Muara merupakan tempat pertemuan antara air laut dengan air sungai dan

merupakan bagian hilir dari sungai. Pada dasar perairan muara ini terjadi pengendapan
karena hal ini terjadi pertemuan partikel pasir/lumpur yang dibawa oleh arus sungai
bertemu dengan pasir yang berada di daerah sekitar pantai. Dengan demikian
percampuran pasir tersebut menghasilkan pengendapan lumpur yang sangat
berpengaruh pada perilaku kehidupan organisme muara. Selain itu salinitas yang
terbentuk di muara merupakan campuran antara salinitas air sungai dengan salinitas laut
(Hutabarat, 1985).
Ekosistem Muara biasa juga disebut dengan ekosistem estuari atau perairan
estuari dimana, muara merupakan percampuran air tawar dengan air laut. Prosesproses alam yang terjadi di perairan muara, mengakibatkan muara sebagai habitat
disejajarkan dengan ekosistem hutan hujan tropik dan ekosistem terumbu karang yaitu
sebagai ekosistem produktif alami. Ekosistem estuari ini cenderung lebih produktif
dibanding dengan ekosistem pembentuknya, yaitu perairan tawar dan perairan laut
(Soeyasa ,2001).
Salinitas pada air muara sangat dipengaruhi oleh pasang surut air laut. Pada
keadaan pasang air laut yang masuk ke muara sangat besar sekali sehingga salinitas air
menjadi naik. Sedangkan pada waktu surut air laut yang masuk ke muara sangat sedikit
sehingga indeks salinitas air muara sangat rendah. Selain itu musim juga berpengaruh
terhadap indeks salinitas air muara (Karyadi, 1994).
Organisme konsumen di muara beraneka ragam dan jumlahnya
besar.Zooplankton merupakan predator terbesar. Remis, udang-udangan dan ikan sering
besar ukurannya. Jumlah organisme di muara dipengaruhi besar oleh indeks salinitas,
hanya organisme tertentu yang dapat hidup di muara ini yaitu organisme yang mampu
menyesuaikan organ tubuhnya dengan salinitas air muara (Karyadi, 1994).
Muara merupakan suatu tempat yang cukup sulit untuk di tempati,
bersifat cukup produktif yang dapat mendukung sejumlah besar biomassa. Secara umum
muara hanya dapat dihuni oleh beberapa spesies saja. Menurut Soeyasa,(2001), faktorfaktor yang dapat menyebabkan daerah ini mempunyai nilai produktivitas yang tinggi
adalah :
Terdapat penambahan bahan-bahan organik secara terus-menerus yang berasal dari
daerah aliran sungai,
Perairan muara umumnya dangkal, sehingga cukup menerima sinar matahari untuk
menyokong kehidupan tumbuh-tumbuhan,
Tempat yang relatif kecil menerima aksi gelombang, akibatnya detritus dapat
menumpuk di dalamnya,
Aksi pasang selalu mengaduk bahan-bahan organik yang berada di sekitar tumbuhtumbuhan.
Daerah muara merupakan tempat hidup yang baik bagi populasi ikan jika dibandingkan
jenis hewan lain. Daerah ini merupakan tempat untuk berpijah dan membesarkan anakanaknya bagi beberapa spesies ikan (Hutabarat, 1985).