Enzim (1)
Suatu zat bekerja sebagai katalis pada organisme hidup, mengatur kecepatan dimana reaksi kimia diproses dan enzim itu tidak berubah dalam proses tersebut Biokatalisator Proses biologis pada seluruh organisme hidup adalah reaksi kimia dan kebanyakan diatur oleh enzim, tanpa enzim banyak reaksi kimia ini tidak akan terjadi. Enzim mengkatalisa semua aspek metabolisme sel.
Enzim (2)
Ada 2 karakteristik penting enzim : 1. Enzim tidak berubah masuk ke dalam reaksi kimia dan bertindak hanya sebagai katalisa. 2. Enzim tidak mengubah keseimbangan yang konstan pada reaksi kimia tersebut, enzim ini hanya meningkatkan kecepatan dimana reaksi mendekati keseimbangan.
Enzim (3)
Sifat kimia enzim pada umumnya enzim adalah protein 1980-an asam nukleat tertentu yang mampu sebagai katalitik. Enzim protein : molekul besar t.d. sebuah rantai asam amino atau lebih, disebut rantai polipeptida. Rangkaian asam amino menentukan karakteristik untuk spesifisitas enzim
Sifat Enzim
Enzim Sebagai Katalisator. Enzim itu Suatu Protein Enzim itu Khusus Enzim ada yang bisa bekerja bolak-balik
Bagian-bagian enzim
Kita mengenal istilah: Holoenzim Apoenzim/ apoprotein Gugus prostetik
Koenzim
Kofaktor Kofaktor ion-ion inorganik yg dibutuhkan Enzim untuk melakukan fungsinya Koenzim molekul organik (komplek) yang dibutuhkan enziim untuk melakukan fungsinya
Struktur Enzim
Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis, bersama-sama dengan koenzim atau gugus logamnya disebut holoenzim. Secara ringkas struktur sebuah enzim yang aktif dapat dilihat pada bagan
Struktur Enzim
Enzim (4)
Kofaktor, suatu komponen yang bukan protein enzim ada pada banyak enzim, dan komponen proteinnya disebut apoenzim. Apoenzim ini mempunyai aktifitas katalitik yang tidak lama. Suatu kofaktor yang membentuk ikatan dengan apoenzim dan tidak dapat dilepaskan tanpa denaturasi, diistilahkan sebuah grup prostetik; umumnya grup yang berisi suatu atom metal seperti copper atau iron (Fe). Suatu kofaktor yang mengelilingi apoenzim dan dapat dipisahkan dari apoenzim disebut coenzim
Protein
Enzim
Enzim Konjugasi
Protein = apoenzim
Organik = Koenzim
Anorganik = kofaktor
Koenzim atau kofaktor yang terikat sangat kuat bahkan terikat dengan ikatan kovalen dengan enzim gugus prostetik Enzim aktif lengkap dengan semua komponennya holoenzim Bagian yang terdiri dari protein saja pada suatu enzim Apoenzim / apoprotein Fungsi koenzim adalah sebagai karier sementara dari gugus fungsional yg berperan dalam reaksi ensimatis tersebut.
Enzim (5)
Bagian enzim tertentu disebut aktif site berikatan dengan substrat, tempat aktif tersebut sebuah lekuk atau kantong yang terbentuk oleh lipatan protein Sebuah molekul enzim yang khusus dapat mengubah 1.000 molekul substrat per detik, kececepatan reaksi enzimatik meningkat dan konsentrasi substrat naik, kecepatan yang ditentukan oleh kecepatan aktif site dapat mengubah substrat menjadi produk.
active site
Sisi aktif enzim adalah bagian dari molekul enzim tempat berikatannya substrat, untuk membentuk kompleks enzim substrat, dan selanjutnya membentuk produk akhir. Sisi aktif suatu enzim berbentuk tiga dimensi, sering berupa lekukan pada permukaan protein enzim, tempat substrat berikatan secara lemah.
