Bioteknologi Pertanian

PA 423314

Materi kuliah
Perkembangan bioteknologi dan manfaatnya di bidang
pertanian
Sel prokariotik
Sel eukariotik
Protein
Enzim
Asam nukleat
Transkripsi dan translasi
Rekayasa genetika
Enzim yang digunakan untuk rekayasa genetika
Identifikasi dan isolasi DNA
DNA rekombinan
Metode transfer gen/DNA

 Bioteknologi (Biotechnology) is the use of living

systems and organisms to develop or make useful
products, or "any technological application that uses
biological systems, living organisms or derivatives, to
make or modify products or processes for specific use"
(UN Convention on Biological Diversity)
Tanaman hasil modifikasi genetik (Genetically Modified
atau Genetically Engineered) yang diberikan gen asing
disebut transgen.
Tanaman GM sangat mahal pengembangannya, oleh
sebab itu, industri ini berfokus pada tanaman bervolume
besar, seperti kedelai, jagung, kapas. Fakta: 50 % kacang
kedelai dan 20 % kapas merupakan GM.

 Di AS, 90 % kedelai, 75 % jagung dan 50 %

kapas merupakan GM. Tanaman GM yang
lain adalah kentang, labu, pepaya, bunga
matahari, dan kopi.
Tujuan utama rekayasa genetika tanaman
adalah toleransi terhadap herbisida pada
tanaman tradisional.
Penggunaan herbisida adalah strategi
untuk meningkatkan hasil dari lahan yang
tersedia.

 Petani tertarik pada cara membunuh gulma

yang mudah dan murah karena makin sedikit
gulma di tanah, makin banyak tanaman yang
bisa ditumbuhkan.
Tanaman toleran-herbisida telah direkayasa
terutama terhadap resistensi pada beberapa
herbisida berspektrum luas, seperti glifosat
(Roundup) dan glufosinat (Liberty). Vcontoh
lain adalah varietas kapas yang toleran
terhadap herbisida bromoxynil or
sulfonylurea.

 Monsanto's Roundup Ready soybean

varieties are the most widely grown type
of genetically engineered plant.
A transgenic plant is one that contains a
gene or genes which have been
introduced artificially into the plant's
genetic makeup using a set of several
biotechnology techniques collectively
known as recombinant DNA (rDNA)
technology.

Crops modified to have six general

kinds of traits:
Transgenic trait
Insect resistance
Herbicide tolerance
Virus resistance
Altered oil composition
Delayed fruit ripening
Male sterility and
restorer system (used
to facilitate plant
breeding)

Crops
Corn, Cotton, Potato,
Tomato
Corn, Soybean,
Cotton, Rice
Papaya, Squash,
Potato
Soybean
Tomato
Corn

 Teknologi utama yang digunakan

untuk membuat tanaman tahan
serangga adalah menggunakan
protein alami yang dihasilkan bakteri
yang disebut Bt, bakteri tanah yang
sporanya mengandung protein
kristali (Cry).
Protein ini pecah di dalam perut
serangga dan melepaskan toksin
yang merusak dinding usus

 Insektisida yang mengandung Bt, seperti

Dipel, Thuricide, VectoBac, telah ada sejak
bertahun-tahun dan dianggap aman bagi
mamalia, burung, dan kebanyakan
serangga non-target.
Pengkodean gen bakteri untuk protein Bt,
disebut gen Cy, telah diinsersikan ke
dalam DNA jagung, kapas, dan kentang
agar tanaman menghasilkan toksin
tersebut.

 Merekayasa resistensi terhadap virus

merupakan tujuan utama lainnya dalam
penelitian tanaman GM.
Virus merusak sejumlah besar makanan
kita setiap tahunnya.
Buah pepaya rentan terhadap sejumlah
hama dan penyakit. Varietas pepaya
transgenic UH Rainbow, resisten terhadap
virus ringspot pepaya dan tengah
diproduksi di Hawaii.

 Tanaman anggur pembawa gen yang

diturunkan dari ulat sutra (silkworm) yang
melindungi penyakit bakteri fatal, Pierces
disease. Penyakit ini memengaruhi anggur
dan sejumlah tanaman lain.
Ekspresi sebuah gen antibodi untuk
melawan virus kerut berbintik artichoke
pada tembakau transgenik berhasil
mengurangi infeksi pada tanaman
tembakau.

 Contoh ideal untuk tanaman GM yang

diperkaya nutrisi adalah golden rice.
Golden rice adalah nama umum untuk
varietas padi yang mengandung
prekursor vitamin A, yakni beta karoten.
Teknologi ini dikembangkan oleh Dr.
Ingo Potrykus dari Insitute Teknologi
Federal Swiss dan Dr. Peter Beyer dari
Universitas Freiburg di Jerman.

 Padi ini mengandung dua gen dafodil dan

satu gen bakteri yang bersama-sama
melaksanakan empat tahap yang
diperlukan untuk produksi beta karoten
dalam beras. Tanaman nampak normal
kecuali bulirnya yang berwarna kuning
keemasan.
Padi ini bermanfaat untuk mengurangi
defisiensi vitamin A (retinol) di negara
berkembang berpenduduk padat, yang
mengonsumsi beras senagai makanan
pokok.

 Tomat FlavrSavr yang merupakan

hasil rekayasa biologi adalah
tanaman pertama dengan kaya
nutrisi yang dibuat dengan teknologi
GM.
Tomat ini direkayasa agar matang
secara perlahan.

Bioteknologi Pertanian
PA
423314
Agroteknologi Faperta UNTIDAR

Sel Prokariotik
Sel dibagi menjadi dua kelas utama, berdasarkan
kepemilikan inti atau nukleus.
Sel prokariotik (bakteri) tidak memiliki
pembungkus inti; sel eukariotik memiliki nukleus di
mana bahan genetiknya terpisah dari sitoplasma.
Sel prokariotik umumnya berukuran lebih kecil dan
lebih sederhana daripada sel eukariotik; di samping
itu karena tidak memiliki nukleus, genom sel
prokariotik lebih sederhana dan tidak dilengkapi
dengan organel sitoplasma atau kerangka sel atau
sitoskeleton.

Perbedaan sel prokariotik dan sel

eukariotik
Prokariotik

Eukariotik

Tanpa nukleus
Diameter 1 m
Tanpa sitoskeleton
Tanpa organel
sitoplasma
Kandungan DNA 1 x
106 sampai 5 x 107
Berkromosom tunggal

Memiliki nukleus
Diameter 10-100 m
Memiliki sitoskeleton
Dilengkapi organel
sitoplasma
Jumlah DNA 1.5 x 107
sampai 5 x 109
Berkromosom ganda

 Di samping terdapat perbedaan, sel

prokariot dan sel eukariot memiliki
mekanisme dasar dalam mengatur
kehidupan. Hal ini menunjukkan
bahwa semua sel yang kita temukan
hingga saat ini berasal dari nenek
moyang yang sama.

