ANALISIS ODOR URINE UNTUK MENDETEKSI INFEKSI SALURAN KEMIH DENGAN MENGGUNAKAN SENSOR QUARTZ CRYSTAL MICROBALANCE DAN

SELF ORGANIZING MAP (SOM)

Oleh : Delima A.S 2208204013 Dosen Pembimbing Dr. Muhammad Rivai, ST, MT. TESIS Program Pascasarjana Jurusan Teknik Elektro Elektronika Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya 2011

LATAR BELAKANG
Urine merupakan hasil dikeluarkan melalui ginjal metabolisme tubuh yang

Fungsi pemeriksaan urine adalah untuk mengetahui kelainan pada ginjal dan salurannya serta kelainan kelainan diberbagai organ tubuh lainnya seperti hati, saluran empedu, pankreas, korteks adrenal, uterus dan lain lain Pemeriksaan urine (makroskopik, mikroskopik, dan kimia urine) pada laboratorium klinis membutuhkan waktu + 2 3 hari. Teknologi hidung elektronik dengan menggunakan sensor QCM dapat membantu melakukan pemeriksaan urine dengan kurang dari 1 jam

PERUMUSAN MASALAH
Merancang suatu sistem yang dapat mendeteksi odor urine yang mengandung bakteri penyebab infeksi saluran kemih dengan menggunakan sensor gas Quartz Crystal Microbalance (QCM) Menganalisa data dari sensor gas QCM dengan menggunakan metode Principle Component Analysis (PCA) sebagai pemrosesan awal pada algoritma Neural Network Mengidentifikasi pola dan karakteristik dari urine dengan menggunakan metode Kohonen Self Organizing Map ( SOM )

TUJUAN DAN MANFAAT

Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi odor urine yang mengandung suatu bakteri dengan menggunakan QCM dan SOM Manfaat Adapun manfaat penelitian yang dapat diperoleh dari penelitian ini adalah: - membantu pada ahli medis dalam menganalisa adanya infeksi pada saluran kemih - memiliki kelebihan kecepatan dalam hal pendeteksian adanya bakteri dibanding dengan metode pengujian yang selama ini digunakan.

KAJIAN PUSTAKA
Setiap hari tubuh kita menghasilkan kotoran dan zat-zat sisa dari berbagai proses tubuh. Agar tubuh kita tetap sehat dan terbebas dari penyakit, maka kotoran dan zat zat sisa dalam tubuh kita harus dibuang melalui alat-alat ekskresi. Alat-alat ekskresi manusia berupa ginjal, kulit, hati, dan paru-paru. Sistem saluran kemih terdiri dari ginjal, ureter, kandung kemih dan uretra. Ginjal berperan dalam proses pembentukan urin yang terjadi melalui beberapa proses, yaitu: 1. Penyaringan (filtrasi) 2. Penyerapan kembali (reabsorbsi) 3. Augmentasi

Urin
Urin atau air seni adalah cairan sisa yang diekskresikan oleh ginjal yang kemudian akan dikeluarkan dari dalam tubuh melalui proses urinasi. Eksreksi urin diperlukan untuk membuang molekul-molekul sisa dalam darah. Urin disaring di dalam ginjal, dibawa melalui ureter menuju kandung kemih, akhirnya dibuang keluar tubuh melalui uretra. Urin terdiri dari air dengan bahan terlarut berupa sisa metabolisme (seperti urea), garam terlarut, dan materi organik. Cairan dan materi pembentuk urin berasal dari darah atau cairan interstisial. Komposisi urin berubah sepanjang proses reabsorpsi ketika molekul yang penting bagi tubuh, misal glukosa, diserap kembali ke dalam tubuh melalui molekul pembawa.

Infeksi Saluran Kemih (UTI)

o

Infeksi saluran kemih adalah keadaan dimana kuman atau bakteri tumbuh dan berkembang biak dalam saluran kemih dengan jumlah tertentu. Bakteri penyebab infeksi saluran kemih diantaranya adalah : 1. Esherichia Coli 2. Klebsiella 3. Enterobacter Aerogenes 4. Proteus 5. Providensia 6. Citrobacter (Pseudomonas Aeroginosa )

Metabolisme Bakteri
Paper Thomas Bachinger dan Carl-Fredrik Mandenius menyebutkan bahwa aktifitas metabolisme bakteri dapat dideteksi dengan deret sensor gas dan dianalisa dengan artificial neural network. Hasil metabolisme dari bakteri tersebut dapat menghasilkan enzim, yang apabila bercampur dengan urine akan dapat menghasilkan odor atau bau

