Warna dari gula kristal cukup bervariasi antara putih dan merah kecoklatan.

Perbedaan warna ini disebabkan karena beberapa faktor antara lain proses pemurnian gula dan karamelisasi. Kualitas produk gula yang dihasilkan sangat bergantung pada proses pemurnian nira mentah menjadi nira jernih. Pada jenis gula kristal putih warna produk gula yang dihasilkan dapat berbeda. Hal ini dapat dikarenakan metode pemurniannya yang berbeda. Gula kristal putih yang memakai metode pemurnian defekasi dengan karbonatasi, warna produk gula yang dihasilkan lebih putih daripada menggunakan metode pemurnian secara defekasi dengan sulfitasi. Bahan pengotor yang dapat dihilangkan menggunakan metode karbonatasi sebesar 27,9% sedangkan metode sulfitasi hanya sebesar 11,7% dikarenakan penambahan kapur pada karbonatasi lebih banyak daripada sulfitasi. Bahan pengotor tersebut sangat berpengaruh pada tingkat kejernihan nira sehingga semakin banyak kandungan bahan pengotor dalam nira maka nira semakin tidak jernih. Selain itu pada metode sulfitasi, gas SO2 yang ditambahkan dapat memperlambat reaksi antara asam amino dan gula reduksi yang dapat mengakibatkan terbentuknya zat warna gelap. Sedangkan jika dibandingkan antara gula kristal putih dan gula kristal rafinasi maka warnanya pun juga berbeda. Secara umum warna gula kristal rafinasi lebih putih daripada warna gula kristal putih. Hal ini disebabkan karena proses pengolahannya yang lebih kompleks. Selain pemurniannya, proses dekolorisasi juga sangat berperan terhadap warna gula rafinasi. Adsorben pada gula kristal rafinasi dapat menghilangkan zat pengotor yang masih terdapat pada nira dan juga menjernihkan warna nira sehingga produk gula yang dihasilkan mempunyai warna yang lebih putih.