BIOLOGI MOLEKULER

Mekanisme Transport, Biosintesis,

Komunikasi,dan Memori
Sel Eukaryotik

By
Agus Darmawan Idris
P1506208013
Pembagian Sel
Secara fundamental sel terbagi atas:
Prokaryotik. (memiliki bagian yang sama dengan
eukariot tapi tanpa membran inti)
Eukaryotik. (ada dindinding sel, membran plasma,
nukleus, sitoplasma)
Sel Eukaryotik
Eu=Sebenarnya, karyon=Nukleus,
Memiliki nukleus sesungguhnya yang
dibungkus oleh selubung nukleus.
Hewan, Tumbuhan, Manusia.
Struktur Organel Sel Eukariot
Pada sel Eukariot terdapat inti sel yang jelas,
dibungkus membran sel kompartementasi
intraselular oleh sistem membran internal
yang membentuk sistem Endomembran
(organel), yaitu. inti, retikulum endoplasma,
alat Golgi, lisosom dan badan-badan mikro.
Ultrastruktur sel eukariotik terbagi atas :
komponen kimia sitosol dibatasi oleh Membran Sel
Inti Sel
Organel Bermembran
Sistem Endomembran
merupakan sistem organel yang saling bekerjasama dalam proses
sintesis, penyimpanan dan transpor berbagai makromolekul
terdiri atas :
RetikulumEndoplasma
Alat Golgi
Lisosom, peroksisom
Sistem vakuola, mikrosom
Organel Endosimbion
mitokondria
kloroplas
Organel Tanpa Membran
ribosom
sitoskeleton(sentriol, tubulusmikro, tubulusmakro, tubulus intermediet, flagela, silia)
Sistem dan Mekanisme Kerja Organel Pada Sel Eukariot

Membran Sel
Membran plasma berperan untuk membungkus sel,
mengatur lalu-lintas molekul keluar/masuksel.
Membran organel berfungsi membungkus organel
Transport Lintas Membran
Transpor molekul kecil
Tranport Partikel
Endositosis
Adalah suatu istilah umum yang berhubungan dengan
berpenetrasinya partikel solide atau cairan dalam sitoplasma
melalui invaginasi dari membran, dibedakan atas fagositosis,
pinositosis, dan endositosis.
Tranport Partikel
Eksositosis
Adalah suatu proses migrasi dari butir-butir sekresi atau vakuola
lysosomale. Vakuola berpindah untuk melekat pada permukaan
dalam dari membran plasma, migrasi dari vesikula menuju
membran plasma tejadi berkat aliran sitoplasma yang diciptakan
oleh kontraksi mikrofilamen dari sitoskelet
Inti sel (Nukleus) Merupakan organel
sel terbesar pusat
pengendali genetik
(tempat DNA)
selubung inti
berhubungan
dengan membran
RE
Organel Bermembran dalam Sistem Endomembran
Retikulum endoplasma
Membran RE merupakan
kelanjutan dari membran luar
pembungkus nukleus
1. RE kasar
Ditempeli ribosom
Berperan dalam sintesis
protein
2. RE halus
Tidak ditempeli ribosom
Berada dalam posisi terjauh
dari inti
Fungsi utama : sintesislipid,
termasuk lemak, fosfolipid dan
steroid
Retikulum Endoplasma.
Retukulum endoplasma berasosiasi
membentuk vesiukula keci/ transpor
yang berperan membawa produk-
produk hasil sintesis di retikulum
endoplasma
Kompleks Golgi
Komplesks golgi terdiri atas susunan membran yang licin
yang terlibat dalam pengolahan (dengan penambahan sisa-
sisa gula) protein sekresi.
1. Menerima dan
memodifikasi produk
RE
2. Mengirimkannya ke
membran plasma
(sekresi) atau ke organel
lain (misal. lisosom)
dalam struktur
mikrosom
(vesikulatranspor
Lisosom
Lisosom adalah struktur yang terkait membran yang
mengandung enzim hidrolitik yang penting bagi perombakan
bahan kompleks, antara lain pemusnahan mikroorganisme
yang masuk ke dalamnya

Fungsi lisosom yang

utama sebagai pencerna:
- Mengandung enzim
pengurai bagi senyawa
karbohidrat, protein,
asam nukleat dan lipid
- Membantu
menghancurkan bakteri
Mendaur ulang organel
yang rusak
Vakuola
Memiliki bentuk dan ukuran yang beragam, pada tumbuhan
terdapat vakuola sentral sebagai lisosom yang besar.
Berfungsi untuk membantu pertumbuhan sel dan menyimpan
senyawa kimia tertentu atau sisa produk metabolisme sel,
seperti pigmen untuk menarik serangga penyerbuk dan
racun.
Organel Bermembran Yang Tidak Termasuk
Sistem Endomembran
Mitokondia, struktur membran ganda, membentuk adenosin trifosfat
(ATP) suatu senyawa yang didalamnya energi dapat disimpan dalam
bentuk ikatan fosfat berenergi tinggi
Organel Bermembran Yang Tidak Termasuk

