STRUKTUR PRIMER PROTEIN

YURIKA WITAZORA
1727011004
11/12/2018
Dari gen ke protein
 Protein merupakan senyawa organik kompleks dengan BM tinggi
 Merupakan polimer yang tersusun dari asam-asam amino yang
dihubungkan oleh ikatan peptida
 Ada 21 macam asam amino (9 esensial, 12 non-esensial)
 Penyerapan as.amino di ususdarahsel-sel tubuh
 Kode untuk as.amino non-esensial dapat disintesis oleh DNA
 Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik
 Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsikan menjadi RNA
(sebagai cetakan untuk proses translasi di ribosom)
 Menghasilkan protein mentah (asam amino proteinogenik)
 Setelah proses pascatranslasi terbentuk protein yang berfungsi
penuh secara biologi
 Dalam dogma pokok (central dogma) genetika molekular, RNA
menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNA dan ekspresi
fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein.
 Transkripsi = penyalinan data (3’-5’) DNA dlm inti sel
menghasilkan mRNA
 R=mRNA ke sitoplasma untuk translasi
 Translasi = penerjemahan kodon menjadi as.amino dan
 Menyambungkan as.amino sesuai kodon dg ikatan peptida menjadi
protein (di ribosom)
 t-RNA membawa antikodon dan asam amino pasangannya
 DNA = AGCT
 RNA = AGCU
 3 BASA = 1 KODON
Reaksi pembentukan ikatan peptida
 Pada protein, gugus karboksil- α asam amino terikat pada gugus
amino α asam amino lain dengan ikatan peptida (disebut juga
ikatan amida).
 Pada pembentukan suatu dipeptida dari dua asam amino terjadi
pengeluaran satu molekul air yang dapat dilihat pada Gambar 2.5.

 Keseimbangan reaksi ini adalah ke arah hidrolisis tidak pada

sintesis. Oleh sebab itu, biosintesis ikatan peptida memerlukan
energi bebas, sebaliknya hidrolisis ikatan peptida secara
termodinamika bersifat eksergonik.
Arah Perpanjangan Rantai
 Satu unit asam amino dalam rantai polipeptida disebut residu.
 Rantai polipeptida mempunyai arah sebab unit penyusun
mempunyai ujung yang berbeda, yaitu gugus amino- α dan
gugus karboksil- α .
 Berdasarkan kesepakatan, ujung amino diletakkan pada awal
rantai polipeptida; berarti urutan asam amino dalam rantai
polipeptida ditulis dengan diawali oleh residu
aminoterminal.
 Di akhir = residu karboksil-terminal
Backbone Ikatan Peptida
 Rantai polipeptida terdiri dari bagian yang berulang secara
beraturan yang disebut rantai utama, dan bagian yang
bervariabel yang membentuk rantai samping (R). Rantai
utama kadang-kadang disebut tulang punggung.
 Susunan tetrahedral dari empat gugus yang berbeda
terhadap atom karbon α menyebabkan asam amino
mempunyai aktivitas optik.
 Kebanyakan rantai polipeptida di alam mengandung antara 50
sampai 2000 residu asam amino. Berat molekul rata-rata
residu asam amino adalah 110 dalton, berarti berat molekul
rantai polipeptida adalah antara 5.500 dan 220.000.
Nilai pKa gugus terionisasi dalam
protein
 pKa = derajat kelarutan asam (derajat disosiasi asam)
 Urutan kelarutan suatu asam(atau basa) dalam pelarut air dengan kondisi
standar ( 1 atam 25oC)
 pKa = -Log [H+]
 Semakin banyak ion H+ semakin larut
 Penambahan asam akan menaikkan konsentrasi H+ dan menurunkan
OH-. Asam kuat praktis mengikat semua OH- dan dapat dikatakan
larutan sepenuhnya berisi ion H+ (pKamendekati nol). Asam lemah tidak
terlarut sepenuhnya sehingga, meskipun konsentrasi H+ meningkat,
masih terdapat OH- terlarut. Akibatnya, nilai pKa berada di antara 0 dan
7. Dengan logika yang sama, penambahan basa pada air akan
mengakibatkan nilai pKa berada di antara 7 dan 14.
 Zwitter-ion, karena dapat bersifat asam maupun basa, memiliki paling
sedikit dua nilai pKa.
 Status ionisasi suatu asam amino bervariasi
tergantung pada pH.
 Dalam larutan asam (misalnya pH 1), gugus karboksil
dalam bentuk tak terionisasi (COOH) dan gugus amino
dalam bentuk terionisasi (NH3+).
 Dalam larutan alkali (misalnya pH 11) gugus karboksil
dalam bentuk terionisasi ( COO-) dan gugus amino dalam
bentuk tak terionisasi (NH2-).