Anda di halaman 1dari 150

Pembinaan Persiapan OSNK Biologi SMA 2024

TOT SMAN1 SUKABUMI


Oleh: Felix Johanes, S. Si
BIOLOGI SEL,
MOLEKULER,
MIKROBIOLOGI,
&
BIOTEKNOLOGI
Soal BiSelMolMikTek
1. Empat strain bakteri yang berbeda diisolasi dari usus udang untuk mempelajari potensi probiotiknya melalui penurunan
patogenisitas Vibrio harveyi, bakteri umum yang menginfeksi budidaya udang. Pada percobaan pertama, keempat bakteri
hasil isolasi diinokulasikan pada pelat bergaris silang untuk mengamati zona hambat terhadap 4 strain bakteri (Gbr.). Dalam
percobaan kedua, tingkat kelangsungan hidup udang di hadapan Vibrio harveyi dan masing-masing isolat bakteri setelah 5
hari inkubasi diukur (Gbr.).

(A)K = Kontrol (tidak ada bakteri yang tergores pada kotak putus - putus), P1-P4 = Kandidat probiotik 1-4, a = Streptococcus sp.
(Gram-positif), b = Vibrio sp. (Gram- negatif), c = Bacillus sp. (Gram-positif), d = Salmonella sp. (Gram-negatif).
(B)U = budidaya udang saja, U+V = budidaya udang dengan penambahan Vibrio harveyi, U+V+P1-4 = budidaya udang dengan
penambahan Vibrio harveyi dan kandidat probiotik spesifik P1-4.
A. Kandidat No.1 (P1) menghasilkan senyawa antimikroba yang menghambat bakteri
Gram negatif dan Gram positif.
B. Kandidat No.2 (P2) mampu menurunkan patogenisitas Vibrio sp. tanpa
membunuh mereka.
C. Kandidat No.3 (P3) menghasilkan senyawa antimikroba yang menargetkan
membran luar.
D. Kandidat No.4 (P4) berpengaruh baik terhadap kelangsungan hidup udang dengan
cara menghambat bakteri Gram negatif.
A. Kandidat No.1 (P1) menghasilkan senyawa antimikroba yang menghambat bakteri Gram negatif dan Gram positif.

(A) K = Kontrol (tidak ada bakteri yang tergores pada kotak


putus - putus),
P1-P4 = Kandidat probiotik 1-4,
a = Streptococcus sp. (Gram-positif),
b = Vibrio sp. (Gram-negatif),
c = Bacillus sp. (Gram-positif),
d = Salmonella sp. (Gram-negatif).
Bakteri gram positif dan gram negatif adalah dua jenis bakteri yang dibedakan berdasarkan sifat pengecatan Gram,
suatu teknik pewarnaan yang dikembangkan oleh Hans Christian Gram pada tahun 1884. Pengecatan Gram
memungkinkan dokter dan peneliti untuk membedakan antara dua kelompok besar bakteri berdasarkan karakteristik
dinding sel mereka.
1.Bakteri Gram Positif:
1. Ciri-ciri: Bakteri gram positif memiliki dinding sel yang tebal, terdiri dari lapisan peptidoglikan yang lebih tebal.
Mereka juga memiliki sedikit atau tidak ada lapisan luar lipopolisakarida.
2. Warna Pengecatan Gram: Bakteri gram positif akan tampak berwarna ungu biru ketika diwarnai dengan kristal
violet dan iodin.
3. Contoh: Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, dan Bacillus subtilis adalah contoh bakteri gram
positif.
2.Bakteri Gram Negatif:
1. Ciri-ciri: Bakteri gram negatif memiliki dinding sel yang lebih tipis, mengandung peptidoglikan yang tipis dan
dikelilingi oleh lapisan lipopolisakarida eksternal yang kompleks.
2. Warna Pengecatan Gram: Bakteri gram negatif akan tampak berwarna merah-pink ketika diwarnai dengan
safranin setelah langkah pewarnaan kontrast.
3. Contoh: Escherichia coli (E. coli), Salmonella spp., dan Pseudomonas aeruginosa adalah contoh bakteri gram
negatif.
Pembedaan antara bakteri gram positif dan gram negatif ini memiliki konsekuensi klinis dan terapeutik, karena
beberapa antibiotik lebih efektif terhadap satu kelompok daripada kelompok lainnya. Selain itu, struktur dinding sel
yang berbeda juga mempengaruhi resistensi bakteri terhadap kondisi lingkungan dan mekanisme pertahanan tubuh.
B. Kandidat No.2 (P2) mampu menurunkan patogenisitas Vibrio sp. tanpa membunuh mereka.

(A)K = Kontrol (tidak ada bakteri yang tergores pada kotak putus - putus), P1-P4 = Kandidat probiotik 1-4, a = Streptococcus sp.
(Gram-positif), b = Vibrio sp. (Gram- negatif), c = Bacillus sp. (Gram-positif), d = Salmonella sp. (Gram-negatif).
(B)U = budidaya udang saja, U+V = budidaya udang dengan penambahan Vibrio harveyi, U+V+P1-4 = budidaya udang dengan
penambahan Vibrio harveyi dan kandidat probiotik spesifik P1-4.
C. Kandidat No.3 (P3) menghasilkan senyawa antimikroba yang menargetkan membran luar.

(A)K = Kontrol (tidak ada bakteri yang tergores pada kotak putus - putus), P1-P4 = Kandidat probiotik 1-4, a = Streptococcus sp.
(Gram-positif), b = Vibrio sp. (Gram- negatif), c = Bacillus sp. (Gram-positif), d = Salmonella sp. (Gram-negatif).
(B)U = budidaya udang saja, U+V = budidaya udang dengan penambahan Vibrio harveyi, U+V+P1-4 = budidaya udang dengan
penambahan Vibrio harveyi dan kandidat probiotik spesifik P1-4.
Perbedaan antara bakteriosidal dan bakteriostatik berkaitan dengan efek suatu zat atau agen terhadap bakteri. Berikut
adalah penjelasan singkat mengenai keduanya:
1.Bakteriosidal:
1. Definisi: Bakteriosidal merujuk pada kemampuan suatu zat atau agen untuk membunuh bakteri.
2. Aksi: Substansi bakteriosidal mengakibatkan kematian bakteri, biasanya dengan merusak struktur kritis dalam sel
bakteri seperti dinding sel atau membran sel.
3. Contoh: Antibiotik seperti penisilin dan sebagian besar agen antimikroba lainnya yang memiliki efek langsung dalam
membunuh bakteri secara efektif dikategorikan sebagai bakteriosidal.
2.Bakteriostatik:
1. Definisi: Bakteriostatik merujuk pada kemampuan suatu zat atau agen untuk menghentikan pertumbuhan dan
reproduksi bakteri, tanpa membunuh mereka secara langsung.
2. Aksi: Substansi bakteriostatik menghambat pertumbuhan bakteri dengan mengganggu proses vital dalam siklus
hidup bakteri, namun tidak menyebabkan kematian sel.
3. Contoh: Antibiotik seperti tetrasiklin dan kloramfenikol memiliki sifat bakteriostatik; mereka menghentikan
perkembangan bakteri sehingga sistem kekebalan tubuh dapat lebih mudah menangani bakteri tersebut.
Penting untuk dicatat bahwa klasifikasi ini tidak bersifat mutlak, dan beberapa zat atau agen dapat memiliki efek
baktericidal atau bakteriostatic tergantung pada konsentrasi, jenis bakteri yang ditargetkan, dan kondisi lingkungan.
Beberapa agen antimikroba juga dapat memiliki efek baktericidal terhadap beberapa bakteri dan efek bakteriostatic
terhadap yang lain.
D. Kandidat No.4 (P4) berpengaruh baik terhadap kelangsungan hidup udang dengan cara menghambat bakteri Gram negatif.

(A)K = Kontrol (tidak ada bakteri yang tergores pada kotak putus - putus), P1-P4 = Kandidat probiotik 1-4, a = Streptococcus sp.
(Gram-positif), b = Vibrio sp. (Gram- negatif), c = Bacillus sp. (Gram-positif), d = Salmonella sp. (Gram-negatif).
(B)U = budidaya udang saja, U+V = budidaya udang dengan penambahan Vibrio harveyi, U+V+P1-4 = budidaya udang dengan
penambahan Vibrio harveyi dan kandidat probiotik spesifik P1-4.
Mold of Fungi in agar plates
2. Bayangkan Anda sedang mempelajari protein membran yang ditunjukkan dalam diagram di bawah ini. Anda menyiapkan
vesikel buatan yang mengandung protein membran. Vesikel kemudian diperlakukan dengan protease (2) atau
dipermeabilisasi sebelum perlakuan dengan protease (3). Peptida yang dihasilkan selanjutnya dipisahkan menggunakan SDS-
PAGE (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis).
Protein membran (a, b, c, d, e: domain) dan gel SDS-PAGE (1. kontrol, 2. peptida setelah pemotongan protease, 3. peptida
setelah permeabilisasi dan pemotongan
protease. Panah menunjukkan arah migrasi ).

