PENGAMATAN VIRUS PADA BAKTERI DENGAN METODE PLAQUE

Oleh:
Nama
: Muhammad Rifqi Elnanza
A.
NIM
: B1J012188
Kelompok : 5
Rombongan
:I
Asisten
: Nurul Lutfiani

LAPORAN PRAKTIKUM VIROLOGI

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2014

I.
A.

PENDAHULUAN
Latar Belakang

Kata virus berasal dari bahasa latin yang berarti racun. Virus
merupakan

parasit

intraselular

obligat

yang

sangat

kecil

dan

dapat

melaksanakan aktivitas metaboliknya di dalam sel inang yang spesifik. Virus

akan menggunakan sel sebagai tempat memperbanyak diri). (Voyles, 1993).
Virus berukuran 20-200 nm. Bentuk dan komposisi kimianya bervariasi, tetapi
hanya mengandung satu jenis asam nukleat saja, RNA atau DNA. Partikelnya
secara utuh disebut virion. Virion terdiri dari capsid yang dibungkus oleh
selubung pengaman berupa selubung protein, glikoprotein atau membrane
lipid. Virus biasanya resisiten terhadap antibiotik (Rahma, 2007).
Virus sebagai jasad paling sederhana ternyata banyak menimbulkan
masalah

kesehatan.

Tidak

hanya

menginfeksi

manusia,

virus

juga

menyebabkan penyakit pada hewan dan tumbuhan. Infeksi virus terhadap sel
inang yang dimasukinya dapat berefek ringan atau bahkan tidak berefek sama
sekali namun mungkin juga bisa membuat sel inang rusak atau bahkan mati
(Rahma, 2007). Masalah kesehatan yang berkaitan dengan virus tidak hanya
dikaitkan dengan penyakit infeksi viral yang konvensional tetapi juga dengan
berbagai penyakit lain seperti kanker, penyakit autoimun maupun penyakit
degenerativ. Masalah tersebut tidak hanya terjadi di negara berkembang,
tetapi juga di negara maju. Apabila ditelaah lebih dalam, hampir semua
organism

mengandung

virus

atau

komponen

virus

di

dalam

dirinya

(Sjahrurachman, 2001).
Salah satu prosedur yang paling penting dalam virologi adalah
mengukur

titer

konsentrasi

virus

dalam

sampel.

Plaque

pertama

kali

dikembangkan untuk menghitung titer stock bakteriophage. Renato Dulbecco

memodifikasi prosedur ini pada tahun 1952 untuk digunakan dalam virologi
hewan dan sejak saat itu telah digunakan sebagai penentuan handal dari titer
virus.

Bakteri Escherichia coli juga dapat menggunakan teknik plaque ini,

yang berarti sel bakteri lisis karena bakteriofag (Dulbecco dan Vogt, 1953).
B.

Tujuan

Tujuan praktikum Pengamatan Virus pada Bakteri dengan Metode

Plaque adalah untuk mengetahui ada tidaknya virus pada sampel yang
melisiskan sel bakteri. Yang terlihat dari zona jernih atau adanya Plaque yang

terbentuk di dalam media NA, yang telah di inokulasikan sampel dan bakteri E.
coli.

II. MATERI DAN METODE

A. MATERI
Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah cutton bud steril, pembakar
spirtus, alkohol, korek api, wrapping, pipet ukur 1 ml,

filler, botol steril,

drugalsky dan inkubator,

Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah media Nutrient Agar (NA)
cawan, air sampel, dan isolat E. coli.
B. METODE
Metode yang dilakukan dalam praktikum adalah sebagai berikut :

1. Sampel dari limbah cair ternak yang diduga mengandung virus dimasukkan
ke dalam botol sampel steril.

2. Bakteri E. Coli cair dilawn pada media NA dengan menggunakan cotton bud
steril.

3. Media NA yang telah diinokulasi bakteri E.coli dan media NA tanpa bakteri
E.coli disiapkan.

4. Sampel air diambil sebanyak 0,1 ml dengan menggunakan pipet ukur steril
dan diinokulasikan secara aseptis masing-masing ke dalam media NA yang
telah disiapkan.
5. Air limbah yang diduga terdapat virus di inokulasikan secara steril juga

6.
7.
8.
9.

kedalam media NA.

Sampel air diratakan dipermukaan media dengan menggunakan drugalsky.
Masing-masing media NA diwrapping.
Kemudian diinkubasi selama 2x24 jam pada suhu 37 C.
Amati pembentukan plaque yang terjadi. Apabila terbentuk plaque pada
koloni

pertumbuhan

melisiskan sel bakteri.

bakteri

maka

diasumsikan

terdaat

virus

yang

III.

