PENDAHULUAN
BAB II
PEMBAHASAN
a. Struktur Primer
Struktur utama asam nukleat adalah urutan linear nukleotida, yang
dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester. Nukleotida terdiri dari
tiga komponen - dasar nitrogen, gula 5-karbon dan gugus fosfat.
Basa nitrogen yang purin (adenin, guanin) dan pirimidin {sitosin, timin
(hadir dalam DNA saja), urasil (hadir dalam RNA saja)}. Gula 5 karbon adalah
deoksiribosa untuk DNA dan dan gula ribosa pada RNA. Dasar purin, membentuk
ikatan glikosidik antara mereka nitrogen dan 9 '9 - OH kelompok molekul gula.
Dasar pirimidin, mereka membentuk ikatan glikosidik antara 1 'nitrogen dan 9' OH
dari deoksiribosa tersebut. Dalam kedua purin dan pirimidin basis kelompok fosfat
membentuk ikatan dengan molekul gula antara satu kelompok oksigen bermuatan
negatif dan 5 'OH dari gula. Nukleotida membentuk hubungan fosfodiester antara 5
'dan 3' atom karbon, ini membentuk asam nukleat. Urutan nukleotida saling
melengkapi satu sama lain.
Contoh komplementer urutan AGCT adalah TCGA.
b. Struktur sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara dasar. Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat satu sama lain. Dua untai DNA dalam double helix DNA
terikat satu sama lain dengan batas hidrogen. Nukleotida pada satu untai pasangan
basa dengan nukleotida untai lainnya. Struktur sekunder DNA didominasi pasangan
dasar dua helai polinukleotida membentuk heliks ganda.
c. Struktur tersier
Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di mana seluruh rantai dilipat.
Tersier pengaturan struktur berbeda dalam empat bentuk struktural:
d. Struktur Kuarter
Struktur Kuarter adalah tingkat yang lebih tinggi dari organisasi asam
nukleat. Struktur ini mengacu pada interaksi asam nukleat dengan molekul lain.
Organisasi paling sering terlihat adalah bentuk kromatin yang menunjukkan
interaksi dengan protein histon kecil.
2.2.2 Komponen asam nukleat
a. Basa Nitrogen Heterosiklik
Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat adalah
turunan Purina dan pirimidina.
b. Purina dan turunannya
Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai
lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit. Turunan purina yang merupakan
penyusun asam nukleat adalah adenine atau 6-aminopurina dan guanine atau 2amino-6-oksipurina.
c. Pirimidina dan turun-turunannya
Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar
6, dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya. Turunan-turunan pirimidina yang
meupakan penyusun asam nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina
yang disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5-metilpirimidina yang disingkat T dan
urasil atau 2, 4-dioksipirimidina yang disingkat U.
d. Pentosa atau Gula Penyusun
Pentose yang menyusun asam nukleotida adalah ribose dan 2-deoksiribosa.
Dalam struktur kimia asam nukleat, kedua pentose tersebut terdapat dalam bentuk
lingkar furanosa. Ribose merupakan penyusun RNA dan 2-deoksiribosa merupakan
penyusun DNA.
e. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat.
Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu
42,350C. Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis
garam natrium. Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu,
Natrium fosfat Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen
fosfat NaH2PO4.
2.3 Fungsi Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada keturunanya. Susunan
asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu menjadi hewan, tumbuhan,
maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot
maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara (intermediary metabolism) dan
Dalam nomenklatur kimiawi, atom karbon dari suatu gula dalam suatu
nukleosida diidentifikasi dengan nomor urutan utama untuk membedakannya dari
atom basa nitrogenosa. Satu nukelosida yang ditemukan dalam tRNAs yang
memiliki ikatan berbeda adalah pseudouridin, yang C-1 ribosanya melekat
langsung pada C-5 Urasil. Campuran urasil pada pH fisiologis memiliki satu
gugusan oksi dalam bentuk keto dan yang lain dalam bentuk enol. Tabel berikut,
memberikan data nama lazim nukleosida utama dari DNA dan RNA.
Gambar 3. Pseudouridin
Tabel 1. Nama Trivial dari
Basa
Adenin
Guanin
Urasil
Sitosin
Timin
Nukleosida
Ribonukleosida
Adenosin
Guanosin
Uridin
Sitidin
Ribotimidin
Deksiribonukleosida
Deoksiadenosin
Deoksiguanosin
Deoksiuridin
Deoksistidin
Deoksitimidin/ timidin
2.5 Nukleotida
Merupakan ester fosfat (asam fosforik) dari nukleosida. Terdapat beberapa kelas
nukleotida karena ester fosfat dapat berada pada karbon 2-, 3- atau 5- dari suatu
ribonukelotida atau pada karbon 3- atau 5- dari suatu deoksiribonukleotida.
