Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR merupakan singkatan dari Polymerase Chain Reaction atau reaksi rantai polimerase ditemukan pertama kali oleh Kary B. Mullis tahun 1985 adalah konsep yang memungkinkan pelipatgandaan segmen DNA dalam tabung dengan bantuan enzim DNA Polimerase.

Keunggulan PCR
Polimerasi DNA dapat diarahkan untuk sintesis wilayah DNA tertentu PCR menghasilkan amplifikasi wilayah DNA tertentu

Pelaksanaan PCR
Bahan awal dari PCR adalah DNA yang mengandung urutan yang akan diamplifikasi Pemanasan dari campuran reaksi pada 94C selama beberapa menit Peningkatan temperatur pada 72C Setelah satu siklus berakhir, temperatur ditingkatkan lagi sampai 94C selama beberapa puluh detik

Bahan awal dari PCR adalah DNA yang mengandung urutan yang akan diamplifikasi DNA tidak harus diisolasi, jumlahnya kecil Primer oligonuklotida sebagai posisi awal untuk sintesis serat baru, polimerase DNA, dan campuran keempat dNTP ditambahkan kedalam tabung yang mengandung DNA Volumenya 25-100 l

Pemanasan dari campuran reaksi pada 94C selama beberapa menit

Molekul DNA yang berserat ganda terpisah secara sempurna menjadi serat tunggal Temperatur diturunkan agar oligonukleotida menempel pada posisi yang sesuai pada cetakan

Peningkatan temperatur pada 72C

Merupakan temperatur optimum dari enzim polimerase-DNA Taq Dipertahankan beberapa menit untuk penyelesaian sintesis DNA

Setelah satu siklus berakhir, temperatur ditingkatkan lagi sampai 94C selama beberapa puluh detik

DNA serat ganda yang pendek terpisah Satu siklus yang terdiri dari pemanasan untuk pemisahan serat, penempelan primer, dan sintesis oleh polimerase-DNA diulang sampai 30-40 kali

Komponen PCR
Kation Reagensia dan Penyangga Primer Cetakan Polimerase-DNA Tag DNTPS Parameter dalam siklus termal

Penerapan PCR
PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA yang khas bagi manusia Produk PCR dapat diurutkan secara langsung Deteksi mutasi dengan Amplifikasi PCR PCR digunakan untuk pemantauan terapi kanker PCR digunakan untuk melacak infeksi virus dan bakteri Penentuan jenis kelamin pada sel prenatal Studi evolusi molekuler Penggunaan PCR dalam kehakiman

PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA yang khas bagi manusia

Sel-sel manusia telah dilebur dengan selsel densia, kromosom manusia biasanya hilang dari sel hibrid Alur PCR merupakan cara sederhana untuk pemilihan dan amplifikasi hanya DNA manusia dari sel hibrid Metode ini menggunakan primer untuk urutan repetitif pada berbagai tempat sepanjang genom

Produk PCR dapat diurutkan secara langsung

Produk PCR berserat ganda dapat diurutkan Hal ini menyingkat waktu dibandingkan dengan metode konfensional

Deteksi mutasi dengan Amplifikasi PCR

Mutasi terjadi pada kanker dan kelainan bawaan Amplifikasi PCR telah terbukti untuk penilaian gen tertentu yang mengalami mutasi PCR juga dapat mengikuti perkembangan sel kanker setelah terapi Kelainan bawaan juga berhasil didiagnosa dengan cara PCR

PCR digunakan untuk pemantauan terapi kanker

Kemampuan untuk melacak lesi yang khas untuk tumor merupakan hal yang sangat bernilai Beberapa kanker muncul akibat translokasi kromosom yang menyangkut gen tertentu. Seperti pada Limfoma Folikuler PCR mampu melacak sampai 1 sel kanker diantara 106 sel normal Contoh pada Leukemia dengan bahan baku awal mRNA

PCR digunakan untuk melacak infeksi virus dan bakteri

Diagnosis konvensional didasarkan pada kemampuan untuk menumbuhkan agen pada biakan atau untuk melacak keberadaan mereka pada pasien dengan antibody Primer PCR dibuat untuk urutan virus yang khas, kemudian PCR dilakukan dgn menggunakan DNA yg diekstraksi dari sel darah perifin.(pelacakan DNA virus HIV) Penyakit bakteri juga dapat didiagnosa dgn PCR

Penentuan jenis kelamin pada sel prenatal

Untuk kelainan genetik menurun yang terkait dengan kromosom X yang menyerang hanya kelamin jantan Penentuan seks jantan dgn DNA dapat dilakukan karena mempunyai urutan unit pada kromosom Y. misalnya DYZ1 Prosedur ini dilakukan pada keluarga yg mempunyai resiko kelainan genetik turunan yang terpaut pada kromosom X

Studi evolusi molekuler

Metode study konvensional sering mengalami hambatan karena memerlukan spesies yang masih hidup sbg sumber DNA PCR telah mengubah situasi tersebut secara dramatis PCR mampu memperbanyak urutan DNA dari berbagai fosil, PCR asimetrik digunakan untuk memperoleh molekul berserat tunggal untuk pengurutan. Contoh daun fosil yang diduga berasal dari Miosene PCR digunakan dalam studi evolusi manusia. Contoh urutan DNA mitokonria dari sebatang rambut segar

Penggunaan PCR dalam kehakiman

Potensi Penggunaan sidik jari DNA untuk menyakinkan identitas terok dalam ilmu kehakiman sebagai bukti yang akurat DNA yang cukup untuk bloting Southern dpt diisolasi dari akar rambut yang segar, namun tidak selalu baik untuk rambut pada kasus kriminal PCR telah mampu mengatasi hal tersebut Pertimbangan utama penerapan PCR dlm kehakiman adalah cemaran dari contoh barang bukti oleh DNA lain dr tempat kejadian kriminal maupun dari DNA lain yang telah pernah diamplifikasi di laboratorium ynag sama

Gambar 1. Penyajian PCR pengasingan microsatellite pengulangan menurut bagan urutan dengan menggunakan suatu dasar pengulangan anchored

Diagnosis cepat White Spot Syndrome Virus (WSSV) metode Polymerase Chain Reaction / PCR