Kul Ke 6 e Learning Elektroforesis
Kul Ke 6 e Learning Elektroforesis
DNA
- +
DNA
small
large
- +
Power
Di dalam gel agarosa, DNA linear bergerak
berbanding terbalik dengan log10 bobot molekulnya.
agarosa
D-galactose 3,6-anhydro
L-galactose
erLenmmeyer untuk
pendidihan
agarosa
Alat Electrophoresis
Power supply
Kabel listrik
Nampan cetakan
Sisir gel
Nampan cetakan gel & sisir
Persiapan nampan cetakan
Aduk pelan larutan secara periodik ketika pemanasaan agar semua butiran agarosa
larut.
***Hati-hati ketika mendidihkan - lar. agarosa bisa mjd superheated dan bisa
mendidih dg hebat jiks dipanaskan terlalu lama di dalam oven microwave.
Penuangan gel
Biarkan lar. agarosa agak dingiin (~60ºC) dan kemudian tuang hati-
hati larutan agarosa ke dalam nampan cetakan. Hindarkan
gelembung udara.
Setiap sisir gel harus di bawah permukaan laruatn agrosa cair
Ketika dingin , tjd poimerisasi agarosa , membentuk gel lunak. Gel
kelihatan jernih jika pendinginan sempurna (30-45 minutes). Hati-hati
memindahkan sisir dan plester.
Tempatkan gel di dalam electrophoresis chamber.
DNA
buffer
wells
Anode
Cathode (positive)
(negative)
Campur sampel DNA dg buffer loading 6X. (w/ zat warna). Ini akan
menjadikan sampel kelihatan ketika loading pada gel, dan
menaikkan densitas sampel, sehingga tenggelam ke dasar sumur gel.
Buffer loading 6X
Bromophenol Blue (pewarna)
Glycerol (pemberat)
Loading Gel
wells
DNA Bromophenol Blue
(-)
Gel
Anode
(+)
5,000
DNA
migration 2,000
1,650
Note: bromophenol
blue bermigrasi pada 1,000
kecep yg sama yaitu 850
molekul DNA 300 bp 650
500
400
bromophenol blue 300
200
+ 100
Methylene Blue
BioRAD - Bio-Safe DNA Stain
Ward’s - QUIKView DNA Stain
Carolina BLU Stain
…dll
keuntungan Kerugian
murah Kurang sensitif
Kurang beracun DNA yg dibutuhkan lebih banyak
Tidak perlu sinar UV Waktu lebih lama
Tidak menghasilkan limbah
Pewarnaan Gel
5,000 bp
2,000
1,650
1,000
850
650
500
400
mples 1, 4, 6 & 7 DNA 300
200
100
+ - - + - + + -
Visualisasi DNA ( Zat warna QuikVIEW )
DNA ladder
sumur
2,000 bp
1,500
1,000
750
500
250
+ - - - - + + - - + - +