IV.

HASIL DAN PEMBAHASAN

a. Hasil PCR
Adapun hasil PCR isolasi DNA bakteri UBCR_12 sebagai berikut :
M A B C
Keterangan :
M : marker 1 kb ladder
1500 kb A : ChiB UBCR_12
B : ChiB UBCF_01
C : ChiB UBCF_13

Gambar 1. Hasil isolasi DNA bakteri Serretia plymutica pengkode kitinase-B

(ChiB)
b. Pembahasan
c. Hasil Transformasi Genetik dan Kloning Gen
Berikut hasil dari transformasi genetik dan kloning gen kitinase Chi-B :

Gambae 2. Bakteri E.coli DH5 transforman gen kitinase-B (ChiB) dari

Serretia plymutica strain UBCR_12
d. Pembahasan
e. Hasil PCR Koloni
Berikut adalah hasil PCR koloni bakteri transforman :
A B M C D
Keterangan :
M : marker 1 kb ladder
A : E.coli + gen ChiB UBCR_12
B : E.coli + gen ChiB UBCF_01
C : E.coli + gen ChiB UBCF_13
D : E.coli + gen ChiC UBCR_12
: tidak ada produk (False positif)

Gambar 1. Hasil amplifikasi (PCR) koloni bakteri yang diduga transforman

dengan beberapa gen kitinase dari bakteri yang Serretia plymutica
strain UBCR_12.
Pada hasil kloning gen kitinase (Chi-B) isolat UBCR_12 tidak terdapat
produk dari kegiatan PCR koloni. Hal ini diduga bahwa bakteri tunggal dari hasil
transformasi yang mampu hidup dimedia seleksi merupakan bakteri false positif.
Bakteri false positif adalah bakteri yang memiliki kemiripan sifat dengan bakteri
transforman, namun sebenarnya bakteri tersebut tidak transforman.
f. Pembahasan
g. Hasil Aplikasi Bioinformatika
Sekuen DNA metalloprotease.1
ATGCCAAATGAGAGCGAGTTCACAACTTATTAGCACGATCGGACGGTTTTTCGGA
ATAACACTATTCTCCCGATTGCTGGCGTACACTAGTCTCGTGCGACAAGATTTCCC
CTAAACTACAGTCGCACTCCCCCTTGTTACCATTACAGGAAGATGGCCTTATGAAA
ATTCGTACCTCTTTGATTGCATTAAGCATTGCCACTTTGGCAAGCGGCTGTCAAAA
CCTGAATACCGATACGCTGATGCAGTCTGGGGCGCAGGCGTTTCAGGCGGCGACG
CTGAGCAATGACGACGTAAAAACCCTGAGTGTTAAACCCTGCGCAGAGATGGACA
GTAAGGCACAAATCGCGCCGGCCGACAGCACTTATGCCAAACGTCTGAACAAAAT
CGCGGCGGCGCTGGGAGACAATATCAATGGCACGCCGGCCAACTACAAGGTTTAC
GTTACCAAAGACGTGAATGCCTGGGCGATGGCCAACGGCTGTATCCGCGTTTACA
GCGGGCTGATGGACATGATGACCGACAACGAAGTGGAAGGTGTGCTGGGTCATGA
AATGGGCCACGTGGCGTTGGGCCATACCCGCAAGGCGATGCAGGTCGCTTACGGT
 ACCGTGGCGTTGCGTACCGCAGCGGCCTCAACCGGCGGCATCATAGGTTCGCTGTC
GCAATCGCAATTGGCGGATGTGGGCGAAAAACTGGTTAACGCTCAGTTCTCGCAG
AAACAGGAAAGCGAAGCGGACGATTATTCGTTCGACCTGCTGAAAAAACGCGGTA
TCGATCCTAACGGCCTGGTCACCAGCTTTGAAAAATTGGCGAAAATGGAAGCCGG
TCGTCAGAGCAGCATGTTCGACGATCACCCGGCCTCCGAAGAGCGCGCTCAGCAT
ATCCGCGATCGCATCGCAGCAGGCAAGTAACAACGAGAACGCCCGGCAAGCGCCG
GGCGTTTTTCACCTCATCAGTACAAACTCTTTTGCGGCGCCCCGGCGAAGGTCAGC
GGCCCGATACTTTTCATATCCACCTCCACCACCGACGGCCCGGGATAGTTAATCGC
TTCCGCCA

pohon filogenetik

82 Serratia plymuthica 4Rx13

56 metalloprotease_1
Serratia plymuthica strain V4
Serratia plymuthica strain 3Re4-18
60 Serratia plymuthica S13
Serratia plymuthica strain 3Rp8