1|Pengenalan Hyperchem

PENGENALAN MENU HYPERCHEM

Dr. Faidur Rochman, MS. Himmatul Barroroh, S.Si., M.Si. Hyperchem pada dasarnya merupakan paket program komputasi kimia yang memuat dua fasilitas utama yaitu pemodelan molekul dan perhitungan komputasi kimia. Fasilitas pemodelan molekul mem erikan kemudahan pada periset kimia untuk mem angun model molekul yang diinginkan melalui !isualisasi molekul dan model uilder yang disediakan oleh hyperchem. Fasilitas kedua yaitu perhitungan komputasi kimia untuk menghitung sifat"sifat kimia molekul yang terdiri atas metode Quantum Mechanics dan Molecular mechanics. Pemodelan molekul terdiri atas e erapa tahap# 1. Menggam ar molekul secara $D. %emudian mem angun struktur molekul &D dengan Model Build. $. Mengedit'memanipulasi struktur &. (ptimasi geometri A. Pengenalan Menu dan Kertas Kerja Hyperche 1. Double click pada !c"n Hyperche )gam ar eker gelas* atau aplikasi Hyperchem Pro + pada startmenu $. ,ampilan -endela kertas ker-a hyperchem akan tampak se agai erikut#
Control-menu button button title bar maximize/restore button minimize button exit

$|Pengenalan Hyperchem %eterangan# Title bar Menu bar 1. File # menun-ukkan nama file yang sedang di uka # mengandung menu"menu utama operasi hyperchem # mengandung menu"menu operasi file, mem uka, menyimpan, mengekspor'import,mencetak file,dan menu preferences untuk mengeset e erapa kondisi dalam penggunaan hyperchem $. Edit # terdiri atas menu"menu untuk melakukan manipulasi gam ar'struktur sistem molekuler &. Build # mengandung item"item untuk mem angun sistem molekuler yang diinginkan .. Select # mengandung -enis"-enis mode pilihan )Selecting*, secara per atom, molekul, residu dll. /. Display # memuat pilihan"pilihan tampilan sistem molekul dan sifat" sifat yang diperlukan +. Database # mem erikan fasilitas data ase asam amino dan residu asam nukleat untuk mem angun struktur polipeptida dan polinukleotida serta makromolekul yang lain. 0. Setup # memuat menu"menu seting untuk perhitungan komputasi kimia yang diinginkan 1. Compute # mengandung pilihan -enis"-enis perhitungan komputasi kimia yang dapat dilakukan oleh hyperchem 2. Annotations # 3lat antu untuk mem uat teks tulisan pada workspace 14. Script # Menu untuk mem uat file script )program antu* yang memuat suatu set perintah untuk men-alankan program hyperchem 11. Cancel # menu untuk mem atalkan perintah yang sedang di-alankan 1$. Help # menu untuk mengakses file Help Tool bar # mengandung icon antu antara lain # untuk menggam ar'menghapus unsur # untuk melakukan pilihan pada atom atau molekul

)Draw* )Select*

)Rotate out-of-plane* # untuk rotasi molekul &D )Rotate in-plane* )5"6 Translate* )Z-translate* # untuk rotasi molekul $D # untuk mentranslasi molekul pada sum u 7"y )pada idang kertas ker-a* # untuk mentranslasi molekul pada sum u 8 )tegak lurus idang kertas ker-a*

)Magnify/shrink* # untuk memper esar atau memperkecil ukuran gam ar )Z-Clipping planes* # untuk melihat molekul se agai entuk irisan

&|Pengenalan Hyperchem Workspace Status Line # tempat ditampilkannya sistem molekuler # menun-ukkan informasi tentang proses yang sedang aktif, misalnya -umlah atom pada molekul yang sedang ditampilkan, status perhitungan energi dan gradient energi, atau deskripsi singkat menu yang sedang ditun-uk.

