HAMDHAN FATHONY

NO. BP 2020412003
BIOKIMIA LANJUTAN
 SEL PROKARIOT DAN SEL EUKARIOT

Pengertian Sel Prokariotik

Prokariot merupakan organisme uniseluler yang tidak berkembang atau berdiferensiasi menjadi
bentuk multiseluler. Beberapa bakteri tumbuh dalam filamen atau kumpulan sel, tetapi kumpulan
sel dalam koloni tersebut identik dan mampu memiliki eksistensi independen. Sel-sel dapat
berdekatan satu sama lain, sebab mereka tidak terpisah setelah pembelahan sel. Mereka tetap
terbungkus di dalam membran dengan cairan yang disekresikan sel. Namun, tidak terdapat
hubungan dan komunikasi antar sel. Prokariot dapat ditemuan hampir di seluruh penjuru bumi,
mulai dari laut dalam hingga ke tepian mata air panas, bahkan diseluruh permukaan tubuh kita.
Pengertian Sel Eukariotik
Sel-sel eukariotik berukuran 10 kali lebih besar daripada sel prokariotik dan volumenya dapat 1000
kali lipatnya. Perbedaan dasarnya dalah adanya kompartemen dalam sel berlapis membran,
aktivitas metabolisme terjadi. Hal yang paling penting adalah adanya DNA di dalam nukleus.
Berdasarkan struktur inilah nama eukariot yang berarti inti sebenarnya diberikan (santoso, 2016).
Sel eukariot umumnya berdiameter 10-100 µ. Selain itu, eukariotik bergerak dengan silia atau
flagel yang kompleks, terkecuali pada tumbuhan tingkat tinggi.
PERBEDAAN SEL PROKARIOTIK DAN EKARIOTIK DALAM TABEL
GAMBAR PERBEDAAN SEL PROKARIOT DAN EUKARIOT
KELAINAN PADA KROMOSOM

Kromosom merupakan unit genetik yang ditemukan dalam tiap sel makhluk hidup. Bentuknya berderet
panjang yang tersusun dari DNA dan protein-protein. Kromosom berfungsi menyimpan materi genetik pada
organisme. Artinya, sifat fisik kita, seperti warna rambut, bentuk wajah, dan bentuk mata tersimpan dalam
kromosom.
Karena peran kromosom yang sangat penting bagi tubuh, kelainan pada kromosom berdampak pada fisik.
Kelainan tersebut dapat berupa jumlah kromosom yang abnormal. Berikut ini adalah beberapa kelainan yang
disebabkan oleh kromosom yang tidak normal
• Sindrom down
Sindrom down disebabkan oleh kromosom tambahan pada kromosom ke-21. Sindrom ini ditandai dengan ciri-
ciri fisik seperti dahi yang lebar, leher yang pendek, dan tangan yang rata. Selain itu, mulut penderita sindrom
down juga memiliki mulut yang terbuka secara permanen, bibir bagian bawah yang agak membengkak, dan
lidah panjang yang berkerut.

• Sindrom turner
Sindrom turner diakibatkan oleh hilangnya satu kromosom X pada pasangan kromosom ke-23. Artinya,
penderita sindrom turner memiliki kariotipe 45 kromosom. Kelainan genetik ini menyebabkan penderitanya
bertubuh pendek dan mengalami gangguan kesuburan. Kondisi ini secara medis dikenal juga sebagai
disgenesis gonad perempuan.

• Sindrom klinefelter
Sindrom klinefelter terjadi karena adanya ekstra X kromosom pada laki-laki, sehingga menghasilkan kariotipe
dengan 47 kromosom. Beberapa ciri-cirinya adalah penampilan karakter seksual feminin, tereduksinya ciri-ciri
fisik laki-laki, dan kemandulan.
• Sindrom wanita super
Sindrom yang dikenal juga sebagai sindrom XXX ini disebabkan oleh kromosom X tambahan pada
perempuan. Akibatnya, penderitanya memiliki kariotipe 47 kromosom. Penderita sindrom wanita super
mengalami perkembangan karakter seksual yang abnormal dan steril pada perempuan. Mereka juga memiliki
tubuh yang lebih tinggi dari wanita pada umumnya dan mengalami kesulitan berbicara. Sindrom ini diketahui
hanya dimiliki oleh 1 dari 1000 wanita, sehingga jarang ditemui.

