Tujuan pembelajaran :

Mahasiswa diharapkan mampu memahami dan

menjelaskan kembali proses transkripsi dan protein
yang terlibat dalam proses tersebut baik pada
prokariot maupun eukariot setelah mempelajari
materi ini.

Ninik N.Wahibah 1
Ninik N.Wahibah 2
Proses penyalinan sekuen DNA menjadi RNA

Pada tingkat molekular satu gen merupakan satu unit

transkripsi

Tipe sekuen basa yang berbeda memiliki peran yang

berbeda :
•Promoter : sekuen DNA tempat dimulainya
transkripsi
•Terminator : sekuen DNA yang berperan sebagai
tanda berakhirnya transkripsi

•Utas cetakan (template strand) :

utas DNA yang disalin menjadi RNA
(utas cetakan komplemen dg RNA)
Ninik N.Wahibah 3
•Utas non cetakan = utas penyandi (coding strand)
atau utas sense (sense strand)

•Sekuen regulator : tempat pengikatan protein

regulator (protein regulator mempengaruhi
kecepatan transkripsi)

Ninik N.Wahibah 4
Sekuen gen bakteri dan transkrip mRNA

5’
3’

Utas cetakan

Ninik N.Wahibah 5
Tipe RNA :
1. mRNA (messenger RNA) :
mengkode sekuen asam amino. Pada bakteri
bersifat polisistron (mengkode dua atau lebih
polipeptida).

2. tRNA (transfer RNA)

diperlukan untuk translasi mRNA

3. rRNA (ribosomal RNA) komponen ribosom,

diperlukan untuk translasi

4. 7S RNA, pada eukariot target

5. scRNA (small cytoplasmic RNA) ditemukan di bakteri

sekuennya mirip 7S untuk sekresi protein
Ninik N.Wahibah 6
6. RNaseP enzim untuk prosesing tRNA bakteri, molekul
RNA merupakan komponen katalitik enzim ini tersusun
atas 350-410 nukleotida RNA dan satu subunit protein.

7. snRNA (small nuclear RNA) untuk splicing pre-mRNA

eukariot merupakan komponen spliceosom (tersusun
atas snRNA dan protein)

8. snoRNA (small nucleolar RNA) untuk prosesing transkrip

rRNA eukariot berasosiasi engan protein pada eukariot
ditemukan di nukleolus (tempat prosesing rRNA dan
perakitan ribosom)

9. RNA virus beberapa virus memiliki genom berupa RNA

Ninik N.Wahibah 7
 Transkripsi Pada Bakteri

Promoter :
Sekuen nukleotida yang mengarahkan tempat
dimulainya (inisiasi) transkripsi RNA.

Pada umumnya terletak di wilayah upstream dari tempat

dimulainya transkripsi suatu gen.

Basa pertama yang digunakan sebagai templat

(cetakan) untuk transkripsi RNA diberi nomor +1, basa
sebelumnya diberi nomer negatif, tidak ada basa
bernomor 0.

Karena itu kebanyakan wilayah promoter diberi tanda

nomor negatif (basa yang terletak sebelum tempat awal
transkripsi). Ninik N.Wahibah 8
Sistem penomoran promoter

Basa +1 : basa yang pertama kali ditranskripsi

Pada promoter bakteri elemen sekuen pada wilayah -35 & -10 pada
umumnya berperan penting dalam promosi transkripsi.
Ninik N.Wahibah 9
Ninik N.Wahibah 10
Sekuen yang sangat berperan dalam pengenalan
promoter :

•Wilayah -35 (5’-TTGACA-3’)

•Wilayah -10 (5’-TATAAT-3’) = TATA box = Pribnow box

Sekuen konsensus : basa-basa yang umumnya terdapat

dalam wilayah elemen sekuen (sekuen konsensus dikenali
dengan sangat efisien).

Ninik N.Wahibah 11
Sekuen -35 & -10 pada berbagai promoter bakteri.

