PENDAHULUAN

Serratia sp. Merupakan bakteri yang tergolong kedalam gram negative yang
termasuk dalam famili Enterobacteriaceace, Salah satu spesies dari genus ini adalah
Seratia marcescens. Sel bakteri ini berukuran 5-30 m dan tidak bersekat. Respirasi
bakteri ini secara anaerob fakultatif bakteri ini dapat membentuk pigmen berwarna
merah yang merupakan hasil metabolit sekundernya dan dapat hidup dengan baik
pada suhu antara 20-37C.
Bakteri ini mempunyai mekanisme antibiosis dengan menghasilkan Prodigiosin
yang dapat menghambat pertumbuhan patogen tanaman, selain itu bakteri ini
menghasilkan enzim kitinase yang mampu menghambat pertumbuhan Botrytis spp.
Rhizoctonia solani dan Fusarium oxyporum. Enzim kitinase yang dihasilkan bakteri ini
akan menyebabkan lisis pada ujung hifa dan bagian hifa lainya seperti sekat dan
percabangan hifa (Soesanto, 2008).
 BAHAN DAN METODE
a. Waktu dan Tempat
Praktikum Rekayasa Genetika ini dilaksanakan pada 30 September 6 November 2017,
bertempat di Laboratorium Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian,
Universitas Andalas, Padang.
b. Alat dan Bahan
Peralatan yang digunakan selama pelaksanaan praktikum adalah: Tube effendorf
ukuran 0.2, 1.5, 2 ml, pipet mikro, tip pipet, sentrifugasi, shaker incubator, water incubator, tube
falcon ukuran 50 ml, sarung tangan lateks, LAFC (Laminar Air Flow), set gel tray, elektroforesis,
microwave, tissue, gel dokumentasi, mesin PCR, tabung erlenmayer, spreader, bunsen, plastic
wrap, petridish, tusuk gigi steril, alumunium foil,alat tulis, alat dokumentasi, laptop, jas labor,
masker
Sedangkan bahan yang digunakan adalah: Bakteri rhizosfer (Serratia plymutica
UBCF_01), media LB cair, 1Xte (Tris-EDTA), proteinase, phenol:kloroform, natrium asetat 3 M,
isopropanol dingin, ethanol 70% dingin, agarose 1%, buffer 0.5xTBE, ethidium bromida, 10xBPB
(Bromine Phenol Blue), DNA 50 ng/L, KAPA 2G, ddH2O PCR, primer T7/SP6, DNA bakteri
UBCF_01, 1 kb ladder DNA, 2x Rappid ligase buffer, pGem-T easy, T4 DNA Ligase, bakteri e.coli
DH5, alcohol 70%, bakteri transforman, es batu.
HASIL
HASIL
 KESIMPULAN

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, maka dapat disimpulkan bahwa :

Pada hasil visualisasi PCR DNA bakteri UBCR_12, UBCF_01, UBCF_13 menunjukan
fragment atau pita DNA yang baik, dimana terlihat jelas pita nya yang secara umum memiliki
ukuran 1500 bp. Terkhusus kelompok dua, pada bakteri UBCF_01 menghasilkan pita yang
baik dengan ukuran 1500 bp.
Proses ligase pada kegiatan tranformasi dan kloning gen Chi B UBCF_01 berhasil dilakukan
dalam perulangan kedua, sesuai dengan visualisasi PCR Koloni dengan menunjukkan pita
yang jelas, dengan ukuran 1300 bp, walaupun tidak sesuai dengan ukuran expectasi
Berdasarkan analisis bioinformatika terlihat bahwa sekuens Serratia plymutica 3Rp8
memiliki kekerabatan jauh dengan sekuens database maupun sampel. Sehingga posisi
sekuens yang dibandingkan berada pada cabang yang berbeda untuk keduanya, sedangkan
pada filogenetik sekuens metalloprotease memiliki tingkat similaritas yang lebih tinggi
dengan sekuens Serratia plymutica 4RX13 dengan nilai 80.