Sekuensing

DNA

Rachman Adji Prakoso

162210101100
Fadhilah Rachman
162210101111
Nofia Elisa Putri
162210101112
Sitti Lutviani
162210101114
Harinditha Pramana P
162210101122
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

About DNA ?

 Deoxyribo Nucleic Acid

 Asam nukleat yang menyimpan semua informasi
genetika
 Terdiri 2 unting biopolimer yang terpilin, 2 unting ini
biasa disebut dengan polinukleotida
 Tiap nukleotida terdiri dari salah satu basa
nitrogen dan gugus fosfat
 Nukleotida tersebut akan berikatan dan
membentuk ikatan kovalen yang berselang seling
dan membentuk ikatan double helix
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Sekuensing DNA ?

 teknik yang digunakan untuk menentukan urutan basa

nukelotida
Adenin, Guanin, Sitosin, Timin
 1970 an membutuhkan waktu 1 tahun untuk
menyelesaikan 100 urutan basa DNA
 1976 dikembangkan oleh Allan Maxam & Walter Gilbert
 Metode Sanger muncul
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Prinsip Dasar Sekuensing DNA

 Prinsip dasar DNA sekuensing akan digunakan

metode PCR (polymerase Chain Reaction)
sebagai pijakannya. Pada proses ini
digunakan cetakan (template) dari basa
ACGT untuk menetukan urutan dari DNAnya,
lalu akan diamplifikasi menggunakan enszim
dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi
PCR
 Adapun proses cycle sequencing jika dalam
prosesnya terdapat penambahan pereaksi
terntentu.
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Metode sekuensing

 Dalamsekuensing DNA, terdapat

beberapa metode yang bisa dilakukan :
a) Maxam & Gilbert sequencing

b) Sanger sequencing
Dikembangkan oleh Frederick Sanger
dan rekan pada tahun 1977
c) Pyrosequencing
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Maxam & Gilbert Sekuensing

Sanger Sekuinsing
 Sekuensing DNA teknik Sanger membutuhkan:
1. DNA utas tunggal dalam jumlah cukup
sebagai template DNA
2.Primer yang sesuai (sepotongkecil DNA yang
berpasangan dengan template DNA
danberfungsisebagaistarting pointuntukreplikasi
3.DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA,
menambahkan nukleotida baru ke ujung 3
daritemplate
4.Sejumlahnukeotida normal
5.Sejumlah kecil dideoxynucleotide yang dilabel
(radioaktif atau dengan pewarna fluorescent)
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

proses Sanger Sekuinsing

 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Pyrosequencing
 teknik
pemetaan DNA yang berdasarkan
deteksi terhadap pirofosfat (PPi) yang
dilepaskan selama sintesis DNA.
Prosedur umum untuk analisis pyrosequencing :

 DNA yang akan disekuensi dipotong menjadi fragmen-

fragmen sepanjang kira-kira 100 bp.
 Fragmen-fragmen DNA tersebut didenaturasi menjadi
DNA untai tunggal (single-stranded DNA/ssDNA).
 Tiap DNA untai tunggal tersebut ditempel pada manik-
manik berukuran mikroskopis yang terpisah satu sama
lainnya.
 Reaksi berantai polimerase (PCR) dijalankan pada
masing-masing manik-manik sehingga dari tiap manik-
manik didapat kira-kira 10 juta kopi ssDNA yang identik.
 Manik-manik dimasukkan ke dalam sumur-sumur
mikroskopis (berjumlah kira-kira 200 ribu) yang masing-
masingnya berisikan enzim, DNA polimerase untuk
menambah deoksinukleotida pada DNA untai tunggal,
ATP sulfurilase yang membentuk ATP dari APS
dan pirofosfat (PPi), luciferase untuk
katalisis luciferin menjadi oksiluciferin yang menghasilkan
cahaya, dan apirase, serta substrat adenosin fosfosulfat
(APS) dan luciferin.
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Manfaat Sekuensing

 Bidang Forensik
Untuk mengidentifikasi induvidu tertentu karena
setiap induvidu memiliki urutan DNA yang unik

 Bidang Kedokteran
digunakan untuk mendeteksi gen yang terkait
dengan beberapa faktor keturunan atau
penyakit yang diperoleh
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

 Bidang pertanian
Bermanfaat dalam pengendalian hama/
penyakit tanaman secara hayati

 Bidang taksonomi
mengklasifikasikan makhluk hidup kedalam
kelompok-kelompok tertentu sehingga dari
pengelompokkan tersebut memudahkan kita
untuk mempelajari keanekaragaman makhluk
hidup di alam
 BIOTEKNOLOGI FARMASI

Kesimpulan
 Sekuensing DNA adalah teknik yang digunakan
untuk menentukan urutan basa nukelotida
(adenin, guanine, sitosin, dan timin) pada molekul
DNA.
 Prinsip dasar sequencing DNA yaitu
menggunakan metode PCR (polymerase Chain
Reaction).
 Metode sequencing DNA digunakan beberapa
metode, yaitu dideoxy atau cham termination
method oleh F, Sanger (Sanger sequecing) dan
Chemical Cleavage method oleh A, Maxam
(Maxam and Gilbert sequencing), dan
Pyrosequencing.
 Metode Maxam dan Gilbert pelabelan pada
unjung 5′ dengan menggunakan -32P. modifikasi
dan pelepasan basa nitrogen, pemutusan rantai
DNA, dan deteksi dengan Polyacrylamide gel
electrophosesis.
 Metode Sanger merupakan metode sekuensing
DNA berdasarkan penggabungan selektif rantai-
terminating dideoksi oleh polimerase DNA
selama in vitro replikasi DNA.
 Pyrosequencing adalah teknik
pemetaan DNA yang berdasarkan deteksi
terhadap pirofosfat (PPi) yang dilepaskan
selama sintesis DNA.
Matur Tampi Asih 