Nukleotida yang terdapat secara alamiah lazimnya merupakan 5- monofosfat.
Tabel 2. Memberikan data dari dua nama dan singkatan mudah yang
digunakan untuk masing-masing 5 nukleotida dari lima basa utama RNA dan DNA;
klasifikasinya sebagai asam merupakan nomenklatur alternatif yang lebih tua.
Ribonukleosidase 5-fosfat
Adenosin 5-monofosfat
Asam 5-adenilat, AMP
Guanosin 5-monofosfat
Asam guanilat, GMP
Sitidin 5-monofosfat
Asam 5-sitidilat, CMP
Deoksinukleosidase 5-fosfat
Deoksiadenosin 5-monofosfat
Asam 5-deoksiadenilat, dAMP
Deoksiguanosin 5-monofosfat
Asam 5-deoksiguanilat, dGMP
Deoksistidin 5-monofosfat
Asam 5-deoksistidilat, dCMP
Uridin 5-monofosfat
Asam 5-uridilat, UMP
Deoksitimin 5-monofosfat
Asam 5-deoksitimidilat, dTMP
Derivat di- dan tri- fosfat dari monofosfonukleosida juga terdapat secara
alamiah. Nukelosida trifosfat merupakan substrat untuk sintesis asam nukleat dan
trifosfat dari ribonukleosida (ATP, GTP, CTP, dan UTP) menyediakan energi yang
diperlukan untuk banyak reaksi biokimiawi. Adenosin 5-mono, di- dan trifosfat
merupakan kelompok biomolekul yang secara kritis penting, karena peranan kunci
yang dimilikinya dalam pelestarian dan pemanfaatan energi kimiawi dalam semua
sistem biologis.
2.6 Polinukleotida
10
kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan
yang sangat khas sebagai pasangan pasangan basa antara kedua rantai.
Gambar 6.
Struktur DNA
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada
rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan
basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut
menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka
sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
11
Gambar 7.
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka
jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu
tetap. Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai
yang satu dibaca dari arah 5 ke 3, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke
5. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).
2.8.3 Proses Pembentukan DNA
Senyawa dasar kimia yang terlibat dalam pembentukan DNA meliputi asam
fosfat, suatu gula yang disebut deoksiribosa dan empat basa nitrogen, yaitu
kelompok purin (adenin dan guanine) dan kelompok primidin (timin dan sitosin).
Asam fosfat dan deoksiribosa membentuk kedua rantai heliks yang
merupakan tulang punggung molekul DNA, dan basa terletak di antara kedua rantai
dan menghubungkan kedua rantai tersebut.
12
Basa purin adenin dari satu rantai selalu berikatan dengan basa pirimidin timin
dari rantai yang lain, dan
(kodon) yang terdiri dari 3 susunan basa (triplet) yang dinyatakan dengan huruf
awal dari basa tersebut. Kode genetik ini yang mengatur susunan asam amino dari
protein pada proses sintesa protein.
Kode genetik terdiri atas tiga (triplets) basa yang berurutan artinya,
masing-masing ketiga basa berurutan tersebut adalah sebuah kata kode. Triplets
yang berurutan tersebut akhirnya akan mengatur rangkaian asam amino di dalam
sebuah molekul protein yang disintesis di dalam sel.
Initiator (start) kodon untuk AUG spesifik untuk asam amino methionine,
yang merupakan rantai awal dari semua susunan asam amion protein. 3 kodon
(UAA, UGA, dan UAG) tidak menentukan asam amino yang spesifik, tetapi
berfungsi sebagai terminator (stop) dari setiap rantai asam amino dari suatu protein.
Karena DNA berlokasi pada inti sel, sedangkan hampir semua aktifitas sel
terjadi pada sitoplasma, maka dibentuklah RNA yang dapat berdifusi menuju
sitoplasma untuk mengatur sintesa protein yang spesifik. Proses pembentukan RNA
diatur oleh DNA melalui proses transkripsi.
13
14
b. Sintesis Primer
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang
diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada
kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA
baru.
Unwinding DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral
yang mengganggu) di wilayah berikut garpu. Ini superkoil DNA Unwinding oleh
enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan
garpu replikasi. Ini menciptakan nick di untai DNA dalam rangka untuk
meringankan supercoil tersebut.
15
16
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal)
sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.
17
f. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan
segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3
gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
g. Pemutusan
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan terdekat
untai tunggal protein pengikat.