A. Fragmen yang lebih besar di jalur 3 bersifat hidrofilik.


B. Fragmen yang lebih kecil di jalur 2 mewakili domain protein yang menonjol di luar membran.
C. Domain a kaya akan leusin atau isoleusin.
D. Domain a, c dan e menonjol ke dalam lumen vesikel.
Analogi vesikel membran
Polar

Nonpolar

Polar
A. Fragmen yang lebih besar di jalur 3 bersifat hidrofilik.
B. Fragmen yang lebih kecil di jalur 2 mewakili domain protein yang menonjol di luar membran.
C. Domain a kaya akan leusin atau isoleusin.
D. Domain a, c dan e menonjol ke dalam lumen vesikel.
b d c
c a e
a e b d
3. Ketika mitokondria terisolasi ditangguhkan dalam buffer yang mengandung ADP, Pi, dan substrat yang dapat teroksidasi, tiga
proses yang mudah diukur terjadi: substrat teroksidasi; O2 dikonsumsi; dan ATP disintesis. Sianida (CN- ) adalah penghambat
lewatnya elektron ke O2 . Oligomisin menghambat ATP sintase dengan berinteraksi dengan subunit F0 . 2,4-dinitrofenol
(DNP) dapat berdifusi dengan mudah melintasi membran mitokondria dan melepaskan proton ke dalam matriks, sehingga
menghilangkan gradien proton.
Konsumsi oksigen dan sintesis ATP di mitokondria. Garis padat menunjukkan jumlah
oksigen yang dikonsumsi dan garis putus-putus menunjukkan jumlah ATP yang disintesis

A. x adalah substrat yang dapat teroksidasi.


B. y adalah oligomisin atau CN .
C. z adalah DNP.
D. Jika z adalah campuran oligomisin dan DNP, transfer electron tidak akan terhenti.
3. Ketika mitokondria terisolasi ditangguhkan dalam buffer yang mengandung ADP, Pi, dan substrat yang dapat teroksidasi, tiga
proses yang mudah diukur terjadi: substrat teroksidasi; O2 dikonsumsi; dan ATP disintesis. Sianida (CN- ) adalah penghambat
lewatnya elektron ke O2 . Oligomisin menghambat ATP sintase dengan berinteraksi dengan subunit F0 . 2,4-dinitrofenol
(DNP) dapat berdifusi dengan mudah melintasi membran mitokondria dan melepaskan proton ke dalam matriks, sehingga
menghilangkan gradien proton.
Konsumsi oksigen dan sintesis ATP di mitokondria. Garis padat menunjukkan jumlah
oksigen yang dikonsumsi dan garis putus-putus menunjukkan jumlah ATP yang disintesis

A.x adalah substrat yang dapat teroksidasi.


3. Ketika mitokondria terisolasi ditangguhkan dalam buffer yang mengandung ADP, Pi, dan substrat yang dapat teroksidasi, tiga
proses yang mudah diukur terjadi: substrat teroksidasi; O2 dikonsumsi; dan ATP disintesis. Sianida (CN- ) adalah penghambat
lewatnya elektron ke O2 . Oligomisin menghambat ATP sintase dengan berinteraksi dengan subunit F0 . 2,4-dinitrofenol
(DNP) dapat berdifusi dengan mudah melintasi membran mitokondria dan melepaskan proton ke dalam matriks, sehingga
menghilangkan gradien proton.
Konsumsi oksigen dan sintesis ATP di mitokondria. Garis padat menunjukkan jumlah
oksigen yang dikonsumsi dan garis putus-putus menunjukkan jumlah ATP yang disintesis

B. y adalah oligomisin atau CN- .


Rantai transport electron terhenti, sehingga gradien proton tidak terbentuk.
Tidak adanya gradien proton, tidak ada pembentukan ATP.

x x
x x

CN-

x
x
Oligomisin berikatan dengan ATPase, sehingga tidak ada pembentukan ATP.

x
Oligomisin
3. Ketika mitokondria terisolasi ditangguhkan dalam buffer yang mengandung ADP, Pi, dan substrat yang dapat teroksidasi, tiga
proses yang mudah diukur terjadi: substrat teroksidasi; O2 dikonsumsi; dan ATP disintesis. Sianida (CN- ) adalah penghambat
lewatnya elektron ke O2 . Oligomisin menghambat ATP sintase dengan berinteraksi dengan subunit F0 . 2,4-dinitrofenol
(DNP) dapat berdifusi dengan mudah melintasi membran mitokondria dan melepaskan proton ke dalam matriks, sehingga
menghilangkan gradien proton.
Konsumsi oksigen dan sintesis ATP di mitokondria. Garis padat menunjukkan jumlah
oksigen yang dikonsumsi dan garis putus-putus menunjukkan jumlah ATP yang disintesis

C. z adalah DNP.
Rantai transport electron tetap berjalan, namun gradien proton tidak terbentuk.
Pada penambahan DNP, sehingga ATPase tidak dapat membentuk ATP.

x
H+ H+
H+ H+
H+
3. Ketika mitokondria terisolasi ditangguhkan dalam buffer yang mengandung ADP, Pi, dan substrat yang dapat teroksidasi, tiga
proses yang mudah diukur terjadi: substrat teroksidasi; O2 dikonsumsi; dan ATP disintesis. Sianida (CN- ) adalah penghambat
lewatnya elektron ke O2 . Oligomisin menghambat ATP sintase dengan berinteraksi dengan subunit F0 . 2,4-dinitrofenol
(DNP) dapat berdifusi dengan mudah melintasi membran mitokondria dan melepaskan proton ke dalam matriks, sehingga
menghilangkan gradien proton.
Konsumsi oksigen dan sintesis ATP di mitokondria. Garis padat menunjukkan jumlah
oksigen yang dikonsumsi dan garis putus-putus menunjukkan jumlah ATP yang disintesis

D. Jika z adalah campuran oligomisin dan DNP,


transfer electron tidak akan terhenti.
4. Genom Influenza A terdiri dari 8 molekul RNA beruntai tunggal terpisah, yang
menyandikan total 11 protein virus. Virus influenza A dikategorikan berdasarkan dua
antigen permukaannya, hemaglutinin (H), yang terdiri dari 18 subtipe berbeda (H1-
18); dan neuraminidase (N), yang mana terdapat 11 subtipe berbeda (N1-11) (Gbr.).
Siklus hidup virus influenza A disajikan pada Gambar.
Virus influenza A: (A) struktur virus dan (B) siklus hidup virus.

A. Virus influenza A menunjukkan dinamika evolusioner yang cepat karena genomnya


tersegmentasi.
B. Secara teori, ada 88 jenis virus influenza A.
C. Virus influenza A menunjukkan tingkat mutasi yang tinggi karena genomnya adalah
RNA untai tunggal.
D. Virion influenza A dapat menginfeksi sel hanya jika terdapat RNA yang bergantung
pada RNA polimerase.
Diagrammatic view of influenza A virus. Three types of membrane proteins are inserted in the lipid bilayer:
hemagglutinin (as trimer), neuraminidase (as tetramer), and M2 ion channel protein. The eight
ribonucleoproteins segments each contain viral RNA surrounded by nucleoprotein and associated with RNA
transcriptase. (Reproduced with permission from Willey JM: Prescott, Harley, & Klein’s Microbiology, 7th
edition. McGraw-Hill, 2008.)
4. Genom Influenza A terdiri dari 8 molekul RNA beruntai tunggal terpisah, yang menyandikan total 11 protein virus. Virus
influenza A dikategorikan berdasarkan dua antigen permukaannya, hemaglutinin (H), yang terdiri dari 18 subtipe berbeda
(H1- 18); dan neuraminidase (N), yang mana terdapat 11 subtipe berbeda (N1-11) (Gbr.). Siklus hidup virus influenza A
disajikan pada Gambar.
Virus influenza A: (A) struktur virus dan (B) siklus hidup virus.