Teknologi Hidung Elektronik Dapat Mendeteksi Beberapa Penyakit

Paper Ida A.Casalinuovo dkk menyebutkan bahwa teknologi hidung elektronik dapat mendeteksi beberapa penyakit diantaranya urinary tract infections atau infeksi saluran kemih

Metodologi Penelitian
PembacaanDataUrinedenganSensorQCM

TransformasiDatadenganPCA

PendeteksianJenisBakteridalamUrinedengan SOMKohonen MelakukanEvaluasiSistemSecaraKeseluruhan

Diagram Penelitian

Pengolahan Data dengan metode Principle ComponentAnalisys

Klasifikasi JenisBakteri denganmetode SOMKohonen

Pembacaan Urin

Perancangan Sistem
Perancangan Pembacaan Sensor Perancangan metode PCA Perancangan metode SOM Kohonen

Perangkat Keras

Gambar Diagram Sistem Perangkat Keras

Sistem Perangkat Keras

Sistem perangkat keras terdiri dari :
Sensor deret QCM Osilator Rangkaian clock Pencacah Frekuensi Demultiplekser Rangkaian Mikrokontroler

Sensor QCM
Sensor Quartz Crystal Microbalance (QCM) adalah sebuah lapisan piezoelectric quartz crystal yang menggunakan lapisan kimia khusus. Lapisan ini mempunyai kemampuan berinteraksi dengan molekul-molekul kimia lainnya. Jika struktur pada permukaan sensor berubah maka frekuensi resonansi dari kristal itu berubah

Osilator

Gambar Rangkaian Osilator

Rangkaian osilator yang digunakan adalah model osilator pierce. Sensor disini dipakai sebagai resonator

Rangkaian clock
Rangkaian clock 1 detik menggunakan mikrokontroler ATTiny 2313. kegunaan clock ini untuk pengambilan data di frekuensi counter. Clock yang digunakan mempunyai frekuensi 0.5 hz.. jadi terdiri atas 1 detik high dan satu detik low. Satu detik high digunakan untuk mengatur proses pencacahan data. Jadi ketika 1 detik high maka data akan dicacah atau IC counter aktif. Sehingga dilakukan pengambilan data 32 bit. Akan tetapi pengambilan data per 8 bit, jadi terdapat 4 kali pengambilan untuk 32 bit data.

Gambar Rangkaian Osilator

Pencacah Frekuensi
Rangkaian ini dibangun dari beberapa flip-flop yang dirangkai menjadi sebuah pencacah frekuensi, dengan mengambil inputan dari osilator yang berupa sinyal pulsa. Rangkaian Pencacah Frekuensi pada sistem ini digunakan untuk mencacah perubahan frekuensi dari sensor QCM yang memiliki frekuensi 20 MHz. Jadi frekuensi tersebut dicacah menjadi 32 bit. Rangkaian ini berfungsi untuk mengetahui atau mengukur nilai frekuensi yang dihasilkan. Untuk mengambil data berupa frekuensi resonansi dari QCM yang beroperasi sebesar 20 MHz atau 20.000.000 Hz dan dapat terbaca seluruhnya maka dibutuhkan pencacah sebesar 32 bit atau 2 =4.294.967.296.
32

Demultiplekser

Gambar Rangkaian Demultiplekser

Untuk mengontrol pembacaan data dari masing-masing IC kounter digunakan IC demux 74HC154.

Rangkaian Mikrokontroler
Rangkaian mikrokontroler berupa minimum sistem untuk mikrokontroler ATMega 32 dengan Xtal yang dipergunakan 12,000 MHz. Pada sistem minimum seperti gambar disamping terdiri dari sebuah mikrokontroler ATMega 32 dan IC MAX 232 untuk komunikasi secara serial pada PC.

Gambar Rangkaian Mikrokontroler

Perancangan Program Pembacaan Sensor

DiagramRangkaian Pembacaan Urin

Gambar Sistem Pembacaan Sensor

Perancangan Principle Component Analysis (PCA)

Data Hasil Pembacaan Sensor Penyusunan Matrik Data Mentah Mencari nilai var kovar dan korelasi

Menentukan Nilai Mean

Mencari Nilai Eigen dan Vektor Eigen

Menentukan 2 Kontribusi Yang Utama

Mendapatkan Nilai PC1 dan PC2

Hasil Pengambilan data urin dilatihkan untuk memperoleh nilai Vektor Eigen.

