Waktu pengumpulan atau waktu panen suatu jenis atau bagian bahan alam sangat berhubungan dengan kadar

komponen aktif suatu tumbuhan. Untuk tumbuhan yang melakukan fotosintesis, waktu panen biasanya antara pukul 10.00-12.00, dimana terjadi fotosintesis maksimum. Pengambilan bahan alam untuk simplisia harus diambil yang sehat yaitu yang tidak terinfeksi virus, bakteri dan atau jamur. Bukan hanya hasil sintesa mikroba yang tedeteksi , tetapi infeksi yang dapat mengubah metabolism bahan alam secara serius dan membentuk hasil yang tidak diharapkan. Waktu pengumpulan yang tepat yaitu pada saat komponen aktifnya mencapai jumlah maksimal, secara umur bahan alam perlu pula diperhatikan, sebagai contoh tanaman atropa belladonna diaman alkaloid utamanya adalah hiosiamina yang mula-mula terbentuk dalam akar, pada tahun pertama selama pertumbuhannya