A. Virus influenza A menunjukkan dinamika evolusioner yang cepat


karena genomnya tersegmentasi.
1.Reasortmen: Virus influenza tipe A memiliki genom yang tersegmentasi, terdiri dari delapan segmen RNA. Sifat
tersegmentasi ini memungkinkan terjadinya reasortmen ketika dua virus influenza A yang berbeda menginfeksi sel
inang yang sama secara bersamaan. Selama proses replikasi, segmen dari virus yang berbeda dapat bercampur dan
menciptakan kombinasi materi genetik baru. Reasortmen ini dapat menghasilkan strain influenza baru dengan susunan
genetik yang berbeda, termasuk perubahan pada protein permukaan seperti hemaglutinin (HA) dan neuraminidase
(NA). Kemampuan untuk menghasilkan kombinasi baru materi genetik memudahkan adaptabilitas virus terhadap
sistem kekebalan inang dan dapat menghasilkan strain dengan potensi pandemik.
2.Drift Antigenik: Genom tersegmentasi juga berkontribusi pada tingkat mutasi tinggi yang diamati pada virus influenza
A. Replikasi RNA rentan terhadap kesalahan, dan ketiadaan mekanisme perbaikan kesalahan selama replikasi virus
menyebabkan mutasi yang sering terjadi dalam genom virus. Variabilitas genetik ini, terutama pada gen yang
mengkode protein permukaan seperti HA dan NA, menghasilkan drift antigenik. Drift antigenik merujuk pada
perubahan bertahap pada antigen permukaan virus dari waktu ke waktu, memungkinkan virus untuk menghindari
respons kekebalan inang. Adaptasi yang konstan ini membantu virus influenza A untuk bertahan dalam populasi
manusia dan hewan.
3.Tekanan Selektif: Genom tersegmentasi memberikan virus influenza A kemungkinan lebih tinggi untuk mengalami
tekanan selektif, seperti respons kekebalan inang atau obat antivirus. Karena keanekaragaman genetik yang dihasilkan
dari reasortmen dan mutasi, beberapa varian dapat memiliki keunggulan selektif dalam kondisi tertentu. Sebagai
contoh, strain dengan perubahan genetik yang memungkinkan mereka untuk menghindari kekebalan yang berkembang
terhadap strain sebelumnya dapat menjadi dominan dalam populasi.
Secara ringkas, genom tersegmentasi dari virus influenza A memungkinkan reasortmen dan menghasilkan keragaman
genetik, mempromosikan adaptasi dan evolusi yang cepat. Plastisitas genetik ini merupakan faktor kunci dalam
kemampuan virus influenza A untuk menghindari kekebalan inang dan dapat menyebabkan munculnya strain baru
dengan potensi pandemik.
4. Genom Influenza A terdiri dari 8 molekul RNA beruntai tunggal terpisah, yang menyandikan total 11 protein virus. Virus
influenza A dikategorikan berdasarkan dua antigen permukaannya, hemaglutinin (H), yang terdiri dari 18 subtipe berbeda
(H1- 18); dan neuraminidase (N), yang mana terdapat 11 subtipe berbeda (N1-11) (Gbr.). Siklus hidup virus influenza A
disajikan pada Gambar.
Virus influenza A: (A) struktur virus dan (B) siklus hidup virus.

B. Secara teori, ada 88 jenis virus influenza A.


Secara teori, ada 198 jenis virus Influenza A.
4. Genom Influenza A terdiri dari 8 molekul RNA beruntai tunggal terpisah, yang menyandikan total 11 protein virus. Virus
influenza A dikategorikan berdasarkan dua antigen permukaannya, hemaglutinin (H), yang terdiri dari 18 subtipe berbeda
(H1- 18); dan neuraminidase (N), yang mana terdapat 11 subtipe berbeda (N1-11) (Gbr.). Siklus hidup virus influenza A
disajikan pada Gambar.
Virus influenza A: (A) struktur virus dan (B) siklus hidup virus.

C. Virus influenza A menunjukkan tingkat mutasi yang tinggi karena


genomnya adalah RNA untai tunggal.
Virus Influenza tipe A sebenarnya memiliki genom RNA bersegmen, negatif-sense, dan bersifat tunggal beruntai,
dan sifat RNA tunggal beruntai negatif inilah yang menyebabkan tingkat mutasi tinggi.

1.RNA Tunggal Beruntai (ssRNA): Virus Influenza tipe A memiliki genom yang terdiri dari beberapa segmen RNA
tunggal beruntai. RNA ini bersifat negatif-sense, yang berarti bahwa tidak dapat berfungsi sebagai cetakan
langsung untuk sintesis protein. Sebelum protein virus dapat diproduksi, RNA negatif-sense harus diubah
terlebih dahulu menjadi RNA positif-sense. Proses transkripsi ini rentan terhadap kesalahan, dan ketiadaan
mekanisme perbaikan kesalahan selama replikasi membuat genom virus Influenza A sangat rentan terhadap
mutasi.
2.Replikasi Rentan Kesalahan: Saat virus Influenza A bereplikasi, polimerase RNA virus tidak memiliki
kemampuan untuk memperbaiki kesalahan yang mungkin terjadi selama sintesis untai RNA baru. Akibatnya,
mutasi dapat terakumulasi dengan cepat selama setiap putaran replikasi. Proses replikasi yang rentan kesalahan
ini berkontribusi pada tingkat mutasi tinggi yang teramati pada virus Influenza A.
3.Drift Antigenik: Akumulasi mutasi dalam gen yang mengkode protein virus kunci, seperti hemaglutinin (HA)
dan neuraminidase (NA), menyebabkan drift antigenik. Drift antigenik merujuk pada perubahan bertahap pada
antigen permukaan virus dari waktu ke waktu. Perubahan ini dapat memengaruhi kemampuan virus untuk
menghindari sistem kekebalan inang dan dapat mempengaruhi efektivitas kekebalan yang telah diperoleh
sebelumnya.
Secara ringkas, genom RNA tunggal beruntai negatif dari virus Influenza A, yang dikombinasikan dengan proses
replikasi yang rentan kesalahan, menghasilkan tingkat mutasi yang tinggi. Variabilitas genetik ini berkontribusi
pada adaptabilitas virus, memungkinkannya untuk menghindari respons kekebalan dan potensial menyebabkan
munculnya strain baru dengan sifat antigenik yang berbeda.
4. Genom Influenza A terdiri dari 8 molekul RNA beruntai tunggal terpisah, yang menyandikan total 11 protein virus. Virus
influenza A dikategorikan berdasarkan dua antigen permukaannya, hemaglutinin (H), yang terdiri dari 18 subtipe berbeda
(H1- 18); dan neuraminidase (N), yang mana terdapat 11 subtipe berbeda (N1-11) (Gbr.). Siklus hidup virus influenza A
disajikan pada Gambar.
Virus influenza A: (A) struktur virus dan (B) siklus hidup virus.