18
19
20
Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar
untuk sintesis DNA. Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat
membentuk suatu nukleotida atau ribonukleotida. RNA merupakan hasil transkripsi
dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer yang jauh lebih
pendek dibandingkan DNA.
21
tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino
pada rantai polipeptida. RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang.
b. RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom. Setiap
subunit ribosom terdiri dari 30 46% molekul RNAr dan 70 80% protein.
c. RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.
Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian basa pendek ( disebut
antikodon). Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan
dengan ujung antikodon. Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu
membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu
pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
2.9.4 Fungsi RNA
r-RNA sebagian besar hadir dalam ribosom, dan bertanggung jawab atas
stabilitas m-RNA.
22
Pembentukan RNA yang spesifik oleh suatu segmen DNA yang spesifik (gen)
disebut transkripsi. Transkripsi memerlukan enzim RNA polimerase, trifosfat
ribonukleosida yang tepat (ATP, GTP, CTP, dan UTP) dan cetakan DNA. DNA
mentranskripsi kode genetiknya pada pembentukan RNA, yakni kode-kode yang
merupakan rumusan urutan asam amino dari protein yang akan disintesis.
Ketika melakukan transkipsi, suatu segmen dari double helix DNA terbuka.
Segmen DNA ini adalah gen yang akan diekspresikan. Salah satu rantai DNA yang
telah terbuka melakukan transkripsi. Rantai DNA ini disebut antisense strand.
Rantai pasangannya yang sudah terbuka tidak mengalami transkripsi, disebut sense
strand.
DNA terlihat dalam pita kromosom metafase, walaupun kebanyakan terlihat
jelas pada replikasi penambahan kromosom pada salivary gland cell of flies. Pada
interfase inti DNA terlihat lebih awal pada granula kromatin yang memberikan
reaksi positif dengan tes Feulgen.
Proses transkripsi berjalan sebagai berikut. Enzim RNA polimerase
melekatkan diri pada bagian khusus dari molekul DNA dan membuka spiral ganda.
Kemudian kedua rantai yang tadinya membentuk double helix terpisah pada ikatan
atom H yang menghubungkan kedua basa N.
RNA polimerase kini bergerak melalui antisense strand dari arah 3 > 5,
sambil memasang ribonukleotida (terdapat di medium sekitarnya dalam bentuk
trifosfat, misalnya ATP) pada rantai RNA yang sedang terbentuk, dengan urutan
basa N yang komplementer dengan urutan basa N pada rantai antisense strand dari
DNA.
Dengan demikian, setiap C pada DNA yang ditranskripsikan akan disisipkan
G ke rantai mRNA; setiap G pada DNA disisipkan C ke mRNA; setiap A pada DNA
disisipkan U pada mRNA; dan setiap T pada DNA disisipkan A pada RNA.
mRNA keluar dari inti menuju sitoplasma, tepatnya di ribosom. Selanjutnya,
mRNA terikat oleh RNA ribosom, pada saat ini 09proses translasi dimulai.
23
tRNA (RNA transfer) membawa asam amino yang sesuai dengan kode genetic
yang dibawa oleh mRNA.
2.10
metode-metode
matematika,
statistika,
dan
informatika
untuk
Perkembangan
24
25
Berdasarkan Protein misalnya IFA, penandaan IHC, ELISA, Western Blot dan
One-step Immunochromatography
26
BAB III
KESIMPULAN
Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua
Informasi genetika, yaitu seperangkat cetak biru tentang karakteristik aktual dan
potensial yang diterima oleh suatu organism dari generasi sebelumnya, untuk
kemudian diwariskan ke generasi berikutnya.
DNA memiliki struktur, yaitu gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa
nitrogen yang meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan
sitosin) dan RNA tersusun atas molekul-molekul, yaitu gula ribosa, fosfat, dan basa
nitrogen yang terdiri atas purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).
Proses replikasi DNA dan RNA dimulai ketika enzim DNA polimerase
memisahkan dua pita DNA heliks ganda. Setiap pita DNA yang lama sekarang
berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di sepanjang pita DNA
komplementer baru yang bersesuain. Nukleotida baru tersebut disambung satu sama
lain untuk membentuk tulang punggung gula fosfat pita DNA baru.
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam
asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi
reduksi.
27
DAFTAR PUSTAKA
28
http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html
Tarigan, Rani Rehulina. (2012). Teknik-teknik Rekombinasi untuk Tujuan Pemuliaan
Ikan.
Melalui:
http://blog.ub.ac.id/ranitarigan/2012/11/teknik-teknikrekombinasi-untuk-tujuan-pemuliaan-ikan/