9stilah"istilah pada penggunaan mouse# 1. -click # ,ekan dan lepas tom ol mouse kiri $. R-click # ,ekan dan lepas tom ol mouse kanan &. Double click # ,ekan dan lepas tom ol mouse dua kali secara cepat .. -!rag atau R-!rag# ,ekan dan tahan tom ol mouse kiri atau kanan, gerakkan cursor ke posisi yang aru pada workspace, kemudian lepaskan /. R-!rag # ,ekan dan tahan tom ol mouse kiri, kemudian tom ol mouse kanan, dan gerakkan cursor ke posisi yang aru pada workspace, kemudian lepaskan. +. R -!rag # %e alikan R-!rag #. Me $angun M"del M"le%uler &ederhana Pertama kali ela-ar Hyperchem setelah mengenal menu adalah mem angun molekul sederhana. Molekul"molekul terse ut adalah senya:a alifatik rantai lurus dan pendek seperti# alkana, alkena, alkuna, alcohol, aldehid dan keton. Maka langkah" lamgkahnya adalah s # 1. -click #u!ld dan pilih 'e(ault Ele ent , akan muncul daftar unsur dalam entuk ;,a el Periodik< $. =ntuk menyusun alkana )metana*, -click $7 atom kar on, lalu -click , maka mucul lingkaran kecil er:arna pada workspace, &. -click #u!ld dan pilih Add Hydr"gens, maka akan mucul . )empat* atom H yang terikat pada atom > se agai metana. )?ika tidak muncul lam ang atom, -click '!splay dan pilih La$els lalu pilih &y $"l* .. =ntuk memunculkan tampilan dalam entuk ola dan atang, -click '!splay lalu pilih Render!ng selan-utnya pilih'tandai #all and Cyl!nder. Maka metana akan tampil dalam entuk ola dan atang. /. -click menu Rotasi &D, lalu putar"putar secara e as. ?ika ingin menampilkan or ital electronnya , pilih menu Render!ng lagi dan tandai Add '"ts +. =ntuk menghapus senya:a metana, -click menu &elect) * kemudian click pada :orkspace yang kosong dan -clik gam ar gunting. Maka struktur metana langsung hilang, 0. =ntuk mem angun etana propane dan utane, caranya sama dengan prosedur penyusunan metana, hanya -umlah kar onnya er eda. 1. =ntuk mem angun alkena atau alkuna, hilangkan dahulu atom hydrogen yang erkait pada ikatan rangkap yang akan di uat. %emudian dilakukan penam ahan ikatan dengan -clik pada ikatan yang ersangkutan 2. =ntuk mem angun senya:a alcohol, ganti atom H dengan atom (, kemudian ditam ah H pada atom ( terse ut 14. =ntuk mem angun aldehid dan keton, hamper mirip dengan alcohol, hanya sa-a ikatan atom %ar on dengan atom ( di uat rangkap. C. *pt! as! Ge" etr!

.|Pengenalan Hyperchem

(ptimasi geometri, untuk mendapatkan geometri yang paling sta il, yaitu yang memiliki energi paling rendah. 1. Buka menu Setup, pilih Semi Empirical, akan muncul kotak dialog Semi Empirical method, pilih AM1. Buka Option, pastikan Total charge @ 4 dan Spin multiplicity @ 1, Spin airing@RHF. $. Buka menu File, pilih Start !og, eri nama File "ame# metana, (%. &. Buka menu Compute, pilih #eometry Optimi$ation, akan muncul kotak dialog Semi Empirical Optimi$ation, pada kotak Options, masukkan nilai %MS gradient# 4.441 kcal')A mol* or +44 ma7imum cycle, kemudian click (%. .. Hyperchem akam memulai proses optimasi, nilai energi, gradient dan ke" kon!ergensi"an dapat dilihat pada status bar. ?ika kriteria kon!ergensi yang di erikan telah tercapai akan muncul Con&erged'(ES pada status bar. /. Buka menu File, pilih Stop !og, untuk mem uka file .log, uka aplikasi te7t editor "otepad, uka file metana.log. File .log memuat seluruh informasi proses optimasi dan sifat"sifat terhitung. '. Me $angun M"del M"le%ul %" ple%s Sulfanilamid merupakan starting-material penting untuk sintesis senya:a antikanker turunan sulfonamid. Sulfanilamid mengandung 1 cincin en8ena, e erapa atom hetero dan ikatan rangkap. Dalam sesi ini akan dipela-ari cara mem uat struktur senya:a sulfanilamid. 1. Mem uka kotak dialog ta el unsur dengan cara mem uka menu Build kemudian pilih De)ault Element. $. -click pada atom kar on, )dengan menekan tom ol roperties akan mucul keterangan tentang sifat"sifat atom yang sedang aktif*, aktifkan Allo* ions kemudian tutup kotak dialog &. .. -click pada Drawing tool -click pada workspace, akan mucul ulatan dengan la el atom >, gam ar struktur dua dimensi seperti erikut#