D. Virion influenza A dapat menginfeksi sel hanya jika terdapat RNA


yang bergantung pada RNA polimerase.
Virion Virus Influenza A, atau partikel virus, memerlukan RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) untuk mereplikasi genom
RNA mereka di dalam sel-sel inang. Alasannya mereka hanya dapat menginfeksi sel dalam keberadaan RNA dan
mengandalkan RNA polymerase terkait erat dengan karakteristik unik dari siklus hidup virus influenza.
Proeses propagasi virus influenza A:
1.Genom RNA: Virus Influenza A memiliki genom RNA beruntai tunggal bersifat negatif. RNA negatif-sense tidak dapat
langsung berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis protein. Oleh karena itu, RNA virus harus ditranskripsi menjadi RNA positif-
sense, yang kemudian dapat digunakan sebagai cetakan untuk produksi protein. Proses transkripsi ini memerlukan enzim
yang disebut RNA-dependent RNA polymerase (RdRp).
2.Proses Infeksi:
1. Penempelan dan Penetrasi: Virion Influenza A pada awalnya melekat pada sel inang, biasanya sel epitel pernapasan
pada influenza manusia. Mereka masuk ke dalam sel inang melalui endositosis yang dimediasi reseptor.
2. Pelepasan RNA Virus: Begitu berada di dalam sel inang, RNA virus dilepaskan ke dalam sitoplasma.
3. Transkripsi: RNA virus negatif-sense kemudian ditranskripsi menjadi untai RNA positif-sense oleh RdRp virus.
4. Translasi: Untai RNA positif-sense berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis protein virus.
5. Replikasi: RdRp virus mereplikasi genom RNA negatif untuk menghasilkan salinan lebih banyak RNA virus.
6. Pembentukan dan Pelepasan: RNA dan protein virus yang baru disintesis dirakit menjadi virion baru, yang muncul
dari sel inang, seringkali mengakuisisi amplop yang mengandung komponen membran sel inang.
3.Ketergantungan pada RdRp: Ketergantungan pada RdRp adalah aspek kritis dari siklus hidup virus Influenza A. Virus
membawa RdRp-nya sendiri ke dalam sel inang selama infeksi, memastikan bahwa virus memiliki peralatan enzimatik yang
diperlukan untuk mentranskripsi dan mereplikasi genom RNA mereka. Tanpa RdRp, virus tidak dapat menghasilkan untai RNA
baru, dan tahapan replikasi dan transkripsi dalam siklus hidup virus akan terganggu.
Secara ringkas, keberadaan RNA-dependent RNA polymerase sangat penting bagi virus Influenza A untuk menginfeksi sel dan
menyelesaikan siklus replikasinya di dalam sel inang. RdRp memainkan peran sentral dalam mentranskripsi genom RNA virus
dan memastikan produksi untai RNA virus baru selama infeksi.
Virus RNA tunggal beruntai dengan polaritas positif (+) dan negatif (-) memiliki perbedaan dalam hal bagaimana genom
RNA mereka digunakan selama replikasi. Berikut adalah gambaran umum tentang perbedaan utama dalam replikasi antara
dua jenis virus RNA ini:
1.Virus RNA Polaritas Positif ((+)ssRNA):
1. Sifat Genom: Pada virus ini, untai RNA genomik memiliki polaritas yang sama dengan mRNA, yang berarti dapat
langsung berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis protein.
2. Proses Replikasi: Replikasi terjadi langsung dengan menggunakan RNA genomik sebagai cetakan. Begitu virus
memasuki sel inang, RNA genomik langsung diterjemahkan menjadi protein virus oleh mesin sel inang. Replikasi
melibatkan sintesis untai RNA negatif komplementer, yang selanjutnya berfungsi sebagai cetakan untuk lebih
banyak untai RNA polaritas positif. Hal ini menghasilkan produksi genom dan protein virus baru.
3. Contoh: Contoh umum virus RNA polaritas positif termasuk keluarga Picornaviridae (misalnya, poliovirus), keluarga
Flaviviridae (misalnya, virus hepatitis C), dan keluarga Coronaviridae (misalnya, SARS-CoV-2).
2.Virus RNA Polaritas Negatif ((-)ssRNA):
1. Sifat Genom: Pada virus ini, untai RNA genomik memiliki polaritas yang berlawanan dengan mRNA. Tidak dapat
langsung diterjemahkan menjadi protein.
2. Proses Replikasi: Replikasi melibatkan langkah tambahan dibandingkan dengan virus RNA polaritas positif. Setelah
memasuki sel inang, RNA polaritas negatif harus ditranskripsi menjadi untai RNA polaritas positif komplementer
oleh polimerase RNA RNA-dependent (RdRp) virus. RNA polaritas positif ini kemudian berfungsi sebagai cetakan
untuk sintesis untai RNA polaritas negatif baru. Untai RNA polaritas negatif yang baru disintesis, pada gilirannya,
berfungsi sebagai cetakan untuk lebih banyak untai RNA polaritas positif, dan siklus ini berlanjut, menghasilkan
produksi genom dan protein virus.
3. Contoh: Contoh umum virus RNA polaritas negatif termasuk keluarga Orthomyxoviridae (misalnya, virus influenza),
keluarga Paramyxoviridae (misalnya, virus campak), dan keluarga Rhabdoviridae (misalnya, virus rabies).
Influenza A and B viruses each consist of a nucleocapsid containing eight
segments of negative-sense, single-stranded RNA, which is enveloped in a
lipid bilayer membrane derived from the host cell plasma membrane. The
inner side of the envelope contains a layer of virus-specified matrix protein
(M1). Two virus-specified glycoproteins, hemagglutinin (HA or H) and
neuraminidase (NA or N), are embedded in the outer surface of the envelope
and appear as “spikes” over the surface of the virion. The ratio of H to N is
generally 4 or 5 to 1. There is another integral membrane protein in influenza
A known as M2 ion channel protein. Figure 9–1 illustrates the makeup of
influenza A virus. Influenza B is somewhat similar but has a unique integral
membrane protein, NB instead of M2 that is also believed to function as an
ion channel. Influenza C differs from the others in that it possesses only seven
RNA segments and has no neuraminidase, although it does possess other
receptor-destroying capability (see further). In addition, the hemagglutinin of
influenza C binds to a cell receptor different from that for types A and B
The virus-specific glycoproteins are antigenic and have special
functional importance to the virus in pathogenesis and immunity.
Hemagglutinin is so named because of its ability to agglutinate
red blood cells from certain species (eg, chickens and guinea pigs)
in vitro. Its major biologic function is to serve as a point of
attachment to N-acetylneuraminic (sialic) acid-only containing
gly-coprotein or glycolipid receptor sites on human respiratory
cell surfaces, which is a critical first step in initiating infection of
the cell.
The influenza A virion contains eight segments of negative-sense, single-stranded RNA with
defined genetic responsibilities. These functions include coding for virus-specified proteins. A
unique aspect of influenza A viruses is their ability to develop a wide variety of subtypes
through the processes of mutation and whole-gene “swapping” between strains, called
reassortment. Recombination, which occurs when new genes are assembled from sections of
other genes, is thought to occur rarely, if at all. These processes result in antigenic changes
called drifts and shifts, which are discussed shortly.
The 17 recognized subtypes of hemagglutinin (H) and 10 neuraminidase (N) subtypes known
to exist among influenza A viruses that circulate in birds and mammals represent a reservoir
of viral genes that can undergo reassortment, or “mixing” with human strains. Although all
16 subtypes of hemagglutinins and nine subtypes of neuraminidases have been identified in
aquatic birds, pigs are infected with two major hemagglutinins (H1 and H3) and
neuraminidases (N1 and N2) and horses with two H (H3 and H7) and two N (N7 and N8).
Three hemagglutinins (H1, H2, and H3) and two neuraminidases (N1 and N2) appear to be of
greatest importance in human infections. A new subtype, H17N10 has been identified in
bats. These subtypes are designated according to the H and N antigens on their surface (eg,
H1N1, H3N2). There may also be more subtle, but sometimes important, antigenic
differences (drifts) within each subtype. These differences are designated according to the
major representative virus to which they are most closely related antigenically, using the
place of initial isolation, number of the isolate, and year of detection. For example, two H3N2
strains that differ antigenically only slightly are A/Texas/1/77(H3N2) and
A/Bangkok/1/79(H3N2).
Influenza virus: antigenic drift and antigenic shift. With drift, repeated mutations cause a
gradual change in the antigens composing hemagglutinin, such that antibody against the
original virus becomes progressively less effective. With shift, there is an abrupt, major
change in the hemagglutinin antigens because the virus acquires a new genome segment,
which in this case codes for hemagglutinin. Changes in neuraminidase could occur by the
same mechanism. (Reproduced with permission from Nester EW: Microbiology: A Human
Perspective, 6th edition. 2009.)

In contrast to the frequently occurring mutations that cause antigenic drift


among influenza A strains, major changes (>50%) in the nucleotide sequences
of the H or N genes can occur suddenly and unpredictably. These are referred
to as antigenic shifts.
They almost certainly result from reassortment that can be readily reproduced in the
laboratory. Simultaneously infecting a cell with two influenza A subtypes yields progeny
that contain antigens derived from either of the original viruses. For example, a cell
infected simultaneously with influenza A (H3N2) and influenza A (H1N1) may produce a
mixture of influenza viruses of the subtypes H3N2, H1N1, H1N2, and H3N1. When “new”
epidemic strains emerge, they most likely have circulated into animal or avian reservoirs,
where they have undergone genetic reassortment (and sometimes also mutation) and
then are readapted and spread to human hosts when a sufficient proportion of the
population has little or no immunity to the “new” subtypes. An example was the
appearance of avian influenza A (H5N1) virus in Hong Kong in 1997 that caused infection in
humans. The global spread of avian influenza (H5N1 and others) continued through 1997
and onward with several more cases every year. Studies indicated that all RNA segments
were derived from an avian influenza A virus, but a single insert coding for several
additional amino acids in the hemagglutinin protein facilitated cleavage by human cellular
enzymes. In addition, a single amino acid substitution in the PB2 polymerase protein
occurred. These two mutations together made the virus more virulent for humans;
fortunately, human-to-human transmission was poor as discussed further.
A recent example is the emergence of swine influenza virus (H1N1) in Mexico and the
southwestern United States in 2009 that contained segments from avian, human, and swine
influenza A viruses, and was easily transmitted to humans and caused a severe disease,
mainly in young immune-competent adults, including deaths. In 2012, a new influenza virus
strain, H3N8 has been identified in the autopsies of seals, which is closely related to a strain
circulating in North American birds since 2002. As this strain has the ability to target the SAa-
2,6 receptor found in the human respiratory tract, the new strain H3N8 poses risk to humans.
In 2013, a new strain of avian flu (H7N9) infected humans in eastern China resulting in severe
illness, including deaths. H7N9 has been found in chickens, ducks, and pigeons in live poultry
markets in eastern China. H7N9 seems to be easily transmitted from poultry to humans
compared with H5N1. Although there is no solid evidence of human-to-human transmission,
a significant number of infected people had no contacts with poultry. Based on genetic
analysis, H7N9 is responsive to neuraminidase inhibitors and that the virus has acquired some
mutations that may allow it to infect mammals and humans.
5. Sayuran fermentasi laktat adalah makanan tradisional di banyak masakan Asia. Mikroorganisme yang biasa ditemukan dalam
kaldu fermentasi adalah bakteri asam laktat, ragi dan jamur berfilamen. Gambar di bawah ini menunjukkan flowchart
jumlah sel yang layak (log CFU/mL) dari tiga kelompok mikroba yang berbeda dan nilai pH selama fermentasi laktat kubis.
Oksigen terlarut dalam kaldu fermentasi menurun seiring waktu dan habis dikonsumsi setelah 22 hari.
Perubahan mikroflora selama fermentasi asam laktat kubis.