 Sel permulaan
Kehidupan pertama diperkirakan dimulai
antara 3,8 miliar sampai 3,5 miliar tahun
silam, sekitar satu miliar tahun setelah bumi
terbentuk.
Bagaimana proses asal kehidupan
berlangsung bersifat spekulatif, mengingat
peristiwa ini tidak dapat disimulasikan dalam
laboratorium. Meskipun demikian, beberapa
percobaan memberikan bukti penting
terhadap proses dimaksud.

 Penelitian sekitar tahun 1920 menyebutkan

bahwa molekul organik sederhana dapat
terbentuk dan mengalami polimerisasi secara
spontan menjadi makromolekul dalam kondisi
seperti atmosfer bumi pada jaman purba.
Ketika kehidupan muncul pertama kali,
atmosfer bumi diperkirakan mengandung
sangat sedikit atau tanpa oksigen bebas,
melainkan hanya terdiri dai CO2 dan N2 di
samping gas H2, H2S, dan CO dalam
konsentrasi sangat rendah.

 Kondisi atmosfer seperti ini dengan bantuan

sinar matahari atau aliran tegangan listrik
mampu menghasilkan molekul organik secara
langsung.
Pembentukan molekul organik spontan ini
pertama kali ditunjukkkan oleh Stanley Miller
pada tahun 1950.
Disebutkan bahwa tegangan listrik yang
dialirkan ke dalam campuran H2, CH4, dan NH3,
dengan keberadaan air, menghasilkan berbagai
molekul organik, termasuk asam amino.

 Prokariot
Meliputi semua jenis bakteri.
Dibagi menjadi dua kelompok yaitu
archaebacteria dan eubacteria.
Beberapa jenis archaebacteria mampu
bertahan hidup pada lingkungan
ekstrim, yang jarang ditemukan seperti
saat ini tetapi dijumpai pada era purba
di bumi. Seperti, thermoacidophiles
yang mampu hidup di lingkungan
berkandungan sulfur tinggi dan suhu

 Sebagian besar sel bakteri berbentuk

spherical, rod, atau spiral, berdiameter 1
hingga 10 m. Kandungan DNA berkisar
0,6 juta sampai 5 juta pasangan basa,
jumlah yang cukup untuk mengkode
sekitar 5000 protein yang berbeda.
Prokariotik terbesar dan terkompleks
adalah cyanobacteria, yaitu bakteri yang
melibatkan evolusi fotosintesa.

 Struktur sel prokariotik spesifik

diilustrasikan oleh Escherichia coli (E.
coli), bakteri yang ditemukan dalam
saluran usus manusia.
E. coli berbentuk rod, berdiameter 1 m
dan panjang 2 m. Seperti kebanyakan sel
prokariotik, E. coli dikelilingi oleh dinding
sel yang kaku yang tersusun oleh
polisakarida dan peptida. Dalam dinding
sel dijumpai plasma membran, berupa
fosfolipida dua lapis dan berhubungan

 Sementara itu dinding sel berlobang dan

mudah dilalui oleh berbagai jenis
molekul, plasma membran atau
membran plasma berfungsi memisahkan
bagian dalam sel dengan lingkungannya.
DNA E. coli berupa molekul lingkaran
tunggal di dalam nucleoid dan tidak
dilindungi oleh membran yang
memisahkannya dari sitoplasma.

 Sitoplasma mengandung sekitar

30.000 ribosome (tempat mensintesa
protein), yang membentuk
kenampakan seperti butiran.

Sel Eukariotik
PS Agroteknologi Faperta
Untidar

 Seperti sel prokariotik, semua sel

eukariotik dilindungi oleh plasma
membran dan mengandung ribosom.
Namun, sel eukariotik jauh lebih
kompleks dan memiliki nukleus atau
inti, berbagai jenis organel
sitoplasma, dan sitoskeleton.
Organel terbesar dan paling nyata
adalah nukleus, dengan diameter
sekitar 5 m.

 Nukleus mengandung informasi genetik sel,

yang terorganisasi linier. Nukleus merupakan
tempat replikasi DNA dan sintesa RNA;
translasi RNA menjadi protein berlangsung di
ribosom yang terletak dalam sitoplasma.
Di samping nukleus, sel eukariotik dilengkapi
dengan berbagai jenis organel yang dilindungi
oleh membran di dalam sitoplasmanya.
Organel ini memiliki ruang di mana aktivitas
metabolik yang berlainan dilokalisasi atau
dibatasi.

 Sel eukariotik biasanya berukuran lebih besar

dari sel prokariotik, dan memiliki volume sel
minimal beberapa ribu kali dari sel prokariotik.
Pemisahan ruang yang dilakukan oleh organel
sitoplasma memungkinkan sel eukariotik
berfungsi dengan efisien.
Dua diantara organel ini adalah mitokondria
(mitochondria) dan kloroplas (chloroplast),
yang berperan penting dalam metabolisme
energi.

 Mitokondria, yang ditemukan hampir

pada semua sel eukariotik, adalah
tempat metabolisme oksidatif dan
bertanggungjawab untuk
menghasilkan sebagian besar ATP
yang berasal dari pemecahan
molekul organik.
Kloroplas merupakan tempat
fotosintesa dan hanya ditemukan
pada sel tanaman dan ganggang

 Lisosom (lysosomes) dan periksosom

(perixosomes) juga menyediakan ruang
metabolisme khusus yang berturut-turut
berfungsi untuk mencerna makromolekul dan
tempat berlangsungnya bermacam-macam
reaksi oksidatif.
Selain itu, sebagian besar sel tanaman
memiliki vakuola (vacuoles) yang memiliki
berbagai fungsi, termasuk mencerna
makromolekul dan menyimpan produk sisa
dan nutrisi.

 Mengingat ukuran dan kompleksitas sel

eukariotik, pengangkutan protein ke tempat
yang seharusnya dalam sel merupakan tugas
yang komplek.
Dua organel sitoplasma, yaitu endoplasmik
retikulum (endoplasmic reticulum) dan
aparatus Golgi (Golgi apparatus), secara
khusus berfungsi untuk memisahkan dan
mengangkut protein untuk dibuang, disatukan
ke dalam plasma membran, dan lisosom.

 Retikulum endoplasma merupakan jaringan

luas dari membran dalam sel, memanjang dari
membran inti hingga ke seluruh sitoplasma.
Organel ini tidak hanya berfungsi dalam proses
dan mengangkut protein, melainkan juga
dalam sintesa lemak.
Dari retikulum endoplasma, protein diangkut
dalam membran kecil ke aparatus Golgi, di
mana mereka diproses lebih lanjut dan
dipisahkan untuk diangkut ke tujuan akhir
mereka.

 Di samping berperan dalam mengangkut

protein, aparatus Golgi berperan sebagai
tempat sintesa lemak dan dalam sel
tanaman sebagai tempat sintesa
beberapa polisakarida yang menyusun
sel.
Sel eukariotik mempunyai tingkat internal
organisasi yang lain: sitoskeleton, sebuah
jaringan filamen protein yang
membentang ke seluruh sitoplasma.

 Sitoskeleton memberi kerangka struktur

sel, menentukan bentuk sel dan
organisasi umum sitoplasma.
Selain itu, sitoskeleton bertanggung jawab
terhadap pergerakan seluruh sel (seperti,
kontraksi sel-sel otot) dan transport dalam
sel dan penempatan organel dan struktur
yang lain, termasuk pergerakan
kromosom selama pembelahan sel.