Ninik N.Wahibah spacer 12

spacer
1. Inisiasi

Enzim yang mengkatalisis sintesis RNA : RNA polimerase

Pada E.coli :
core enzyme (2 ’) + faktor sigma  holoenzim RNA
polimerase

 : untuk perakitan holoenzim dan pengikatan

dengan DNA
’ : untuk pengikatan dg DNA & mengkatalisis
sintesis RNA
Faktor sigma : untuk mengenali promoter

Ninik N.Wahibah 13
Holoenzim diperlukan untuk inisiasi transkripsi

Core enzym diperlukan untuk sintesis RNA

Faktor transkripsi : protein yang mempengaruhi fungsi

RNA polimerase

Setelah holoenzim RNA polimerase dirakit  mengikat

DNA secara perlahan  membaca basa sepanjang DNA

Ninik N.Wahibah 14
Pada saat memasuki wilayah promoter, faktor sigma
mengenali elemen promoter pada posisi -35 & -10. .

Ninik N.Wahibah 15
 Alfa heliks pada protein sesuai dengan celah mayor
DNA  membentuk ikatan hidrogen antara nukleotida di
wilayah -35 dan -10 dengan rantai asam amino pada
struktur helix-turn-helix faktor sigma.

Pengikatan protein faktor transkripsi dengan DNA heliks16

Ninik N.Wahibah

ganda
Inisiasi transkripsi ditandai dengan faktor sigma dalam
holoenzim telah berikatan dengan wilayah promoter
membentuk closed complex (kompleks tertutup).

Untuk memulai transkripsi, DNA utas ganda harus

didenaturasi membentuk open complex (kompleks
terbuka), pemutusan ikatan terjadi pada TATAAT box
dalam wilayah -10.

RNA pendek dibuat dalam wilayah open complex dan

faktor sigma dilepaskan dari core enzyme.

Pelepasan faktor sigma ini menandai perpindahan ke fase

elongasi.

Lihat gambar fase inisisasi berikut :

Ninik N.Wahibah 17
Ninik N.Wahibah 18
Ninik N.Wahibah 19
2.Elongasi

Setelah tahap inisiasi sempurna, molekul RNA dibuat pada

fase elongasi.

RNA polimerase bergerak sepanjang molekul DNA dan

membuka pilinan heliks ganda.

Utas DNA yang berperan sebagai templat sintesis RNA

disebut utas templat (utas cetakan) atau utas non
penyandi.

Utas komplemennya disebut utas penyandi (coding strand)

yang memiliki sekuen yang sama dengan RNA (kecuali T,
pada RNA setara dengan U).

Ninik N.Wahibah 20
Dalam satu gen hanya utas templat yang digunakan untuk
pembentukan RNA.

Open complex dibentuk oleh RNA polimerase sekitar 17 pb,

rata-rata RNA terbentuk sekitar 43 nukleotida per detik.
Di belakang open complex, DNA kembali terbentuk utas
ganda.

Arah sintesis RNA : 5’ 3’

Ninik N.Wahibah 21
Sintesis RNA transkrip

Coding strand

Templat strand
(transcription bubble)

RNA
5’

RNA-DNA
Hybrid region

Ninik N.Wahibah 22
3.Terminasi

Sebelum terminasi, ikatan hidrogen antara DNA dan RNA

dalam open complex berperan penting mencegah
disosiasi (terpisahnya) RNA polimerase dengan utas
cetakan.

Terminasi terjadi pada saat wilayah hibrid RNA-DNA

terpisah, dan melepaskan RNA dan RNA polimerase.

Ninik N.Wahibah 23
 Ada dua mekanisme terminasi :

a.Terminasi -dependent

Protein  berperan seperti helikase

Sekuen dekat ujung 3’ dari RNA yang baru terbentuk

disebut situs rut (rho utilization site) berperan sebagai situs
rekognisi untuk pengikatan protein .

Ninik N.Wahibah 24
 Setelah situs rut terbentuk pada molekul RNA
↓
berikatan dengan RNA
↓
bergerak mengikuti arah RNA polimerase
↓
Terbentuk struktur jepit rambut (hairpin loop/stem loop)*
↓
RNA polimerase berhenti
↓
protein  mengejar stem-loop dan melewatinya
↓
memutus ikatan hidrogen antara DNA-RNA
↓
RNA, DNA dan RNA polimerase berpisah
Ninik N.Wahibah 25
* Pada DNA, sekuen dekat upstream terminator
menyandi RNA struktur hairpin loop (jepit rambut,
mengandung beberapa pasang GC).

