Sebagai
melaksanakan tugas dan tanggung jawab yang digariskan dalam Pasal 14 dari UU
No. 7 Tahun 2004 tentang Sumber Daya Air, dimana pengelolaan sumber daya air
dilaksanakan dengan pendekatan wilayah sungai. Sesuai Keppres No. 12 Tahun 2012
tentang Penetapan Wilayah Sungai maka Provinsi Kalimantan Timur memiliki 6 (enam)
wilayah sungai yaitu
1. WS Sesayap (Lintas Negara)
2. WS Kayan (Lintas Kab/Kota)
3. WS Berau-Kelai (Lintas Kab/Kota)
4. WS Karangan (Lintas Kab/Kota)
5. WS Mahakam (Strategis Nasional)
6. WS Kendilo (Lintas Kab/Kota).
Dari 6 (enam) wilayah sungai tersebut yang menjadi tugas utama adalah atau yang
tercakup dalam wilayah kerja BWS Kalimantan III adalah WS Sesayap (Lintas
Negara) dan WS Mahakam (Strategis Nasional)
WS Sesayap memiliki banyak DAS yang berukuran besar diantaranya DAS Sesayap
(Luas 16.140 km2 dengan panjang sungai utama 262 km), DAS Sebakung (Luas
4.977 km2 dengan panjang sungai utama 241 km) dan DAS Sebuku (Luas 3.554 km2
dengan panjang sungai utama 152 km). DAS lainnya berukuran sedang dan kecil
diantaranya DAS Simenggaris, DAS Sebakis, DAS Linuang Kayan dan sebagainya
Gambar 2. Peta Wilayah Sungai Sesayap (Sesuai Keppres No. 12 Tahun 2012
tentang Penetapan Wilayah Sungai)
WS Mahakam memiliki DAS yang paling besar yaitu DAS Mahakam yang luasnya
mencapai 77.000 km2 dengan panjang sungai utama mencapai 920 km. DAS yang
besar lainnya adalah DAS Telake (Luas 3628 km2 dengan panjang sungai utama 165
km). DAS Lainnnya memiliki ukuran kecil. DAS Mahakam memiliki 66 Sub DAS
dengan Sub DAS yang besar adalah Sub DAS Kedang Kepala, Sub DAS Belayan, Sub
DAS Kedang Pahu, Sub DAS Kedang Rantau, Sub DAS Boh dan sebagainya yang
luasnya lebih dari 5.000 km2 dan panjang sungai lebih dari 100 km.
Di WS Mahakam yaitu di DAS Mahakam terdapat lahan basah yang sangat penting
berupaka kawasan danau, yang jumlahnya 17 dengan luas wilayah sekitar 100.000
ha. Tiga danau besar di DAS Mahakam adalah D. Semayang (13.000 ha), D. Melintang
(11.000 ha) dan D. Jempang (15.000 ha). Danau lainnya berukuran kurang dari 2.000
ha, diantaranya D. Wis, D. Prian, D. Siran, D. Rantau dan sebagainya. Kawasan danau
tersebut merupakan retarding basin bagi Sungai Mahakam dan memiliki ciri yang uni
dari aspek tata air, iklim dan habitat serta kaya sumber daya perikanan. Salah satu ciri
khas di Sungai Mahakam adalah Pesut (Orc. Brevirostris) yang terkenal dengan
lumba-lumba ikan air tawar.
Selain danau, di WS Mahakam terdapat Delta Mahakam yang memiliki ciri khas
berbentuk Kaki Burung, memiliki luas sekitar 120.000 ha dan merupakan pusat
budidaya perikanan dan aktivitas pertambangan minyak dan gas.
Gambar 3. Peta Wilayah Sungai Mahakam (Sesuai Keppres No. 12 Tahun 2012
tentang Penetapan Wilayah Sungai)