A.Penurunan nilai pH dari hari ke-1 ke hari ke-3 hanya disebabkan oleh asam organik yang hanya diproduksi oleh bakteri asam laktat.
B.Asam laktat yang dihasilkan oleh bakteri asam laktat mendukung pertumbuhan sel ragi dari hari ke 10 hingga hari ke 26.
C. Sel-sel ragi bergeser dari fermentasi ke respirasi aerobik setelah hari ke-22.
D. Beberapa jamur berfilamen menunjukkan toleransi terhadap pH rendah.
Kimchi 김치
Kimuchi キムチ
Sauerkraut
sayur asin
5. Sayuran fermentasi laktat adalah makanan tradisional di banyak masakan Asia. Mikroorganisme yang biasa ditemukan dalam
kaldu fermentasi adalah bakteri asam laktat, ragi dan jamur berfilamen. Gambar di bawah ini menunjukkan flowchart
jumlah sel yang layak (log CFU/mL) dari tiga kelompok mikroba yang berbeda dan nilai pH selama fermentasi laktat kubis.
Oksigen terlarut dalam kaldu fermentasi menurun seiring waktu dan habis dikonsumsi setelah 22 hari.
Perubahan mikroflora selama fermentasi asam laktat kubis.

Asam organik dapat dihasilkan dari


respirasi berbagai organisme. Dalam
tumpukan fermentasi, tidak hanya
bakteri asam laktat yang dapat
menghasilkan asam organik tetapi juga
ragi dan jamur berfilamen dapat
menghasilkan asam organik.

A.Penurunan nilai pH dari hari ke-1 ke hari ke-3 hanya disebabkan oleh asam organik yang
hanya diproduksi oleh bakteri asam laktat.
5. Sayuran fermentasi laktat adalah makanan tradisional di banyak masakan Asia. Mikroorganisme yang biasa ditemukan dalam
kaldu fermentasi adalah bakteri asam laktat, ragi dan jamur berfilamen. Gambar di bawah ini menunjukkan flowchart
jumlah sel yang layak (log CFU/mL) dari tiga kelompok mikroba yang berbeda dan nilai pH selama fermentasi laktat kubis.
Oksigen terlarut dalam kaldu fermentasi menurun seiring waktu dan habis dikonsumsi setelah 22 hari.
Perubahan mikroflora selama fermentasi asam laktat kubis.

Kebanyakan sel ragi memiliki


pH optimal antara 4 dan 4,5
untuk pertumbuhannya.

B. Asam laktat yang dihasilkan oleh bakteri asam laktat mendukung


pertumbuhan sel ragi dari hari ke 10 hingga hari ke 26.
5. Sayuran fermentasi laktat adalah makanan tradisional di banyak masakan Asia. Mikroorganisme yang biasa ditemukan dalam
kaldu fermentasi adalah bakteri asam laktat, ragi dan jamur berfilamen. Gambar di bawah ini menunjukkan flowchart
jumlah sel yang layak (log CFU/mL) dari tiga kelompok mikroba yang berbeda dan nilai pH selama fermentasi laktat kubis.
Oksigen terlarut dalam kaldu fermentasi menurun seiring waktu dan habis dikonsumsi setelah 22 hari.
Perubahan mikroflora selama fermentasi asam laktat kubis.

Setelah hari ke-22, oksigen terlarut dalam


kaldu fermentasi habis sehingga sel ragi
harus mengalihkan respirasi ke
fermentasi.

C. Sel-sel ragi bergeser dari fermentasi ke respirasi aerobik setelah hari ke-22.
5. Sayuran fermentasi laktat adalah makanan tradisional di banyak masakan Asia. Mikroorganisme yang biasa ditemukan dalam
kaldu fermentasi adalah bakteri asam laktat, ragi dan jamur berfilamen. Gambar di bawah ini menunjukkan flowchart
jumlah sel yang layak (log CFU/mL) dari tiga kelompok mikroba yang berbeda dan nilai pH selama fermentasi laktat kubis.
Oksigen terlarut dalam kaldu fermentasi menurun seiring waktu dan habis dikonsumsi setelah 22 hari.
Perubahan mikroflora selama fermentasi asam laktat kubis.

Beberapa jamur berfilamen


(~ 10 CFU/mL) ditemukan
pada kubis yang
difermentasi pada tahap
terakhir. Mereka sangat
toleran terhadap
lingkungan pH rendah.

D. Beberapa jamur berfilamen menunjukkan toleransi terhadap pH rendah.


6. F1 subunit (a peripheral membrane protein) of the ATP synthase catalyses ATP synthesis using proton motive force
responsible for the rotation of F0 subunit (integral membrane protein complex) in one direction. F1 is composed of three alpha
and three beta subunits arranged in alternating manner around a central shaft, the gamma subunit. To study the rotation,
Masasuke Yoshida and his team attached a fluorescently labelled actin filament to gamma and watched its movement.
Attachment of labelled actin filament to ATP synthase.
Rotating actin filaments were observed by an inverted fluorescence microscope after
addition of 2 mM ATP into a chamber containing actin-tagged F complex immobilized on
the bottom side as a mirror image formed on a camera. The time interval between images
was 220 ms. A series of 12 images were taken and is shown in Fig.

Sequential images of a rotating actin filament


attached to the subunit in the F1 complex. The
numbers indicate the shot images.

A. Hydrolysis of ATP by F1 leads to the conformational change of alpha and beta subunits.
B. From the set of figures, the filament rotated anticlockwise (looking from the cytosolic side).
C. Rotary rate is below 0.3 rounds per second.
D. Rotating the actin filament in the opposite direction is coupled with ATP synthesis.
6. F1 subunit (a peripheral membrane protein) of the ATP synthase catalyses ATP synthesis using proton motive force
responsible for the rotation of F0 subunit (integral membrane protein complex) in one direction. F1 is composed of three alpha
and three beta subunits arranged in alternating manner around a central shaft, the gamma subunit. To study the rotation,
Masasuke Yoshida and his team attached a fluorescently labelled actin filament to gamma and watched its movement.
Attachment of labelled actin filament to ATP synthase.
Rotating actin filaments were observed by an inverted fluorescence microscope after
addition of 2 mM ATP into a chamber containing actin-tagged F complex immobilized on
the bottom side as a mirror image formed on a camera. The time interval between images
was 220 ms. A series of 12 images were taken and is shown in Fig.

Sequential images of a rotating


actin filament attached to the
subunit in the F1 complex. The
numbers indicate the shot images.

A.Hydrolysis of ATP by F1 leads to the conformational change of alpha and beta subunits.
Gaya gerak yang memutar subunit gamma dihasilkan dari serangkaian perubahan konformasi pada
subunit F1 yang terkait langsung dengan hidrolisis ATP, mencerminkan perubahan yang terkait dengan
sintesis ATP.
6. F1 subunit (a peripheral membrane protein) of the ATP synthase catalyses ATP synthesis using proton motive force
responsible for the rotation of F0 subunit (integral membrane protein complex) in one direction. F1 is composed of three
alpha and three beta subunits arranged in alternating manner around a central shaft, the gamma subunit. To study the
rotation, Masasuke Yoshida and his team attached a fluorescently labelled actin filament to gamma and watched its
movement. Attachment of labelled actin filament to ATP synthase.
Rotating actin filaments were observed by an inverted fluorescence microscope after
addition of 2 mM ATP into a chamber containing actin-tagged F complex immobilized on
the bottom side as a mirror image formed on a camera. The time interval between images
was 220 ms. A series of 12 images were taken and is shown in Fig.

Sequential images of a rotating


actin filament attached to the
subunit in the F1 complex. The
numbers indicate the shot images.