Sistem Endomembran Lanjutan

Kloroplas
Hanya terdapat pada tumbuhan dan alga tertentu berfungsi
sebagai tempat proses fotosintesis
Organel Tanpa Membran
Sel eukariot mempunyai Sitoskelet
Merupakan sistem penghubung (serabut halus) antara
nukleus, organel dan membran plasma, serta membentuk
morfologi sel, dibedakan menjadi 3 macam
Organel Tanpa Membran Lanjutan

Ribosom merupakan organel sel yang terkecil yang

tersuspensi di dalam sel.Fungsi ribosom adalah
tempat sintesis protein.
Terbagi atas ribosom bebas yang berperan dalam
Sintesis protein untuk pertumbuhan dan
pembelahan sel
ribosom yang terdapat pada RE yang berperan
untuk Untuk sintesis susbtansi lipid dan berbagai
proses enzimatik lainnya
NUTRISI, BIOSINTESIS DAN KOMUNIKASI SEL
NUTRISI PENTING BAGI SEL
Sel merupakan unit terkecil mahluk hidup yang mampu menampakkan sifat-sifat dari suatu mahluk hidup, mampu mebentuk
kesatuan dari penyusunannya dengan menggunakan elemen dari lingkungan, untuk tumbuh dan berkembang. Elemen
penyusun sel dan yang dihasilkan bervariasi, begitu pula terdapat perbedaan penyusun sel pada sel hewan dan tumbuhan

Senyawa penyusun sel Protoplasma sel hewan Protoplasma sel tumbuhan

(dalam %) (dalam %)
Air 60,0 75,0
Senyawa organik : 35,7 22,5
-Protein 17,8 4
-Lipida 11,7 0,5
-Polisakarida 6,2 18
Senyawa organik 4,3 2,5
PENYERAPAN NUTRISI PADA SEL EUKARIOT
Transformasi zat dalam sel
METABOLISME SENYAWA
Metabolisme merupakan seluruh reaksi
kimia yang dilakukan oleh organisme.
- Untuk memperoleh energi kimia dari degradasi sari makanan
yang kaya energi dari lingkungan atau dari energi solar.
- Untuk menggabungkan unit-unit pembangun ini menjadi protein,
asam nukleat, lipida, polisakarida, dan komponen sel lain.
- Untuk mengubah molekul nutrien menjadi prosedur unit
pembangun bagi makromelukul sel.
- Untuk membentuk dan mendegradasi biomolekul yang
diperlukan di dalam fungsi khusus
Jalur katabolik : proses yang memecah senyawa kompleks menjadi
senyawa sederhana dengan melepaskan energi (eksogenik),
Jalur anabolik : poses yang rnemerlukan energi untuk membentuk
senyawa kompleks dari senyawa sederhana dengan penyimpanan energi
(endogenik)
Metabolisme Karbohidrat
metabolisme karbohidrat di dalam sel
terbagi atas tiga tahapan yaitu
1. Glikolisis yang berlangsung di sitoplasma sel
2. Daur krebs yang berlangsung di matrix mitokondria
3. Transpor elektron yang berlangsung di membran dalam
mitokondria (krista)
GLIKOLISIS
Tahap awal metabolisme konversi glukosa menjadi energi di
dalam tubuh akan berlangsung secara anaerobik melalui
proses yang dinamakan Glikolisis (Glycolysis).
GLIKOLISIS LANJUTAN..

Siklus Proses Glikolisis

Daur Krebs
Tahap metabolisme energi berikutnya akan berlangsung pada
kondisi aerobik dengan mengunakan bantuan oksigen (O ).
Bila oksigen tidak tersedia maka molekul piruvat hasil proses
glikolisis akan terkonversi menjadi asam laktat. Dalam kondisi
aerobik, piruvat hasil proses glikolisis akan teroksidasi
menjadi produk akhir berupa H2O dan CO2 di dalam tahapan
proses yang dinamakan respirasi selular (Cellular
respiration).
Daur Krebs LANJUTAN..

