TEKNOLOGI DASAR DALAM BIOLOGI SEL

DAN BIOMOLEKULER
Perkembangan teknologi.
Berkembangnya teknologi dari berbagai bidang ilmu
pengetahuan mempengaruhi perkembnagan teknolo
gi di bidang biologi sel dan biologi molekuler .

Berkembangnya teknologi di bidang biologi sel dan

biologi molekuler memacu para ilmuwan untuk lebih
mendalami tentang struktur dan fungsi komponen-
komponen di dalam sel dan peran makromolekul di
dalam sel.
 1. Rekayasa genetika
2. Isolasi asam inti .
3. Transfer gene antar sel dan virus.
4. Komunikasi virus terhadap sel
target.
5 . Teknik pendeteksian asam inti.
6. Manipulasi asam inti
 Dapat dilakukan dengan menggabungkan potongan
DNA dengan DNA lain ( rekombi nan ) sehingga
menghasilkan kreasi baru DNA.
Untuk proses rekombinan diperlukan :
> DNA donor, DNA atau plasmid yang akan
disisipkan.
> DNA vektor, yaitu DNA yang akan disisipi
> Host cell, sel yang akan digunakan untuk
melakukan replikasi DNA rekombinan..
> Enzim, antara lain enz. Endonuklease dan ligase
 Banyak bakteri mengembangkan mekanisme
paraseksual untuk mempertinggi variabilitas
genetiknya melalui mutasi spontan.

Tranfer DNA dapat dimasukkan sebagai

genom resipien dalam rekombinan gene ..
 a. Konjugas.

b. Transduksi

c. Transformasi
 Prokariotik selalu bereproduksi dengan
membelah diri , bila suatu saat kemampuan
membelahnya berkurang maka sel tersebut
mengadakan konjugasi atau transfer gene .

Dalam mekanisme konjugasi , dua sel sejenis (

misalnya bakteri E. Coli) mengadakan perle
katan satu sama lain dengan perantaraan
jembatan konjugasi.

