DNA (Gene)

Rearrangement

Oleh :
Purnomo Soeharso
Departemen Biologi Medik FKUI
Mengubah komposisi gen agar menghasilkan
varian yang lebih besar untuk bermacam-macam
keperluan  1 gen dapat mengekspresikan
puluhan/ribuan protein berbeda.

Bakteri  menghasilkan protein baru yang tidak/

sukar dikenali sistem imun 
menghindar dari intervensi imunitas
host.

Manusia/mamalia  gen Ig dan TCR menghasil

kan diversitas yang dapat/mampu
mengenal bermacam-macam antigen
di lingkungan hidupnya.
Neisseria gonorhoeae menghindar respon sIgA
dengan mengubah antigen permukaan.

N. gonorhoeae melekat ke epitel mukosa uretra

atau servix dengan pili  dikonstruksi protein
pilin.

Bakteri mengubah komposisi protein pilin untuk

menghindar respon IgA memori  tidak dikenal
sIgA.

Varian pilin dihasilkan oleh gene rearrangement

dari gen (coding sequence) pilin.
Reseptor antigen manusia / vertebrata :

- Reseptor sel T (TCR) – limfosit T  mengenal

kompleks Ag – HLA (reaksi seluler).
struktur molekul :  & 
 &

- Imunoglobulin (Ig) – limfosit B  mengenal Ag bebas

(reaksi humoral).
struktur molekul : H & L, L
Gen yang mengkode subunit TCR dan Ig

Gen Lokus

TCR  14 q 4
 7 q 32 – 35
 7 p 15
 14 q 4

Ig L 2
L 22
H 14 q 9
Bentuk gen Ig dan TCR

1. Bentuk germline  gen nonfungsional pada sel

non T/ non B dan presel T / presel B.

2. Bentuk rearrangement  gen fungsional pada sel T

dan sel B yang telah matur  berasal dari
rekombinasi somatik segmen gen bentuk germline
pada waktu deferensiasi sel T dan sel B.
 Komposisi gen TCR bentuk germline dan rearrangement

Domain (exon) TCR TCR

Bentuk germline
V 50 70
D -- 2
J 50 13
C 1 2
Bentuk rearrangement
Kombinasi 2,5 X 103 3,6 X 103
Tambahan N-sequence 2,5 X 105 3,6 X 105

Diversitas TCR   1011 kombinasi

 Komposisi gen Ig bentuk germline dan rearrangement

Domain (exon) Rantai L Rantai L Rantai H

Bentuk germline
V 300 300 300
D -- -- 50
J 5 -- 8
C 1 5 9
Bentuk rearrangement
Kombinasi 1,5 X 103 1,5 X 103 11 X 104
Tambahan N-sequence 1,5 X 105 1,5 X 105 11 X 106

Diversitas Ig  16,5 X 1011 kombinasi

Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai penanda
(marka) galur dan distribusi klon sel T dan sel B.

- Limfosit T/B dari galur tertentu menunjukkan pola

rearrangement gen TCR/Ig yang khas.

- Limfosit T/B anggota dari satu klon mempunyai

patron (gambaran) rearrangement yang sama.
Cara deteksi rearrangement gen TCR dan Ig :

1. RFLP  determinasi fragmen restriksi pada blot

Southern.
- situs restriksi pada intron gen germline akan
terinterupsi oleh rekombinasi segmen gen yang
berpartisipasi/mengalami rearrangement sehingga
komposisi fragmen restriksi akan berubah 
berbeda dari bentuk germline.

- hibridisasi dengan DNA pelacak (probe) menyebab

kan patron hibridisasi pada radioautogram blot
Southern berubah dan berbeda dari patron germline
2. Amplifikasi gen dengan PCR menggunakan primer
yang komplementer dengan intron segmen gen
pasangannya  rearrangement menyebabkan
segmen gen yang berkombinasi tidak teramplifikasi.
Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai alat untuk
memantau kelainan dan patologi limfoproliferasi.

1. Leukemia limfositik dan limfoma

Sel leukemia dan neoplasma limfoblastik berasal dari
satu sel ansestor yang berproliferasi lebih agresif dari
pada sel normal, membentuk satu klon dominan
dalam sirkulasi atau kelenjar limfe  analisa
rearrangement pada limfosit yang diisolasi dari darah
tepi atau kelenjar limfe menunjukkan ekspansi klon
sel neoplasia limfositik / limfoblastik.
2. Penyakit-penyakit autoimun
Analisa limfosit yang diisolasi dari organ atau jaringan
yang mengalami lesi karena reaksi autoimun,
menunjukkan adanya prliferasi sel T monoklonal atau
oligoklonal yang spesifik.
- rhematoid arthritis
- autoimun chronic active hepatitis
- psoriasis

3. Penyakit-penyakit infeksi virus dan bakteri intraseluler

Respon imun thd antigen virus menyebabkan
proliferasi sel T spesifik dalam sirkulasi dan jaringan/
organ target  analisa rearrangement pada limfosit
dari sirkulasi/organ memperlihatkan ekspansi
monoklonal atau oligoklonal sel T.
Kesimpulan

1. Rearangement gen TCR dan Ig adalah marka sensitif

untuk mendeteksi galur dan distribusi klon sel T dan
sel B.

2. Rearrangement gen TCR dan Ig adalah metoda

efektif untuk mendiagnosa dan memantau kelainan
atau patologi limfoproliferasi yang disebabkan oleh
neoplasia limfositik, autoimun dan penyakit-penyakit
infeksi.
 Good Luck
&
Be Successful