Proses respirasi selular ini terbagi menjadi 3 tahap utama yaitu produksi
Acetyl-CoA, proses oksidasi Acetyl-CoA dalam siklus asam sitrat (Citric-
Acid Cycle) serta Rantai Transpor Elektron (Electron Transfer
Chain/Oxidative Phosphorylation). Tahap kedua dari proses respirasi
selular yaitu Siklus Asam Sitrat merupakan pusat bagi seluruh aktivitas
metabolisme tubuh. Siklus ini tidak hanya digunakan untuk memproses
karbohidrat namun juga digunakan untuk memproses molekul lain seperti
protein dan juga lemak.
Daur Krebs LANJUTAN..
Transpor Elektron
Proses konversi molekul FADH dan NADH yang dihasilkan
dalam siklus asam sitrat (citric acid cycle) menjadi energi
dikenal sebagai proses fosforilasi oksidatif (oxidative
phosphorylation) atau juga Rantai Transpor Elektron
(electron transport chain).
Di dalam proses ini, elektron-elektron yang terkandung
didalam molekul NADH & FADH ini akan dipindahkan ke
dalam akseptor utama yaitu oksigen (O ). Pada akhir tahapan
proses ini, elektron yang terdapat di dalam molekul NADH
akan mampu untuk menghasilkan 3 buah molekul ATP
sedangkan elektron yang terdapat dalam molekul FADH akan
menghasilkan 2 buah molekul ATP.
Metabolisme Protein
Metabolisme protein meliputi degradasi protein (makanan
dan protein intraseluler) menjadi asam amino, Oksidasi asam
amino, Biosintesis asam amino, Biosintesis protein.
Tahapan awal reaksi metabolisme asam amino (terjadi di
dalam hati), melibatkan pelepasan gugus amino, kemudian
baru kerangka karbon pada molekul asam amino. Dua
proses utama pelepasan gugus amino, yaitu transaminasi
dan deaminasi.
Metabolisme Lemak
Pencernaan lemak umumnya terjadi di dalam usus, karena
dalam mulut dan lambung tidak terdapat enzim lipase yang
dapat menghidrolisis lemak. Dalam usus, lemak dirubah
dalam bentuk emulsi, sehingga mudah berhubungan dengan
enzim steapsin dalam cairan pankreas. Hasil akhir dari
proses pencernaan lemak, adalah asam lemak, gliserol,
monogliserida, digliserida, serta sisa trigliserida.
Biosintesis Bahan Informasi
Genetik
Dogma sentral
Pada sel eukaryotik, salah satu proses biosintesis dapat dijumpai pada
mekanisme sintesis polipeptida yang berlangsung dalam siklus
pembelahan sel. Dikenal adanya dogma sentral biologi molekuler yang
merupakan skema umum proses pembentukan asam amino dalam sel
Sintesis bahan genetik
Dogma dasar memberi 3 proses utama dalam konservasi dan
transmisi dari informasi genetik yaitu :

1. Replikasi melahirkan suatu kopi

DNA yang identik dengan molekul
parental.
2 Transkripsi yang membawa pesan
(informasi) genetik dari DNA dalam
bentuk RNA kemudian ditransport
ke tingkat ribosom.
3. Transduksi/translasi yang
memungkinkan terjemahan dari
informasi genetik dalam bentuk
alfabet 20 huruf dari struktur protein.
Sintesis protein
Informasi berpindah dari DNA menuju pembentukan protein
melalui dua tahapan proses, yaitu :
1. transkripsi, dimana informasi yang terdapat pada DNA
digandakan dalam bentuk mRNA
2. translasi, dimana urutan basa pada mRNA memberikan
informasi yang diperlukan oleh tRNA clan rRNA unluk
mensinlesis sualu protein dengan urutan asam amino yang
sesuai dengan informasi yang terdapat pada DNA.
Hubungan antar sel
Cell junctions dapat diklasifikasikan ke dalam 3 grup fungsional yaitu:
1. Occluding junctions contohnya tight junction yang hanya ada pada vertebrata
(menempelkan sel bersama-sama dalam epitel dengan cara mencegah molekul-
molekul kecil dari kebocoran satu sisi sel ke sel lainnya),
2. Anchoring junctions (melekatkan sel-sel (dan sitoskeleton) ke sel tetangga atau ke
matriks ekstraseluler), terbagi atas :
Situs-situs pelekatan filamen aktin
Cell-cell junctions (adherens junctions)
Cell-matrix junctions (focal adhesions)
Situs-situs pelekatan intermediate filament
Cell-cell junctions (desmosom)
Cell-matrix junctions (hemidesmosom)
3. Communicating junctions (memerantarai jalan lintasan sinyal-sinyal kimiawi atau
elektrik dari satu sel yang sedang berinteraksi ke sel lainnya). Terbagi atas :
Gap junctions
Chemical synapses
Hubungan antar sel lanjutan
KOMUNIKASI SEL
Dalam tubuh terdapat 2 jenis komunikasi sel yaitu wired
system (komunikasi melalui saraf atau listrik) dan nonwired
system (komunikasi kimiawi). Sedangkan komunikasi intrasel
adalah komunikasi yang terjadi di dalam sel . komunikasi
intarsel ini merupakan proses pengubahan sinyal di dalam
sel itu sendiri.
1. Komunikasi listrik merupakan komunikasi yang cepat dengan
hitungan milidetik. Informasi yang dihantarkan sepanjang sel
saraf berbentuk potensial aksi.

