METODE IDENTIFIKASI SPESIES DAN PEMBATASAN SPESIES PADA

LABA – LABA
Rilwan Efendi 2320421020
Dosen Pembimbing : Dr. Milda Wati

Keanekaragaman hayati adalah topik sentral teori ekologi dan biologi

konservasi. Selain kepentingan akademisnya, keanekaragaman hayati juga
mempengaruhi sifat-sifat ekosistem yang diperlukan manusia untuk bertahan hidup
dan berkembang. Namun, saat ini kita menghadapi krisis keanekaragaman hayati
karena meningkatnya kerusakan dan gangguan ekosistem alam. Hal ini dapat
mengakibatkan punahnya banyak spesies bahkan sebelum mereka kita kenal (Zhang
dan Li, 2014).
Spesies merupakan garis keturunan yang berkembang secara mandiri dan
memiliki kriteria operasional yang semakin beragam seiring berjalannya waktu,
termasuk monopoli timbal balik, ketidakcocokan reproduksi, serta kekhasan fenotip
dan ekologi. Dalam konsep spesies dikenal yang namanya spesies samar, Istilah
“spesies samar” digunakan untuk merujuk pada dua atau lebih spesies yang berbeda
tetapi memiliki kesamaan morfologi dan diklasifikasikan dengan nama yang sama
(Zhang dan Li, 2014). Penggunaan data sekuens DNA pada umumnya, dan upaya
barcode DNA pada khususnya telah menemukan banyak spesies samar di berbagai
kelompok organisme yang mengungkapkan keanekaragaman yang belum dipetakan
sampai sekarang (Ballesteros dan Hormiga, 2018), kemampuan informasi genetika
dalam memberikan informasi silsilah, dan menjelaskan beberapa aspek divergensi
spesies sehingga tidak mengherankan jika data genetik telah menjadi sumber bukti
utama dalam penentuan batas spesies.
Penetapan batas spesies merupakan proses penting yang mendasari berbagai
pertanyaan biologis. Namun konflik dalam penetapan batas spesies dapat disebabkan
oleh perbedaan penerapan konsep spesies dan dalam pemilihan metode, model, dan
penanda genetik (Xu et al., 2020). Penentuan batas spesies merupakan landasan
penting bagi penelitian biologi. Namun, hasil pembatasan spesies molekuler dapat
bervariasi tergantung kumpulan data dan metode yang digunakan. Pembatasan
spesies sangat menantang pada organisme yang menunjukkan struktur populasi,
karena pembatasan aliran gen antar populasi alopatrik cenderung mengarah pada pola
divergensi yang serupa dengan spesiasi (Ortiz et al., 2023).
Cara umum untuk melakukannya adalah melalui pengelompokan genetik
awal, sering kali disertai dengan inferensi filogenetik tingkat spesimen, yang
mengarah ke kelompok pendahuluan yang akhirnya dinilai dengan metode
pembatasan formal Multispecies Coalescent (MSC) yang intensif computer.
Pendekatan seperti itu (selanjutnya disebut PCD, untuk rekonstruksi filogenetik,
pengelompokan genetik, dan pembatasan spesies) cocok karena mencakup sejumlah
langkah terbatas yang dapat dengan mudah distandarisasi dan menunjukkan
subjektivitas yang lebih rendah dibandingkan skema penggambaran lainnya. Namun,
pendekatan PCD sering kali menyebabkan perkiraan keanekaragaman yang
berlebihan, sebagian karena penetapan batas spesies berbasis MSC cenderung
menghasilkan pembagian yang berlebihan (oversplitting). Sebagai tanggapannya,
metode pembatasan spesies berbasis genom baru sedang dikembangkan. Misalnya,
silsilah yang baru-baru ini diusulkan indeks divergensi (gdi) adalah metode heuristik
yang awalnya memperkirakan tingkat diferensiasi genetik antara kelompok
bersaudara dan kemudian menentukan status spesies melalui ambang batas yang
ditetapkan untuk divergensi intra dan antar spesifik (Ortiz et al., 2023). Indeks gdi
semakin banyak digunakan dan telah membantu menyoroti kasus-kasus spesiasi yang
meragukan yang terdeteksi oleh metode berbasis MSC (Firneno Jr et al., 2021).
Teknik pembatasan spesies telah diterapkan pada beberapa kelompok
mygalomorph dengan tingkat keberhasilan yang berbeda-beda, studi-studi yang
sebagian besar bersifat empiris ini menemukan bahwa laba-laba mygalomorph
cenderung menunjukkan struktur genetik yang kuat, sehingga menimbulkan
perdebatan tentang batasan spesies, sehingga metode pembatasan spesies cenderung
membagi data secara berlebihan, studi-studi ini cenderung hanya mengandalkan satu
wilayah gen (biasanya mitokondria) atau hanya metode lokus tunggal, sehingga
batasan tersebut kemungkinan besar dapat diperbaiki dengan penambahan lebih
banyak wilayah gen (terutama gen inti) atau karakter pembatas lainnya seperti
morfologi (Brandt et al., 2023). Beberapa jenis laba laba yang sudah diidentifikasi
dengan menggunakan multilokus:

No genus Lokasi Pengambilan gen Gen target Referensi

1. Telema sp. Gua karst DNA genom CO1, 16S, (Zhang dan
Tiongkok diekstraksi dari ITS1, 18S, Li, 2014)
Selatan kaki dan jaringan 28S
dada spesimen
2. Zodarion sp. Semenanjung DNA genom CO1, ITS2, (Ortiz et al.,
Iberia diekstraksi dari 5.8S rRNA 2023)
kaki dan fragmen dan ITS1
karapas spesimen
3. Heptathela Pulau – pulau di DNA genom CO1, 16S (Xu et al.,
rRNA, 28S 2020)
sp. jepang diekstraksi dari
rRNA, ITS2
kaki spesimen dan Histon 3

4. Leucauge sp. Daratan DNA genom CO1 dan (Ballesteros

Amerika utara diekstraksi dari ITS2 dan Hormiga,
kaki spesimen 2018)
5. Stasimopus Daratan Afrika DNA genom CO1, 16S dan (Brandt et al.,
sp. selatan diekstraksi dari EF-1ɣ 2023)
kaki spesimen

Dalam beberapa tahun terakhir, teknik pengurutan throughput tinggi yang

baru dikembangkan yang memungkinkan pembacaan ratusan hingga ribuan lokus
telah memasukkan kemajuan besar dalam estimasi filogenetik, telah membantu
memecahkan teka-teki evolusi yang sudah lama ada di semua tingkat divergensi, dan
juga memberikan pencerahan baru pada studi tentang spesiasi dan delimitasi spesies.
Namun, membatasi spesies menggunakan data multilokus (termasuk seluruh genom)
tidaklah mudah.
Dalam studi ini, kami mengevaluasi penggunaan beberapa lokus dalam
mengidentifikasi struktur genetik dari laba laba, didapatkan bahwasanya jumlah lokus
yang digunakan mempengaharui hasil filogenetik, semakin banyak lokus yang
digunakan maka hasil yang didapatkan akan semakin spesifik. Dapat kita lihat pada
genus Telema sp menggunakan lima lokus gen target yaitu CO1, 16S, ITS1, 18S, 28S
sehingga mampu menjelaskan dan memberikan bukti yang kuat terhadap 16 spesies
samar, dan membuktikan ke 15 spesies tersebut berbeda secara genetik (Zhang dan
Li, 2014).
Pada saat yang sama, telah diketahui bahwa ketidaksamaan urutan gen saja
tidak memberikan bukti yang cukup untuk membatasi spesies (Kvist, 2013). Masalah
pembatasan spesies semakin diperparah oleh berbagai faktor perancu yang
mempengaruhi distribusi perbedaan genetik dalam suatu kelompok individu, seperti
migrasi, ukuran populasi, adaptasi lokal, pengambilan sampel geografis, penyortiran
garis keturunan yang tidak lengkap, dan introgresi. Menanggapi kesulitan-kesulitan
ini, pendekatan modern terhadap penetapan batas spesies lebih memilih pendekatan
integrative dengan menggabungkan data urutan multi-lokus, model evolusi eksplisit
yang dikombinasikan dengan data ekologi, morfometrik, atau perilaku (Xu et al.,
2020).
 DAFTAR PUSTAKA

Ballesteros, J.A., Hormiga, G. 2018. Species delimitation of the North American

orchard-spider Leucauge venusta (Walckenaer, 1841) (Araneae,
Tetragnathidae). Molecular Phylogenetics and Evolution. 121:183–197.
Brandt, S., Sole, C., Lyle, R. 2023. The phylogenetic structure and coalescent species
delimitation of an endemic trapdoor spider genus, Stasimopus (Araneae,
Mygalomorphae, Stasimopidae) in the Karoo region of South Africa. Molecular
Phylogenetics and Evolution. 184.
Firneno Jr, T.J., O’Neill, J.R., Itgen, M.W., Kihneman, T.A., Townsend, J.H., Fujita,
M.K. 2021. Delimitation despite discordance: Evaluating the species limits of a
confounding species complex in the face of mitonuclear discordance. Ecology
and Evolution. 11:12739–12753.
Kvist, S. 2013. Barcoding in the dark?: A critical view of the sufficiency of
zoological DNA barcoding databases and a plea for broader integration of
taxonomic knowledge. Molecular phylogenetics and evolution. 69:39–45.
Ortiz, D., Pekár, S., Bryjová, A. 2023. Gene flow assessment helps to distinguish
strong genomic structure from speciation in an Iberian ant-eating spider.
Molecular Phylogenetics and Evolution. 180.
Xu, X., Kuntner, M., Bond, J.E., Ono, H., Ho, S.Y.W., Liu, F., Yu, L., Li, D. 2020.
Molecular species delimitation in the primitively segmented spider genus
Heptathela endemic to Japanese islands. Molecular Phylogenetics and
Evolution. 151.
Zhang, Y., Li, S. 2014. A spider species complex revealed high cryptic diversity in
South China caves. Molecular Phylogenetics and Evolution. 79:353–358.