Ninik N.Wahibah 26
Protein  berikatan
dg situs rut dan
bergerak ke ujung 3’

Ninik N.Wahibah 27
RNA pol mencapai
terminator,terbentuk
struktur jepit rambut
menyebabkan RNA pol
berhenti

Ninik N.Wahibah 28
b.Terminasi -independent (intrinsic mechanism)

Dibantu oleh dua elemen sekuen RNA :

1. Sekuen kaya uracil terletak di ujung 3’ RNA.
2. Bagian upstream dari sekuen kaya uracil (dekat ujung
3’), mendorong pembentukan struktur hairpin

Struktur hairpin dekat ujung 3’ RNA

↓
RNA polimerase berhenti mensintesis RNA
↓
distabilkan oleh protein yang berikatan dengan RNA
polimerase (protein nusA)

Ninik N.Wahibah 29
 Tepat pada saat RNA polimerase berhenti
sekuen kaya uracil berikatan dengan DNA templat.
↓
Ikatan ini tidak stabil
↓
RNA transkrip secara spontan berdisosiasi dari DNA
transkripsi berhenti.

Karena proses ini tidak memerlukan protein yang secara

fisik melepaskan RNA transkrip dari DNA, elemen sekuen
yang menyebabkan terminasi tipe ini disebut dengan
intrinsic terminators.

Ninik N.Wahibah 30
Ninik N.Wahibah 31
Ninik N.Wahibah 32
 transkripsi pada eukariot

Secara umum transkripsi eukariot lebih kompleks

RNA polimerase eukariot (struktur mirip dengan enzim
bakteri) :

1. RNA polimerase I : mentranskrip semua gen yang

menyandi RNA ribosom (rRNA)
kecuali 5S rRNA

2. RNA polimerase II : berperan dalam transkripsi seluler

karena mentranskrip semua gen
struktural, gen snRNA yang diperlukan
untuk splicing pre-mRNA

3. RNA polimerase III : mentranskrip semua gen tRNA dan

genNinik5SN.Wahibah
rRNA 33
Semua RNA polimerase mempunyai struktur yang sangat
mirip dan tersusun atas banyak subunit.

Dua subunit besar mirip dengan  &’ pada RNA

polimerase bakteri

Ninik N.Wahibah 34
Gen struktural eukariot mempunyai core promoter dan
elemen regulator (regulatory elements)

Core promoter relatif pendek terdiri :

a. sekuen TATA box atau Goldberg-Hogness box (25 - 35
pb upstream dari transcriptional start site): menentukan
titik awal transkripsi secara tepat

b. transcriptional start site (tempat mulainya transkripsi)

Jika TATA box hilang dari core promoter titik awal
transkripsi tidak tertentu  transkripsi dapat dimulai pada
berbagai tempat yang berbeda  promoter
menghasilkan level transkripsi yang rendah (basal
transcription).

Ninik N.Wahibah 35
Elemen regulator mempengaruhi kemampuan RNA
polimerase mengenali dan memulai proses transkripsi.

Ada 2 kategori :
1. Enhancer : sekuen activator, diperlukan untuk
menstimulasi transkripsi.

2. Silencer : sekuen represor, menghambat transkripsi

Ninik N.Wahibah 36

Pola umum promoter gen struktural yang dikenali oleh RNA pol II
Sekuen TATA box, enhancer,silencer mempengaruhi gen
yang terletak didekatnya, karena itu disebut cis-acting
elements.

Protein regulator yang berikatan dengan elemen tersebut

disandi oleh gen lain (gen regulator) yang terletak jauh dari
gen yang dikontrolnya, karenanya protein ini disebut trans-
acting factors.