 Eukariotik berkembang sekitar 2

miliar tahun yang lalu, merupakan
kelanjutan evolusi sel prokariotik
yang berlangsung 1,5 miliar tahun
sebelumnya.
Penelitian tentang susunan DNA
menunjukkan bahwa archaebacteria
dan eubacteria berbeda satu sama
lain seperti juga sel eukariot yang
ada saat ini.

Protein
Bioteknologi Pertanian

 Almost everything that occurs in the cell

involves one or more proteins.
Proteins provide structure, catalyze cellular
reactions, and carry out a myriad of other tasks.
Their central place in the cell is reflected in the
fact that genetic information is ultimately
expressed as protein.
For each protein there is a segment of DNA that
encodes information specifying its sequence of
amino acids.

 There are thousands of different

kinds of proteins in a typical cell,
each encoded by a gene and each
performing a specific function.
Proteins have many different
biological functions:
Enzymes, the most varied and most
highly specified proteins are those
with catalytic activity-the enzymes.

 Virtually all the chemical reactions of

organic biomolecules in cells are
catalyzed by enzymes. Many
thousands of different enzymes, each
capable of catalyzing a different kind
of chemical reaction, have been
discovered in different organism.
Example, the light produced by by
fireflies is the result of a lightproducing reaction involving luciferin

 Transport protein: Transport protein

in blood plasma bind and carry
specific molecules or ions from one
organ to another. Hemoglobin of
erythrocytes binds oxygen as the
blood passes through the lungs,
carries it to the peripheral tissues,
and there releases it to participate in
the energy-yielding oxidation of
nutrients.

 The blood plasma contains

lipoproteins, which carry lipids from
the liver to other organs.
Other kinds of transport proteins are
present in the plasma membranes
and intracellular membranes of all
organisms; these are adapted to bind
glucose, amino acids, or other
substances and transport them
across the membranes.

 Nutrient and storage proteins: The

seed of many plants store nutrient
proteins required for the growth of
the germinating seedlings.
Particularly well-studied examples
are the seed proteins of wheat, corn,
and rice. Ovalbumin, the major
protein of egg white, and casein, the
major protein of milk, are other
examples of nutrient protein.

Contractile or motile protein: Some protein

endow/assist cells and organisms with the ability to
contract, to change shape, or to move about. Actin
and myosin function in the contractile system of
skeletal muscle and also in many nonmuscle cells.
Structural protein: Many proteins serve as
supporting filamens, cables, or sheets, to give
biological structure strength and protection. The
major component of silk fibers and spider webs is
fibroin. The wing hinges of some insects are made
from resilin, which has nearly perfect elastic
properties.

 Defense proteins: Many proteins defend

organism against invasion by other species or
protect them from injury. Snake venoms,
bacterial toxins, and toxic plant proteins, such
as ricin, also appear to have defensive
functions.
Regulatory proteins: Some proteins help
regulate cellular or physiological activity. Among
them are many hormones. Examples include
insulin, which regulates sugar metabolism, and
the growth hormone of pituitary.

 The cellular response to many

hormonal signals is often mediated
by a class of GTP-binding proteins
called G proteins (GTP is closely
related to ATP, with guanine
replacing the adenine portion of the
molecule). Other regulatory proteins
bind to DNA and regulate the
biosynthesis of enzymes and RNA
molecules involved in cell division in

 Other proteins: There are numerous

other proteins whose functions are
rather exotic and not easily
classified. Monellin, a protein of an
African plant, has intensely sweet
taste. It is being studied as a
nonfattening, nontoxic food
sweetener for human use. The blood
plasma of some Antarctic fish
contains antifreeze proteins, which

Proteins are very large molecules: Most naturally

occuring polypeptides contain less than 2000
amino acid residues. Some proteins consist of a
single polypeptides chain, but others, called
multisubunit proteins, have two or more.
The individual polypeptide chains in a multisubunit
protein may be identical or different. If at least
some are identical, the protein is sometimes called
an olygomeric protein and the subunits themselves
are referred to as protomers. The enzyme
ribonuclease has one polypeptide chain.

 One can calculate the approximate number

of amino acid residues in a simple protein
containing no other chemical group by
dividing its molecular weight. Although the
average molecular weight of the 20 standard
amino acids is about 138, the smaller amino
acids predominate in most proteins; when
weighted for the proportions in which the
various amino acids occur in proteins, the
average molecular weight is nearer to 128.

 Some proteins contain chemical groups other

than amino acids . Many proteins, such as the
enzymes ribonuclease and chymotrypsinogen,
contain only amino acids and no other
chemical groups; these are considered simple
proteins.
However, some proteins contain chemical
components in addition to amino acids; these
are called conjugated proteins. The non-amino
acid part of a conjugated protein is usually
called its protetic group.

 Conjugated proteins are classified on

the basis of the chemical nature of
their prostetic groups; for example,
lipoproteins contain lipids,
glycoproteins contain sugar groups,
and metalloproteins contain a
specific metal.

Conjugated proteins
Class

Prosthetic group

Example

Lipoprotein

Lipids

1-Lipoprotein of
blood

Glycoproteins

Carbohydrates

Immunoglobulin G

Phosphoproteins

Phosphate group

Casein of milk

Hemoproteins

Heme (iron porphyrin) Hemoglobin

Flavoproteins

Flavin nucleotides

Succinate
dehydrogenase

Metalloproteins

Iron

Ferritin

Zinc

Alcohol
dehydrogenase

Calcium

Calmodulin

Molybdenum

Dinitrogenase

Copper

Plastocyanin

BIOTEKNOLOGI PERTANIAN

MATERI GENETIK
Struktur DNA, RNA dan
Polipeptida

DNA
DNA ---> deoxyribonucleic acid.
DNA ---> Bahasa Indonesia ---> asam
deoksiribonukleat (ADN).
DNA ---> Polimer nukleotida dengan rantai utama
gula fosfat deoksiribosa (Gambar 3.1.) dengan
ikatan fosfodiester.
Monomer nukleotida terdiri dari gugus fosfat, gula
deoxyribosa dan basa nitrogen (Gambar 3.2).
Basa nitrogen dapat berupa pirimidin (timin atau
sitosin) atau purin (adenin atau guanin) (Gambar
3.3).

DNA
Di dalam sel, molekul DNA terdiri dari dua untai
yang berpasangan secara komplementer akibat
ikatan hidrogen antara timin (T) dengan adenin
(A) dan sitosin (C) dengan guanin (G).
Akibat ikatan-ikatan hidrogen, kedua benang
DNA menjadi terpilin ---> double helix.
Untuk mempermudah menjelaskan mekanisme
reaksi yang melibatkan DNA, molekul DNA untai
ganda sering disederhanakan dengan hanya
berupa dua garis dan jika perlu ditambah
dengan menuliskan basa nitrogennya seperti
pada Gambar 3.4

RNA
RNA ---> ribonucleic acid.
RNA ---> Bahasa Indonesia ---> asam
ribonukleat (ARN)
RNA ---> suatu polimer nukleotida
dengan rantai utama gula fosfat
ribosa dengan ikatan fosfodiester.
Monomer nukleotida RNA dapat
dilihat pada Gambar 3.5.