B. From the set of figures, the filament rotated anticlockwise (looking from the cytosolic side).
Dari kumpulan gambar, filamen diputar berlawanan arah jarum jam. Rotasinya jelas berlawanan arah jarum jam -
tetapi dilihat dari arah yang berlawanan, selain sisi membran dan secara bersamaan sebagai bayangan cermin. Oleh
karena itu, gambar yang dihasilkan berlawanan arah jarum jam.
6. F1 subunit (a peripheral membrane protein) of the ATP synthase catalyses ATP synthesis using proton motive force
responsible for the rotation of F0 subunit (integral membrane protein complex) in one direction. F1 is composed of three alpha
and three beta subunits arranged in alternating manner around a central shaft, the gamma subunit. To study the rotation,
Masasuke Yoshida and his team attached a fluorescently labelled actin filament to gamma and watched its movement.
Attachment of labelled actin filament to ATP synthase.
Rotating actin filaments were observed by an inverted fluorescence microscope after
addition of 2 mM ATP into a chamber containing actin-tagged F complex immobilized on
the bottom side as a mirror image formed on a camera. The time interval between images
was 220 ms. A series of 12 images were taken and is shown in Fig.

Sequential images of a rotating


actin filament attached to the
subunit in the F1 complex. The
numbers indicate the shot images.

C. Rotary rate is below 0.3 rounds per second.


Kecepatan putarnya adalah 0,375 - 0,400 putaran per detik. Filamen pada frame 2 berada pada posisi jam 9 dan
setelah 9 frame (frame 12), filamen terletak pada posisi yang sama pada frame 2. Waktu satu putaran putaran adalah
(220 x 9)/1000 = 1,98 s, jadi kecepatan putarnya adalah 1/1,198= 0,50 putaran per detik.
6. F1 subunit (a peripheral membrane protein) of the ATP synthase catalyses ATP synthesis using proton motive force
responsible for the rotation of F0 subunit (integral membrane protein complex) in one direction. F1 is composed of three
alpha and three beta subunits arranged in alternating manner around a central shaft, the gamma subunit. To study the
rotation, Masasuke Yoshida and his team attached a fluorescently labelled actin filament to gamma and watched its
movement. Attachment of labelled actin filament to ATP synthase.
Rotating actin filaments were observed by an inverted fluorescence microscope after
addition of 2 mM ATP into a chamber containing actin-tagged F complex immobilized on
the bottom side as a mirror image formed on a camera. The time interval between images
was 220 ms. A series of 12 images were taken and is shown in Fig.

Sequential images of a rotating


actin filament attached to the
subunit in the F1 complex. The
numbers indicate the shot images.

D. Rotating the actin filament in the opposite direction is coupled with ATP synthesis.
Putaran filamen aktin searah jarum jam akan dibarengi dengan sintesis ATP. Pada percobaan di atas, hidrolisis
ATP oleh ATPase ketika filamen diputar berlawanan arah jarum jam. Aktivitas ATP sintase harus terjadi ketika
filamen berputar ke arah yang berlawanan, jam.
7. Antifreeze glycoproteins (AFGPs) possess the ability to inhibit the formation of ice and are therefore essential to the survival
of many marine teleost fishes that routinely encounter sub-zero temperatures. A typical AFGP consists of repeating
tripeptide units, the alanyl-threonyl-alanyl (Ala-Thr-Ala)n unit connected to a disaccharide through a glycosidic bond at the
second hydroxyl group of the threonine residue. To identify chemical groups which affect antifreeze activities of this
glycoprotein, scientists synthesized numerous AFGP analogues by modifying both the structure of the sugar moieties and the
peptide by replacing three groups R1 R2 R3 as shown in Fig. with different chemical groups and recorded the antifreeze
activity. The structure of a typical AFGP
The results of the study are shown in the following table.

A. A disaccharide bound to the threonine residue is required for antifreeze activity.


B. A mutant that has threonine residues replaced with serine residues reduces antifeeze activities.
C. N-acetyl group at the C-2 position is required for antifreeze activity.
D. Different numbers of repetitive motifs in AFGP genes amongst closely related species might have been caused
by DNA polymerase inaccuracy.
7. Antifreeze glycoproteins (AFGPs) possess the ability to inhibit the formation of ice and are therefore essential
to the survival of many marine teleost fishes that routinely encounter sub-zero temperatures. A typical AFGP
consists of repeating tripeptide units, the alanyl-threonyl-alanyl (Ala-Thr-Ala)n unit connected to a
disaccharide through a glycosidic bond at the second hydroxyl group of the threonine residue. To identify
chemical groups which affect antifreeze activities of this glycoprotein, scientists synthesized numerous AFGP
analogues by modifying both the structure of the sugar moieties and the peptide by replacing three groups R1
R2 R3 as shown in Fig. with different chemical groups and recorded the antifreeze activity. The structure of a
typical AFGP The results of the study are shown in the following table.

A.A disaccharide bound to the threonine residue is required for antifreeze activity.

AFGP memiliki aktivitas ketika R3 adalah hidrogen (H), oleh karena itu residu asam
amino yang berikatan dengan disakarida tidak diperlukan untuk aktivitas antibeku.
7. Antifreeze glycoproteins (AFGPs) possess the ability to inhibit the formation of ice and are therefore essential
to the survival of many marine teleost fishes that routinely encounter sub-zero temperatures. A typical AFGP
consists of repeating tripeptide units, the alanyl-threonyl-alanyl (Ala-Thr-Ala)n unit connected to a
disaccharide through a glycosidic bond at the second hydroxyl group of the threonine residue. To identify
chemical groups which affect antifreeze activities of this glycoprotein, scientists synthesized numerous AFGP
analogues by modifying both the structure of the sugar moieties and the peptide by replacing three groups
R1 R2 R3 as shown in Fig. with different chemical groups and recorded the antifreeze activity. The structure
of a typical AFGP
The results of the study are shown in the following table.

B. A mutant that has threonine residues replaced with serine residues reduces
antifeeze activities.
Residu serin dapat membentuk ikatan glikosidik dengan disakarida tetapi tidak memiliki gugus hidrofobik metil (-
CH3). Dalam hal ini R2 adalah FI (lihat tabel) sehingga AFGP tidak memiliki aktivitas antibeku.
7. Antifreeze glycoproteins (AFGPs) possess the ability to inhibit the formation of ice and are therefore essential
to the survival of many marine teleost fishes that routinely encounter sub-zero temperatures. A typical AFGP
consists of repeating tripeptide units, the alanyl-threonyl-alanyl (Ala-Thr-Ala)n unit connected to a
disaccharide through a glycosidic bond at the second hydroxyl group of the threonine residue. To identify
chemical groups which affect antifreeze activities of this glycoprotein, scientists synthesized numerous AFGP
analogues by modifying both the structure of the sugar moieties and the peptide by replacing three groups R1
R2 R3 as shown in Fig. with different chemical groups and recorded the antifreeze activity. The structure of a
typical AFGP
The results of the study are shown in the following table.

C. N-acetyl group at the C-2 position is required for antifreeze activity.


Jika N-asetil diganti dengan -OH atau O-asetil, aktivitas AFGP akan hilang.
7. Antifreeze glycoproteins (AFGPs) possess the ability to inhibit the formation of ice and are therefore essential
to the survival of many marine teleost fishes that routinely encounter sub-zero temperatures. A typical AFGP
consists of repeating tripeptide units, the alanyl-threonyl-alanyl (Ala-Thr-Ala)n unit connected to a
disaccharide through a glycosidic bond at the second hydroxyl group of the threonine residue. To identify
chemical groups which affect antifreeze activities of this glycoprotein, scientists synthesized numerous AFGP
analogues by modifying both the structure of the sugar moieties and the peptide by replacing three groups R1
R2 R3 as shown in Fig. with different chemical groups and recorded the antifreeze activity. The structure of a
typical AFGP
The results of the study are shown in the following table.

D. Different numbers of repetitive motifs in AFGP genes amongst closely related


species might have been caused by DNA polymerase inaccuracy.
Mungkin terjadi slip (error / mutasi) DNA polimerase selama replikasi dan mengakibatkan perluasan elemen
berulang.
Teleostei, yang umumnya dikenal sebagai teleost, adalah kelompok ikan berduri
(bony fish) yang beragam dan sangat sukses yang mewakili kelas ikan paling
maju dan berkembang pesat dalam superkelas Actinopterygii. Teleosts
merupakan kelompok ikan terbesar dan paling beragam, mencakup sekitar 96%
dari semua spesies ikan yang diketahui dan lebih dari setengah dari semua
spesies vertebrata.

Karakteristik utama teleost mencakup memiliki maksila yang dapat bergerak


(rahang atas), ekor homoserkal (sirip ekor simetris), dan operkulum yang
menutupi bilik insang. Mereka juga memiliki kantung renang, yang membantu
dalam pengendalian apungan. Teleost menunjukkan berbagai adaptasi,
memungkinkan mereka menghuni berbagai lingkungan akuatik, mulai dari air
tawar hingga habitat laut.

Teleost mencakup keragaman ikan yang luar biasa, mulai dari ikan tropis kecil
dan berwarna-warni hingga spesies besar yang penting secara komersial.
Contoh teleost termasuk salmon, trout, tuna, cod, bass, ikan emas, guppy, dan
banyak lainnya. Keberhasilan mereka disebabkan oleh adaptabilitas mereka,
mekanisme pakan yang efisien, dan strategi reproduksi mereka.

