KULIAH02

MAKROMOLEKUL PENYUSUN SEL

Achmad Farajallah, Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen
Biologi FMIPA IPB

Biologi sel beragam struktur dan fungsi sel pada kenyataannya tidak
bisa dilepaskan dari molekul dan reaksi-reaksi kimia. Proses-proses kimia
yang terjadi di dalam sel ataupun organisme juga tidak bisa dilepaskan
dari hukum-hukum universal fisika. Jadi, pada hakikatnya biologi sel
mempelajari reaksi-reaksi kimia yang terjadi dalam suatu sistem (yang
memunculkan) kehidupan. Pada kuliah kedua ini, akan dibahas
molekul-molekul kimia yang mendominasi kehidupan. Ada dua topik utama
kuliah kedua ini, yaitu nilai-nilai penting bahan kimia penyusun organisme
dan makromolekul.
Bahan kimia penyusun kehidupan mempunyai lima nilai penting, yaitu
1. rantai karbon
2. air
3. permeabilitas selektif membran
4. polimerasi molekul-molekul kecil
5. self-assembly

Nilai Penting Rantai Karbon
Unsur kimia yang yang paling mendominasi kehidupan adalah karbon. Tanpa
kecuali, semua molekul kimia penting kehidupan selalu mengandung unsur
karbon. Awalnya, studi tentang molekul yang mengandung karbon ini
merupakan domain dari ilmu kimia organik. Sesuai namanya, kimia organik
bekerja pada bahan kimia yang ada pada sistem kehidupan (organic = sesuatu
yang berasal dari mahluk hidup, organisme). Dalam perkembangannya,
berbagai bahan kimia organik bisa disintesis di lab dan tidak tergantung
pada mahluk hidup lagi. Selain itu, beragam senyawa organik baru yang
tidak pernah ditemukan pada mahluk hidup berhasil disintesis. Sejak itu,
muncul cabang ilmu baru, yaitu biological chemistry yang disingkat menjadi
biokimia. Dalam hal ini, biokimia mempelajari beragam senyawa kimia, baik
yang alami maupun yang berhasil disintesis di lab, yang bisa ditemukan
pada mahluk hidup. Sedangkan yang tidak ditemukan dalam mahluk hidup tetap
menjadi domain kimia organik.
Unsur utama penyusun molekul biologi adalah karbon. Ragam dan stabilitas
molekul yang mengandung unsur karbon disebabkan oleh karakteristiknya yang
spesifik, terutama ketika membentuk ikatan dengan unsur-unsur lain. Salah
satu sifat yang paling mendasar dari unsur karbon adalah pada orbital
elektron terluarnya kekurangan 4 elektron dari seharusnya 8 elektron.
Karena orbital elektron terluar merupakan pertanda stabil-tidaknya suatu
unsur, maka agar stabil, karbon cenderung berasosiasi dengan 4 unsur
lainnya yang juga kekurangan elektron. Dengan kata lain, unsur karbon
mempunyai valensi 4. Penggunaan bersama elektron oleh dua unsur atau lebih
akan membentuk ikatan yang dikenal dengan ikatan kovalen. Selain itu,
semakin kecil BM unsur yang diikat oleh karbon maka ikatan kovalen yang
terbentuk stabil. Dengan begitu, untuk satu unsur karbon membutuhkan empat
unsur yang lain agar elektron dalam orbit terluarnya menjadi stabil. Pada
umumnya, karbon akan membentuk ikatan kovalen dengan 1 karbon yang lain
dan dengan oksigen, hidrogen, nitrogen dan sulfur. Metana (satu karbon
berikatan dengan 4 hidrogen), etanol (CH3 CH2OH) dan metilamina (CH3
NH2)merupakan senyawa karbon sederhana yang mengandung ikatan tunggal.
Selain itu, kadangkala dua atau tiga elektron digunakan bersama oleh dua
unsur sehingga membentuk ikatan rangkap dua atau ikatan rangkap tiga.
Jadi, kombinasi valensi dan BM kecil merupakan karakteristik molekul
berunsur karbon menjadi sangat beragam dan stabil yang mendominasi molekul
biologis.
Molekul berunsur karbon adalah molekul yang stabil
Kestabilan molekul berunsur karbon bisa dilihat dari energi ikatan, yaitu
jumlah energi yang dibutuhkan untuk memutus 1 mol (sekitar 6 x 1023)
ikatan. Seringkali, energi ikatan disalahartikan sebagai energi yang
tersimpan dalam ikatan. Energi ikatan ini diekspresikan sebagai kalori per
mol (kal/mol). Kalori adalah jumlah energi yang dibutuhkan untuk menaikkan
suhu air sebesar 1o C.
Untuk memutus ikatan karbon dan karbon (C C) dibutuhkan 83 kkal/mol,
Energi ikatan karbon dan hidrogen (C H) = 99 kkal/mol, karbon dan
oksigen (C O) = 84 kkal/mol dan karbon-nitrogen (C N) = 70 kkal/mol.
Energi yang jauh lebih besar dibutuhkan untuk memutus ikatan karbon
rangkap dua (C - C), yaitu 146 kkal/mol dan ikatan karbon rangkap tiga (C
= C), yaitu 212 kkal/mol.
Besarnya energi ikatan molekul berunsur karbon diatas bisa lebih mudah
diapresiasi kalau dibandingkan dengan nilai-nilai energi yang sejenis.
Misalnya, energi ikatan non-kovalen hanya beberapa kkal/mol, energi
gelombang panas sekitar 0.6 kkal/mol, ikatan gugus fosfat dalam molekul
ATP = 7.3 kkal/mol.
Jadi bisa dipahami bahwa molekul yang paling penting bagi kehidupan di
muka bumi ini adalah yang berbasis rantai karbon. Hal ini karena energi
panjang gelombang matahari yang masuk ke permukaan bumi tidak bisa memutus
ikatan C C. Hubungan energi dan panjang gelombang bisa dinotasikan
sebagai E = 28.600/l kkal/einstein. Menggunakan notasi tersebut, maka
panjang gelombang cahaya matahari yang masuk ke permukaan bumi berada
dalam kisaran cahaya tampak, yaitu antara 400-700 nm, mempunyai energi
antara 71.5 40.8 kkal/einstein. Nilai energi matahari tersebut jauh
dibawah energi ikatan C C. Dari notasi diatas bisa dimengerti bahwa
sinar ultraviolet dengan panjang gelombang <400 nm berbahaya bagi
kehidupan di muka bumi. Misalnya, sinar uv 300 nm mempunyai energi sekitar
9.3 kkal/einstein, merupakan nilai energi yang mudah memutus ikatan C C.
problem: mungkinkah kalaupun ada kehidupan di luar bumi akan tersusun oleh
molekul berunsur karbon?

