PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 1
Modul11
DockingMolekularInhibitor(Benzamidin)terhadapBetaTrypsin

TujuanInstruksionalUmum:
Mahasiswa mampu melakukan perhitungan docking dengan
perangkatlunakArgusLab4.0.1.

TujuanInstruksionalKhusus:
1. Mahasiswa mampu memahami bagaimana menampilkan
filestrukturmolekulproteintarget
2. Mahasiswamampumembuatligandanbindingsite
3. Mahasiwamampumendockingkanliganterhadapbinding
site
4. Mahasiswamampumenganalisahasildocking

TeoriSingkat:
ArgusLab menyediakan dua fasilitas docking engine, yaitu
ArgusDock (ShapeDock) dan GADock (Genetic Algorithm Dock),
serta satu fungsi perhitungan energi ikatan, yaitu AScore. Kedua
metodedockinginiberbedadalamhalpendekatanyangdigunakan.
Metode ArgusDock menggunakan pendekatan dimana ligan hanya
diarahkan pada suatu posisi tertentu, sedangkan pada metode
GADock,ligandiarahkanpadaberbagaiposisiyangmemungkinkan.
Hal ini menyebabkkan metode GADock bersifat nonreprodusibel,
sehinggapengerjaannyaharusdilakukandalambeberapareplikasi.
Sebagailangkahawal,padapercobaaniniakandipelajaribagaimana
melakukan kalkulasi docking, dengan docking inhibitor benzamidin
terhadap serin protease beta tripsin. Sebelum dilakukan docking
harusditentukanatomyangmenjadiligan(obat,inhibitor,dsb)dan
sisiikatan(Bindingsite)padaproteindimanaobatterikat.
Struktur protein yang akan digunakan didapat dari Brookhaven
Protein Databank yang telah berikatan dengan benzamidin. Di sini
akan dibuat copy dari inhibitor dan dilakukan docking terhadap
protein dan kemudian dibandingkan hasil docking dengan struktur
yangdidapatdarisinarx(strukturasli).

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 2
TugasPraktikum:

A.Membukafilestruktur
1. Buka file protein databank, 3ptb yang terletak di folder
Tutorials/Docking/Beta Trypsin dalam program instalasi
ArgusLab (ini adalah file PDB sehingga pastikan pilihan .pdb
dalamdialogFileOpen).
2. PastikantoolMoleculeTreeViewterbukadenganpilihmenu
Tools,MoleculeTreeViewataukliktombol .
3. Expand dengan cara klik tanda [+] pada tree view dan buka
Residues/MiscfolderuntukmenampilkanresiduBenzamidin.

B.MembuatLigandanBindingSitegroups
1. Klikkiripada"1BEN"padaTreeViewuntukmenampilkan
residubenzamidin(akanberwarnakuning).

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 3
2. Pilih menu Edit/Hide Unselected untuk menyembunyikan
semua atom yang tidak dipilih. Pada layar hanya akan
tampakmolekukbenzamidin.
3. Pusatkan molekul benzamidin pada layer dengan pilih
menuView/CenterMoleculeInWindowataukliktombol
.
4. TambahkanatomHdengankliktombol .

5. Klikkananpada"1BEN"dalamTreeViewdanpilihMakea
Ligand Group from this Residue. ArgusLab akan membuat
grup di bawah folder groupdengannama"1 BEN" dengan
tipe=Ligand.
6. Klik kiri pada residu "1 BEN" dalam folder Residues/Misc
ataugrup"1BEN"dalamfolderGroups.Kedualangkahini
akanmenampilkanatomligandilayar.
7. Copy (Ctrl+C) & Paste (Ctrl+V) residu terpilih. Pada folder
Residues/Misc dalam Tree View akan muncul residu baru
dengannama"810BEN".
8. Buat grup ligan untuk residu baru ini seperti cara di atas.
Klikkananpada"810Ben"dan pilihMakeaLigandGroup
from this Residue. Akan tampak dua ligan dalam folder
Groupsdengannama"1BEN"dan"2BEN".
9. Renamekeduagrupligan:Klikkanan"1BEN"dalamfolder
Groups dan pilih Modify Group.... Dalam kotak dialog

