Departemen Kimia FMIPA

TEKNIK ANALITIK
UNTUK METABOLOMIK
KIM 731
3 (3-0)
KONTRAK KULIAH: Deskripsi dan TIU

DESKRIPSI TIU
•Mata kuliah ini akan membahas secara
komprehensif mengenai penggunaan teknik-teknik
•Setelah mengikuti kuliah ini
analisis dalam kajian metabolomik. Materi yang mahasiswa akan memiliki
diberikan meliputi kajian metabolomik dalam sistem pengetahuan, mampu menjelaskan,
biologis dan perspektifnya di masa depan, tantangan
kimia dalam mempelajari metabolome, pengambilan dan menganalisis mengenai
dan penyiapan sampel untuk analisis metabolome metabolomik dimulai dari
(pengambilan metabolit dari sampel biologis),
penggunaan dan pemilihan teknik analitik dalam
pengenalan metabolomik, perlakuan
metabolomik (kromatografi dan spektrometri beserta sampel dan pemilihan teknik analitik,
tandem keduanya), analisis data yang dimulai dari dan analisis data dalam kajian
pengorganisasian dan pemrosesan data serta
penggunaan teknik kemometrik untuk tujuan metabolomik.
tertentu seperti klasifikasi sampel. Selain itu dibahas
juga studi kasus dan ulasan dari berbagai jurnal yang
berkaitan dengan metabolomik
KONTRAK KULIAH: Tim Pengajar

Dr. Nancy Dewi Yuliana

Kimia Pangan

Dr. Utami Dyah Syafitri

Dr. Mohamad Rafi Statistika
Kimia Analitik
Koordinator MK
KONTRAK KULIAH: Silabus

Minggu ke- Pokok Bahasan Dosen

1 • Kontrak kuliah MRA

• Metabolomik dalam fungsional genom dan sistem
biologis
2 Tantangan kimia dalam metabolome MRA
3-4 Pengambilan dan perlakuan sampel untuk analisis NDY
metabolomik
5-7 Teknik analisis untuk metabolomik: NDY
• Analisis dan aplikasi metabolomik dengan NMR
• Analisis dan aplikasi metabolomik dengan UV-Vis
dan FTIR
KONTRAK KULIAH: Silabus

Minggu ke- Pokok Bahasan Dosen

10-12 • Analisis dan aplikasi metabolomik berbasis kromatografi dan MRA

spektrometer massa
13 Analisis data metabolomik: pengorganisasian data, tujuan pengukuran: MRA
kualitatif dan kuantitatif, struktur data, dan pra-pemrosesan data
14-15 Analisis data metabolomik: UDS
• Desain eksperimen
• Statistika multivariat
16 Presentasi kajian jurnal yang berkaitan dengan metabolomik oleh MRA
mahasiswa dengan topik:
• Metabolomik ragi dan jamur
• Metabolomik mikroba
• Metabolomik tumbuhan
• Metabolomik pada manusia dan mamalia lainnya
Penilaian

Kehadiran kuliah minimal 80%

Penilaian:
 A : NA≥80; Bobot Penilaian:
 AB : 73≤NA<80;  UTS (20-25%)
 B : 66≤NA<73;  UAS (20-25%)
 BC : 60≤NA<66;  Tugas MRA (10-15%)
 C : 55≤NA<60;  Tugas NDY (10-15%)
 D : 45≤NA<55;  Tugas UDS (10%)
 E : NA<45  Tugas makalah (10-30%)
KONTRAK KULIAH: Bahan Ajar

1. Villas-Boas SG, Roessner U, Hansen MAE, Smedsgaard J, Nielsen J. 2007. Metabolome analysis.
Wiley VCH
2. Krastanov A. 2010. Metabolomics-state of the art. Biotechnology & Biotechnological Equipment. 24:
1537-1543.
3. Brown M et al. 2005. A metabolome pipeline: from concept to data to knowledge. Metabolomics 1:
39-51
4. Goodacre R, Vaidyanathan S, Dunn WB, Harrigan GG, Kell DG. 2004. Metabolomics by numbers:
acquiring and understanding global metabolite data. Trends in Biotechnology 22: 245-252.
5. Rochfort S. 2005. Metabolomics reviewed: a new “omics” platform technology for systems biology
and implications for natural products research. Journal of Natural Product 68: 1813-1820
6. Ryan D & Robards K. 2006. Analytical chemistry considerations in plant metabolomics. Separation
& Purification Reviews 35: 319–356.
7. Dunn WB & Ellis DI. 2005 Metabolomics: Current analytical platforms and methodologies. Trends in
Analytical Chemistry 24: 285-294.
Metabolomik

........identifikasi dan kuantifikasi sistematis molekul

kecil/metabolit* hasil metabolisme (metabolom)$ dari suatu
sistem biologis (sel, jaringan, organ, cairan biologis, atau
organisme) pada titik waktu tertentu (nature.com)
(https://www.nature.com/subjects/metabolomics)

* Metabolit: setiap molekul organik yang terdeteksi dalam tubuh dengan MW <1500 Da
$ Metabolom: koleksi lengkap metabolit/molekul kecil di sel, organ, jaringan atau organisme
Metabolomik

Nothing new in metabolomics!

Just:
• Different direction
• Combination of present technology
Metabolomik
Metabolomik

Quantify everything =
metabolomics
 Metabolomik
Metabolite fingerprinting Selection of technology is a
Pattern recognition to classify compromise between
samples by shifts in “global” speed, selectivity and
metabolite composition sensitivity.
Metabolite target Metabolite profiling
analysis Detection, identification and
Analysis of specific/known Four approximate quantification of a
metabolites. Approaches large set of target compounds
Particular interest in within a specific metabolite
low molecular weight pathway
compounds – the Metabolomics
substrates and products Unbiased identification of
in pathways. all metabolites in sample. (Fiehn, 2001)
Metabolomik

The three cornerstones of

metabolomics and the three
main challenges related to
metabolomic data analysis.

J Boccard, S Rudaz. 2014. J. Chemometrics 28: 1

https://www.metabolon.com/what-we-do/our-technology
Metabolomik
Metabolomik
Metabolomik
TERIMA KASIH

Direktorat Publikasi Ilmiah

dan Informasi Strategis