KELOMPOK 5

ANDRA DJASEFINO (1510424007)

EKA YULIASTUTI (1810421014)
ANNISA VITRI (1810421032)
TASYIA PUTI BRIGITA (1810422032)
TIARA CHELIA PRATIWI (1810423004)
 Replikasi DNA dimulai dengan membukanya
DNA double helix pada suatu daerah yang
disebut replication fork.
 Membukanya double helix ini
disempurnakan oleh kerja enzim DNA
helicase. Daerah membukanya double helix
DNA ini, terlihat dengan mikroskop electron
seperti gelembung (bubble), dan dengan
demikan disebut sebagai suatu replication
bubble.
 Bubble ini akan mengalami peningkatan
ukurannya sejalan dengan bergeraknya
replication fork pada DNA helix dalam dua
arah
Sejalan dengan terpisahnya dua untai DNA ("unzip") dan Basa-basa
nitrogennya terdedah, enzim DNA polymerase Bergerak ke posisi pada titik
tempat sisntesis akan dimulai.
1.Topoisomerase:
 bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double
heliks DNA. Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks
DNA dapat dipatahkan dengan penorehan (nicking) salah satu
untai DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh
untai DNA dua-duanya. Topoisomerases I dan II tetap berikatan
dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
 menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah
gulungan supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai
DNA ini secara alami ingin berikatan satu sama lain karena
adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas
helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP untuk
memisahkan menjadi dua untai DNA.
 3.DNA polymerase:
 mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida baru
yang akan membentuk untai baru dengan nukleotida pada untai DNA
lama yang berfungsi sebagai pencetak (template strand).
 mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru dan 3'
OH bebas pada polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan
phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru DNA hanya dapat
bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3‘. Sekali lagi, untuk
diketahui bahwa ikatan phosphodiester dibentuk antara gugus 3' OH
pada gula dengan gugus 5' phosphate dari nukleotida yang baru.
 Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA; DNA polymerase III
bertanggungjawab dalam proses sintesis untai DNA baru.
 DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-unit
protein yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim ini memiliki aktivitas
proofreading, yaitu dapat memastikan bahwa enzim ini menyisipkan
basa nitrogen yang tepat, dan memiliki aktivitas sebagai 3'à 5'
exonuclease (excision of nucleotides) dengan demikian enzim ini dapat
memotong bila terjadi kesalahan.
Untai DNA baru, selalu disintesis dalam arah 5' ke 3'.
5' triphosphate hanya dapat ditambahkan ke gugus 3'OH
dari deoxyribose.
 4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut
primeosome. Enzim ini berfungsi menempelkan primer RNA
pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat
darimana memulai sintesis. Primer RNA ini pada akhirnya akan
dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan diisi oleh
kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester
antara 3'OH dan 5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini dapat
menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA primer
dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk
menjaga stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA
adalah sangat labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein ini
akan berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan untai
tunggal (single stranded) dan menjaganya agar tdk terdegradasi.
 Titik mulai (start point) bagi enzim DNA polymerase adalah
pada segmen pendek yang dikenal sebagai RNA primer.
Secara termnologi, "primer" menunjukkan perannya untuk
memulai (to "prime“) sintesis DNA pada suatu titik tertentu.
Primer ini terletak secara komplemen terhadap DNA
template oleh enzim yang dikenal dengan RNA polymerase
atau Primase.
 DNA polymerase, kemudian menambahkan nukleotida satu
persatu dalam urutan yang betul-betul komplemen, yaitu A--
T dan G--C.
Bagaimana DNA polymerase mengetahui basa mana yg harus
ditambahkan?
 DNA polymerase digambarkan sebagai "template
dependent" (tergantung pada template/ cetakannya)
sehingga enzim ini akan “membaca” sekuen basa nitrogen
pada template DNA, dan kemudian mensintesis untai
komplemennya. Untai DNA template selalu dibaca dari arah
3' ke 5' (yaitu dimulai dari ujung 3’ DNA template dan
membaca nukleotida-nukleotida secara urut ke arah ujung 5’
dari DNA template).
 Untai DNA yang baru dibentuk (karena komplemen dengan
DNA template) maka pasti disintesis pada arah 5’ ke 3’.
(ingat bahwa 2 untai DNA berpasangan secara antiparallel).
 Studi-studi yang dilakukan pada genom organisme
prokaryotic menunjukkan bahwa DNA memiliki dua fungsi
utama dalam replikasi dirinya sendiri:
◦ Pertama, berfungsi sebagai template (cetakan), dan
◦ Kedua, menghasilkan enzim, khususnya DNA polimerase, dan protein-
protein lain yang membantu proses replikasi.
 Replikasi DNA dapat dimulai pada beberapa situs (multiple
sites) disepanjang DNA template, dan masing-masing
potongan yang dihasilkan di gabungkan bersama oleh enzim
DNA ligase.