RNA
Tiga basa nitrogen RNA sama dengan
basa nitrogen DNA (Adenin, Guanin,
Sitosin).
RNA tidak memiliki basa Timin, tetapi
memiliki basa Urasil (Gambar 3.6).
Basa Urasil merupakan komplemen
dari basa Adenin.
Terdapat 3 jenis RNA:
Transfer RNA (tRNA)

POLIPEPTIDA
Polipeptida ---> Terdiri atas banyak peptida
Peptida ---> Terbentuk atas dua atau lebih asam
amino yang saling terhubung dengan ikatan
peptida
Monomer peptida : asam amino
Asam amino terdiri atas:
Sebuah atom karbon yang berikatan dengan sebuah
atom hydrogen,
Sebuah gugus amino (-NH2)
Sebuah gugus asam karboksilat (-COOH)
Sebuah rantai samping.

Asam Amino
Asam amino esensial bagi sel di alam ada
20 jenis
Asam amino esensial, kecuali Sistein dan
Metionin yang mengandung atom sulfur,
hanya tersusun dari atom karbon, hidrogen,
nitrogen dan oksigen.

Asam Amino
Ikatan kovalen antara atom karbon dari gugus
karboksil dari sebuah asam amino dengan atom
nitrogen dari gugus amino dari asam amino
yang lain akan membentuk ikatan peptida.
Reaksi ini dapat berlanjut hingga membentuk
polipeptida (Gambar 3.8.).
Sebuah protein terdiri dari satu atau gabungan
dua atau lebih polipeptida yang memiliki sifat
khusus.
Ada dua jenis protein yang ada dalam sel, yaitu
protein katalisa (catalytic protein) (enzim) dan
protein struktural (structural protein).

Asam Amino

Masing-masing protein memiliki struktur

yang khas.
Rantai linier asam amino disebut struktur
primer polipeptida (primary structure).
Adanya ikatan hydrogen, ikatan kovalen
antara atom-atom yang ada di gugus
samping dari asam amino membentuk
struktur sekunder (secondary structure),
struktur tersier (tertiary structure) dan bila
protein tersusun dari dua atau lebih
polipeptida maka struktur kuarterner
(quaternary structure) akan terbentuk.

HUBUNGAN ANTARA DNA, RNA DAN

POLIPEPTIDA (PROTEIN)
Secara sederhana hubungan antara
DNA, RNA dan protein dapat
digambarkan sebagai berikut:
1. Berdasarkan cetakan infomasi genetik
yang ada di DNA, enzim RNA polymerase
mensintesis RNA;
2. Selanjutnya informasi yang ada di RNA
diterjemahkan menjadi asam amino-asam
amino penyusun polipeptida (protein)
(Gambar 3.10).

Vektor, enzim restriksi, dan kloning

gen dalam teknologi rekombinan.
Teknik yang digunakan dalam bioteknologi
disebut
dengan
Teknologi
DNA
rekombinan.
Teknologi
DNA
rekombinan
merupakan
teknologi untuk memasukkan fragmen DNA
asing ke dalam suatu jasad hidup (sel
mikroba, sel tumbuhan dan hewan)

Komponen penting dalam

Teknologi DNA Rekombinan
1. Sumber DNA: berasal dari jasad donor (DNA
hasil ekstraksi), DNA hasil sintesis (di
antaranya dengan tehnik PCR), dan atau
cDNA (yang berasal dari mRNA yang diisolasi
dari jaringan organ tertentu).
2. Enzim : restriksi endonuklease dan ligase.
3. Vektor : plasmid, virus, bakteriofag.
4. Teknik
menyisipkan
hibrid
DNA
(transformasi)
serta
teknik
seleksi
keberadaan hibrid di dalam sel inang.

Sumber DNA
Sintesis DNA dapat terjadi secara alami di
dalam tubuh makhluk hidup atau dilakukan
secara sintetis (molekul DNA buatan).
Di dalam tubuh makhluk hidup, molekul DNA
disintesis melalui proses replikasi DNA.

DNA juga bisa dibuat dengan menggunakan

teknikpolymerase chain reaction(PCR).
Dengan teknik ini DNA disintesis secara
enzimatik menggunakan mesin
thermocycler yang dapat mengubah suhu
reaksi pemanasan (heating) dan
pendinginan (cooling) secara cepat untuk
memungkinkan terjadinya denaturasi dan
renaturasi DNA untuk terjadinya proses
replikasi DNA.

 DNA juga bisa dibuat dengan menggunakan RNA

sebagai template.
Reaksi enzimatik dengan template RNA dan
penggunaan teknik PCR menghasilkan DNA yaitu
complementary DNA (cDNA).

 Enzim Restriksi Endonuklease Tipe II:

Memotong DNA pada sekuen basa spesifik.
ENZIM
Enzim DNA ligase:
Menyambung dua molekul DNA atau
fragmen DNA.

 Enzim DNA polymerase I:

Mengisi celah utas tunggal DNA
dupleks dengan nukleotida pada
ujung 3 [Menghilangkan primer RNA]
Enzim reverse transcriptase:
Mensintesis DNA dari molekul RNA

 Enzim polinukleotida kinase:

Menambahkan fosfat pada ujung 5'OH polinukleotida, untuk pelabelan
atau memungkinkan penyambungan
(ligasi) DNA.
Enzim terminal transferase:
Menambahkan ekor homopolimer ke
ujung 3'-OH suatu dupleks linier.

 Enzim Alkaline phosphatase:

Menghilangkan fosfat terminal dari
ujung 5, ujung 3, atau keduanya.
Enzim Eksonuklease III:
Menghilangkan residu nukleotida dari
ujung 3 suatu utas DNA.
Enzim Bacteriophage {lamda}
exonuclease:
Menghilangkan nukleotida dari ujung
5 dupleks untuk mengekspose 3'

Enzim Restriksi (ER)

ER
Enzim
pemotong
DNAyang
ditemukan dalam bakteria (dan diisolasi
dari bakteria untuk digunakan lebih
lanjut). Karena ER memotong DNA pada
bagian tengah molekul DNA, ER
seringkali
disebut
restriksi
endonuklease.

