BIOKIMIA

Rizarullah, S.Pd., M.Si

 PENDAHULUAN

• Nama : Rizarullah, S.Pd., M.Si

• Pendidikan : S2 Biokimia IPB
• Pekerjaan : Dosen Program Studi Pendidikan Dokter
UNAYA
• No. Hp : 085260686075
• Email : rizarullah@apps.ipb.ac.id
 KONTRAK KULIAH

• Kehadiran : 10%
• Tugas : 15%
• Kuis : 10%
• Midterm : 25%
• UAS : 40%
 ATURAN PERKULIAHAN

• Datang tepat waktu maks terlambat 20 menit

• Dilarang memakai sandal, kaos oblong, jeans
• Melakukan tugas individu & kelompok
• Mengumpulkan tugas tepat waktu
• Tidak menghidupkan suara handphone selama kuliah berlangsung
• Max srt ijin 7 hr stlh tanggal tdk masuk
REFERENSI
RUANG LINGKUP BIOKIMIA

Informasi
genetika

Struktur dan
fungsi Metabolisme
biomolekul
POKOK BAHASAN

• Sel • Asam Nukleut

• Karbohidrat • DNA dan RNA

• Vitamin
• Lipid
• Mineral
• Protein
• Biomaktromolek
• Enzim ul
• Hormon • Bioteknologi
 PENGERTIAN BIOKIMIA

• Biokimia → the chemistry of living thing

• Biokimia merupakan ilmu pengetahuan yang
mempelajari unsur-unsur kimia pembentuk sel
hidup dan berbagai reaksi serta proses yang
dijalaninya
• Tujuan utama ilmu biokimia adalah memahami
secara lengkap semua proses kimia yang
berkaitan dengan sel-sel hidup pada tingkat
molekular
 PENGERTIAN BIOKIMIA
• Kondisi yang sehat pada tubuh manusia
bergantung pada keseimbangan yang harmonis
antara berbagai molekul dan reaksi biokimia
dalam tubuh
• Berbagai penyakit mencerminkan abnormalitas
pada biomolekul atau terdapatnya gangguan
pada reaksi/proses biokimia dalam tubuh
dengan beragam penyebab
PERKEMBANGAN ILMU BIOKIMIA
Pertengahan abad 19 :
Kimia organik menjadi ilmu kehidupan
yang terpisah dari cabang ilmu kimia lain

 Th 1828:Friedrick Wöhler
Sintesis urea dr ammonium sianat

 Th 1820: J V Liebig
- Mengkategorikan makanan menurut sistem klasifikasi
KH, lemak dan protein
- Memperkenalkan konsep metabolisme
 Th 1840: Schwann & Schleiden
Memperkenalkan teori sel sbg unit
struktural dasar dari semua organisme

 Th 1830: L Pasteur
Mengajukan teori keberadaan “fermen yg
terorganisasi” yg hanya berfungsi pd sel
ragi hidup yg memfermentasi glukosa
menjadi alkohol dan CO2

 Th 1878: W Kühne
Memperkenalkan istilah “enzim” utk
“fermen”
• Th 1878 E Fischer (Nobel 1902)
Menemukan:
-Metoda kunci & anak kunci antara E & S
-Pembentuk protein adl asam amino
-Pemecahan protein oleh enzim pencernaan

E Buchner (Nobel 1907)

Ekstrak ragi mampu melakukan fermentasi
 Th 1926: J B Sumner (Nobel 1946)
Kristalisasi urease

 Th 1930:
J H Northrup (Nobel 1946)
Kristalisasi pepsin & tripsin
Hans A Krebs (Nobel 1953)
Siklus urea & asam sitrat(pembentuk energi)

 Th 1950: L Pauling& RB Corey (Nobel 1954)

Konformasi helix dr protein

 Th 1953: F Sanger (Nobel 1958)

Rangkaian as amino dari hormon insulin
• Th 1940: G Beadle & E Tatum (Nobel 1958)
Hipotesis: setiap gen bertanggung jawab thd
struktur dr hanya satu enzim

• Th 1953:J Watson&FHC Crick (Nobel 1962)

Struktur heliks ganda dr DNA
Hipotesis “Dogma Sentral” dr biologi molekuler

• Th 1961: F Jacob & J Monod (Nobel 1965)

Pengaturan katalitik enzim
 Mulai th 1970: Era Bioteknologi
Diperkenalkan teknik DNA rekombinan
Misal:-Rekayasa genetika
-Antibodi monoklonal
-Produksi obat-obatan

Penggunaan ilmu biokimia:

1. Mengungkapkan penyebab penyakit
2. Pengobatan yg rasional & efektif
3. Test skrining utk diagnosis
4. Pemantauan perkembangan penyakit
5. Penilaian reaksi tubuh thd terapi
 UNSUR KIMIA PENYUSUN MAHLUK
HIDUP

Unsur kimia utama

penyusun mahluk hidup
adalah bahan minor
penyusun kerak bumi
(kandungan utama 47% O,
28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe,
dan 3.5% Ca).

