Presentasi Praktikum

Acara 2

Kelompok 1
1.Adjeng Putri Retno A B1A017016
2.Fannisa Salsabila B1A017091
3.Defit Anjaniar Wirana B1A017094
4.Halima Tus Sadiyah B1A017097
Pendahuluan
 Materi

Alat dan bahan yang digunakan dalam

praktikum ini antara lain publikasi (jurnal)
ilmiah tentang klasifikasi numerik-fenetik,
dan komputer yang memiliki program Excell,
PFE, MVSP, Paintshop Pro, dan Words.
 Metode

1. Koleksi Data
2. Penghitungan Nilai Similaritas
3. Konstruksi Dendogram dengan Analisis
Komputer
- Entri data dari matriks nxt ke computer
- Presentasi hasil klasifikasi
- Penentuan struktur taksonomis
Hasil
Hasil
 Hasil
Tabel 3.2 Matriks Indeks Similaritas berdasarkan Simple Matching Coefficient
  A B C D E
A 1
B 0,886 1
C 0,857 0,914 1
D 0,914 0,943 0,943 1
E 0,686 0,657 0,686 0,657 1

Tabel 3.3 Matriks Node berdasarkan Simple Matching Coefficient

Objects
Node Group 1 Group 2 Simil. in group
1 B D 0,943 2
2 Node 1 C 0,929 3
3 A Node 2 0,886 4
4 Node 3 E 0,671 5
 Hasil
Tabel 3.4 Perbandingan Antar Node
dengan Indeks Similaritas dan Koefisien
Korelasinya
Unsorte
Node Anggota Sorted Koef UPGMA
d
1 BD 0,943 0,943 98,98118 E
2 BC 0,929 0,914
CD 0,929 0,943
C
3 AB 0,886 0,886 D
AC 0,886 0,857
AD 0,886 0,914
B
4 AE 0,671 0,686 A
BE 0,671 0,657 0,64 0,7 0,76 0,82 0,88 0,94 1

CE 0,671 0,686 Simple Matching Coefficient

DE 0,671 0,657
Gambar 3.1 Dendogram Hasil UPGMA
dengan Metode Simple Matching Coefficient
 Hasil
Tabel 3.5 Matriks Indeks Similaritas Berdasarkan Jaccard’s Coefficient
  A B C D E
A 1        
B 0,75 1      
C 0,706 0,824 1    
D 0,813 0,879 0,882 1  
E 0,421 0,415 0,415 0,429 1

Tabel 3.6 Matriks Node Berdasarkan Jaccard’s Coefficient

Group Object in
Node Group 1 Simil.
2 group
1 C D 0,882 2
2 B Node 1 0,851 3
3 A Node 2 0,756 4
4 Node 3 E 0,432 5
 Hasil
Tabel 3.7 Perbandingan Antara Node dengan
Indeks Similaritas dan Koefisien Korelasinya
Anggot Unsorte
Node Sorted Koefisien
a d
1 CD 0,882 0,882 99,04
2 BC 0,851 0,824
BD 0,851 0,879  
 
3 AB 0,756 0,75
 
AC 0,756 0,706
 
AD 0,756 0,813  
4 AE 0,432 0,421  
BE 0,432 0,415  
CE 0,432 0,415  
DE 0,432 0,429  
Gambar 3.2 Dendogram Hasil UPGMA Dengan
Metode Jaccard’s Coefficient
 Pembahasan
Berdasarkan hasil yang didapat, tabel nilai matriks menunjukkan
estimasi kuantitatif yang menerangkan kesamaan individu yang
dianalisis, berkisar dari nilai 0-1. Nilai 0= tidak ada kesamaan dan nilai
1= sangat mirip. Bertambahnya nilai kemiripan maka menunjukkan
kedua spesies yang dibandingkan semakin mirip. Semakin tinggi nilai
similaritas antara kedua strain, maka dapat dikatakan bahwa kedua
strain tersebut memiliki banyak kemiripan atau kesamaan, sehingga
nilai indeks similaritas antara kedua strain dapat digunakan untuk
memasukkannya ke dalam suatu kelompok tertentu. Hal ini sesuai
dengan pernyataan dari Rahmawati et al. (2016) bahwa semakin besar
persamaan, semakin dekat hubungan yang ada.
 Pembahasan
Nilai koefisiensi yang didapatkan berdasarkan metode Simple
Matching Coefficient sebesar 98,98118. Nilai koefisiensi yang
didapatkan berdasarkan metode Jaccard’s Coefficient sebesar 99,04,
hal tersebut menunjukan bahwa isolat yang di analisis memiliki tingkat
similaritas yang tinggi. Nilai koefisiensi menunjukan tingkat kemiripan
terbesar yang berkaitan erat dengan hubungan kekerabatan dari suatu
org anisme (Darmawari et al., 2015). Menurut Wangiyana (2019), nilai
korelasi kofenetik baik pada SSM dan SJ yang melebihi 0,7
menunjukkan bahwa uji yang dilakukan terhadap kelima strain tersebut
dapat diterima atau dipercaya, sehingga kelompok yang dibentuk
memiliki kedekatan yang dapat diterima.
 Pembahasan
Gambar 3.1 merupakan gambar dendogram yang didapatkan
berdasarkan analisis dengan menggunakan metode Simple Matching
Coefficient. Dendrogram tersebut menunjukan adanya hubungan antara
isolat yang dianalisis. Hubungan terdekat ditunjukan pada isolat D dan B
dengan nilai percabangan 0,94. Hubungan terjauh ditunjukan pada isolat
E dengan nilai percabangan sebesar 0,65. Gambar 3.2 merupakan
gambar dendogram yang didapatkan berdasarkan analisis dengan
menggunakan metode Jaccard’s Coefficient. Dendrogram tersebut
menunjukan adanya hubungan antara isolat yang dianalisis. Hubungan
terdekat ditunjukan pada isolat D dan C dengan nilai percabangan 0.90.
Hubungan terjauh ditunjukan pada isolat E dengan nilai percabangan
sebesar 0.43. Tingkat kekerabatan ditunjukan dari nilai percabangan
yang dihasilkan, semakin besar nilai maka semakin dekat tingkat
kekerabatan suatu mikroorganisme tersebut (Darmawari et al., 2015).
 Referensi
• Darmawari, S., Langkah, S., Widya, A., & Wayan, T. A., 2015. Identifikasi
Bakteri Batang Gram Negatif pada Daerah Widal Positif Berdasarkan
Karakter Fenotipik. University Research of Collqium, 1(2), pp. 89-96.

• Rahmawati, Hasanuddin & Nurmaliah, C., 2016. Hubungan Kekerabatan

Fenetik Tujuh Anggota Familia Apocynaceae. Jurnal Ilmiah Mahasiswa
Pendidikan Biologi, 1(1), pp. 1-9.

• Wangiyana, I. G. A. S., 2019. Comparation of Dendrogram and Cladogram

Topology of Gyrinops Versteegii and Others Gyrinops Member for
Polyphasic Taxonomy. Jurnal Silva Samalas ISSN, 2621(6779), pp. 13-18.