* ASAM NUKLEAT dan

Vitamin
Asep Iin Nur Indra, S.Si

1
* Nukleotida: monomer asam nukleat
Fungsi nukleotida:
1. Monomer asam nukleat (DNA & RNA)
2. Molekul carrier untuk molekul intermediet teraktivasi
yang terlibat dalam sintesis karbohidrat, lipid dan
protein.
3. Komponen struktur berbagai koenzim seperti coenzim
A, FAD, NAD+, dan NADP+.
4. Energy currency di dalam sel.
5. Molekul regulator dalam berbagai jalur intermediet
metabolisme, yaitu sebagai inhibitor atau aktivator
enzim-enzim kunci dalam jalur metabolisme.

2
 *Struktur nukleotida

• Nukleosida = basa nitrogen + gula pentosa

• Nukleotida = nukleosida + (mono, di atau tri) fosfat
3
*Basa nitrogen

4
*Basa purin dan pirimidin

5
*Deoksiribonukleotida

6
*Ribonukleotida

7
*Spektrum UV nukleotida

8
* Struktur primer
asam nukleat

9
* Ikatan hidrogen dalam pasangan
nukleotida

10
 *Difraksi sinar-X DNA

Struktur kristal DNA yang diperoleh oleh Rosalind Franklin, peneliti

pada Laboratorium Maurice Wilkins di Kings College, London.
11
*Interpretasi Watson
dan Crick

12
* Interpretasi struktur kristal DNA
oleh Watson & Crick (1953)
Karakteristik struktur DNA :
1. Double helix terdiri dari dua polinukleotida.
2. Basa nitrogen berada di dalam heliks.
3. Basa dari dua polinukleotida berinteraksi
melalui ikatan hidrogen (A-T dan G-C).
4. Ada 10 basa dalam satu putaran heliks
5. Kedua rantai polinukleotida adalah
antiparalel
6. Double heliks memiliki dua groove yang
berbeda, yaitu minor dan major
7. Double heliks adalah13putar kanan
* Interpretasi struktur kristal DNA
oleh Watson & Crick (1953)

14
 *Donor proton dan akseptor
proton dari A, G, T dan C
Donor Hidrogen:
Gugus amino pada A, C, G (C2)
dan atom N1 pada G serta N3
pada T
Akseptor Hidrogen:
Atom cincin N1 (A) dan N3 (C),
Gugus pada C2 (C), C6 (G), dan
C2 + C4 (T).
G, C, dan T dapat membentuk
tiga ikatan hidrogen
15
* Petunjuk pasangan basa dari percobaan
Erwin Chargaff tahun 1963

Kesimpulan eksperimen Erwin Chrargaff:

• A = T dan G = C
• A+G=T+C
• A+TG+C 16
* Berbagai tipe struktur
sekunder DNA

17
*Struktur sekunder RNA

18
*Struktur tersier RNA

19
 *Stabilitas Asam Nukleat
Faktor yang mendorong disosiasi “double helices”
menjadi “random coils” (untai tunggal):
1. Tolak menolak elektrostatik antar rantai
2. Tingginya entropi struktur random coil

Gaya yang menstabilkan rantai ganda:

3. Ikatan hidrogen antar pasang basa
4. Interaksi van der Waals antar tumpukan cincin
basa.
20
 *Stabilitas Asam Nukleat
Perubahan energi bebas (G) Transisi dari heliks ke koil :
G = H - TS
Energi yang besar diperlukan untuk memutus ikatan hidrogen
antar pasangan basa dan untuk memutus interaksi van der
Waals antar tumpukan basa. Kedua interaksi penstabil ini
memberikan nilai positif pada H dan G, sehingga struktur
double helix lebih disukai.
Nilai G, akan tetapi, bergantung pada temperatur. Ketika
temperatur naik hingga faktor TS > H  G < 0  DNA
terdenaturasi

21
 * Analisis spektroskopi UV untuk proses
denaturasi/pelelehan DNA
Denaturasi/pelelehan DNA dapat diikuti melalui
pengukuran absorbansi pada 260 nm untuk berbagai
temperatur.

22
* Karakteristik transisi heliks-koil DNA
Transisi dari heliks ke koil
pada DNA berlangsung pada
daerah temperatur yang
sempit, mirip dengan
proses pelelehan kristal
padat.
Fenomena ini dikenal
sebagai transisi kooperatif.
DNA tidak bisa terpisah
sedikit demi sedikit tetapi
berlangsung secara
serempak. Tm = titik leleh DNA
Pada Tm, G = 0, sehingga
Pada Tm  50% molekul
DNA telah terdenaturasi H
Tm 
S
23
 * Hubungan Tm dengan kandungan G-C

