BK.3.

2 REPLIKASI DNA
 Menjelaskan the human genome
 Menjelaskan mengenai DNA base pairing
 Menjelaskan replikasi DNA
 Menjelaskan replikasi DNA pada pembelahan
meiosis
 Kasus

Seorang ibu membawa anak laki-lakinya yang

berumur 10 tahun ke Unit Gawat Darurat salah
satu RS Swasta. Ia baru saja membawa
anaknya ke dokter gigi dan ketika itu salah satu
gigi anaknya terpaksa harus dicabut. Setelah
dicabut, perdarahan yang terjadi tidak dapat
ditanggulangi oleh dokter gigi, dan kemudian ia
dirujuk untuk segera dibawa ke rumah sakit.
Dari keterangan ibunya, anak tersebut sering
mengalami perdarahan sejak usia 5 tahun
terutama setelah terbentur atau terjatuh.
Riwayat penyakit keluarga,saudara laki-laki
kandung si ibu mengalami keluhan perdarahan
yang sama dan telah meninggal dunia saat
usia anak-anak. Pada pemeriksaan fisik
penderita tampak lemah dengan kesadaran
compos mentis, dan wajah terlihat pucat. Oleh
dokter jaga, pasien ini didiagnosa sementara
dengan Hemofilia.
Organized systems

6
Pedigree of Hemophilia
in One Family

female
normal male
hemophilic male
 Hemophilia

 Hemophilia - A sex linked genetic disorder in

which blood clotting is deficient
 Hemophilia A - lack of antihemophilic globulin
 Most common type (80% of cases).
 Hemophilia B - defect in thromboplastic
component - a milder form of the disease.
 Sex linked - trait found on X chromosome.
Chromosome, DNA, Gen
 22.3

p
22.2
22.1
X Chromosome
21.3
growth control factor, X-linked
21.2
21.1
Xg blood roup
11.4
11.3
ocular albinism
11.23 sensorineural deafness
11.22
11.21 11.1
11.2 11.1 anemia, sideroblastic, with
12
Spinocerebellar ataxia
13

21.2
21.1 cleft palate
21.3 lymphoproliferative syndrome
22.1
22.2 22.3 Simpson dysmorphia syndrome
23
24
25
coagualation factor IX, hemophilia B
q 26 blue-monochr. color blindness
27 coagulation factor VIIIc,hemophiliaA
28 homosexuality, male
Chromosomes
 Chromosomes
 Long strands of DNA packaged and
compressed very tightly
 Everyone has 2 sets (1 pair) of
chromosomes
1 pair of each of the 22 ‘autosomes’
 plus XX for a female (46XX)
 or XY for a male (46XY)
 1 is inherited from mum, 1 from dad
 You pass 1 of each pair onto each child
 Struktur DNA
 Biokimia : DNA adalah Polymer dari
Desoxyribonucleotide (Basa, zat Gula dan 1
atau lebih gugus Phosphat)
 Zat Gula : -D-2 Desoxyribose (Ribose)
 Ikatan N-Glykosida antara Desoxyribose
(C1) dengan Pyrimidin (N1) atau Purin (N9)
Desoxy ribonucleic acid
Struktur DNA
 Sanger dan Gilbert (1975) : methode
sequensi Basa Nukleotida (A, T, C, G)
 Telah selesai disequensi pada Juli 2000
 Gen : Sepotong DNA (Intron atau Exon)
 A-T G-C
 Satuan DNA : bp (base pair)
 Nukleotida : 2,9 milyar bp (990 mm) di
Chromosome (inti sel)
DNA Base Pairing

A G C G A T C T G G
T C G C T A G A C C

Double helix consists of 2

complimentary strands of DNA.
DNA Replication
 Each of the 2 DNA strands is copied by
machinery in the cell
 Each new ‘daughter’ strand has a sequence
complimentary to the original ‘template’
strand
 Replication essential to allow cell division
(Mitosis) where 1 cell becomes 2
DNA Replication C G
C T
T A A
A T
T T A T
A A
DNA New strands G C
G
unzips formed

semi-conservative
2 daughter cells
Replikasi DNA berlangsung pada kedua
helix dengan arah yang berlawanan

3’

5’

3’