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil
Tabel 1. Plaque yang terbentuk pada setiap jenis limbah
Kelompo

Jenis limbah

Keteranga

Perlakuan

Perlakua
n campur

k
1
2

Limbah cair kotoran sapi

Limbah cair kotoran

n kontrol
-

+
-

+
-

3
4
5
6

kambing
Limbah cair kotoran ayam
Limbah cair kotoran kelinci
Limbah cair kotoran bebek
Limbah cair kloset

Gamba
r 1. Media NA dengan E.coli

Gambar 2. Media NA dengan

B. Pembahasan
Berdasarkan hasil praktikum didapatkan hanya pada kelompok satu
yang memakai limbah cair kotoan sapi yang mendapat hasil positif. Hal ini
sesuai pernyataan Pratiwi dan Budiarti (2010) bahwa pada media sampel yang
telah diinokulasi limbah kotoran hewan dan E. Coli akan terbentuk plaque,
begitu juga pada media kontrol dengan limbah yang diperkirakan terdapat
virus dan bakteri E. Coli, maka akan terbentuk plaque yang merupakan satu
parameter penting dari adanya faga pada siklus litik. Plaque tersebut terlihat
bening yang menandakan adanya zona kerusakan sel. Setiap plaque berasal
dari satu partikel faga sama seperti setiap koloni berasal darisatu sel bakteri.
Satu plaque berasal dari satu partikel virus sehingga seluruh partikel virus
yang terdapat pada plaque tersebut seharusnya juga memiliki sifat genetik
yang sama. Faga melekat ke sel yang peka rangsangan pada lokasi spesifik di
dinding sel bakteri. E. Coli merupakan bakteri gram negatif dan terdapat
bagian yang peka terhadap rangsangan, yaitu komponen protein dan
lipopolisakarida

yang

melapisi

lapisan

selaput

sebelah

luar

termasuk

peptidoglikan. Faga tertentu atau sekelompok faga akan melekat ke reseptor

spesifik dan fagaa berbeda akan melekat ke reseptor yang berbeda.
Berdasarkan klasifikasi dari International Committee on Taxonomy of Viruses,
morfologi faga yang termasuk famili Siphoviridae memiliki ekor fleksibel, tidak
memiliki selaput kontraktil, panjang, heliks dan kepala heksagonal ikosahedral
seperti faga enterobakteria pada umumnya. Kelompok 6 kedua media baik
kontrol mapun sampel tidak terbentuk plaque. Hal ini tidak sesuai dengan
pernyataan Alexopoulus (1964) bahwa virus yang terdapat dalam sampel
limbah kotoran bakteri akan melisiskan E. Coli yang terdapat dalam sampel
atau E. Coli yang diinokulasi, sehingga terbentuk zona jernih. Plaque (zona
jernih) terbentuk karena adanya aktivitas virus bakteri yang mereplikasi dan
merusak struktur sel pada bakteri

Plaque merupakan jendela pada lapisan sel inang yang hidup

menyebar pada permukaan media agar. Plaque dapat dilihat apabila partikel
virus (bakteriofagaa) dicampur dengan lapisan tipis inang bakteri yang
ditumbuhakan dalam media agar (Kusnadi dan Ahmad, 2003). Metode plaque
diperkenalkan pada tahun 1952 oleh Rennato Dulbecco. Plaque adalah uji
virologis yang diperkenalkan untuk menghitung dan mengukur infektivitas
bacteriophages. Perkembangan plaque untuk mengukur infektivitas virus
hewan pada sel monolayer rentan telah mengarahkan adaptasi pada metode
ini untuk mempelajari senyawa anti virus (Siminoff, 1960).
Metode plaque merupakan metode yang umum digunakan dalam
melihat kuantitas infeksi virus dan

substansi virus. Infeksi partikel virus

mengalami multiplikasi pada area yang ditumbuhi bakteri. Sel-sel yang

terinfeksi menghasilkan zona jernih atau biasa disebut plaque. Plaque
merupakan daerah yang jelas pada bidang buram, mengindikasikan bakteri
yang lisis oleh agen berupa virus atau antibiotik. Uji plaque digunakan untuk
melihat dan mencatat kematian sel dalam kultur sel yang terinfeksi. Ketika
satu sel terinfeksi oleh satu virus maka akan menyebar dan menginfeksi sel
sekitarnya (Atlas, 1997). Kelebihan metode ini adalah metode yang sederhana,
mudah dilakukan dan biayanya terjangkau. Namun, penghitungan jumlah virus
yang menginfeksi tidak spesifik dikarenakan hanya diasumsikan bahwa satu
zona jernih adalah satu virus (Suryati, 2007).
Virus yang menginfeksi bakteri (faga) adalah yang paling berlimpah,
beragam, dan tersebar dalam entitas biologis di lautan dunia. Faga adalah
agen