 Enzim Restriksi mengenali sekuen

spesifik pada DNA dan memotong DNA
menjadi fragmen-fragmen lebih
pendek, yang disebut fragmen
restriksi.
Enzim Restriksi berperan sangat
penting dalam konstruksi molekul DNA
rekombinan, seperti yang dilakukan
pada percobaan kloning gen.
Aplikasi lain enzim restriksi adalah
untuk pemetaan lokasi daerah restriksi

Berbagai Restriksi Endonuklease dan

Spesifitasnya
Mikrobe
Enzim
Sisi pemotongan
Bacillus amylotiquefaciens H

BamHI

G GATCC
CCTAG G

BalI

TGG CCA
ACC GGT

Escherichia coli RY13

EcoRI

G AATTC
CTTAA G

Haemophillus algyptus

HalII

Pu GCGC Py
Py CGCG Pu

Haemophillus aegyptius

Hae III

GG CC
CC GG

Haemophillus influenzae

HindII

GTPy PuAC
CAPu PyTG

Haemophillus paraingfluenza

HpaII

Brevibacterium albidium

CC GG
GG CC

VEKTOR
Vektor adalah replikon yang akan melakukan replikasi
DNA di dalam sel atau membawa gen asing ke dalam
resipien, atau molekul DNA yang berfungsi sebagai
wahana atau kendaraan yang akan membawa suatu
fragmen DNA masuk ke dalam sel inang dan
memungkinkan terjadinya replikasi dan ekspresi
fragmen DNA asing tersebut.
Vektor yang dapat digunakan pada sel inang prokariot
khususnya E. coli adalah plasmid, bakteriofag, kosmid,
dan fasmid.
Vektor YACs dan YEps dapat digunakan pada khamir.
Vektor yang dapat digunakan pada sel inang
eukariot : Plasmid Ti, baculovirus, SV40

Syarat-syarat Vektor:
1. Mampu melakukan replikasi secara mandiri
di dalam sel inang (plasmid, bakteriofag
seperti fag lamda E-coli dan virus).
2. Memiliki cara tertentu untuk masuknya
vektor DNA ke dalam sel.
3. Dapat diketahui dengan mudah.
4. Berada di dalam sel.
5. Aman untuk digunakan.

PLASMID
Merupakan molekul DNA sirkuler untai ganda di luar
kromosom yang dapat melakukan replikasi sendiri.
Plasmid tersebar luas di antara organisme prokariot
dengan
ukuran yang bervariasi dari sekitar 1 kb hingga lebih.
Salah satu contoh plasmid buatan yang banyak
digunakan dalam kloning gen adalah pBR322. Urutan
basa lengkapnya telah ditentukan sehingga baik
tempat marker maupun pengenalan restriksinya juga
telah diketahui.

Sebagai vektor kloning, plasmid harus memenuhi

syarat :
1. Mempunyai ukuran relatif kecil dibandingkan
dengan pori dinding sel inang sehingga dapat
dengan mudah melintasinya,
2. Mempunyai sekurang-kurangnya dua gen
marker yang dapat menandai masuk tidaknya
plasmid ke dalam sel inang,
3. Mempunyai tempat pengenalan restriksi
sekurang-kurangnya di dalam salah satu marker
yang dapat digunakan sebagai tempat
penyisipan fragmen DNA, dan
4. Mempunyai titik awal replikasi (ori) sehingga
dapat melakukan replikasi di dalam sel.

Replikasi Plasmid

Kloning Gen

Plasmid Ti Agrobacterium
tumefaciens
Suatu bakteri, yaitu Agrobacterium tumefaciens,
yang membawa plasmid berukuran 200 kb dan
disebut plasmid Ti (tumor inducing atau penyebab
tumor).
Ketika infeksi berlangsung bagian tertentu plasmid
Ti, yang disebut T-DNA, akan terintegrasi ke dalam
DNA kromosom tanaman, mengakibatkan terjadinya
pertumbuhan sel-sel tanaman yang tidak terkendali,
sehingga terbentuk tumor atau crown gall.
Plasmid Ti rekombinan dengan suatu gen target yang
disisipkan pada daerah T-DNA dapat
mengintegrasikan gen tersebut ke dalam DNA
tanaman. Gen target ini selanjutnya akan

Bakteriofag
Adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri.
Dengan daur hidupnya yang bersifat litik atau lisogenik
bakteriofag dapat digunakan sebagai vektor kloning
pada sel inang bakteri
Bakteriofag merupakan virus kompleks yang
menginfeksi bakteri E. coli.
DNA yang diisolasi dari partikel fag ini mempunyai
konformasi linier untai ganda dengan panjang 48,5 kb.
Masing-masing ujung fosfatnya berupa untai tunggal
sepanjang 12 pb yang komplementer satu sama lain
sehingga memungkinkan DNA untuk berubah
konformasinya menjadi sirkuler.
Dalam bentuk sirkuler, tempat bergabungnya kedua
untai tunggal sepanjang 12 pb tersebut dinamakan kos.

Transfer gen pada bakteri

Transformasi
Proses perpindahan genetik dimana sel resipien
membutuhkan molekul DNA bebas (DNA yg
berada di luar sel dan sudah dimurnikan).
Transformasi dapat terjadi secara alami atau di
laboratorium.
Pada prinsipnya transfer sel bakteri akan terjadi
apabila sel resipien mampu menerima DNA asing
dari sel donor. Keadaan ini disebut kompeten

TRANSFER GEN KE TANAMAN

BIOTEKNOLOGI
PERTANIAN

KROMOSOM

Suatu struktur dalam nukleus yg

mengandung benang linear DNA yg
mengantarkan informasi genetik

DNA (deoxyribonucleic acid)

STRUKTUR DNA
Berupa rantai beruntai ganda (double stranded) yang tersusun
secara anti paralel dan terpilin membentuk struktur helix
Rantai yang membawa kode biologis disebut untai pengkode
(coding strand) dan rantai komplemennya disebut noncoding strand
Unit dasar DNA berupa nukleotida
Setiap nukleotida disebut monomer: tersusun atas gula
deoksiribosa, nitrogen basa purine (adenin dan guanin), nitrogen
basa pyrimidine (thymine dan cytocine) dan gugus phosphate
Nukleotida berikatan dg nukleotida lain melalui ikatan
phosphodiester
Nukleotida berikatan dengan nukleotida konplemennya melalui
basa nitrogennya yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen

Susunan gula, basa nitrogen dan phosphate pada DNA

S
P
nukleotida

S
A

S
C

S
A

S
P

S
P

S
P

GEN
Gen: segmen tertentu dari DNA yang
memiliki informasi biologis serta mengkode
RNA dan/atau molekul polipeptida
Gen terdapat pada coding strand DNA

Aktivitas Gen
Seluruh gen yang terdapat pada
suatu spesies dan menentukan
karakteristik spesies tersebut secara
kolektif disebut genome
Aktivitas gen diwujudkan dalam
bentuk: transkripsi DNA menjadi
mRNA, translasi mRNA menjadi
polipeptida/protein,
protein
menjalankan fungsinya
Rangkaian proses perubahan dari

Trankripsi gen
Proses transkripsi gen serupa dengan proses
replikasi DNA tetapi terbatas hanya pada gen yang
sedang aktif
Rangkaian proses transkripsi meliputi:
Inisiasi transkripsi:

pengenalan promotor oleh RNA polimerase

Pembentukan ikatan RNA polimerase dengan promotor

Sintesis RNA
Terminasi transkripsi

Hasil transkripsi berupa RNA umumnya mRNA

RNA tersusun atas gula ribosa, nitrogen basa purine (adenin

dan guanin), nitrogen basa pyrimidine (uracil dan cytocine)
dan gugus phosphate
Rangkaian basa pada mRNA dibaca sebagai triplet kodon
mRNA yang telah terbentuk dikeluarkan dari inti menuju
sitosol

