Nama :

Dini Yuliansari

NIM

081224153002

1. Apakah tujuan dilakukannya analisis Southern Blot ?

Southern Blot adalah metode yang bertujuan untuk mendeteksi sekuen DNA
spesifik pada suatu DNA sampel menggunakan probe atau komplementernya.
Southern Blot juga mampu untuk memahami organisasi gen dan jumlah salinan,
kloning gen, serta mendeteksi polimorfisme (seperti RFLP yang digunakan dalam
forensik)
2. Mengapa suatu penelitian memerlukan analisis molekuler menggunakan metode
Southern Blot ?
Metode ini memiliki beberapa aplikasi, tetapi terutama digunakan untuk
mempelajari bagaimana gen diatur dalam DNA kromosom. Hal ini juga dapat
digunakan untuk menganalisis urutan kloning. Teknik ini juga dapat menentukan
apakah hasil kloning gen sudah masuk ke dalam situs yang benar. Alasan untuk
menggunakan metode Southern Blot tergantung pada konteks penelitian keseluruhan.
Sebagai contoh, apabila seorang peneliti ingin membandingkan struktur gen dalam
populasi organisme, maka metode ini dapat memungkinkan peneliti untuk
memvisualisasikan gen tertentu dan mengabaikan sisa materi genetik organisme.
3. Carilah hasil-hasil penelitian yang menggunakan metode Southern Blot dan buatlah
resume (ringkasan) dari hasil penelitian tersebut, khususnya hasil penggunaan metode
Southern blot.
Penelitian yang pernah dilakukan dengan menggunakan metode Southern blot
adalah pada penelitian yang dilakukan oleh Ingrid Rosell van der Werf mengenai
evaluasi dari metode Southern blot pada aplikasi klinis yang di lakukan di swedia.
Penelitian ini memiliki sasaran untuk mengevaluasi Southern blot non-radioaktif dan
membandingkannya dengan metode probe pelabelan radioaktif lam mendeteksi
berbagai macam penyakit seperti deteksi fragile X syndrome, myotonic dystrophy,
Friedriechs ataxia, Prader-Willi/Angelman syndromes, dan pengaturan MLL, dimana
saat ini metode Southern bolt radioaktif secara rutin digunakan dalam pekerjaan klinis
dan oleh karena itu peneliti bertujuan untuk menemukan metode non-radioaktif
sensitif dan spesifik untuk probe pelabelan dan digunakan digoksigenin untuk tujuan
ini yang mungkin nantinya dapat mengantikan metode Southern bolt radioaktif.
Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah DNA manusia yang diisolasi
dari darah perifer menggunakan metode fenol-kloroform sesuai dengan prosedur
standar. Metode yang digunakan berupa penggunaan enzim Endonuklease restriksi
dengan konsentrasi tinggi sangat yang digunakan untuk rapid DNA, tanpa pemurnian

lebih lanjut. Probe diberi label oleh polymerase chain reaction (PCR) atau dengan
priming random menggunakan digoksigenin (DIG) dan dideteksi dengan
menggunakan chemiluminescence.
Hasil yang di ketahui setelah dilakukan running diketahui bahwa probe yang
di labeli oleh PCR untuk metode Southern bolt non radioaktif berhasil mendeteksi
adanya penyakit fragile X syndrome pada sampel sama seperti hasil yang ditunjukan
oleh metode bolt dengan menggunakan radioaktif. Dari hasil maka dapat disimpulkan
bahwa Southern blot yang menggunakan PCR dengan berlabel DIG-probe menjaga
sensitivitas dari analisis, sedangkan probe berlabel lain menggunakan pelabelan prima
acak yang tidak sensitif. Namun dari kedua metode, perlu dilakukan optimasi lebih
lanjut sebelum mereka dapat menggantikan peran Southern blot radioaktif dalam
pengaturan aplikasi klinis. Sebagai tambahan diketahui bahwa dengan menggunakan
enzim endonuklease restriksi yang memiliki konsentrasi tinggi, maka jumlah sampel
yang diperlukan serta waktu analisis menjadi berkurang. Ini menjadi salah satu
informasi yang baik dari pengujian metode tersebut.