/. Mengganti atom > dengan atom hetero# a. Double click pada Drawing tool untuk memunculkan ta el unsur, click pada atom B, kemudian tutup kotak dialog ta el unsur . -click pada kedua atom > u-ung, sehingga la el > eru ah men-adi B. c. Dengan cara yang sama ganti atom > ke 0 dengan atom S dan atom > ke 1 dan 2 dengan atom (, seperti gam ar erikut#

/|Pengenalan Hyperchem

+. Mengu ah order ikatan# a. mem uat ikatan rangkap pada ikatan atom S"(# -click pada Drawing tool, -click pada ikatan S"( . mem uat kon-ugasi pada cincin anggota + untuk men-adi entuk en8ena# Double click pada cincin anggota + sehingga akan diperoleh entuk se agai erikut#

0. Simpan workspace se agai file .H9B, uka menu File, pilih Sa&e, maka akan muncul kotak dialog Sa&e File, tuliskan nama file yang diinginkan pada kotak File "ame# Sulfanilamid. 1. Mengkon!ersi entuk $D men-adi &D dengan otomatis menam ahkan atom hidrogen. Buka menu Build, pastikan item E+plisit Hydrogens tidak aktif, kemudian -click pada item Add H , Model Build, sehingga akan diperoleh struktur sulfanilamid &D. E. Me an!pulas! &tru%tur Struktur molekul &D hasil model uild Hyperchem yang telah di uat dapat diu ah"u ah sesuai dengan keinginan dengan cara mengu ah pan-ang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dll. $. Mengu ah pan-ang ikatan S"B a. -click pada Select tool , uka menu Select, aktifkan item Atoms dan Multiple Selections. -click pada atom S dan B pada struktur sulfanilamid dalam workspace, ikatan yang terSelect akan eru ah :arna men-adi hi-au, pada status bar akan muncul pan-ang ikatan atom"atom yang sedang diSelect terse ut.

+|Pengenalan Hyperchem c. =ntuk mengu ah pan-ang ikatan, uka menu Edit, pilih Set Bond !ength, masukkan nilai yang diinginkan )1.+ * A, click (%. Pada status bar akan ditun-ukkan pan-ang ikatan yang aru. d. R-click pada ruang kosong dalam workspace untuk menghilangkan Selection &. Mengu ah sudut ikatan. Cakukan Selection sudut yang di entuk oleh tiga uah atom, ("S"(, dengan cara analog dengan Selection pan-ang ikatan. =ntuk mengu ah esar sudut ikatan, uka menu Edit, pilih Set Bond Angle, masukkan nilai yang diinginkan )1$../* o. click (%. %emudian R-click pada ruang kosong workspace untuk menghilangkan Selection. .. Mengu ah sudut torsi. Cakukan Selection pada . atom yang erurutan, H"B"S"(, uka menu Edit, pilih Set Bond Torsion, masukkan nilai yang diinginkan )$4.&*o. click (%, dan kemudian hilangkan Selection. E. *pt! as! Ge" etr! (ptimasi geometri, untuk mendapatkan geometri yang paling sta il, yaitu yang memiliki energi paling rendah. +. Buka menu Setup, pilih Semi Empirical, akan muncul kotak dialog Semi Empirical method, pilih AM1. Buka Option, pastikan Total charge @ 4 dan Spin multiplicity @ 1, Spin airing@RHF. 0. Buka menu File, pilih Start !og, eri nama File "ame# Sulfanilamid, (%. 1. Buka menu Compute, pilih #eometry Optimi$ation, akan muncul kotak dialog Semi Empirical Optimi$ation, pada kotak Options, masukkan nilai %MS gradient# 4.41 kcal')A mol* or +44 ma7imum cycle, kemudian click (%. 2. Hyperchem akam memulai proses optimasi, nilai energi, gradient dan ke" kon!ergensi"an dapat dilihat pada status bar. ?ika kriteria kon!ergensi yang di erikan telah tercapai akan muncul Con&erged'(ES pada status bar. 14. Buka menu File, pilih Stop !og, untuk mem uka file .log, uka aplikasi te7t editor "otepad, uka file Sulfanilamid.log. File .log memuat seluruh informasi proses optimasi dan sifat"sifat terhitung.