Translasi (sintesis protein)

Komponen yang diperlukan untuk berlangsungnya
proses translasi meliputi: ATP, mRNA, tRNA,
ribosom, asam amino, enzim aminoacyl-tRNA
sintetase
Rangkaian proses transkripsi meliputi:
Inisiasi translasi

Pengataktifan tRNA amino asilasi

Penempelan tRNA aktif kepada ribosom
Pengenalan kodon start kodon AUG
Pembentukan kompleks-inisiasi

Perpanjangan rantai polipeptida

Terminasi translasi pada saat sisi peptidil ribosom
mencapai stop kodon (UAA, UAG; UGA)

tRNA

BIOTEKNOLOGI PERTANIAN
Pemanfaatan organisme hidup untuk menghasilkan
produk dan jasa yang bermanfaat bagi manusia

DNA REKOMBINAN
DNA yang berubah sebagai akibat insersi suatu
rangkaian deoksinukleotida yang sebelumnya tidak
terdapat, ke dalam molekul DNA yang ada melalui
sarana enzimatik atau kimia

Vektor, enzim restriksi, dan kloning

gen dalam teknologi rekombinan.
Teknik yang digunakan dalam bioteknologi
disebut
dengan
Teknologi
DNA
rekombinan.
Teknologi
DNA
rekombinan
merupakan
teknologi untuk memasukkan fragmen DNA
asing ke dalam suatu jasad hidup (sel
mikroba, sel tumbuhan dan hewan)

Komponen penting dalam

Teknologi DNA Rekombinan
1. Sumber DNA: berasal dari jasad donor (DNA
hasil ekstraksi), DNA hasil sintesis (di
antaranya dengan tehnik PCR), dan atau
cDNA (yang berasal dari mRNA yang diisolasi
dari jaringan organ tertentu).
2. Enzim : restriksi endonuklease dan ligase.
3. Vektor : plasmid, virus, bakteriofag.
4. Teknik
menyisipkan
hibrid
DNA
(transformasi)
serta
teknik
seleksi
keberadaan hibrid di dalam sel inang.

 Plasmid : molekul DNA yang kecil,

sirkuler, dan di luar kromosom yg
melakukan replikasi tanpa
bergantung DNA hospes
Kosmid : sebuah plasmid yg di
dalamnya telah disisipkan rangkaian
DNA dari bakterifaga yang diperlukan
untuk pengemasan DNA
Bakteriofaga : virus yg menginfeksi
bakter

Sumber DNA
Sintesis DNA dapat terjadi secara alami di
dalam tubuh makhluk hidup atau dilakukan
secara sintetis (molekul DNA buatan).
Di dalam tubuh makhluk hidup, molekul DNA
disintesis melalui proses replikasi DNA.

DNA juga bisa dibuat dengan menggunakan

teknikpolymerase chain reaction(PCR).
Dengan teknik ini DNA disintesis secara
enzimatik menggunakan mesin
thermocycler yang dapat mengubah suhu
reaksi pemanasan (heating) dan
pendinginan (cooling) secara cepat untuk
memungkinkan terjadinya denaturasi dan
renaturasi DNA untuk terjadinya proses
replikasi DNA.

 DNA juga bisa dibuat dengan menggunakan RNA

sebagai template.
Reaksi enzimatik dengan template RNA dan
penggunaan teknik PCR menghasilkan DNA yaitu
complementary DNA (cDNA).
cDNA : molekul DNA untai-tunggal yang
melengkapi (komplementer) molekul mRNA dan
disintesis dari molekul ini melalui kerja enzim
reverse transkriptase.

 Enzim Restriksi Endonuklease Tipe II:

Memotong DNA pada sekuen basa spesifik.
ENZIM
Enzim DNA ligase:
Menyambung dua molekul DNA atau
fragmen DNA.

 Enzim DNA polymerase I:

Mengisi celah utas tunggal DNA
dupleks dengan nukleotida pada
ujung 3 [Menghilangkan primer RNA]
Enzim reverse transcriptase:
Mensintesis DNA dari molekul RNA

 Enzim polinukleotida kinase:

Menambahkan fosfat pada ujung 5'OH polinukleotida, untuk pelabelan
atau memungkinkan penyambungan
(ligasi) DNA.
Enzim terminal transferase:
Menambahkan ekor homopolimer ke
ujung 3'-OH suatu dupleks linier.

 Enzim Alkaline phosphatase:

Menghilangkan fosfat terminal dari
ujung 5, ujung 3, atau keduanya.
Enzim Eksonuklease III:
Menghilangkan residu nukleotida dari
ujung 3 suatu utas DNA.
Enzim Bacteriophage {lamda}
exonuclease:
Menghilangkan nukleotida dari ujung
5 dupleks untuk mengekspose 3'

zim Restriksi (ER)

ER
Enzim pemotong DNAyang ditemukan
dalam bakteria (dan diisolasi dari bakteria
untuk digunakan lebih lanjut). Karena ER
memotong DNA pada bagian spesifik yang
ditentukan oleh rangkaian basa, ER seringkali
disebut restriksi endonuklease.

Enzim retriksi diberi nama menurut bakteri yang

merupakan asal enzim diisolasikan
EcoRI Eschericihia coli
BamHI Bacillus amyloliquefaciens

 Enzim Restriksi mengenali sekuen

spesifik pada DNA dan memotong DNA
menjadi fragmen-fragmen lebih
pendek, yang disebut fragmen
restriksi.
Enzim Restriksi berperan sangat
penting dalam konstruksi molekul DNA
rekombinan, seperti yang dilakukan
pada percobaan kloning gen.
Aplikasi lain enzim restriksi adalah

Restriction Enzyme

Sticky-ended DNA : untai tunggal komplementer DNA yg menonjol dari

ujung yg berlawanan pada sebuah DNA dupleks atau dari ujung molekul
dupleks yg berbeda

BERBAGAI RESTRIKSI ENDONUKLEASE DAN

SPESIFITASNYA
Mikrobe
Enzim
Sisi pemotongan
Bacillus amylotiquefaciens H

BamHI

G GATCC
CCTAG G

BalI

TGG CCA
ACC GGT

Escherichia coli RY13

EcoRI

G AATTC
CTTAA G

Haemophillus algyptus

HalII

Pu GCGC Py
Py CGCG Pu

Haemophillus aegyptius

Hae III

GG CC
CC GG

Haemophillus influenzae

HindII

GTPy PuAC
CAPu PyTG

Haemophillus paraingfluenza

HpaII

Brevibacterium albidium

CC GG
GG CC

VEKTOR
Vektor adalah replikon yang akan melakukan replikasi DNA
di dalam sel atau membawa gen asing ke dalam resipien,
atau molekul DNA yang berfungsi sebagai wahana atau
kendaraan yang akan membawa suatu fragmen DNA
masuk ke dalam sel inang dan memungkinkan terjadinya
replikasi dan ekspresi fragmen DNA asing tersebut .
Vektor yang dapat digunakan pada sel inang prokariot
khususnya E. coli adalah plasmid, bakteriofag, kosmid
Vektor YACs dan YEps dapat digunakan pada khamir.
Vektor yang dapat digunakan pada sel inang eukariot :
Plasmid Ti, baculovirus, SV40

SYARAT-SYARAT VEKTOR:
1. Mampu melakukan replikasi secara mandiri
di dalam sel inang (plasmid, bakteriofag
seperti fag lamda E-coli dan virus).
2. Memiliki cara tertentu untuk masuknya
vektor DNA ke dalam sel.
3. Dapat diketahui dengan mudah.
4. Berada di dalam sel.
5. Aman untuk digunakan.