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C Enam unsur utama

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi penyusun sel hidup adalah:
H 1 2/3 C, H, N, O, P, dan S.
O 2 1/4
Unsur atom ini mempunyai
BA paling ringan, dengan
N 3 1/70
ikatan atom paling kuat
C 4 1/10
 MOLEKUL UTAMA PENYUSUN
MAHLUK HIDUP

• Karbohidrat

• Lipid

• Nukleotida

• Asam Amino
Bagaimana Molekul Utama Menyusun Mahluk Hidup?

Anabolisme-Katabolisme

Materi
genetik Protein Sel
(DNA)

Sistem Jaringan
Organ
Organ

Individ
u
 BAGAIMANA MOLEKUL UTAMA
MENYUSUN MAHLUK HIDUP?

Ruang
lingkup
Biokimia
 HUBUNGAN ANTARA BIOKIMIA DAN ILMU
LAINNYA
• Anatomi menunjukkan struktur makromolekul
• Histologi menunjukkan struktur mikromolekul
• Mikrobiologi menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan
virus cocok untuk digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-
jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
• Fisiologi, yang mempelajari proses dan mekanisme kehidupan
pada tingkat jaringan dan organisme.
• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam
sel.
• Genetika, yang mempelajari mekanisme penyusunan identitas
biokimia sel.
 Pendekatan biokimiawi :
Menjelaskan : - penyebab penyakit
- merancang terapi yang tepat
Pemeriksaan biokimia laboratorium :
- menegakkan diagnosis
- memantau hasil terapi
Pengetahuan biokimia sangat penting bagi pelaksanaan secara
rasional praktek medis dan ilmu kesehatan yang berkaitan
Ilmu Biokimia

Asam amino Protein Lipid Karbohidrat

Ilmu Kesehatan

Penyakit Genetik Anemia Sel Sabit Arterosklerosis Diabetes Melitus

 BIOKIMIA SEL
• Sel adalah unit dasar fungsional terkecil dari
seluruh organisme hidup
• Organisme adalah makhluk hidup yang
memiliki aktivitas metabolik dan memiliki
kemampuan bereproduksi
• Sel merupakan unit terkecil kehidupan dan
secara umum mempunyai kemampuan untuk
membelah diri dan memiliki aktivitas metabolik
Organel Intraseluler dan Fungsinya (1)

Organel / Fraksi Marker Fungsi Utama

Sintesa dan reparasi DNA, tempat

Nukleus DNA sintesa RNA yang diarahkan DNA
(transkripsi), tempat dari kromosom

Konservasi energi dan respirasi

Glutamat seluler (siklus as-sitrat ; fosforilasi ;
Mitokondria oksidatif) oksidasi KH, lemak, sintesa
dihidrogenasi
urea, hem dan benda-benda keton

Tempat sintesa protein (translasi

Ribosom Kadar RNA yang tinggi
mRNA)
Sintesa membran, sintesa lipid,
Retikulum hormon steroid, rx detoksikasi,
Glukosa 6-fosfatase
endoplasmik oksidasi xenobiotik (enzym sitokrom
P-450)
Pencernaan selluler, hidrolisa protein,
Lisosoma Fosfatase asam KH, lipid dan asam-asam nukleat
ORGANEL INTRASELULER DAN
FUNGSINYA (2)

Pengangkutan molekul ke dalam dan

Na+/K+- ATPase
Membran plasma keluar sel, adhesi dan komunikasi
5 Nukleotidase
antar sel
Degradasi as.lemak dan as.amino
Katalase asam urat
Peroksisom tertentu, produksi dan degradasi
oksidase
hidrogen peroksidase
Pemindahan jenis-jenis protein
Badan-badan
Galaktosil transferase intraselluler, reaksi glikosilasi dan
golgi
rx.sulfasi
Metabolisme KH, lipid, as.amino dan
Sitosol Laktat dehidrogenase nukleotida, sintesa as.lemak dan
enzim-enzim glikolisis
Mikrofilamen, mikrotubulus,
Tidak ada marker
Sitoskeleton filamen intramedia
enzym yang spesifik

