Di Ixtenco, Meksiko, Nick Fury dan Maria Hill menyelidiki badai yang tidak wajar dan bertemu dengan

Elemental Bumi. Quentin Beck, seorang pria yang sangat bertenaga, datang untuk melawan makhluk itu.
Di New York City, Midtown School of Science and Technology memulai kembali tahun akademiknya untuk
mengakomodasi para siswa yang termasuk di antara mereka yang dibangkitkan dalam "Blip" delapan
bulan sebelumnya. Sekolah ini mengadakan kunjungan lapangan musim panas dua minggu ke Eropa , di
mana Peter Parker, sementara masih bingung atas kematian Tony Stark, berencana untuk mengakui
perasaannya yang tumbuh untuk teman sekelas MJ dan menghindari kepahlawanan. Pada acara
penggalangan dana untuk para tunawisma yang dikoordinasi oleh Bibi May, Parker diperingatkan oleh
Happy Hogan bahwa ia akan dihubungi oleh Fury, tetapi Parker memilih untuk mengabaikan panggilan
itu. Parker pergi setelah kewalahan oleh pertanyaan tentang Stark.

Parker dan teman-temannya melakukan perjalanan ke Venesia, Italia, di mana Elemental Air menyerang
dan mendatangkan malapetaka di kota. Beck datang dan menghancurkan makhluk itu. Fury bertemu
dengan Parker dan memberinya kacamata Stark, yang dimaksudkan untuk penggantinya. Kacamata
dilengkapi dengan kecerdasan buatan E.D.I.T.H., yang memiliki akses ke semua database Stark Industries
dan perintah pasokan senjata orbital besar. Beck mengklaim Elementals membunuh keluarganya dan
bahwa dia berasal dari realitas yang berbeda, satu di antara banyak di Multiverse. Parker menolak
panggilan Fury untuk mempersenjatai diri, memilih untuk bergabung kembali dengan kelasnya.

Fury secara diam-diam mengalihkan jadwal perjalanan sekolah ke Praha, tempat Elemental Api
diproyeksikan untuk menyerang. Itu muncul di karnaval, tetapi Beck, dengan bantuan Parker,
menghancurkannya. Fury dan Hill mengundang Parker dan Beck ke Berlin untuk membahas
pembentukan tim superhero baru. Parker menganggap Beck layak menjadi penerus Stark dan
mewariskannya E.D.I.T.H. kacamata. Tanpa diketahui olehnya, Beck dinyatakan sebagai mantan spesialis
ilusi holografik di Stark Industries yang dipecat karena sifatnya yang tidak stabil. Dia sekarang memimpin
tim karyawan Stark yang tidak puas, menggunakan drone proyektor canggih untuk mensimulasikan
serangan Elemental dan menyamar sebagai pahlawan.

MJ menyimpulkan Parker adalah Spider-Man. Mereka menemukan bahwa sepotong puing yang
diambilnya selama pertempuran karnaval adalah sebuah proyektor yang menyajikan simulasi Air
Elemental, membuat keduanya menyadari bahwa Beck adalah penipu. Parker bepergian ke Berlin dan
bertemu dengan Fury. Menyadari bahwa ia berada dalam ilusi, Parker berjuang beberapa ilusi sebelum
Fury tampaknya menaklukkan Beck. Fury memaksa Parker untuk mengungkapkan siapa pun yang dia
katakan tentang penipuan Beck sebelum diungkapkan sebagai ilusi lain. Akhirnya ditabrak kereta, Parker
yang terluka parah jatuh pingsan di dalam mobil kereta.

Terbangun di sel penjara di Belanda, Parker pecah dan menghubungi Hogan, yang menerbangkan Parker
ke London dan mengungkapkan mesin pembuat pakaian yang ditinggalkan oleh Stark, yang digunakan
Parker untuk mensintesis kostum yang disesuaikan. Di London, Beck menggunakan E.D.I.T.H. untuk
mengatur ilusi terbesarnya, perpaduan keempat Elemental, menggunakannya sebagai penutup untuk
membunuh MJ dan yang lainnya yang kepadanya dia mungkin telah mengungkapkan rahasianya. Parker
mengganggu ilusi, jadi Beck mengungkapkan drone untuk menyerangnya. Parker mengalahkan Beck,
mendapatkan kembali kendali atas E.D.I.T.H. untuk membatalkan serangan drone. Beck meninggal karena
luka yang diderita akibat tembakan drone yang salah sasaran. Asisten Beck melarikan diri dengan data
acara. Parker kembali ke New York City dan memulai hubungan dengan MJ.

di adegan mid-credit, reporter J. Jonah Jameson dari TheDailyBugle.net menyiarkan cuplikan rekaman
dari insiden London, di mana Beck menuduh Spider-Man atas serangan drone dan kematiannya, dan
mengungkapkan identitas rahasia Spider-Man. Dalam adegan post-credit, Skrulls Talos dan Soren
terungkap telah menyamar sepanjang waktu sebagai Fury dan Hill, masing-masing, sebagaimana
diarahkan oleh Fury nyata, yang memimpin pesawat ruang angkasa Skrull.