Tahap transkripsi gen struktural eukariot :

Ninik N.Wahibah 37
1.Inisiasi

Ditandai dengan RNA polimerase II dan faktor transkripsi

berikatan dengan sekuen promoter

Basal transcription memerlukan :

•RNA polimerase II
•General transcription factors (GTF)
•Mediator

Faktor transkripsi IID (TFIID) berikatan dg TATA box

(TFIID tersusun atas TATA binding protein /TBP yang secara
langsung berikatan dengan TATA box dan beberapa
protein yang disebut TBP-associated factors/TAF)

Ninik N.Wahibah 38
 Faktor transkripsi IID (TFIID) berikatan dg TATA box
(TFIID tersusun atas TATA binding protein /TBP yang secara
langsung berikatan dengan TATA box dan beberapa
protein yang disebut TBP-associated factors/TAF)
↓
berasosiasi dengan TFIIB
(TFIIB mendorong pengikatan RNA polimerase II & TFIIF ke
promoter inti)
↓
TFIIE dan TFIIH berikatan
↓
membentuk closed complex/preinitiation complex
(kompleks prainisiasi).

Ninik N.Wahibah 39
TFIIH sangat berperan dalam pembentukan open
complex.

TFIIH tersusun atas :

• 1 subunit m’hidrolisis ATP dan fosforilasi domain RNA
polimerase II (carboxyl tail domain/CTD).
Fosforilasi CTD melepaskan hubungan RNA polimerase
dengan TFIIB.

• Subunit lain berfungsi seperti helikase (memutus ikatan

hidrogen) membentuk open complex  TFIIB, TFIIE, TFIIH
berpisah  RNA pol II bebas melakukan fase elongasi.

Ninik N.Wahibah 40
Ninik N.Wahibah 41
Ninik N.Wahibah 42
Ninik N.Wahibah 43
2. Elongasi dan Terminasi

Mekanisme molekuler transkripsi :

DNA utas ganda masuk ke polimerase sepanjang

permukaan jembatan (bridge) antara clamp (kepitan)
dan jaw (jepitan).
↓
Pada wilayah wall (dinding), hibrid RNA-DNA dipaksa
membentuk sudut sehingga nukleotida berikatan
dengan utas templat.
↓
Mg++ terletak di situs katalitik, nukleosida triphosphat (NTP)
masuk situs katalitik melalui funnel dan wilayah pore
dan berikatan dengan DNA templat.
↓
Ninik N.Wahibah 44
Di situs katalitik, nukleotida berikatan dengan ujung 3’ RNA
secara kovalen.
↓
Jika RNA polimerase bergerak maju, wilayah kecil yang
disebut rudder (9pb) akan memisahkan hibrid RNA-DNA.
↓
RNA utas tunggal terbentuk dan berada di bawah small
lid.

Ninik N.Wahibah 45
 Skematik struktur RNA polimerase

(penutup)
(kepitan)

Ninik N.Wahibah 46
Elongasi RNA berlanjut sampai sekuen konservatif
(AAUAAA atau AUUAAA disebut sinyal poliadenilasi)
dekat ujung 3’ dikenali oleh enzim yang memotong
RNA kira-kira 20 basa downstream.

Di ujung pemotongan ditambahkan 150-200 nukleotida

adenin atau poly (A) tail (ekor poliA).

Ninik N.Wahibah 47
Penambahan ekor poliA

Ninik N.Wahibah 48
Prosesing RNA

Pada prokariot : translasi pada ujung 5’ berjalan pada

saat RNA masih disintesis

Pada eukariot : RNA harus mengalami prosesing

1. Penambahan cap pada ujung 5’
2. Penambahan ekor poli A pada ujung 3’
(poliadenilasi)
3. Splicing untuk menghilangkan intron

Prosesing :
1.Posttranscription : terjadi setelah transkripsi selesai

2.Cotranscriptional : terjadi pada saat RNA sedang

ditranskripsi, sebagian RNA yang baru terbentuk
mengalami reaksi prosesing begitu keluar dari
kompleks RNA polimerase
Ninik N.Wahibah
II 49
CTD (carboxyl tail domain) berperan penting
mengkoordinasi semua prosesing, tersusun atas sekuen
repeat (berulang) beberapa asam amino 
menyediakan tempat pengikatan beberapa enzim dan
protein lain yang diperlukan untuk capping, splicing dan
pemotongan setelah poliadenilasi.