PLASMID
Merupakan molekul DNA sirkuler untai ganda di luar
kromosom yang dapat melakukan replikasi sendiri.
Plasmid tersebar luas di antara organisme prokariot
dengan ukuran yang bervariasi dari sekitar 1 kb
hingga lebih.
Salah satu contoh plasmid buatan yang banyak
digunakan dalam kloning gen adalah pBR322. Urutan
basa lengkapnya telah ditentukan sehingga baik
tempat marker maupun pengenalan restriksinya juga
telah diketahui.

Sebagai vektor kloning, plasmid harus memenuhi

syarat :
1. Mempunyai ukuran relatif kecil dibandingkan
dengan pori dinding sel inang sehingga dapat
dengan mudah melintasinya,
2. Mempunyai sekurang-kurangnya dua gen marker
yang dapat menandai masuk tidaknya plasmid ke
dalam sel inang,
3. Mempunyai tempat pengenalan restriksi
sekurang-kurangnya di dalam salah satu marker
yang dapat digunakan sebagai tempat penyisipan
fragmen DNA, dan
4. Mempunyai titik awal replikasi (ori) sehingga
dapat melakukan replikasi di dalam sel.

Replikasi Plasmid

Kloning Gen

Plasmid Ti Agrobacterium tumefaciens

Suatu bakteri, yaitu Agrobacterium tumefaciens, yang
membawa plasmid berukuran 200 kb dan disebut
plasmid Ti (tumor inducing atau penyebab tumor).
Ketika infeksi berlangsung bagian tertentu plasmid Ti,
yang disebut T-DNA, akan terintegrasi ke dalam DNA
kromosom tanaman, mengakibatkan terjadinya
pertumbuhan sel-sel tanaman yang tidak terkendali,
sehingga terbentuk tumor atau crown gall.
Plasmid Ti rekombinan dengan suatu gen target yang
disisipkan pada daerah T-DNA dapat mengintegrasikan
gen tersebut ke dalam DNA tanaman. Gen target ini
selanjutnya akan dieskpresikan menggunakan sistem
DNA tanaman.

BAKTERIOFAG
Adalah virus yang sel inangnya berupa bakteri.
Bakteriofag merupakan virus kompleks yang
menginfeksi bakteri E. coli.
DNA yang diisolasi dari partikel fag ini mempunyai
konformasi linier untai ganda dengan panjang 48,5 kb.
Masing-masing ujung fosfatnya berupa untai tunggal
sepanjang 12 pb yang komplementer satu sama lain
sehingga memungkinkan DNA untuk berubah
konformasinya menjadi sirkuler.
Dalam bentuk sirkuler, tempat bergabungnya kedua
untai tunggal sepanjang 12 pb tersebut dinamakan kos.

Transfer gen pada bakteri

Transformasi
Proses perpindahan genetik dimana sel resipien
membutuhkan molekul DNA bebas (DNA yg
berada di luar sel).
Transformasi dapat terjadi secara alami atau di
laboratorium.
Pada prinsipnya transfer sel bakteri akan terjadi
apabila sel resipien mampu menerima DNA asing
dari sel donor. Keadaan ini disebut kompeten

TRANSFER GEN KE TANAMAN

DNA, RNA, and Protein

Synthesis

All living things are made of Water (an inorganic compound)

Other inorganic ions
Organic Compounds: {contain
carbon and hydrogen}

Carbohydrates
Lipids(fats)
Proteins*
Nucleic Acids*
*These are what well talk about today

When we look at a living

thing,
What we see is mostly PROTEIN So, how does an organism produce its
particular protein?

Inti sel

Mengapa inti sel?

Materi genetik terdapat di

dalam inti

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA terjadi secara
semikonservatif
Hal ini menyebabkan DNA baru membawa
informasi yang persis sama dengan DNA
induk/cetakan

What is DNA?
DNA is the genetic
code,
Instructions for
heredity,
Components of
genes,
Director of protein
synthesis
A type of nucleic acid
A type of organic
compound
A polymer {a
compound made of
repeating subunits}

DNA Double Helix

5

P
5

O
O

4
2

O 5
3

O
O

Structure of DNA
Watson and Crick
Double helix
Bases in the inside
Sugar-phosphat
backbone on the outside
Two strands run in
opposite direction
Bases are paired by
hidrogen bonds (A-T, G-C)

Just a note about RNA RNA is single-stranded and acts as a

code for protein synthesis.
DNA has deoxyribose, RNA has
ribose;
DNA has thymine, RNA has uracil.
Lokasi terdapat tidak hanya di inti sel

Central dogma of
genetics
Central Dogma holds that genetic
information is expressed in a specific
order. This order is as follows

DNA REPLIKASI

Enzim yang terlibat dalam

proses Replikasi
No

Jenis
enzim/protein

Fungsi

DNA Girase

Mengendurkan tegangan pada

waktu penguraian heliks kembar
(sehingga tidak terjadi supercoil)

Helikase

Membuka heliks kembar DNA

dengan memutuskan ikatan
hidrogen

Single Stranded Menstabilisasi untaian tunggal

binding protein

DNA
Polimerase

Katalisis sintesis rantai DNA

(53)

DNA ligase

Menyambung dua rantai DNA

Primase

Mensintesis fragmen pendek

RNA

SINTESIS PROTEIN

Roles of RNA and

DNA
DNA is the
MASTER PLAN

RNA is the
BLUEPRINT of
the Master Plan

copyright cmassengale

166

Three Types of
RNA
Messenger RNA (mRNA)
copies DNAs code &
carries the genetic
information to the
ribosomes
Ribosomal RNA (rRNA),
along with protein,
makes up the ribosomes
Transfer RNA (tRNA)
transfers amino acids
167
to the ribosomes where

Messenger RNA
Long Straight
chain of
Nucleotides
Made in the
Nucleus
Copies DNA &
leaves through
nuclear pores
Contains the
Nitrogen Bases
A, G, C, U
( copyright
no Tcmassengale
)

168

Ribosomal RNA (rRNA)

rRNA is a
single strand
100 to 3000
nucleotides long
Globular in
shape
Made inside the
nucleus of a cell
Associates with
proteins to
form ribosomes
Site of protein
Synthesis
copyright cmassengale

169

Transfer
RNA
Clover-leaf shape
Single stranded
molecule with
attachment site at
one end for an
amino acid
Opposite end has
three nucleotide
bases called the
anticodon

amino acid
attachment site

UA C
anticodon

Codons and Anticodons

The 3 bases of
an anticodon
are
complementary
to the 3 bases
of a codon
Example:
Codon ACU
copyright cmassengale
Anticodon
UGA

UG
A
AC
U

171

Kodon penyandi
asam amino

There are 64
(4X4X4) possible
triplet codes, but only
20 amino acids.