kematian

substansial

bakteri,

sehingga

mempengaruhi

proses

biogeokimia global dan fluks energi. Pengaruh faga pada proses ekologi dan
biogeokimia dipengaruhi oleh siklus hidup mereka. Virus pada siklus litik,
replikasi dimulai segera setelah infeksi, menyebabkan fagaa diproduksi dan sel
inang lisis. Biomassa bakteri hilang setiap hari karena infeksi virus litik, yaitu
sebesar 20-25% pada lingkungan laut. Siklus lisogenik, materi genetik fagaa
terintegrasi

ke

dalam

genom

inang

sebagai

profagaa

dan

kemudian

ditransmisikan secara vertikal selama pembelahan sel (Payet dan Suttle,

2013). Perkembangbiakan virus atau dalam siklus hidupnya virus memerlukan
lingkungan sel yang hidup. Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri,
sel hewan, atau sel tumbuhan untuk bereproduksi. Menurut Campbell (2004)
ada dua macam cara virus menginfeksi sel hospes, yaitu :
a. Infeksi secara litik

Infeksi secara litik melalui fase-fase sebagai berikut ini:

1. Fase adsorpsi dan infeksi
Faga akan melekat atau menginfeksi bagian tertentu dari dinding sel
hospes, daerah itu disebut daerah reseptor. Daerah ini khas bagi faga
tertentu dan faga jenis lain tidak dapat melekat di tempat tersebut.
Virus tidak memiliki enzim untuk metabolisme, tetapi memliki enzim
lisozim yang berfungsi merusak atau melubangi dinding sel hospes.
Sesudah dinding sel hospes terhidrolisis oleh lisozim, maka seluruh isi
faga masuk ke dalam hospes. Faga kemudian merusak dan mengendalikan DNA
hospes.
2. Fase replikasi (fase sintesa)
DNA faga mengadakan replikasi (menyusun DNA) menggunakan DNA
hospes

sebagai bahan, serta membentuk selubung protein, maka

terbentuklah

molekul

DNA baru

virus yang

lengkap

dengan

selubungnya.
3. Fase pembebasan virus (faga-faga baru)/ fase lisis.
Sesudah faga dewasa, sel hospes akan pecah (lisis), sehingga keluarlah
virus atau faga yang baru. Jumlah virus baru ini dapat mencapai sekitar
200.
b. Infeksi secara lisogenik
1. Fase adsorpsi dan infeksi
Faga menempel pada tempat yang spesifik. Virus melakukan penetrasi
pada hospes kemudian mengeluarkan DNA ke dalam tubuh hospes.
2. Fase penggabungan
DNA virus bersatu dengan DNA hospes membentuk profaga yang
memiliki sebagian besar gen yang berada dalam fase tidak aktif, tetapi
sedikitnya ada satu gen yang selalu aktif. Gen aktif berfungsi untuk
mengkode protein reseptor yang berfungsi menjaga agar sebagian gen
profaga tidak aktif.
3. Fase pembelahan
Bila sel hospes membelah diri, profaga ikut membelah sehingga dua sel
anakan hospes juga mengandung profaga di dalam selnya. Hal ini akan
berlangsung

terus-menerus

selama

sel

bakteri yang

mengandung

profaga membelah.
Menurut Armon and Kott (1993), Escherichia coli dan bakteri coliform
lainnya banyak di temukan dalam limbah. Penggunaan limbah karena pada
limbah kotoran hewan diperkirakan terdapat virus dan bakteri E. Coli. Metode
plaque menggunakan bakteri E.coli karena termasuk ke dalam golongan
bakteri gram negatif yang lebih dominan dalam menyebabkan suatu penyakit.
Selain itu, mudah juga dalam mendapatkan isolat E.coli. Habitat alami

Escherichia coli adalah di dalam saluran pencernaan manusia dan hewan

(bakteri enterik). Oleh karena itu, pada kondisi sanitasi dan higienitas yang
buruk, bakteri ini dapat mencemari air, tanah maupun bahan pangan. Salah
satu virus yang mampu menginfeksi E.coli disebut coliphage, salah satu
kegunaan dari coliphage sebagai indikator kontaminasi tinja. Berbagai
coliphage dapat diisolasi dari bahan limbah domestik maupun limbah
tercemar.