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 4
Modify Group, ketik nama baru "ligandxray" (jangan
mengubah tipe grup, tetap ligand). Rename juga "2 BEN",
tapiberinama"ligand".
10. Untuk lebih mudah membedakan kedua ligan dalam layar,
dapat dilakukan dengan mengubah warna dengan cara
memilih View/Color By Molecule. Selain itu bisa juga
dengan mengubah tampilan salah satu ligan dengan cara :
klik kanan pada grup bernama ligand, pilih Set Render
ModedanCylindermed.
11. Buat binding site untuk grup ligandxray dengan cara klik
kanangrupligandxraypadafolderGroupsdanpilihMake
a BindingSite Group for this Group. Langkah ini akan
menampilkan sebuah sisi ikatan yang meliputi semua
residu dalam jarak 3,5 Angstroms dari setiap atom dalam
grupligandxray.Pusatkanmolekullagi(klik )

C.DockingliganterhadapBindingsite
1. Ketika sedang dilakukan docking suatu grup ligan, semua
atom lain selain grup ligan akan diabaikan. Dengan
demikiandapatdilakukandockingterhadapbeberapaligan

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 5
terhadap protein yang sama dan hasil akhir akan
ditampilkansalingtumpangtindih.
2. Buka kotak dialog Dock Settings dengan memilih menu
Calculation/DockaLigand...ataukliktombol .

3. Pilih ligan yang akan didockingkan pada kotak "Ligand"

yaituligand,bukan"ligandxray".
4. Klik Calculate Size. Pastikan pilihan "ArgusDock" pada
docking engine, Dock pada Calculation type , dan
FlexiblepadaLigand.
5. KliktombolStartdanperhitungandockingdimulai.
6. Perhatikanpesanyangmunculpadabagianbawahlayar.

D.AnalisahasilDocking
1. Untuk melihat kedekatan antara struktur yang didockingkan
denganstruktursinarx,dalamTreeView,pilihgrupliganddan

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 6
ligandxray dengan cara tahan kunci Ctrl + klik kiri pada kedua
grup. Pada layar kedua molekul akan tampak menyala.
Kemudian klik kanan pada folder Groups dan pilih Calc RMSD
positionbetweentwosimilarGroups.Padalayarakanterbuka
kotak informasi berisi nilai perbedaan root mean square
deviation (RMSD) antara kedua ligan. Nilai yang diterima bila
lebihkecildari2,0Angstroms.
2. Hasil perhitungan docking dapat dilihat dari log file atau Tree
View. Dalam Tree View, expand atau klik tanda [+] pada folder
Calculations. Akan muncul daftar pengaturan docking dan
beberapa pose, dimulai dari pose yang paling stabil, yaitu pose
yang tampil di layar (pose menunjukkan koordinat/letak ligan).
Untuk menampilkan pose yang lain klik kanan pada pose ybs,
lalupilihDisplay.Posisiliganakanberubahdannilaienergiakan
ditampilkandilayar.

3. KlikkananpadaPose2danpilihHideatauHideallPropsuntuk
menghilangkan tampilan pose ini. Tampilan akan kembali pada
posepalingstabilyaituposedenganenergiterendah.
4. Untuk membuka log file, pilih menu Edit/Latest output file...
atau klik tombol . Log file akan tampil dalam format

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 7
Notepad, berisi informasi rinci tentang tipe atom, detail grid
danstatuspesan.
5. Semua pekerjaan docking dapat disimpan dalam file .agl,
denganpilihmenuFile/SaveAs...,danpilihtipefile.agl.

Tugas:
Lakukan langkah AD untuk melakukan docking molekuler
flurbiprofen (1650FLP) terhadap protein target COX1
(menggunakanfile1CQE.pdbdalamfolderCOX)!
Catatan:
Simpan hasil yang anda peroleh dari tugas percobaan ini karena
nantinyaakandigunakanuntukpercobaanDockingBagianIII.