As seen in the table,

more than 1 triplet
may code for the
same amino acid.
This is no problem, as
long as no triplet can
code for more than
one amino acid.

Note that several

codons can also act
as start (AUG) or stop
(UAA) signals.

URUTAN LANGKAH
SINTESIS
PROTEIN
Sintesis protein berlangsung melalui 2

tahap, yaitu Transkripsi dan Translasi

A. Transkripsi :
Pembentukan mRNA yang spesifik oleh
DNA yang spesifik
Terjadi di dalam Nukleus
B. Translasi : Berlangsung dalam ribosom
melalui tiga tahap, yaitu :
1. Inisiasi : molekul ribosom ringan
melekatkan diri dgn mRNA untuk
memulai pembentukan protein
2. Elongasi: ribosom bergerak
sepanjang mRNA dari ujung satu ke
ujung yang lain
3. Terminasi : pemanjangan
berlangsung sampai akhir informasi
yang ditandai kodon stop UUA,
UAG,dan UGA

DNA RNA Protein

DNA
Transcription

Nuclear
membrane

Pre-mRNA

RNA Processing

mRNA
Ribosome
Translation

Protein
copyright cmassengale

175

Protein Synthesis

Protein synthesis is a complex,

many step process, it is as
follows.

An mRNA strand binds to the large

& small subunits of a ribosome in
the cytoplasm of the cell

A tRNA molecule with an attached

amino acid binds to the mRNA
strand.

This occurs at the AUG (initiation)

codon of the strand.

Note: This occurs with

complimentary codons & anticodons.

Another tRNA binds to the

adjacent codon of the mRNA
A peptide bond is formed between
the amino acids
The first tRNA is released, and
another tRNA binds next to the
second, another peptide bond is
formed.
This process continues until a stop
codon is reached.
The completed polypeptide is then
released.

mRNA Processing
After the DNA is
transcribed into RNA,
editing must be done to
the nucleotide chain to
make the RNA
functional
Introns, non-functional
segments of DNA are
snipped out of the chain
copyright cmassengale

178

Template Strand

copyright cmassengale

179

he steps of pre-mRNA splicing (intron removal) page 1/2

Discribed at Next

Continued

he steps of pre-mRNA splicing (intron removal) page 2/2

mRNA Transcript
mRNA leaves the
nucleus through its
pores and goes to the
ribosomes

copyright cmassengale

182

Translation
Translation is the process of
decoding the mRNA into a
polypeptide chain
Ribosomes read mRNA three bases
or 1 codon at a time and construct
the proteins

copyright cmassengale

183

Transcription

Translation

copyright cmassengale

184

Ribosomes
Made of a large and
small subunit
Composed of rRNA
(40%) and proteins
(60%)
Have two sites for
tRNA attachment
--- P and A
copyright cmassengale

185

Step 1- Initiation
mRNA
transcript start
codon AUG
attaches to the
small ribosomal
subunit
Small subunit
attaches to
large ribosomal
subunit
mRN
A

186

Ribosomes

Large
subunit

P
Site

A
Site
mRNA

Small
subunit

A U G C U A C U U C G
copyright cmassengale

187

Step 2 AsElongation
ribosome moves, two

tRNA with their amino acids

move into site A and P of
the ribosome
Peptide bonds join the amino
acids

copyright cmassengale

188

Initiation
aa2

aa1

1-tRNA
anticodon
hydrogen
bonds

2-tRNA

GA U

U A C
AU G C U A C U UC GA
mRNA
codon
copyright cmassengale

189

Elongation

peptide bond

aa1

aa3

aa2

3-tRNA
1-tRNA

2-tRNA

GA A

anticodon U A C
hydrogen
bonds

GA U
A U G C U A C U U C GA
mRNA
codon
copyright cmassengale

190

aa1

peptide bond
aa3
aa2

1-tRNA
3-tRNA

U A C
(leaves)

2-tRNA

GA A

GA U
A U G C U A C U U C GA
mRNA
copyright cmassengale
191 codon
Ribosomes
move over one

aa1

peptide bonds

aa2

aa4

aa3

4-tRNA
2-tRNA 3-tRNA

GC U

GA U GA A
A U G C U A C U UC G A A C U
mRNA
copyright cmassengale

192

aa1

peptide bonds
aa4

aa2
aa3

2-tRNA

4-tRNA

GA U

(leaves)

3-tRNA

GC U

GA A
A U G C U A C U UC G A A C U
mRNA
copyright cmassengale
193 codon
Ribosomes
move over one

aa1

peptide bonds

aa5

aa2
aa3

aa4

5-tRNA

UGA
3-tRNA

4-tRNA

GA A GC U
GC U A C U U C G A A C U
mRNA
copyright cmassengale

194

peptide bonds

aa1

aa5

aa2
aa3

aa4

5-tRNA

UGA

3-tRNA

GA A

4-tRNA

GC U
GC U A C U U C G A A C U
mRNA
copyright cmassengale
195 codon
Ribosomes
move over one

aa4

aa5

Termination

aa199

aa3 primary
structure
aa2 of a protein

aa200

aa1
terminator
200-tRNA or stop
codon

AC U

C A U GU U U A G

mRNA
copyright cmassengale

196

End Product The Protein!

The end products of protein
synthesis is a primary
structure of a protein
A sequence of amino acid
bonded together by peptide
bonds

aa2
aa1

aa3

aa4

copyright cmassengale

aa5
aa199

197

aa200

Messenger RNA (mRNA)

start
codon
mRNA A U G G G C U C C A U C G G C G C A U A A
codon 1codon 2codon 3codon 4codon 5codon 6codon 7
proteinmethionineglycine serine isoleucine glycine alanine stop

codon

Primary structure of a protein

aa1

aa2

aa3

aa4

peptide
bonds
copyright cmassengale

aa5

aa6
198

A Summary of the flow of Genetic

SUMMARY
Information in a Cell
Information is stored in
the triplet codes (codons)
of DNA nucleotides.
This information is
transcribed into 3 types
of RNA.
mRNA carries the
information to assemble
a polypeptide.
In the nucleus, introns are
removed and the
remaining exons spliced
together to make a
functional mRNA strand
(splicing)
tRNA molecules attach to
specific amino acids.

rRNA and proteins form

ribosomes.
mRNA attaches to a
ribosome and the
message is decoded
when the anticodon of a
tRNA is bonded to a
mRNA codon.
Subsequent amino
acids are attached to
the growing peptide
chain until a stop codon
is reach and the chain is
terminated.
A summary of these
events can be seen in
the next slide.

SUMMARY

Mutation: When the Code is

Miscopied
A mutation occurs when
the code doesnt copy
correctly, and a protein
is formed that doesnt
function.
If a base is substituted
or deleted, the triplet(s)
are different and so is
the protein formed.
Mutations can also
involved insertion or
deletion of larger
sections of the message.
Substances that trigger
mutations are called
mutagens and can be
physical or chemical in
nature.