2. Komunikasi kimiawi berlangsung lebih lambat namun efeknya

bertahan lama.
cell signaling
3 tahap proses cell signaling yaitu:
1. Reception; agak mirip dengan pengenalan enzim
dengan substratnya (kompleks enzim-substrat),
sama dengan hipotesis kunci dan gembok dari
pengenalan enzim dan substrat. Molekul ligan
(biasanya larut dalam air) dikenal oleh hanya 1
protein reseptor yang berikatan dengan membran
sel.
2. Transduksi; menimbulkan perubahan konformasi
pada reseptor. Perubahan konformasi ini
menyebabkan reseptor berinteraksi dengan
molekul intraseluler lainnya. Transduksi mungkin
menyebabkan banyak perubahan
konformasi/struktural pada protein seluler lainnya.
Enzim yang tidak aktif menjadi aktif;
3. Respon; biasanya aktivitas seluler, sebagai
katalisis enzim atau penyusunan kembali
sitoskeleton atau aktivitas gen yang spesifik.
ADHERENCE DAN PATOGENITAS
MIKROBA PADA SEL INANG
ADHERENCE PADA
Perlekatan sel bakteri padaSEL HOSTsel tubuh manusia,
permukaan
merupakan langkah awal terjadinya proses infeksi atau
penyebab terjadinya penyakit. Oleh karenanya perlu
dipelajari/diidentifikasi bagian dari sel yang berlekatan
langsung dengan sel patogen tersebut.
Untuk dapat masuk ke dalam sel host, sel bakteri harus
menemukan cara untuk mengadakan perlekatan dalam sel host
yang disebut sebagai adherens.
Dibandingkan dengan sel bakteri yang memiliki protein khusus
yang disebut adhesins yang dapat membentuk suatu ikatan
spesifik antara sel bakteri dengan permukaan sel host.
Mekanisme perlekatan protein adhesins sel bakteri dengan
reseptor sel host dapat digambarkan sebagai mekanisme kunci
dan gemboknya. Protein adhesins hanya akan melakukan
perlekatan pada reseptor sel yang memiliki bentuk yang sesuai
SKEMA ADHERANCE DAN INVASI
PATOGENITAS MIKROBA PADA SEL
INANG
Contohnya pada kasus diare
Invasi sel Shigella pada sel epitel
Invasi Shigella pada sel epitel

MO --> kolonisasi di ileum terminalis/kolon, terutama kolon invasi ke sel

epitel mukosa usus --distal > multiplikasi --> penyebaran intrasel dan intersel
--> produksi enterotoksin --> cAMP --> hipersekresi usus (diare cair, diare
sekresi). --> produksi eksotoksin (Shiga toxin) --> sitotoksik --> infiltrasi sel
radang --> nekrosis sel epitel mukosa --> ulkus-ulkus kecil --> eritrosit dan
plasma keluar ke lumen usus --> tinja bercampur darah. --> invasi ke lamina
propia ? --> bakteremia (terutama pada infeksi S.dysenteriae serotype 1)
Mekanisme pertahanan sel epitel
Senyawa racun yang diproduksi oleh mikroba/patogen dalam
tubuh manusia disebut antigen. Antigen inilah yang nantinya akan
ditangkap oleh sel T untuk kemudian difagositosis. Sel T
merupakan leukosit yang bertanggung jawab terhadap mekanisme
pertahanan tubuh manusia. Limfosit tersebut terdiri dari 2 macam
yaitu Limfosit T dan B yang memiliki reseptor pada permukaan
selnya, yang disebut B Cell receptors (BCR) dan T Cell
Receptors (TCR). Gambar : pada fase awal, sel
T yang masih naif akan
melakukan pengenalan
terhadap antigen asing yang
masuk ke dalam tubuh, dan
berusaha memfagositosis
antigen tersebut. Pada saat
perlawanan terhadap antigen,
jumlah sel T akan meningkat
disertai terjadinya apoptosis.
Pada
akhirnya sel T akan memiliki
memori terhadap jenis antigen
yang telah ada.