 Replikasi DNA sirkuler dimulai pada titik khusus dalam
lingkar DNA yang mengarahkan terbentknya replication
bubble
 Replikasi untuk molekul DNA linier dimulai pada titik spesifik
melalui pembentukan replication bubble. “original of
replication” atau titik awal replikasi (titik Ori) merupakan titik
khusus untuk dimulainya repikasi.
 DNA selalu direplikasi dari ujung 5' ke ujung 3‘.
 Karena dua untai DNA adalah antiparalel, ini
berarti ada satu untai sebagai "leading strand",
yang dapat melakukan replikasi secara kontinu,
dan terdapat untai satunya sebagai "lagging
strand" yang terdiri dari fragmen-fragmen
pendek yang kemudian harus disambung
menjadi satu untaian (oleh enzim DNA Ligase).
 Karena untai DNA asli (template) terdiri dari dua untai tunggal
yang komplemen dan antiparalel, maka hanya satu untai DNA
baru yang dapat mulai pada ujung 3' dari DNA template dan
dapat bertambah panjang (tumbuh) secara kontinue ketika
titik replikasi (the replication fork) bergerak di sepanjang DNA
template.
 Untai DNA yang lain harus tumbuh pada arah yang
berlawanan, dan hasil dari replikasi secara diskontinue ini
adalah berupa urutan fragmen-fragmen pendek DNA baru
yang disebut fragmen Okazaki. Untuk menjadikan segmen-
segmen pendek DNA baru ini dibuat dalam untai yang
kontinue, segmen-segmen ini digabungkan oleh kerja enzim
DNA ligase yang “merekatkan” potongan-potongan ini
menjadi satu untaian dengan pembentukan ikatan
phosphodiester
 Tahap terakhir adalah membuang RNA primer oleh kerja
enzim, dan kemudian mengisi kekosongan ini dengan
deoksinukleotida sehingga menjadi untai DNA yang utuh.
The replication fork
 Karena masing-masing untai DNA baru
adalah komplemen terhadap untai
templatenya, maka kopi DNA baru yang
identik dengan template double heliks
dihasilkan selama replikasi.
 Pada masing-masing heliks baru, satu untai
adalah template DNA lama, dan untai
lainnya adalah untai DNA baru yang baru
saja disintesis, inilah yang disebut dengan
replikasi secara semi-conservative.
 Dengan demikian dihasilkan dua kopi DNA
yang identik.
DNA is replicated "semi-conservatively"
DNA Replication
 Proses replikasi DNA pada semua organisme adalah proses
yang sangat menakjubkan.
 Total jumlah gen pada sel manusia, genom manusia,
diperkirakan sekitar 3 milyar pasang basa (base pairs), dan
pada satu untai tunggal berisi mencapai 250 juta pasang
basa.
 Yang lebih menakjubkan lagi, kecilnya kesalahan yang terjadi
meskipun ukuran DNA manusia yang begitu besar. Kesalahan
hanya terjadi sekitar satu dalam setiap 10-100 milyard DNA.
 Proses replikasi DNA secara sempurna pada sel-sel manusia
berlangsung beberapa jam. Untuk mereplikasi DNA yang
sebesar ini dalam waktu yang hanya beberapa jam,
memerlukan tidak hanya satu replication fork, membentuk
beberapa replication bubble dan mengahasilkan beberapa
segmen untai DNA yang pada akhirnya disambung-sambung
membentuk DNA double heliks baru.
 Dalam kaitannya dengan terjadinya kesalahan, makhluk
hidup memiliki mekanisme DNA proofreading dan perbaikan
yang dapat mengenali terjadinya kesalahan pasangan-basa
dan kerusakan DNA dan memperbaikinya.
 Terdapat dua jalur perbaikan:
◦ base excision, memperbaiki basa yang tertukar dengan cara
membuangnya oleh kerja DNA glycosylase yang diikuti dengan
membuang gula fosfat yang terbentuk.
◦ nucleotide excision, nukleotida disekitar daerah yang rusak dibuang
sebagai oligonucleotida.
 Kekosongan yang terjadi dari dua proses tersebut kemudian
diisi oleh kerja secara berurutan dari DNA polymerase dan
DNA ligase.
 1.Alberts B. Johnson A, Lewis J., Raff M., Robert
K, Walter P. 2002. Molecular Biology of Cell.
4th Ed. Garland Science.
 2. Stansfield, W.D., Cano,R.J, Colome,J.S. 2006.
Moleculer and cell Biology. McGraw Hill
companies.
 3.Freifelder,D. 2002. Essentials of Molecular
Biology. J ones and Bartlett publishers, Boston
 4. Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA.,
Krieger M., Scott MT. Zipursky SL., Darnell J.
2004. Molecular Cell Biology. 5th Ed.
 5. Beberapa sumber gambar dari internet
untuk Biomol.