Jadi, ontologi adalah ilmu yang mempelajari tentang “yang ada” atau dapat dikatakan berwujud dan berdasarkan pada logika. Ontologi ilmu pengetahuan adalah ilmu yang mempelajari sesuatu yang ada atau berwujud berdasarkan logika sehigga dapat diterima oleh banyak orang, bersifat rasional, dapat difikirkan dan sudah terbukti keabsahannya. Alam tabi’at atau alam fisik Merupakan sumber pengetahuan yang paling awal, indra sebagai alat untuk berpengetahuan yang sumbernya adalah tabi’at. Contoh konkrit : aktivitas keseharian manusia di dunia, seperti makan, minum, dan hubungan suami istri. Alam Akal Kaunm Rasionalis meyakini bahwa akal merupakan sumber pengetahuan yang kedua (selain alam tabi’at atau alam fisika) dan sekaligus sebagai alat pengetahuan. Mereka menganggap akal-lah yang sebenarnya menjadi alat pengetahuan sedangkan indra hanya pembantu saja. Ontologi farmasi dibangun dari dua entitas, yakni filsafat moral dan filsafat alam. Filsafat moral melahirkan Behavior Sciences atau ilmu-ilmu tentang perilaku manusia. Filsafat alam menyelidiki manusia (Human Being). Farmasi ditinjau dari objek materinya, memiliki kerangka dasar dari ilmu-ilmu alam yaitu Kimia, Biologi, Fisika dan Matematika. Sedangkan ilmu farmasi ditinjau dari objek formalnya merupakan ruang lingkup dari ilmu-ilmu kesehatan. Secara historis ilmu farmasi dikembangkan dari medical sciences, yang pada perkembangan selanjutnya mengadopsi tidak hanya ilmu kimia, biologi, fisika, dan matematika, melainkan termasuk pula dari ilmu-ilmu terapan seperti pertanian, teknik, ilmu kesehatan, bahkan dari behavior science.