Coliphage

juga

dianggap

sebagai

indikator

virus

yang

mengkontaminasi limbah cair suatu kotoan, makanan dan media lainnya

(Armon and Kott, 1993).
Virus akan menginfeksi berbagai organisme untuk menjadikannya
sebagai inang. Virus yang masuk ke dalam inang akan menjadi aktif dan dapat
berkembang biak. Pengambilan sampel dari limbah pembuangan ayam,
kambing, sapi, ikan karena limbah tersebut mengandung banyak bakteri yag
diperkirakan dijadikan inang oleh virus.

Virus-virus yang ada pada limbah

pembuangan menyebabkan penyakit pada hewan yang bersangkutan. Virus

pada limbah pembuangan ayam misalnya, dapat menyebabkan penyakit
seperti tetelo atau New Cattle Dissease yang disebabkan oleh virus golongan
Paramixovirus, cacar unggas (Fowl Pox) yang disebabkan virus Brreliota avium,
leukosis yang merupakan penyakit tumor disebabkan oleh virus leukosis,
lumpuh mareek yang menyerang anak ayam disebabkan oleh virus herpes,
gumbaro yang disebabkan virus gumbaro, dan salesma ayam yang disebabkan
virus avium. Virus pada limbah pembuangan kambing dimungkinkan terdapat
Caprine arthritis-encephalitis virus (CAEV) dan pada sampel limbah sapi
mengandung virus yang menyebabkan sakit pada sapi seperti vesculovirus
penyebab vesicular somatis dan juga terdapat Cow Pea Mosaic Virus (CPMV)
(Wibowo et al., 2006).

IV.

KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan diatas, dapat disimpulkan sebagai
berikut :
1. Plaque adalah metode untuk menunjukkan adanya virus yang melisiskan
sel bakteri, terlihat seperti zona jernih disekitar pertumbuhan koloni
bakteri.
2. Bakteri mempunyai dua siklus yaitu siklus litik atau siklus lisogenik.
3. Hasil yang di dapat oleh kelompok kami yaitu negatif, hal ini mungkin
terjadi karena di dalam limbah ternak tidak terdapat virus ataupun
perlakuan yang salah.
B. Saran
Sebaiknya tidak hanya menggunakan sumber virus yang lebih akurat
selain limbah ternak, agar percobaan plaque mudah dicapai.

DAFTAR REFERENSI
Alexopoulus. 1964. Introductary of microbiology. John Willey and son, New York.
Armon., R dan Kott., Y. 1993. A simple, rapid and sensitive presence/absence
detection test for bacteriophage in drinking water. Journal of applied
bacteriology, 74(4):490-496.
Atlas, R.M. 1997. Principles of microbiology. WMC Brown, London.
Campbell, N. A. 2004. Biologi. Erlangga, Jakarta.
Dulbecco., R dan Vogt,. M. 1953. Some problems of animal virology as studied
by the plaque technique. Journal of biology, 18:273-279.
Kusnadi, S.N dan Ahmad, M. 2003. Mikrobiology (common textbook). UPI Press,
Bandung.
Rahma.

2007.
Virologi
(Struktur
dan
Taksonomi
Virus).
http://rahma02.wordpress.com/2007/10/31/virologi. Diakses tanggal 11
april 2014

Siminoff, Paul. 1960. A plaque suppression method for the study of antiviral
compounds. The upjohn company, Michigan.
Payet, J. P dan Suttle, C.A. 2013. To kill or not to kill: The balance between lytic
and lysogenic viral infection is driven by trophic status. Journal of limnol.
Oceanogr, 58(2):465474.
Pelczar, M. J and Chan, E. C. S. 2008. Dasar-dasar mikrobiologi. UI Press,
Jakarta.
Pratiwi, H. P dan Budiarti, S. 2010. Karakterisasi fagae litik dari limbah cair
rumah tangga terhadap enteropathogenic Escheichia coli resisten
antibiotik, 726-736.
Wibowo, M.H., W. Asmara dan C. R.Tabbu. 2006. Isolasi dan Identifikasi
Serologis Virus Avian Influenza dari Sampel Unggas. J.Sain.Vet 24 (1) :
77-83.