SUBSTRAT
Substrat berikatan dengan sisi aktif suatu enzim melalui beberapa bentuk ikatan kimia yang lemah (misalnya interaksi elektrostatik, ikatan hidrogen, ikatan van der Waals, dan interaksi hidrofobik). Setelah berikatan dengan bagian sisi aktif enzim, substrat bersama-sama enzim kemudian membentuk suatu kompleks enzim-substrat, selanjutnya terjadi proses katalisis oleh enzim untuk membentuk produk. Ketika produk sudah terbentuk enzim menjadi bebas kembali untuk selanjutnya bereaksi kembali dengan substrat
Dua model telah diusulkan untuk menjelaskan bagaimana enzim berikatan dengan substrat:
Model 2
Sifat enzim
Enzim dibentuk dalam protoplasma sel Enzim beraktifitas di dalam sel tempat sintesisnya (disebut endoenzim) Enzim beraktifitas di tempat yang lain diluar tempat sintesisnya (disebut eksoenzim) Sebagian besar enzim bersifat endoenzim
1.
2. 3. 4. 5.
6.
7. 8.
Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, bersifat hidrofil Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa, kation maupun anion Enzim sangat peka terhadap faktor-faktor yang menyebabkan denaturasi protein misalnya suhu, pH dll Enzim dapat dipacu maupun dihambat aktifitasnya Enzim merupakan biokatalisator yang dalam jumlah sedikit memacu laju reaksi tanpa merubah keseimbangan reaksi Enzim tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim tetap baik sebelum maupun setelah reaksi berlangsung Enzim bermolekul besar Enzim bersifat khas/spesifik
Spesifik: hanya cocok untuk satu macam substrat saja atau sekelompok kecil substrat yang susunanya hampir sama dan fungsinya sama
E5 A E1 B E2 E4 C E3 D
Suhu
Kerja suatu enzim sangat dipengaruhi suhu lingkungannya. Setiap kenaikan suhu 10oC, kecepatan enzim akan menjadi dua kali lipat, sampai batas suhu tertentu. Enzim dan protein pada umumnya dinonaktifkan oleh suhu tinggi. Enzim berdarah panas dan manusia bekerja paling efisien pada suhu 37o C, sedangkan enzim hewan berdarah dingin pada suhu 25oC.
pH
Semua enzim peka terhadap perubahan pH, dan nonaktif pada lingkungan pH sangat rendah (asam kuat) dan pH tinggi (basa kuat). Contoh, enzim pepsin memiliki pH optimum 2, sedangkan enzim tripsin memiliki pH optimum 8,5.
Inhibitor
Aktivitas suatu enzim dapat dihambat oleh suatu senyawa yang dikenal sebagai inhibitor. Inhibitor digolongkan menjadi 2 jenis utama, yaitu: a) yang bekerja secara tidak dapat balik (irreversible), b) yang bekerja secara dapat balik (reversible).
Penghambatan aktifitas enzim ada dua tipe: 1. Kompetitif: zat penghambat mempunyai struktur yang mirip dengan substrat sehingga dapat bergabung dengan sisi aktif enzim. Terjadi kompetisi antara substrat dengan inhibitor untuk bergabung dengan sisi aktif enzim (misal feed back effect) 2. Non kompetitif: zat penghambat menyebabkan struktur enzim rusak sehingga sisi aktifnya tidak cocok lagi dengan substrat
Klas Oksidoreduktase (nitrat reduktase) Transferase (Kinase) Hidrolase (protease, lipase, amilase) Liase (fumarase) Isomerase (epimerase) Ligase/sintetase (tiokinase)
Tipe reaksi memisahkan dan menambahkan elektron atau hidrogen memindahkan gugus senyawa kimia memutuskan ikatan kimia dengan penambahan air
membentuk ikatan rangkap dengan melepaskan satu gugus kimia mengkatalisir perubahan isomer menggabungkan dua molekul yang disertai dengan hidrolisis ATP
Polimerase (tiokinase)
5.
6.
Oksidoreduktase (1)
Kelas 1. Enzim Oksidoreduktase mengkatalisa reaksi oksidasi dan reduksi, misalnya alkohol : oksidoreduktase NAD mengkatalisa oksidasi alkohol menjadi aldehid. Enzim ini melepaskan 2 buah elektron seperti 2 buah hidrogen dari alkohol untuk menghasilkan aldehid
Oksidoreduktase (2)
Subkelas oksidoreduktase: 1. Oksidase, memindahkan 2 elektron dari donor ke oksigen, biasanya menyebabkan pembentukan peroksida hidrogen, 2. Oksigenase, mengkatalisa penggabungan kedua atom oksigen kedalam suatu substrat tunggal.