5’
 DNA Replication
 Replication fork : leading strand and lagging
strand
 DNA synthesized in the 5’ – 3’
 The 5’-3’ synthesis of the leading strand is
continuous.
 The lagging strand is also synthesized in the 5’-
3’ direction but in small segments
 This segments referred to as Okazaki fragments
 Okazaki fragments has 100 – 200 nucleotides
 DNA ligase joined the Okazaki fragments.
 5 DNA Polymerase : α, β, δ, ε and γ
 DNA Replication and Chromosomes
 During the replication of chromosomes,
there is a cross-over of portions of one DNA
strand to another (of the same
chromosome).
 This cross-over, along with randomization
assures that offspring differ from the
parents.
meiosis
+
BK.3.3 TRANSKRIPSI DAN
TRANSLASI GEN
 Menjelaskan proses transkripsi dan translasi
gen
 Menjelaskan transkripsi dan translasi sebagai
proses sintesa protein
 Menjelaskan perbedaan sandi nukleotida
pada nukleus dan mitokondria
Genes
 Segments of DNA code for proteins (or
parts of proteins)
 Each coding segment is called a gene
 One gene codes one protein (or part of)
 Genes contain the information which
makes us what we are
Gene Structure

 Every three bases of DNA is called a ‘codon’

 Each codon specifies an amino acid which
join together to form the protein
eg ATG = methionine = START
TAA = STOP
TAG = STOP
TGA = STOP
 Gene Structure
Introns

Promoter
Exons
TAA
ATG TAG ‘stop’
start TGA

Exon = coding sequence

Intron= intervening sequence
(non-coding)
BODY PROTEIN
 Enzyme
 Receptor
 Hormone
 Growth Factor
 Immunoglobulin
 Interferon, Interleukin, Cytokine
 Adhesions molecules
 HLA/MHC
PROTEIN
 STRUKTUR PROTEIN
 SIFAT PROTEIN
 FUNGSI PROTEIN
 PEMBENTUKAN PROTEIN
 DISTRIBUSI PROTEIN
 PEMERIKSAAN PROTEIN
Proteins are composed of subunits called amino acids
 Protein Synthesis

transcription

DNA RNA Protein

translation
Nukleotida 1. Nukleotida 2. Nukleotida 3.
(5’) (3’)
U C A G
U Phe Ser Tyr Cys U
U Phe Ser Tyr Cys C
U Leu Ser STOP STOP A
U Leu Ser STOP Trp G
C Leu Pro His Arg U
C Leu Pro His Arg C
C Leu Pro Gln Arg A
C Leu Pro Gln Arg G
 U C A G
A Ile Thr Asn Ser U
A Ile Thr Asn Ser C
A Ile Thr Lys Arg A
A Met Thr Lys Arg G
G Val Ala Asp Gly U
G Val Ala Asp Gly C
G Val Ala Glu Gly A
G Val Ala Glu Gly G
Perbedaan Sandi Nukleotida

 Nukleotida : Chr. : Mit. :

UGA Stop Trp

AUA Ile Met
AGA Arg Stop
AGG Arg Stop
BK.3.2 INHIBITOR SINTESA
PROTEIN, MUTASI
 Menjelaskan zat-zat yang dapat
menghambat biosintesis polipeptida
 Menjelaskan aplikasi biomolekuler genetika
dalam kedokteran gigi
Mutations
 A change in the DNA sequence of the
gene
 All cells acquire mutations as they
divide
-6
 rate of approx 10 per gene per cell
 Mutations can alter protein product of
DNA, stop gene working or activate
gene
Types of Mutation

 Deletion - DNA missing

 Insertion - extra DNA inserted
 Expansion (Amplification) - DNA
repeat size has increased
 Point Mutation - change in one base
 Types of Mutation
(in coding sequence)

AGC TTC GAC CCG Wild type

AGC TCG ACC CG Deletion
AGC TTC CGA CCC G Insertion
AGC TTC TTC GAC CCG Expansion
ATC TTC GAC CGG Point mutation
 POINT MUTATION
UAA
(Termination Codon)

UCA
(Codon for Serine)
UCU
(Codon for Serine)
CCA
(Codon for Proline)
Inhibitor Sintesis Protein

 Sebagai prinsip mekanisme kerja obat.

- Antibiotik
- Anti kanker

 Tetrasiklin
Menghambat sintesis protein bakteri
pada ribosomnya.
Inhibitor Sintesis Protein

 Tetrasiklin
Setelah masuk anti biotik berikatan
secara revarsible dengan ribosom 30S
dan mencegah ikatan tRNA – amino asil
pada kompleks mRNA – ribosom 
mencegah perpanjangan rantai peptida
yang sedang tumbuh  terhentinya
sintesis protein
 Aplikasi teknologi DNA
 INFEKSI PADA PENYAKIT GIGI DAN
RONGGA MULUT :
 Diagnosa dini diperlukajn untuk
kesembuhan dan terapi yang tepat
 Sulit menentukan jenis bakteri, virus atau
komponen virus karena tidak ada alaqt
diagnostik yang spesifik
 PCR dari sampel cairan gusi, saliva, spesimen
patologik, sel mukosa atau jaringan mulut
lainnya.
 Aplikasi teknologi DNA