• Sindrom jacob atau sindrom laki-laki super

Sindrom ini dikenal juga sebagai sindrom XYY. Penderitanya memiliki tambahan kromosom Y, sehingga
menghasilkan kariotipe 47 kromosom. Mereka yang memiliki sindrom jacob ini menunjukkan pertumbuhan
abnormal dan rawan mengalami gangguan autisme. Sindrom jacob merupakan kelainan yang jarang
ditemukan, seperti sindrom wanita super.
ISOLASI DNA
Prinsip dasar DNA/RNA dari jaringan adalah dengan
Prinsip isolasi DNA memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut
sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri dari
DNA, RNA, dan substansi dasar lainnya

1. Pelisisan 2. Sentrifugasi 3. ekstraksi

untuk memisahkan
untuk memisahkan
untuk memecah hasil lisisan (dinding
senyawa DNA dari
dinding dan sel, dan kloroform)
protein, lipid dengan
membran sel dari DNA dengan
cara pengocokan
kecepatan tertentu
LANJUTAN......

4. Puriikasi 5. Sentrifugasi 6. Presipitasi

Untuk memurnikan untuk memisahkan
DNA dari senyawa DNA untuk
kontaminan seperti dari pengotornya mengendapkan
senyawa sekunder dengan kecepatan DNA
(fenol), polisakarida. tertentu
1. TAHAP
PELISISAN
1. Cara Mekanis

Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi
sel Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti
menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan
metode freezing-thawing, iradiasi, dapat pula dilakukan dengan cara sonikasi, pemberian tekanan tinggi,

2. Cara Kimiawi dan Enzimatis

Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan lipid
pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel . Sementara cara enzimatik seperti
menggunakan proteinase K seperti untuk melisiskan membran pada sel darah serta mendegradasi
protein globular maupun rantai polipeptida dalam komponen sel
TAHAP
PENGLISISAN
Bahan yang digunakan

1.Deterjen berperan dalam melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam
mengurangi aktivitas enzim nuklease yang merupakan enzim pendegradasi DNA

2. Sodium dodecyl sulphate (SDS) berperan dalam melisiskan membran sel

3. Cetyl trimethylammonium bromide (CTAB) juga sering dipakai untuk

melisiskan membran sel pada isolasi DNA tumbuhan karena efektivitasnya
dalam menghilangkan polisakarida
LANJUTAN

Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena

deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan
deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia Membran Plasma
2. TAHAP SENTRIFUGASI
CIAA (Kloroform, isoamil alkohol) berfungsi untuk mengendapkan protein, komponen
fenolik, dan polisakarida sehingga dapat dipisahkan dengan larutan DNA menggunakan
proses sentrifugasi. Setelah itu tube dicentrifuge selama 15 menit pada 12.000 rpm
untuk mengendapkan molekul kasar yang bercampur dengan DNA (dinding sel,
protein, karbohidrat) serta kloroform.

Setelah 15 menit, tube dikeluarkan dari centrifuge. Akan terlihat 3 lapisan dari hasil
centrifuge. Karena DNA bersifat ringan, maka DNA berada di lapisan paling atas
(supernatant). Lapisan kedua berbentuk padatan, berisi material padat hasil lisis sel
(debris). Misalnya serpihan dinding sel yang rusak. Sedangkan lapisan paling bawah
adalah klorofil yang larut dengan kloroform (warnanya hijau).
3. TAHAP EKSTRAKSI

Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan chelating agent seperti

ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA) yang berperan menginaktivasi
enzim DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi, EDTA
menginaktivasi enzim nuklease dengan cara mengikat ion magnesium dan
kalsium yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAse (Corkill dan
Rapley, 2008) dengan cara dikocok berulang kali.
TAHAP PURIFIKASI
Pemurnian DNA Dari Kontaminan Protein Digunakan Enzim Protease Yaitu
Pronase Atau Proteinase-k, Dan Kontaminan RNA Dengan Menggunakan
RNAse.
Bahan yang digunakan :
 Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA dan
diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. Hal tersebut bertujuan untuk
mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur
 Pemurnian (purifikasi) DNA bertujuan untuk menghilangkan beberapa
kontaminan seperti senyawa sekunder (fenol), polisakarida, RNA dan
juga protein. Pemurnian dari kontaminan protein dan RNA dilakukan
menggunakan senyawa kloroform isoamilalkohol, asam asetat, dan enzim
RNAse. Senyawa kloroform isoamilalkohol dan asam asetat berfungsi
mendenaturasi protein sedangkan enzim RNAse berfungsi melisiskan
RNA dari ekstrak DNA tersebut.
TAHAP SENTRIFUGASI

• Tahap selanjutnya yaitu tabung di sentrifugasi kembali pada kecepatan 6.000 rpm selama
15 menit. Hasil yang didapat yaitu berupa supernatan yang bening dan pelet (endapan
DNA murni) yang berwarna putih terdapat pada dasar tabung dan penambahan senyawa
etanol. Etanol memiliki sifat hidroilik.
• Kemudian supernatan tersebut dibuang karena DNA berada pada bagian natan. DNA
murni yang dihasilkan adalah DNA yang terbebas dari campuran material dan komponen
intraceluler yang mengandung larutan kompleks berupa RNA, protein, lemak dan
karbohidrat.
TAHAP PREPITASI

Presipitasi (pemekatan) DNA dilakukan menggunakan isopropanol dingin yang

bertujuan agar DNA tersebut mengendap/mengumpul sekaligus memisahkannya dari
garam-garam mineral sisa CTAB. Pelet hasil presipitasi oleh isopropanol ini
dibersihkan menggunakan alkohol 70 %. Pemurnian ini merupakan tahapan paling
penting dalam Isolasi DNA. Karena bila ada kontaminan selain DNA maka hasil isolasi
DNA yang dilakukan diangap gagal. Kontaminasi ini dapat menurunkan kualitas DNA
hasil isolasi dan mengakibatkan data yang didapat tidak valid.
 Kultur Bakteri
Metoda (E.Coli)
- Kultur selama 1 malam
Isolasi DNA - Sentrifuge (mengambil kultur dan
menghilangkan medium)

Bakteri Larutan II
(NaOH & SDS)
Larutan I NaOH : merusak membran Larutan III
(glucose) sel SDS : sabun untuk (netralisasi)
menghancurkan membran sel
- sentrifuge
Jika ada larutan
berkonsentrasi tinggi Menggumpal & menyatu
masuk ke dalam
sel, dengan sendirinya Indikator untuk melihat lendir-
membran sel akan lendir dimulut tabung yang
rusak menandakan bahwa bahwa Supernatan
membran sel telah terpecah (berisi DNA)

- Treatment PCI (Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol)

DNA bebas dari komponen lain

+ etanol 100% dan NaAc (membantu pengendapan)

Pengendapan
- Inkubasi
- Cuci dengan EtOH 70%
- Keringkan
DNA murni
Metoda
Isolasi pada
Darah
Melisiskan sel darah merah yang
tidak mengandung DNA genom bahan pengawet DNA yaitu,
agar dapat dipisahkan dari sel deterjen anionik yang dapat RNAse
darah putih lisiskan melarutkan komponen selular
tambahkan
dengan

DNA genom diisolasi dengan

presipitasi menggunakan alkohol DNA genom dipisahkan dari
protein plasma dan inti presipitasi garam