Oksidoreduktase (3)
3. Hidroksilase, menggabungkan sebuah atom molekul oksigen kedalam substrat; oksigen yang kedua timbul seperti air. 4. Peroksidase, mempergunakan peroksida hidrogen selain dari oksigen sebagai oksidan, peroksida NADH mengkatalisa reaksi
Oksidoreduktase (4)
5. Katalase, unik didalam peroksida hidrogen bekerja baik sebagai donor maupun akseptor. Kakatalase berfungsi didalam sel untuk mendetoksifikasikan peroksida hidrogen.
Transferase (1)
Kelas kedua: Enzim Transferase Enzim ini terlibat dalam memindahkan grup fungsional antara donor dengan akseptor. Amino, ,acyl, fosfat, satu karbon dan grup glikosil adalah salah satu dari 2 bagian sama besar yang ditransfer. Aminotransferase (transaminase), mentransfer grup amino dari satu asam amino ke akseptor asam keto, dengan menghasilkan pembentukan asam amino yang baru dan asam keto yang baru
1.
Transferase (2)
2. Kinase, enzim yang memfosforilasi yaitu mengkatalisa pemindahan grup fosforil dari ATP atau trifosfat nukleotida lainnya ke alkohol atau akseptor grup amino, misalnya glukokinase.
3. Glukosiltransferase, mengkatalisa transfer residu gluykosil yang aktif ke sebuah glikogen primer. Ikatan fosfosester didalam disfosfoglukosa uridin adalah labil, yang menyebabkan glukosa berpindah ke glikogen primer yang sedang berkembang
Hidrolase
Kelas ke 3: Enzim Hidrolase: Sebagai satu kelas khusus dari transferase dimana grup donor tertransfer ke air. Reaksi yang sama rata melibatkan pemotongan ikatan peptida.
Liase
Kelas ke 4: Enzim Liase, adalah enzim yang menambah atau menghilangkan unsur air, amonia atau CO2. 1. Dekarboksilase menghilangkan unsur CO2 dari asam keto alfa, beta atau asam amino. 2. Dehidratase menghilangkan unsur H2O dalam sebuah reaksi dehidrasi. Dehidratase sitrat mengubah sitrat menjadi cis-akoninat.
Isomerase
Kelas ke 5: Enzim Isomerase, enzim dari kelompok yang sangat heterogen mengkatalisa isomerase beberapa jenis. Diantaranya cis-trans, keto-enol dan interkonversi (perubahan bentuk) aldoseketose. Isomerase yang mengkatalisa pembalikan karbon Asimetrik terjadi pada epimerase atau recemase. Mutase melibatkan transfer intramolekul pada suatu kelompok seperti fosforil.Transfer tidak perlu langsung, tapi dapat melibatkan suatu enzim fosforilated sebagai perantara.
Ligase
Kelas ke 6: Enzim Ligase, berarti mengikat, enzim enzim ini terlibat dalam reaksi sintesa dimana 2 molekul tergabung pada pengeluaran sebuah ATP Ikatan fosfat energi tinggi kegunaan sintetase tersedia untuk grup khusus enzim. Pembentukan acyl amino tRNA bekerja coenenzim A, glutamin dan tambahan CO2 menjadi piruvat, adalah reaksi yang dikalisa oleh enzim ligase. Contoh, piruvat karboksilase.
Lebih dari 50 enzim telah ditemukan dalam serum manusia pada praktek klinis rutin, yang paling umum diantaranya:
2.
Enzim Restriksi
Enzim restriksi = endonuklease restriksi suatu protein yang dihasilkan oleh bakteri yang memotong DNA pada tempat spesifik sepanjang molekul. Di dalam sel bakteri, enzim restriksi memotong DNA asing. Enzim restriksi dipisahkan dari sel bakteri dan digunakan di laboratorium untuk mengontrol fragmen DNA, seperti fragmen yang mengandung gen. Dengan demikian enzim merupakan alat yang sangat dibutuhkan dalam teknologi rekombinan DNA atau teknik mesin genetik.
Aplikasi Enzim
Enzim memiliki aplikasi industri dan medis yang berharga. Ragi, anggur, adonan asam roti, pembekuan keju dan pembuatan bir. Kegunaan enzim dalam medicine diantaranya membunuh mikroorganisme yang menyebabkan penyakit, meningkatkan penyembuhan luka dan mendiagnosa penyakit tertentu