* Sel yang memberi DNA dianggap sebagai sel

jantan, sedangkan sel yang menerima DNA
sebagai sel betina.
 Dalam mekanisme konjugasi, dua sel sejenis
(mis. Bakteri E.Coli) mengadakan perlekatan
satu sama lain dengan perantaraan jembatan
konjugasi.
Sel yang memberi DNA dianggap sebagai sel
jantan , sedangkan sel yang menerima
DNA sebagai sel betina
 a. Dalam mekanisme ini DNA virus sebagai
bakteriophag masuk kedalam sel bakteri.
b. Bakteriophag mengadakan rekombinasi dengan
DNA sel bakteri dan mengikuti mekanisme replikasi,
transkripsi, dan traslasi sel bakteri.
c. Hasil translasi dari bakteriophag akan
membentuk enzim dan capsit yang diperlukan
untuk membentuk virus baru serta menyebabkan
rusaknya sel bakteri (sel inang )
 d. Bila virus yang keluar dari sel bakteri
yang rusak tersebut menginveksi sel lain
, maka virus tersebut telah membawa
(transduksi) sebagian dari gene sel inang
(bakteri) ke sel bakteri yang lain.
e. Mekanisme tersebut dinamakan proses
tranduksi gen.
 Mekanisme ini akan terjadi bila suatu sel
akan mengalami perubahan sifat setelah
terjadi transfer gene dari sel yang satu ke sel
yang lain (dari bakteri yang satu ke bakteri
yang lain).
Contoh :
Bakteri A yang tidak tahan terhadap
antibiotik, ditransfer plasmid dari bakteri B
yang tahan antibiotik.
Setelah terjadi transfer gene tersebut maka
bakteri A menjadi tahan terhadap antibiotik.
 a. Double strand DNA (dsDNA) transformasi
menempel pada membran sel dan berikatan
dengan dsDNA binding protein.
b. Satu dari dua strand (dsDNA) transformasi
akan masuk ke dalam sel, sedangkan
strand yang lain akan terdegradasi oleh enzim
deoxyribonuklease.
c. Single strand DNA yang masuk kedalam sel
akan diikat oleh ssDNA binding protein, dan
selanjutnya akan mengadakan rekombinasi
dengan DNA sel inang.
d. Dengan terjadinya rekombinasi maka
terbentuklah sifat baru dari sel tersebut.
Contoh: Inveksi virus influensa pada sel
eukariotik.
a. Nukleokapsid Virus dibungkus oleh
attachment protein (untuk menempel pada
membran sel, sedangkan pada membran sel
terdapat resep tor protein yang akan
berikatan dengan attachment protein.
b. Membran plasma pada host cell akan
membungkus akan membungkus nukleo
kapsid virus menjadi endosom dan didorong
ke dalam sel, melalui proses endositosis
 c. Adanya pH yang rendah didalam endosom akan
menyebabkan bungkus nukleokapsid akan
bergabung dengan membran endosome,sehingga
menyebabkan terbentuknya lubang dan
nukleokapsid pun akan keluar dari endosome,
disebut nukleokapsid telanjang (uncoating
nucleocapsid).
d. Nukleokapsid yang telanjang akan masuk kedalam
inti sel,agar tidak terdegradasi oleh enzim
nuklease.
e. Didalam inti sel nukleokapsid akan menagadakan
replikasi dan transkripsi, serta translasi.
f. Hasil replikasi akan menghasilkan nukleokapsid
baru dan dari inti sel inang. Menuju ke
membran untuk mendapatkan bungkus
baru , dan selanjutnya keluar dari sel inang.
 Untuk memesukan plasmid ke dalam sel
dapat dilakukan dalam medium yang
mengandung Ca++ selama 12 jam ( calsium
shock), agar dinding se mengalami perforasi
sehingga plasmid bisa masuk ke dalam sel.
 ISOLASI ASAM INTI DARI SEL
Isolasi asam inti meliputi isolasi DNA atau RNA.
Pada dasarnya metode isolasi DNA/RNA meliputi:
>1. memecah sel ( dinding sel dan membran sel)
>2.memisahakan DNA/RNA dari komponen-komponen
lain dari sel ( protein, lemak , kabohidrat, dan fragmen-
fragmen sel yang lain)
Manfaat hasil isolasi:
> Untuk penyediaan bahan (stok) atau untuk perlaku
an dalam penelitian (percobaan).
> Untuk bahan stok biasanya diperlukan potongan asam
inti, yang pemotongannya diperlukan adanya enzim
endonuklease.
 ENZIM ENDONUKLEASE.
1970 Hamilton Smith, pertama kali isolasi enz im
endonuklease
Diisolasi dari mikroorganisme (bakteri).
Tiap enzim endonuklease mempunyai satu atau
lebih recognation sequence.
Kadang-kadang enzim dari bakteri yang berbeda
mempunyai recognation sequence yang sama
disebut isoschizomere.
Enzim endonuklease banyak digunakan untuk
melakukan berbagai rekombinasi pada
molekul DNA
Recognation sequence dari berbagai macam
enzim endonuklease
 Isolasi plasmid (sel bakteri)
+ lysozyme -melarutkan dinding sel

+ buffer (SDS) -melarutkan memb. Sel

ds.DNA

+ NaOH (alkaline lysis) -denaturasi DNA

ss.DNA
+ kalium asetat -mempercepat pengendapan
supernatan dipisah
(sebagai cleared lysite, mengandung DNA dan RNA)

+ RNAse -mencerna RNA

+ phenol-chloroform -sebagai medium DNA

Larutan & DNA

+ phenol-chloroform - pencucian dan dikeringkan

DNA murni

+ Etanol - untuk pengendapan

DNA murni
(stok dalam etanol untuk berbagai kepentingan)
 ELEKTROPHORESIS
Alat untuk memisahkan fragmen-fragmen DNA.
Komponen-komponennya terdiri dari :
1.Bak (chamber) diisi dengan buffer ( SDS)
2.elektrophoresis plate (untuk menempatkan gel
agarose.
3. Kutub-kutub katode dan anode.
4. Power supply
5. Sisir (untuk membuat sumuran sampel)
 Isolasi DNA
SEL EUKARIOTIK
+ buffer -melisiskan membran sel
(SDS/ Tween atau
Triton X100)
Sel lysite
+enzim protease K -untuk melarutkan
protein.
Sel lysite
(tanpa protein)
+phenol-chloroform -pengenceran &melarutkan
sisa protein &bag.sel rusak
DNA terlarut dalam etahnol chloroform
+ ethanol absolud
DNA
(terlarut dalam supernatan terlihatseperti benang, yang )
dapat diambil dengan stik