 Mycobacterium tuberculosis :
 Membedakan jenis atypic, dengan mikroskop
hal ini tidak mungkin
 Kultur : waktu yang lama dan bakteri harus
banyak (terutama untuk sensitivity test)
 Diagnose cepat dibutuhkan, mis. pada
penderita AIDS.
 Ditemui jenis yang multi drug resistant (MDR)
 Diagnosa dengan PCR dan Hybridisasi
(contoh : dot-blot)
Carcinogenesis (Colorectal
Cancer)
Penerapan Teknologi Gen/DNA dalam
Therapy
 Produk dari gen untuk therapy dan
prophylaxis :
 Erythropoietin
 Insulin
 Hormon pertumbuhan
 Faktor pembekuan darah VIII
 Plasminogen aktivator
 Vaksin Hepatitis B
 Aplikasi gen dalam Forensik
 Sebelum teknologi DNA diterapkan (1978)
biasanya digunakan protein, misalnya
antigen gol.darah, HLA, dll.
 1985 : DNA Polymorphismus.
 Nov.1987 : DNA sebagai barang bukti di
pengadilan di Inggris.
 Sampai akhir 80-an : lebih dari 1000 perkara
dibantu oleh bukti-bukti DNA
 Juga dapat menentukan Paternity
 Profil DNA tiap individu berbeda
 PEMERIKSAAN DNA
 Seorang laki-laki umur 16 tahun datang
dengan keluhan pucat. Dari hasil
pemeriksaan darah tepi terlihat bentuk
eritrositnya oval. Oleh dokter diduga
sementara dengan penyakit ovalositosis.

 Bagaimana tahapan pemeriksaan DNA yang

akan dilakukan terhadap pasien tersebut ?
 PEMERIKSAAN DNA
 DNA di-isolasi dari sel (darah atau jaringan)
 DNA menjadi “template” atau “matrix” untuk
proses amplifikasi
 Sense : 5’- ATG(Start) -GGT-TCT-GTT-GCT-
GCT-TGG-TAA(Stop)- 3’
 Antisense : 3’ - TAC-CCA-AGA-CAA-CGA-
CGA-ACC-ATT- 5 ‘
 Exon dan/atau Intron dapat berfungsi
sebagai Matrix untuk amplifikasi
 Polimerase Chain Reaction (PCR)
 Tahun 1985, Kary Mullis, California
 Metode untuk meng-amplifikasi (melipat
gandakan) fragment DNA (Gen)
 Dibutuhkan :

DNA atau RNA

Oligonucleotidprimer (PRIMER)
Enzym Taq-Polimerase
Campuran dari 4 Basa Nukleotida
(d’NTPs)
10 x Reactions Buffer
Larutan MgCl2
 Alat : Thermal Cycler
 Prinsip : perobahan temperatur secara
otomatis dengan waktu yang telah ditentukan
 Dapat diatur (Program)
 Contoh : 95 °C------ Denaturasi 55
°C------ Hybridisasi
(Annealing)
72 °C------ Synthese DNA
(Extension)
 Lama reaksi, bervariasi tergantung panjang
fragment DNA (2 min. : < 1000 Nukleotida)
 RNA

 Single strand (Uracil pengganti Thymin)

 Transkripsi dari DNA mRNA
 Mengandung informasi genetik dari Exon
 Dengan Enzym Reverse Transkriptase
diperoleh DNA dari RNAcDNA
 Reaksi PCR nya disebut RT-PCR
 Taq-Polimerase

 Klenow - DNA Polymerase dari E.Coli

 1988 : Taq-Polymerase dari Bakteri Thermus
aquaticus
 Hybridisasi dan Polimerisasi berlangsung pada
temp. 50-70 °C
 Perhatikan : Buffer yang digunakan

(10 x RB) dan diperlukan MgCl2

 Primer

 Sequence dari Nukleotida tertentu (Intron

atau Exon) : 20 – 30 bp
 Prinsip : merupakan complementare dari
kedua strand DNA (Forward Primer dan
Reverse Primer).
 Dari kedua Primer ini disinthese DNA yang
baru dan seterusnya berfungsi sebagai
matrix untuk siklus berikutnya.
 Penentu bagi fragment DNA yang akan
diamplifikasi
PCR-REACTION
PCR-Reaction
 PCR Product
(Amplifikat)
 Gel-elektrophorese (Agarose)
 Southern Blot (Hybridisasi dengan Sonde
DNA spesifik)
 Dot - Blot (deteksi : Enhanced Chemie
Luminescense = ECL)
 Denaturating Gradient Gel Electrophorese
(DGGE) atau Pulse Field Gel
Electrophorese (PFGE)
 Enzym Restriksi : Restriction
Endonuclease
 Sequence analysis (DNA Sequencing)