Molekul berunsur karbon adalah molekul yang sangat beragam
Valensi 4 dari unsur karbon memungkinkan satu karbon mengikat 4 unsur yang
lain, terutama yang berBM rendah yang hanya ada beberapa saja, dan yang
paling banyak ditemukan dalam mahluk hidup adalah H. O, N, S dan P. Hal
ini menyebabkan molekul berunsur karbon menjadi sangat beragam. Ditambah
lagi jika satu valensi karbon membentuk ikatan dengan karbon yang lain.
Jika rantai karbon hanya berikatan dengan hidrogen maka akan membentuk
hidrokarbon dengan struktur linear maupun sirkular. Hidrokarbon adalah
molekul penting secara ekonomis sebagai bahan bakar minyak, misalnya
bensin (octane, C8H18). Molekul ini tidak larut air sehingga di dalam sel
fungsi utamanya adalah sebagai penyusun membran sel bagian dalam.
Selain dengan hidrogen dan unsur-unsur tunggal lainnya, rantai karbon
berikatan dengan beragam gugus fungsional yang kemudian sangat menentukan
kelarutannya dalam air dan reaktifitasnya. Beberapa gugus fungsional yang
biasa ditemukan dalam mahluk hidup antara lain yang bermuatan negatif
(karboksil dan fosforil), bermuatan positif (amino), dan berpH netral
(hidroksil, sulfhidril, karbonil, aldehida).

Molekul berunsur karbon dapat membentuk stereoisomer
Selain kemampuannya berikatan dengan gugus fungsional, keragaman molekul
berunsur karbon ditambah lagi dengan kemampuan strukturnya membentuk
simetri geometris. Hal ini karena distribusi elektron yang digunakan
bersama berada dalam konfigurasi tetrahedral. Jika ada dua molekul karbon
dengan struktur bayangan cermin yang satu dengan yang lain maka keduanya
disebut stereoisomer. Meskipun begitu, kedua molekul yang saling
stereoisomer tidak selalu bisa ditemukan ada dalam mahluk hidup. Misalnya,
yang bisa ditemukan ada pada mahluk hidup adalah D-glukosa, sedangkan
L-alanin maupun D-alanin keduanya ditemukan sebagai penyusun protein yang
ada pada mahluk hidup.

Sifat-sifat Air
1. Molekul Polar
2. Kohesif
3. Mempunyai kapasistas peredam suhu tinggi
4. Pelarut

Permeabilitas Selektif Membran
1. Membran adalah lipid bilayer yang dilengkapi dengan protein integral
2. Membran bersifat permeabel selektif

Sintesis dengan Polimerasi
1. Makromolekul bertanggungjawab dalam struktur dan fungsi sistem
kehidupan
2. Ada tiga makromolekul yang menyusun sel
a. karbohidrat
b. protein
c. asam nukleat
3. Sintesis makromolekul dengan polimerasi, tahap-demi-tahap
a. Makromolekul selalu disintesis tahap demi tahap polimerasi dari
molekul-molekul kecil yang disebut monomer
b. Pembentukan polimer atau penambahan unit-unit monomer ke polimer
terjadi melalui reaksi kondensasi pembentukan molekul air
c. Sebelum kondensasi terjadi, setiap monomer diaktifkan terlebih
dahulu
d. Molekul yang membantu aktifasi monomer adalah ATP

Kemampuan self-assembly
1. Sebagian besar protein mempunyai kemampuan self-assembly
2. Chaperone adalah molekul yang terlibat dalam pembentukan struktur
protein
3. Interaksi non-kovalen terlibat dalam pembentukan struktur
makromolekul
4. Keterbatasan self-assembly
5. Hirarki assembly memberikan keuntungan tersendiri bagi sel

Makromolekul dan Lipid
1. Protein
a. Asam amino sebagai monomer protein
b. Klasifikasi struktur primer, sekunder, tertier dan kuartener
2. Asam nukleat
a. Jenis-jenis nukleotida
b. Polimer: DNA dan RNA
c. Struktur double heliks
3. Polisakarida
a. Jenis-jenis monosakarida
b. Ikatan glikosida
c. Fungsi penyimpan energi dan struktur
4. Lipid
a. Asam lemak sebagai penyusun lipid
b. Triacilgliserol sebagai lipid penyimpan
c. Fosfolipid sebagai penyusun struktur membran sel
d. Glikolipid sebagai komponen-komponen khusus membran sel
e. Steroid merupakan lipid dengan beragam fungsi
f. Terpena dibentuk dari isoprena
Komentar