Semakin besar persen G-C semakin tinggi nilai Tm dari ds-DNA

24
* Denaturasi DNA bersifat reversibel

25
* Hibrida asam nukleat dari dua spesies
yang berbeda

26
 *Replikasi DNA

Metabolisme DNA

27
*Tahap replikasi DNA

1. Pemisahan rantai DNA

2. Pembentukan replication fork
3. Penempelan primer
4. Pemanjangan rantai

28
*Tahap pemisahan rantai DNA

29
*Pembentukan replication fork

ori

Arah membuka garpu versus arah sintesi DNA

30
 * Tahap inisiasi replikasi DNA:
Penempelan primer
DNA polimerase tidak dapat menginisiasi proses
replikasi pada rantai tunggal DNA.
DNA Pol memerlukan primer  RNA
Primer RNA disintesis oleh RNA polimerase spesifik,
yaitu primase. Panjang primer yang disintesis ~10
basa. Primer RNA dan DNA template membentuk
dupleks hibrida, dimana U berpasangan dengan A,
dan G dengan C.
Primer disintesis terus menerus pada lagging strand,
tetapi hanya disintesis sekali pada leading strand.
31
 * Tahap Perpanjangan Rantai
Protein yang terlibat:
DNA polimerase III:
* Mengakatalisis penambahan nukleotida satu persatu pada ujung
3’.
* Pada lagging strand, aktivitas enzim ini terhenti ketika sampai
pada primer RNA dari fragmen okazaki sebelumnya 
menghasilkan “nick DNA”
* DNA polimerase III juga memiliki aktivitas eksonuklease 3’  5’
yang berfungsi untuk membetulkan kesalahan pemasangan
nukleotida.
DNA polimerase I:
* memiliki aktivitas eksonuklease 5’  3’ yang berfungsi untuk
menghidrolisis primer RNA dan menggantikannya dengan
nukleotida.
DNA ligase:
* Spasi (“nick”) antara rantai DNA hasil sintesis DNA Pol III dan
DNA Pol I disambung oleh DNA ligase
32
33
*Terminasi

34
* Pengemasan DNA dalam kromosom

35
Pengemasan DNA dalam kromosom

36
 Different species have different numbers of pairs of chromosomes.
 humans have 23 pairs of chromosomes in the nucleus of every body cell (making a total of 46).
Cells with chromosomes found in pairs are called diploid cells.
 Every cell in the body is diploid except of the gametes.
 Gametes only have one member of each homologous pair and are called haploid cells (exp.
sperm cell, egg cell, polen grain).
37
*Dogma sentral

38
 * DNA to RNA to Protein to Cell
DNA, ~3x109 bp messenger-RNA
long in humans. A
Contains ~ 23,000
of genes G

transcription A translation folding

39
 *Terminologi
Genom : informasi genetika total yang terkandung di dalam suatu
sel, organisma atau virus. Dengan kata lain genom adalah seluruh
urutan DNA dalam suatu sel, organisma atau virus.
* Genom bakteri E. coli mengandung 600,000 pb DNA
* Genom manusia dan tikus mengandung lebih dari 3 milyar pb.
* Genom manusia dikemas ke dalam 23 kromosom yang berbeda
(ke-23 adalah xx atau xy). Setiap kromosom memiliki banyak
gen.
Gen
* Unit DNA yang berperan dalam penurunan sifat.
* Urutan spesifik dari basa DNA yang: (i) mengkode protein, (ii)
mengandung instruksi/informasi bagaimana protein disintesis
* Hanya 2% dari genom manusia yang merupakan gen, sisanya
adalah daerah non-coding yang berfungsi dalam meregulasi
kapan dan berapa banyak protein harus disintesis.
* Peta genetika
* Suatu peta yang mengidentifikasi posisi relatif gen-gen pada
kromosom.
40
* Overview of DNA to RNA to Protein

* A gene is expressed in two steps

1) Transcription: RNA synthesis
2) Translation: Protein synthesis
41
*Transkripsi: Sintesis RNA

42
 *Sintesis RNA
Enzim RNA Polimerase melakukan sintesis RNA dalam
arah 5’  3’.

43
*Coding and template strands

44
 * Bagaimana kode yang dibawa RNA
diterjemahkan ke dalam urutan asam amino?
Kode genetik yang terdapat pada RNA hanya terdiri
dari 4 nukleotida (A, U, G dan C) sedangkan asam amino
penyusun protein ada 20 asam amino, sehingga tiap
nukleotida tidak mungkin mewakili satu asam amino.
Bagaimana dengan kombinasi dua nukleotida?
Jumlah kombinasi yang mungkin: 42 = 16 kodon duplet
 masih kurang dari 20.
Bagaimana dengan kombinasi tiga nukleotida?
Jumlah kombinasi yang mungkin: 43 = 64 kodon triplet
>> 20 asam amino.
Bila ada 64 kodon untuk mengkode 20 asam amino,
maka satu asam amino akan 45memiliki lebih dari satu
kodon triplet.
*Kode genetik

46
47
*Struktur tRNA

48
*Interaksi kodon-antikodon

49
* How to translate mRNA code into
amino acid sequence?

Kode mRNA ditranslasi menurut kode yang

nonoverlapping
50
 * Efek mutasi pada translasi

Jenis mutasi mana yang sangat berbahaya?

51
* Dari gen ke protein (sintesis protein)

52
*Translasi

53
*Mekanisme Translasi

54
* Sintesis protein di organisme prokariot
dan eukariot

55
*Post translational
modification

56
* Manfaat pengetahuan biokimia dalam desain obat

Obat leukemia

Obat HIV

Obat asma

57
 *Vitamin

* Sejarah  Casimir Funk, 1880, penelitian dr pada penjara hindia –

belanda  tahanan lokal  kacang hijau  lebih sehat. Vital
amine  vitamines  vitamins

* Perkembangannya tidak hanya ‘amine’  sterol dll,

* Fungsi umum : sebagai kofaktor/koenzim

58
*Vitamin larut air

59
*Vitamin larut minyak

60
*TERIMA KASIH

61