TUGAS BIOINFORMATIKA

PERANCANGAN GEN SINTETIK

INSULIN GLARGINE
OLEH : HARIS FIRMANSYAH
20716033
INSULIN GLARGINE
• Terdiri dari rantai A dan B
• Merupakan turunan dari Insulin LisPro
• Perbedaan terletak pada A21,B31 dan B32
• Strategi produksi dilakukan dengan
mengekspresikan proinsulin
 VEKTOR PLASMID pET-16b
• Inang : Escherichia coli K-12
SINYAL PEPTIDA
SITUS PEMOTONGAN PROTEASE
 DESAIN GEN SINTETIK
• XbaI-RBS-SP-P1-ORF-P2-HisTag-Stop-NcoI
• SP (Sinyal Peptida) : MFKTTLCALLITASCSTFA
• P1 (Situs Pemotongan Enterokinase) : DEDEDEK
• P2 (Situs Pemotongan Asp-N) : X-D
• ORF (Open Reading Frame) : Rantai A/B
• Rantai Proinsulin :
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLC
GSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDL
QVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQ
CCTSICSLYQLENYCG
• Stop Kodon : TGA
 SUSUNAN PEPTIDA PROINSULIN
• Rantai Peptida:
▫ MFKTTLCALLITASCSTFADEDEDEKFVNQ
HLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREA
EDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGI
VEQCCTSICSLYQLENYCGDHHHHHHHH
HH
PREDIKSI SINYAL PEPTIDA
PREDIKSI LOKASI PROTEIN
SIMULASI PEMOTONGAN PROTEASE
 OPTIMASI KODON
• Optimasi
• Penggunaan Kodon
 KONSTRUKSI GEN SINTETIK
TEROPTIMASI
• TCTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAAGAAGGAGATATACCATG
TTCAAAACTACGCTGTGCGCGCTCCTGATTACCGCATCCTGTTCTACT
TTCGCTGATGAAGACGAGGACGAAAAATTCGTAAACCAGCACCTGTG
CGGCTCTCACCTCGTTGAAGCCCTGTACCTGGTCTGTGGCGAACGTG
GTTTCTTTTACACCCCTAAAACTCGTCGTGAAGCTGAGGACCTGCAGG
TTGGCCAGGTTGAATTAGGCGGTGGCCCGGGCGCGGGTTCCCTGCAG
CCGCTGGCTCTGGAAGGAAGCCTGCAAAAACGTGGTATTGTAGAGCA
GTGTTGCACCAGCATCTGTTCTCTCTACCAACTGGAAAACTACTGCGG
TGACCACCACCACCACCACCATCACCATCACCATTAACCATGG
SITUS INISIASI TRANSKRIPSI
PREDIKSI SITUS RESTRIKSI
PREDIKSI TRANSLASI
PREDIKSI TERMINATOR AWAL
TRANSKRIPSI SEKUEN DNA
PREDIKSI STRUKTUR SEKUNDER mRNA
PREDIKSI STRUKTUR SEKUNDER mRNA
PREDIKSI STRUKTUR SEKUNDER mRNA
 KONSTRUKSI GEN SINTETIK
TEROPTIMASI FINAL
• TCTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAAGAAGGAGATATACCATG
TTCAAAACTACGCTGTGCGCGCTCCTGATTACCGCATCCTGTTCTACT
TTCGCTGATGAAGACGAGGACGAAAAATTCGTAAACCAGCACCTGTG
CGGCTCTCACCTCGTTGAAGCCCTGTACCTGGTCTGTGGCGAACGTG
GTTTCTTTTACACCCCTAAAACTCGTCGTGAAGCTGAGGACCTGCAGG
TTGGCCAGGTTGAATTAGGCGGTGGCCCGGGCGCGGGTTCCCTGCAG
CCGCTGGCTCTGGAAGGAAGCCTGCAAAAACGTGGTATTGTAGAGCA
GTGTTGCACCAGCATCTGTTCTCTCTACCAACTGGAAAACTACTGCGG
TGACCACCACCACCACCACCATCACCATCACCATTAACCATGG
TERIMA KASIH