Hasil Perancangan PCA

Gambar Sistem PCA

Perancangan Kohonen SOM

Jumlah Node Masukan : 2
Yaitu node untuk Data PC1 dan PC2

Jumlah Node Keluaran : 4

Yaitu node untuk hasil klasifikasi : sehat, citrobacter, klebsiella, ecoli

Hasil Perancangan SOM Kohonen

PC1

PC2

Gambar Sistem Klasifikasi Datadengan SOMKohonen Hasil data PCA digunakan untuk melatih sistem SOM untuk mendapatkan nilai bobot-bobotnya.

Sistem Klasifikasi secara Online

sistem pemompaan sel detektor Rangkaian Rangkaian Komputer Pengolah pencacah frekuensi data mikrokontroler

Tempat uji sampel

Gambar Sistem Klasifikasi secara Online

Hasil Pengujian Metode SOM tanpa metode PCA

Hasil Pengujian Metode SOM dengan metode PCA

Hasil Pengujian Sistem

Hasil Pengujian untuk Klasifikasi urin sehat

Hasil Pengujian Sistem

Hasil Pengujian untuk Klasifikasi urin yang mengandung bakteri citrobacter

Hasil Pengujian Sistem

Hasil Pengujian untuk Klasifikasi urin yang mengandung bakteri ecoli

Hasil Pengujian Sistem

Hasil Pengujian untuk Klasifikasi urin uang mengandung bakteri klebsiela

Tabel Data Hasil Pengujian

Sampel yang diuji citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter output citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter citrobacter keberhasilan sukses sukses gagal sukses sukses gagal sukses sukses sukses sukses

Tabel Data Hasil Pengujian

Sampel yang diuji ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli output ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli ecoli keberhasilan sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses gagal sukses

Tabel Data Hasil Pengujian

Sampel yang diuji Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella output Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella Klebsiella keberhasilan sukses sukses sukses sukses gagal sukses sukses sukses sukses sukses

Tabel Data Hasil Pengujian

Sampel yang diuji sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat output sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat sehat keberhasilan sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses sukses

Kesimpulan
Berdasarkan hasil pengujian dan pengukuran seluruh sistem dalam tesis ini dapat diambil beberapa kesimpulan sebagai berikut : Penelitian ini memberikan kontribusi untuk melengkapi pemeriksaan urin secara makroskopik. Pendeteksian odor akan melengkapi pemeriksaan urin secara makroskopik yang selama ini dilakukan. Material kimia yang dilapiskan pada permukaan sensor akan memberikan respon tertentu terhadap gas tertentu. Deret sensor QCM yang dilapisi material kimia yang berbeda yaitu OV101, OV-1701, OV-25, OV-225, PEG-20M menghasilkan pola respon yang berbeda untuk setiap jenis urin. Dengan metode PCA, data yang telah dinormalisasi dapat lebih mudah direduksi sehingga variabel yang utama dapat digunakan sebagai masukan bagi algoritma SOM Dengan metode SOM, dapat dikenali urin sehat dengan urin yang mengandung bakteri

DAFTAR PUSTAKA
Ida A. Casalinuvo, Donato Di Pierro, Massimilano Coletta dan Paolo Di Francesco, Application of Electronic Noses for Disease Diagnosis and Food Spoilage Detection, ISSN,2006 Vassilis S. Kodogiannis, John N. Lygouras, Andrzej Tarczynski, Hardial S. Chowdrey, Artificial Odour Discrimination System Using Electronic Nose and Neural Networks for the Identification of Urinary Tract Infection,IEEE Trans. Information Technology in Biomedicine, 12(6).pp. 707-713, November 2008 M Rivai, Pengaruh Principle Component Analysis Terhadap Tingkat Identifikasi Neural Network Pada Sistem Sensor Gas, ISSN Smith LI, A Tutorial on Principle Component Analysis, Cornell University, 2005. Kusumadewi Sri, Membangun Jaringan Syaraf Tiruan menggunakan Matlab dan Excel link

TERIMA KASIH

makroskopik
Pemeriksaan makroskopik meliputi : Volume Warna Kejernihan Berat jenis Bau pH urine