CTD terletak di dekat tempat munculnya RNA yang

baru terbentuk sehingga menjadi tempat yang ideal
untuk pengikatan dan pelepasan protein yang
diperlukan untuk prosesing RNA yang baru lahir.

Ninik N.Wahibah 50
Prosesing ujung 5’ dan ujung 3’

Pada saat RNA pertama kali muncul dari RNA pol II,
struktur cap (tudung) ditambahkan pada ujung 5’ oleh
beberapa enzim yang berinteraksi dengan CTD.

Cap 7 metilguanosin terpaut dengan RNA transkrip

melalui 3 group fosfat.

Cap mempunyai 2 fungsi :

melindungi RNA dari degradasi
diperlukan untuk translasi mRNA

Ninik N.Wahibah 51
Cotranscriptional processing dikoordinasi oleh CTD dari
subunit RNA pol II. Reversible phosphorilasi (P) asam
amino CTD membentuk situs pengikatan enzim & protein
untuk prosesing

Ninik N.Wahibah 52
RNA Splicing

Intron (wilayah yang fungsinya tidak diketahui, tidak

menyandi polipeptida) terdapat pada gen penyandi
protein maupun gen penyandi rRNA dan tRNA

Intron dihilangkan dari transkrip primer pada saat RNA

masih disintesis (setelah penambahan capping tetapi
sebelum transkrip ditranspor ke sitoplasma)

Pembuangan intron dan penggabungan exon ini disebut

splicing.

Ninik N.Wahibah 53
Jumlah dan ukuran intron bervariasi antar gen maupun
antar spesies.

Contoh :
235 dari 6000 gen yeast mempunyai intron
Rata-rata ukuran intron mamalia sekitar 2000 nukleotida
Gen Duchenne muscular distrophy pada manusia 78
exon dan 78 intron dg panjang 2.5 juta pb, 79 exon
menghasilkan mRNA 14 000 nukleotida, intron 2.5 juta pb.

Ninik N.Wahibah 54
Ninik N.Wahibah 55
Alternative splicing

Proses splicing yang berbeda menghasilkan mRNA

berbeda.

Alternative splicing menghasilkan seperangkat protein

yang sekerabat, berfungsi optimal pada tipe sel
berbeda.

Ninik N.Wahibah 56
Tiap intron dipotong di ujungnya, berupa GU di ujung 5’
dan AG di ujung 3’ (aturan GU-AG).

Residu A antara nukleotida 15 dan 45 upstream dari

ujung 3’, berperan dalam rekasi intermediat
pemotongan intron.

Wilayah konservatif pada RNA transkrip dikenali oleh

small nuclear ribonucleoprotein particles
(snRNPs/dibaca ‘snurps’ berupa kompleks protein dan
small nuclear RNA).

Unit fungsional splicing snRNP disebut spliceosome.

Ninik N.Wahibah 57
Sekuen konservatif untuk intron splicing

(% kemiripan antar organisme)

Ninik N.Wahibah 58
 Spliceosome tersusun beberapa snRNP
↓
membentuk ikatan hidrogen snRNA dengan wilayah
konservatif intron
↓
terjadi reaksi splicing (dikatalisis spliceosome) 2 tahap
↓
intron bergabung melalui nukleotida A tengah
membentuk struktur P (lariat)
↓
Release the lariat and join two exons

Ninik N.Wahibah 59
Mekanisme exon splicing

Ninik N.Wahibah 60
Reaksi splicing intron

Ninik N.Wahibah 61
Ninik N.Wahibah 62
Ninik N.Wahibah 63
•Jika urutan basa rantai DNA yang ditranskripsi
adalah 5’GTCAT3’, maka urutan basa hasil
transkripsi adalah
a.3’CAGTA b. 5’GTCAT c. 3’CAGUA
d. 5’CAGUA e. 5’TAGTA

Ninik N.Wahibah 64