Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence
 FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 4 dari 6

Probing) Sansure Biotech

6. Hasil seluruh pemeriksaan di atas dibandingkan.

Hasil trial:

VTM SANSURE VTM VAZYME

VAZYME SANSURE IPONATIC PCR Vazyme
No. N ORF N ORF N ORF N ORF
NC - - - - - -
1 32.77 30.12 27.92 29.04 32.68 - 29.98 29.33
2 - - 37.62 - - - 36.92 -
3 31.71 30.71 28.13 29.44 32.19 37.43 25.68 27.97
PC 27.32 26.87 29.71 27.65 30,14 30.17
NC - - - - - -
4 36.81 - 30.58 35.35 - - 30.94 32.72
5 37.27 - 31.42 35.32 41.69 - 30.19 33.93
6 - - 35.2 37.53 Invalid Invalid 31.67 31.51
7 - - 33.42 35.27 - - 36.43 39.59
8 36.39 38.44 33.16 31.25 - - 37.48 37.52
9 - - - 3.56 - - 43.33 -
PC 26.23 26.08 29.93 27.86 30.96 30.02
NC - - - -
10 - - - - - -
11 - 37.25 - 38.22 35.30 36.57
PC 26.30 26.60 27.59 28.62

Parameter Kriteria VTM Sansure VTM Vazyme

penerimaan Iponatic VS Iponatic VS Iponatic VS
Vazyme Sansure Vazyme
Sensitivitas Minimal 90% 55.5% dengan 33.3% dengan 33.3% dengan
11.1% retest 11.1% retest 11.1% retest
invalid invalid invalid
Gen yang mampu Minimal 2 2 (ORF1ab dan N)
 FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 5 dari 6

dideteksi
Total durasi waktu Maksimal 2 jam Iponatic: 48 menit
Kesimpulan VTM Sansure Hasil Hasil
kurang pemeriksaan pemeriksaan
compatible pada Iponatic pada Iponatic
dengan reagen cenderung false cenderung false
PCR Vazyme negative negative

Lampiran:

SOP IPonatic Sansure SQ31B

IFU Sansure Novel Coronavirus(2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Fluorescence
Probing)

Kesimpulan:

Berdasarkan hasil trial, pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2 dengan kit Sansure Novel Coronavirus
(2019-nCoV) Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR-Flourescence Probing) pada mesin Iponatic Portable
Molecule Workstation (POCT) tidak memenuhi parameter yang dipersyaratkan dan mesin Iponatic
Molecule Workstation ( POCT) harus memakai VTM yang disarankan oleh Sansure sehingga tidak
direkomendasikan untuk digunakan dalam pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2 di laboratorium BSL-2
MHJS.

Saran untuk perubahan (Perubahan design trial jika dibutuhkan):

N/A

Menyetujui,

Nama Jabatan Tanda tangan Tanggal

Jasminta Waluyo Manager Lab BSL-2

Tri Yuli S Konsultan Lab BSL-2

 FORM TRIAL REAGEN, CONSUMABLES & ALAT

No. Dokumen No. Revisi Halaman

SPO/MHJS/LAB/ 00 6 dari 6

dr. Ade Dharmawan, Penanggung Jawab Lab

Sp.MK
BSL-2