Tim Pengajar Pengantar Bioteknologi Pertanian Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada
1868, Friedrich Miescher menemukan senyawa kimia yang berasal dari inti sel
1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat
2.
3.
4.
DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan organisme yang sama memiliki komposisi basa yang sama Komposisi basa DNA beragam pada organisme yang berbeda Komposisi basa DNA suatu spesies tidak berubah oleh umur, nutrisi, dan lingkungan Jumlah residu adenin selalu setara dengan jumlah residu timin, sedangkan jumlah residu guaninn selalu setara dengan jumlah residu sitosin
Dengan dukungan data difraksi sinar-X dari Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins Dengan dukungan data analisis kimia basa nitrogen dari Erwin Chargaff Memformulasikan struktur DNA Mengelompokkan basa DNA menjadi purin dan pirimidin Memformulasikan model replikasi DNA
STRUKTUR NUKLEOTIDA
Tiga komponen pembentuk nukleotida:
Basa nitrogen
Gugus fosfat
(pirimidin atau purin)
Gula pentosa
Pirimidin, C dimiliki oleh RNA dan DNA, tetapi T terdapat di DNA, dan U terdapat di RNA
DEOKSIRIBONUKLEOTIDA
2'-deoksiribosa dengan basa (dalam contoh ini purin, adenin atau guanin) terikat pada atom C-1' adalah deoksiribonukleosida (dalam contoh ini deoksiadenosin dan deoksiguanosin).
Terfosforilasi pada atom C- 5' menjadi nukleotida (dalam contoh ini, deoksiadenilat dan deoksiguanilat)
Deoksiribonukleotida dinamai dengan singkatan (pada contoh ini) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP (deoksiadenosin monofosfat)
Deoksiribonukleotida Utama
DNA
Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
STRUKTUR DNA
DNA terdiri atas dua rangkaian heliks anti-paralel (paralel berlawanan arah) yang melilit ke kanan suatu poros. Ukuran lilitan adalah 36 , yang mengandung 10.5 pasangan basa per putaran. Kerangka yang berselang-seling antara gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di bagian luar. Ikatan hidrogen antara basa purin dan pirimidin terletak d bagian dalam.
STRUKTUR DNA
penyusun suatu benang DNA yang antiparallel tidak sama melainkan bersifat komplemen terhadap benang pasangannya. Basa C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Hal ini sangat bemanfaat dalam kaitan untuk penyimpanan dan pemindahan.
PERAN DNA
DNA terletak di kromosom dan kloroplas DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter, operator, dll.)
PERAN RNA
Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke ribosom Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom, mesin biologis pembuat protein Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi katalis
RNA
Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya. Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
RIBONUKLEOTIDA
Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di samping adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1nya disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin). Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5nya disebut ribonukleotida (dalam contoh di samping adalah uridilat atau sitidilat)
Penyampaian ribonukleotida biasanya dalam bentuk singkatan (misalnya) U, atau UMP (uridin monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA UTAMA
PENAMAAN NUKLEOTIDA
Transkripsi
Translasi
Terjadi secara semikonservatif, masing-masing benang DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis DNA pasangannya Terjadi di replikon yang terdiri dari origin of replication dan dua garpu replikasi (bidirectional) Masing-masing garpu replikasi tersusun atas kompleks enzim, termasuk di dalamnya DNA polymerase
REPLIKASI DNA
Pada replikasi DNA, masing-masing untai DNA berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis untai pasangannya yang baru, menghasilkan dua molekul DNA. Cara ini disebut cara replikasi semikonservatif. Replikasi cara semikonservatif membutuhkan pemisahan untai DNA (pelelehan sebagian, atau denaturasi) sehingga untai tetua menjadi cetakan.
PERCOBAAN MESELSON-STAHL
SINTESIS DNA
Pertumbuhan garpu replikasi Pertumbuhan benang DNA
5 3
Terjadi karena sintesis DNA terjadi hanya pada arah 5 ke 3 Kedua benang DNA mengalami proses yang berbeda
Sintesis DNA pada benang leading terjadi secara continuous+ Sintesis DNA pada benang lagging terjadi secara discontinuous
leading
Membentuk fragmen Okazaki Fragment-fragmen kemudian akan terhubung oleh aktivitas DNA ligase
lagging
Harus menyambung fragmen-fragmen DNA Hal ini dilaksanakan oleh enzim DNA ligase
Replikasi DNA dimulai dari suatu urutan nukleotida spesifik yang disebut origins of replication
Fork movement
Fork movement
Transcription
locally unwinds DNA adds free nucleotides to growing RNA strand at 3 end
5 to 3 RNA synthesis template read 3 to 5 uses rules of base pairing to synthesize complementary RNA molecule starts RNA chain de novo
Transcription is asymmetric only one strand of the DNA is transcribed into RNA; the template strand The RNA transcript has the same sequence as the nontemplate strand
RNA is synthesized in a 5 to 3 direction only The template strand is read in the 3 to 5 direction
Either strand of the DNA can be used as the template strand for transcription However, in any one gene only one strand of the DNA serves as the template for transcription
DNA
Multiple RNA polymerases can transcribe a gene simultaneously creating a train of RNA polymerases
RNA polymerases
Transcribes mRNA, rRNA and tRNA Transcription and translation are coupled RNA polymerase I transcribes rRNA genes RNA polymerase II transcribes protein-encoding genes; i.e. makes mRNA primary transcript will be processed RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes
ACTIVATION
Each amino acid activated by reacting with ATP tRNA synthetase enzyme attaches activated amino acid to own particular tRNA
Initiation
Termination
DNA, RNA, and Proteins are examples of strings written in either the fourletter nucleotide alphabet of DNA and RNA (A C G T/U) or the twenty-letter amino acid alphabet of proteins. Each amino acid is coded by 3 nucleotides called codon. (Leu, Arg, Met, etc.)
Terima Kasih