Nukleolus Pengolahan RNA dan sintesa ribosom

Komposisi elemen rata-rata tubuh manusia (dry weight basis)

Elemen % Elemen %

C 50 S 0,8
O 20 Na 0,4
H 10 Cl 0,4
N 8,5 Mg 0,1
Ca 4 Fe 0,01
P 2,5 Mn 0,001
K 1 I 0,00005

5 biomolekul utama kompleks sel tubuh manusia :

DNA*, RNA*, Protein, Polisakarida dan Lipid
(*DNA dan RNA → asam nukleat)
Komposisi elemen rata-rata tubuh manusia (dry weight basis)

Organik  Protein 15%, Lipid 15%, KH 5%

dari BB

Anorganik terdiri dari atas Mineral 5% dr BB

a. Kation : Utama  Na+, K+, Ca2+, Mg+2,
Fe2+, Fe3+
JmL kecil  Zn2+, Cu2+
b. Anion : CL¯, HCO3¯ , H2PO42¯,
PO43+,SO42¯
KOMPONEN UTAMA PENYUSUN TUBUH
UNTUK PRIA 65 KG

No Komponen Berat (kg) Persentase

1 Air 40 61,6
2 Protein 11 17
3 Lemak 9 13,8
4 Mineral 4 6,1

5 Karbohidrat 1 1,5
Biomolekul organik kompleks utama dari sel dan jaringan

Biomolekul Building Block Fungsi Utama

DNA Deoksinukleotida Materi genetik
Template (cetakan) untuk
RNA Ribonukleotida
sintesa protein
Beraneka-ragam merupakan
molekul sel yang melakukan
Protein Asam-asam amino
fungsi , misalnya enzym,
elemen kontraktil
Polisakarida Simpanan/cadangan energi
Glukosa
(glikogen) jangka pendek
Beraneka-ragam, misalnya :
komponen membran dan
Lipid Asam-asam lemak simpanan energi jangka
panjang sebagai
Triasilgliserida
 METABOLISME SEL

• Metabolisme sel adalah proses yang terjadi di

dalam sel hidup untuk memproses molekul-
molekul nutrien dan mempertahankan
kehidupan (living state)
• Metabolisme dibedakan menjadi:
• Anabolisme
• Katabolisme
 METABOLISME SEL

• Anabolisme adalah reaksi kimia yang terjadi

di dalam sel dimana sel menggunakan energi
untuk membentuk molekul kompleks dan
menunjukkan fungsi kehidupan yang lain
seperti pembentukan struktur selular
• Katabolisme adalah reaksi kimia yang terjadi
di dalam sel dimana sel memecah molekul
kompleks untuk menghasilkan energi
BIOMOLEKUL STRUKTUR
Anabolic
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun • Polisakarida
• Gula sederhana • Protein (peptida)
• Asam amino • RNA or DNA
• Nukleotida • Lipid
• Asam lemak
Catabolic
 METABOLISME SEL

• Metabolisme sel meliputi urutan yang sangat

kompleks dari reaksi-reaksi kimia yang terkontrol
yang disebut jalur metabolik
• Hal Yang dibutuhkan untuk terjadinya metabolisme
sel adalah:
1. Energi
2. Molekul (makro dan mikromolekul)
3. Mekanisme Kimiawi
ENERGI UNTUK METABOLISME SEL

Biokimia menerangkan tentang

bagaimana cara energi:

• Diperoleh
• Diubah
• Dimanfaatkan
MOLEKUL UNTUK METABOLISME SEL

Biokimia menerangan tentang bagaimana

cara molekul:

• Diubah
• Dipolimerisasikan
• Didegradasi
 MEKANISME KIMIA DIPERLUAN
DALAM PROSES METABOISME SEL
UNTUK:

• Memperoleh energi
• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan
• Mensintesis & mendegradasi makromolekul
• Mempertahankan suatu keadaan hemostasis yang
dinamis
• Membentuk kembali struktur yang kompleks
• Menggandakan diri secara akurat dan efisien
• Mempertahankan keteraturan proses biokimia
 RUANG LINGKUP BIOKIMIA

• Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul

biologi
• Interaksi antar biomolekul
• Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel
• Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel
• Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan
pengkoordinasian aktifitasnya
• Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi informasi
genetika