Evolusi dan radiasi teleost telah memainkan peran penting dalam keberagaman
dan kelimpahan ikan di ekosistem akuatik di seluruh dunia.
8. Laju translasi mRNA dapat diukur menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida natrium dodesil sulfat (SDS-
PAGE). Dalam percobaan ini, mRNA virus mosaik tembakau (TMV), yang mengkode protein 116.000 dalton,
diterjemahkan dalam lisat retikulosit kelinci dengan adanya 35S-metionin. Lisat berisi semua mesin translasi
retikulosit kelinci. SDS-PAGE dilakukan pada sampel yang diekstraksi dengan interval
1 menit. Produk terjemahan terpisah dilihat menggunakan autoradiografi. Polipeptida terbesar yang
terdeteksi menjadi lebih besar seiring waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar di bawah, hingga protein
panjang penuh terlihat sekitar 25 menit.
(Perjalanan waktu sintesis protein TMV dalam lisat kelinci-retikulosit. Berat molekul (kDa) sebagai fungsi
waktu t (menit).)

A. Sintesis protein TMV terjadi pada kelajuan


eksponensial yang sebanding dengan waktu.
B. Dengan massa molekul rata-rata asam
amino 110 dalton, kelajuan rata-rata sintesis
protein kira-kira 35 sampai 40 asam amino
per menit.
C. Lisat retikulosit kelinci mengandung metionil-
tRNA sintetase
D. mRNA mungkin mengandung lebih dari dua
kodon langka dalam urutannya.
8. Laju translasi mRNA dapat diukur menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida natrium dodesil sulfat (SDS-
PAGE). Dalam percobaan ini, mRNA virus mosaik tembakau (TMV), yang mengkode protein 116.000 dalton,
diterjemahkan dalam lisat retikulosit kelinci dengan adanya 35S-metionin. Lisat berisi semua mesin translasi
retikulosit kelinci. SDS-PAGE dilakukan pada sampel yang diekstraksi dengan interval
1 menit. Produk terjemahan terpisah dilihat menggunakan autoradiografi. Polipeptida terbesar yang
terdeteksi menjadi lebih besar seiring waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar di bawah, hingga protein
panjang penuh terlihat sekitar 25 menit.
(Perjalanan waktu sintesis protein TMV dalam lisat kelinci-retikulosit. Berat molekul (kDa) sebagai fungsi
waktu t (menit).)

A. Sintesis protein TMV terjadi pada kelajuan eksponensial yang sebanding dengan waktu.
Laju sintesis protein berbanding lurus dengan waktu.
8. Laju translasi mRNA dapat diukur menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida natrium dodesil sulfat (SDS-
PAGE). Dalam percobaan ini, mRNA virus mosaik tembakau (TMV), yang mengkode protein 116.000 dalton,
diterjemahkan dalam lisat retikulosit kelinci dengan adanya 35S-metionin. Lisat berisi semua mesin translasi
retikulosit kelinci. SDS-PAGE dilakukan pada sampel yang diekstraksi dengan interval
1 menit. Produk terjemahan terpisah dilihat menggunakan autoradiografi. Polipeptida terbesar yang
terdeteksi menjadi lebih besar seiring waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar di bawah, hingga protein
panjang penuh terlihat sekitar 25 menit.
(Perjalanan waktu sintesis protein TMV dalam lisat kelinci-retikulosit. Berat molekul (kDa) sebagai fungsi
waktu t (menit).)

Laju sintesis protein dapat ditentukan dari kemiringan


garis pada gambar di samping. Sistem ini mensintesis
sekitar 116000 dalton protein per 25 menit, atau 4640
dalton per menit, yang setara dengan sekitar 42,18
asam amino per menit [(4640dalton/menit)/(110
dalton/asam amino)].

B.Dengan massa molekul rata-rata asam amino 110 dalton, kelajuan rata-rata sintesis
protein kira-kira 35 sampai 40 asam amino per menit.
8. Laju translasi mRNA dapat diukur menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida natrium dodesil sulfat (SDS-
PAGE). Dalam percobaan ini, mRNA virus mosaik tembakau (TMV), yang mengkode protein 116.000 dalton,
diterjemahkan dalam lisat retikulosit kelinci dengan adanya 35S-metionin. Lisat berisi semua mesin translasi
retikulosit kelinci. SDS-PAGE dilakukan pada sampel yang diekstraksi dengan interval
1 menit. Produk terjemahan terpisah dilihat menggunakan autoradiografi. Polipeptida terbesar yang
terdeteksi menjadi lebih besar seiring waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar di bawah, hingga protein
panjang penuh terlihat sekitar 25 menit.
(Perjalanan waktu sintesis protein TMV dalam lisat kelinci-retikulosit. Berat molekul (kDa) sebagai fungsi
waktu t (menit).)

Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) adalah


enzim yang terlibat dalam sintesis protein,
khususnya dalam proses pengisian atau
aminoasilasi tRNA (transfer RNA). Enzim ini
memainkan peran penting dalam memastikan
penyisipan akurat asam amino metionin ke
dalam rantai polipeptida yang sedang
berkembang selama translasi.

C. Lisat retikulosit kelinci mengandung metionil-tRNA sintetase


8. Laju translasi mRNA dapat diukur menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida natrium dodesil sulfat (SDS-
PAGE). Dalam percobaan ini, mRNA virus mosaik tembakau (TMV), yang mengkode protein 116.000 dalton,
diterjemahkan dalam lisat retikulosit kelinci dengan adanya 35S-metionin. Lisat berisi semua mesin translasi
retikulosit kelinci. SDS-PAGE dilakukan pada sampel yang diekstraksi dengan interval
1 menit. Produk terjemahan terpisah dilihat menggunakan autoradiografi. Polipeptida terbesar yang
terdeteksi menjadi lebih besar seiring waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar di bawah, hingga protein
panjang penuh terlihat sekitar 25 menit.
(Perjalanan waktu sintesis protein TMV dalam lisat kelinci-retikulosit. Berat molekul (kDa) sebagai fungsi
waktu t (menit).)

Ada banyak pita yang terpisah dan


bukannya latar belakang yang tidak jelas,
menunjukkan bahwa ada titik-titik tertentu
di sepanjang mRNA, mungkin di mana
ribosom harus menunggu tRNA yang langka.

D. mRNA mungkin mengandung lebih dari dua kodon langka dalam urutannya.
9. Mikroorganisme yang hidup pada konsentrasi garam tinggi (di atas 2M NaCl) dipaparkan
ke media dengan aktivitas air rendah, dan harus memiliki mekanisme untuk
menghindari kehilangan air melalui osmosis. Analisis konsentrasi ion intraseluler
Halobacteriales yang hidup di danau garam menunjukkan bahwa mikroorganisme ini
mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat tinggi di dalam selnya. Kehadiran
konsentrasi garam intraseluler yang tinggi membutuhkan adaptasi khusus dari protein
dan makromolekul sel lainnya.
A.Sebagian besar protein intraseluler Halobacteriales mengandung banyak asam amino
bermuatan di permukaan luarnya.
B. Halobacteriales menghabiskan banyak ATP untuk mempertahankan tekanan
osmotik.
C.Sebagian besar enzim intraseluler Halobacteriales kehilangan aktivitas katalitiknya
ketika disuspensikan dalam larutan yang mengandung kurang dari 1 M NaCl.
D.Pada Halobacteriales, asam amino dapat diimpor melalui antiporter Na+/asam
amino.
Fotosintesis pada Halobacterium salinarum, sejenis archaeon, cukup berbeda dengan fotosintesis yang terjadi pada
tumbuhan dan cyanobacteria. Halobacterium salinarum dikenal karena adaptasinya terhadap lingkungan ekstrem,
khususnya kondisi hipersalin. Berikut adalah gambaran sederhana dari proses fotosintesis pada Halobacterium
salinarum:
1.Pigmen Rhodopsin: Halobacterium salinarum tidak mengandung klorofil seperti tumbuhan, melainkan menggunakan
pompa proton yang dijalankan oleh cahaya yang disebut bakteriorodopsin. Bakteriorodopsin adalah jenis pigmen
rhodopsin yang tertanam dalam membran sel.
2.Penyerapan Cahaya: Bakteriorodopsin menyerap energi cahaya, khususnya pada daerah spektrum hijau dan biru.
Penyerapan ini menyebabkan perubahan konformasi dalam pigmen tersebut.
3.Pompa Proton: Setelah menyerap cahaya, bakteriorodopsin mengalami serangkaian perubahan struktural yang
menghasilkan transportasi aktif proton (ion H⁺) melintasi membran sel. Proses ini menghasilkan gradien proton melintasi
membran.
4.Sintesis ATP: Gradien proton yang dihasilkan oleh pompa proton yang dijalankan oleh cahaya digunakan untuk
menghasilkan ATP. Ini dicapai melalui proses yang dikenal sebagai sintesis ATP kemosmotik, mirip dengan mekanisme
yang diamati pada mitokondria selama respirasi sel.
5.Fiksasi Karbon: Berbeda dengan tumbuhan dan cyanobacteria, Halobacterium salinarum tidak memperbaiki karbon
dioksida melalui siklus Calvin yang konvensional. Sebagai gantinya, ia menggunakan sumber karbon organik untuk
kebutuhan karbonnya.
Penting untuk dicatat bahwa proses fotosintesis pada Halobacterium salinarum adalah jenis fotosintesis berbasis
bakteriorodopsin, yang berbeda dari fotosintesis berbasis klorofil yang ditemukan pada tumbuhan dan cyanobacteria.
Adaptasi terhadap kondisi salin ekstrem dan penggunaan bakteriorodopsin menunjukkan keragaman mekanisme
fotosintesis yang luar biasa pada berbagai organisme.
9. Mikroorganisme yang hidup pada konsentrasi garam tinggi (di atas 2M NaCl) dipaparkan
ke media dengan aktivitas air rendah, dan harus memiliki mekanisme untuk
menghindari kehilangan air melalui osmosis. Analisis konsentrasi ion intraseluler
Halobacteriales yang hidup di danau garam menunjukkan bahwa mikroorganisme ini
mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat tinggi di dalam selnya. Kehadiran
konsentrasi garam intraseluler yang tinggi membutuhkan adaptasi khusus dari protein
dan makromolekul sel lainnya.

A.Sebagian besar protein intraseluler Halobacteriales mengandung banyak asam amino


bermuatan di permukaan luarnya.
Muatan negatif dapat membantu protein mempertahankan konformasi yang tepat
yang diperlukan untuk stabilitas struktural dan aktivitas enzimatik pada konsentrasi
kation yang tinggi.
9. Mikroorganisme yang hidup pada konsentrasi garam tinggi (di atas 2M NaCl) dipaparkan
ke media dengan aktivitas air rendah, dan harus memiliki mekanisme untuk
menghindari kehilangan air melalui osmosis. Analisis konsentrasi ion intraseluler
Halobacteriales yang hidup di danau garam menunjukkan bahwa mikroorganisme ini
mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat tinggi di dalam selnya. Kehadiran
konsentrasi garam intraseluler yang tinggi membutuhkan adaptasi khusus dari protein
dan makromolekul sel lainnya.

B. Halobacteriales menghabiskan banyak ATP untuk mempertahankan tekanan


osmotik.

Banyak ATP digunakan untuk mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat
tinggi di dalam sel mereka dan juga untuk ekstrusi Na+ dari sel.
9. Mikroorganisme yang hidup pada konsentrasi garam tinggi (di atas 2M NaCl) dipaparkan
ke media dengan aktivitas air rendah, dan harus memiliki mekanisme untuk
menghindari kehilangan air melalui osmosis. Analisis konsentrasi ion intraseluler
Halobacteriales yang hidup di danau garam menunjukkan bahwa mikroorganisme ini
mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat tinggi di dalam selnya. Kehadiran
konsentrasi garam intraseluler yang tinggi membutuhkan adaptasi khusus dari protein
dan makromolekul sel lainnya.

C.Sebagian besar enzim intraseluler Halobacteriales kehilangan aktivitas katalitiknya


ketika disuspensikan dalam larutan yang mengandung kurang dari 1 M NaCl.

Kebanyakan enzim dari halobacteriales akan terdenaturasi ketika


disuspensikan dalam larutan yang mengandung kurang dari 1 M NaCl.
9. Mikroorganisme yang hidup pada konsentrasi garam tinggi (di atas 2M NaCl) dipaparkan
ke media dengan aktivitas air rendah, dan harus memiliki mekanisme untuk
menghindari kehilangan air melalui osmosis. Analisis konsentrasi ion intraseluler
Halobacteriales yang hidup di danau garam menunjukkan bahwa mikroorganisme ini
mempertahankan konsentrasi garam (KCl) yang sangat tinggi di dalam selnya. Kehadiran
konsentrasi garam intraseluler yang tinggi membutuhkan adaptasi khusus dari protein
dan makromolekul sel lainnya.

D. Pada Halobacteriales, asam amino dapat diimpor melalui antiporter Na+/asam


amino.
Asam amino diimpor melalui simporter Na+/asam amino, energi untuk transpor aktif
asam amino ke dalam sel disediakan oleh gradien Na+.
10. Poli(3-hidroksibutirat) (PHB) adalah intermediat cadangan bakteri yang diakumulasikan oleh berbagai
bakteri, biasanya ketika tumbuh di bawah batasan nutrisi seperti oksigen, nitrogen, fosfat, belerang, atau
magnesium dan dengan adanya kelebihan karbon. Gambar. menunjukkan jalur sintesis PHB Ralstonia
eutropha dari asetil-KoA, yang diatur oleh penghambatan umpan balik. Selain itu, asetil-KoA dapat
memasuki siklus asam sitrat.

A. Peningkatan aktivitas sitrat sintase akan menurunkan produksi PHB.


B. Ketika konsentrasi HSCoA intraseluler tinggi, laju sintesis PHB akan meningkat.
C. Ketika laju sintesis PHB meningkat, laju pertumbuhan sel eutropha Ralstonia juga akan meningkat.
D.Sintesis PHB distimulasi oleh rasio (NADPH+H+ )/NADP yang rendah.
10. Poli(3-hidroksibutirat) (PHB) adalah intermediat cadangan bakteri yang diakumulasikan oleh berbagai
bakteri, biasanya ketika tumbuh di bawah batasan nutrisi seperti oksigen, nitrogen, fosfat, belerang, atau
magnesium dan dengan adanya kelebihan karbon. Gambar. menunjukkan jalur sintesis PHB Ralstonia
eutropha dari asetil-KoA, yang diatur oleh penghambatan umpan balik. Selain itu, asetil-KoA dapat
memasuki siklus asam sitrat.

A.Peningkatan aktivitas sitrat sintase akan menurunkan produksi PHB.


Sintase sitrat dapat mengontrol proses sintesis PHB berdasarkan kemampuannya dalam
mengontrol fluks karbon ke dalam siklus asam trikarboksilat.
10. Poli(3-hidroksibutirat) (PHB) adalah intermediat cadangan bakteri yang diakumulasikan oleh berbagai
bakteri, biasanya ketika tumbuh di bawah batasan nutrisi seperti oksigen, nitrogen, fosfat, belerang, atau
magnesium dan dengan adanya kelebihan karbon. Gambar. menunjukkan jalur sintesis PHB Ralstonia
eutropha dari asetil-KoA, yang diatur oleh penghambatan umpan balik. Selain itu, asetil-KoA dapat
memasuki siklus asam sitrat.

B. Ketika konsentrasi HSCoA intraseluler tinggi, laju sintesis PHB akan meningkat.

p-Ketothiolase dihambat oleh konsentrasi HSCoA yang tinggi.


10. Poli(3-hidroksibutirat) (PHB) adalah intermediat cadangan bakteri yang diakumulasikan oleh berbagai
bakteri, biasanya ketika tumbuh di bawah batasan nutrisi seperti oksigen, nitrogen, fosfat, belerang, atau
magnesium dan dengan adanya kelebihan karbon. Gambar. menunjukkan jalur sintesis PHB Ralstonia
eutropha dari asetil-KoA, yang diatur oleh penghambatan umpan balik. Selain itu, asetil-KoA dapat
memasuki siklus asam sitrat.

C. Ketika laju sintesis PHB meningkat, laju pertumbuhan sel eutropha Ralstonia juga akan meningkat.

Laju pertumbuhan sel Ralstonia eutropha akan menurun karena sebagian besar Asetil-
KoA masuk ke jalur sintesis PHB.
10. Poli(3-hidroksibutirat) (PHB) adalah intermediat cadangan bakteri yang diakumulasikan oleh berbagai
bakteri, biasanya ketika tumbuh di bawah batasan nutrisi seperti oksigen, nitrogen, fosfat, belerang, atau
magnesium dan dengan adanya kelebihan karbon. Gambar. menunjukkan jalur sintesis PHB Ralstonia
eutropha dari asetil-KoA, yang diatur oleh penghambatan umpan balik. Selain itu, asetil-KoA dapat
memasuki siklus asam sitrat.

D. Sintesis PHB distimulasi oleh rasio (NADPH+H+ )/NADP yang rendah.

Asetoasetil-KoA reduktase dirangsang oleh rasio NADPH+H+/NADP yang tinggi dan konsentrasi NADPH+H+ yang tinggi.

Anda mungkin juga menyukai