Struktur Protein Paramita Dona 1206263383
Struktur Protein Paramita Dona 1206263383
Abstrak
Protein merupakan suatu makromolekul yang unik dan memiliki struktur yang
kompleks. Protein berperan penting dalam mekanisme aktivitas tubuh. Jumlah protein
sangat banyak karena protein banyak terkandung pada sel makhluk hidup. Protein
tersusun dari asam amino yang yang membentuk rantai polipeptida. Asam amino ini
terbentuk dari proses translasi RNA-Transfer (t-RNA) di Ribosom. Walaupun protein
hanya tersusun atas asam amino yang memiliki jumlah sebanyak 20 jenis, akan tetapi
untuk dapat berfungsi, ia akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu
yang sangat presisi sehingga protein memiliki fungsi yang spesifik yang berbeda
antara satu dengan yang lainnya. Protein juga tersusun atas beberapa tingkatan, mulai
dari struktur primer, sekunder, tersier, hingga kuartener.
Kata kunci: Protein, asam amino, rantai polipeptida, struktur protein primer, struktur
protein sekunder, struktur protein tersier, struktur protein kuartener.
1. Pendahuluan
Protein merupakan suatu senyawa yang memiliki peran sangat penting bagi semua makhluk
hidup di Bumi. Protein merupakan susunan dari monomer-monomer asam amino yang
dihubungkan satu sama lain oleh ikatan peptida sehingga menjadi suatu senyawa organik
yang kompleks. Protein dikatakan kompleks karena protein memiliki banyak bagian yang
masing-masing bagian tersebut memiliki fungsi yang spesifik sehingga berbeda antara fungsi
satu dengan yang lainnya. Walaupun protein memiliki struktur yang beragam, akan tetapi
semua molekul protein merupakan polimer yang tersusun dari 20 jenis asam amino yang
sama yang membentuk rantai polipeptida.
2. Asam Amino
2.1.
Asam amino merupakan unit dasar dari stuktur protein. Asam amino memiliki nama lain,
yaitu asam 2-amino karboksilat atau asam -amino karboksilat. Suatu asam amino tersusun
atas gugus amino, gugus karboksil, atom H, dan gugus R tertentu yang semuanya terikat
pada atom karbon . Atom karbon ini disebut atom karbon karena letaknya bersebelahan
dengan gugus karboksil (asam). Pada gambar 2.1 dapat dilihat bahwa susunan asam amino
yang memiliki gugus amino dan gugus karboksil dipisahkan oleh sebuah atom karbon .
Dapat dilihat juga bahwa pada bagian pusat terdapat atom karbon dengan empat gugus
berbeda, yaitu gugus amino, gugus karboksil, atom H, dan gugus R sehingga menyebabkan
asam amino mempunyai aktivitas optik. Dua bentuk bayangan cermin disebut dengan isomer
L dan isomer D. Akan tetapi, protein hanya teriri dari asam amino tipe L, sehingga tanda
isomer optik dapat diabaikan.
2.2.
Asam amino memiliki sifat fisika dan juga sifat kimia. Sifat fisika yang dimiliki oleh asam
amino antara lain adalah titik lebur asam amino lebih tinggi jika dibandingkan dengan titik
lebur asam karboksilat atau amina. Asam amino larut dalam air sedangkan tidak larut dalam
pelarut organik non-polar (aseton, eter, dsb). Asam amino juga memiliki sifat sebagai elektrolit.
Sedangkan, sifat kimia yang dimiliki oleh asam amino adalah bereaksinya asam amino apabila
direaksikan dengan suatu senyawa tertentu dengan memberikan perubahan warna.
2.3.
b. Gugus R Aromatik
3. Protein
3.1.
Jenis-jenis Protein
struktur pada
-helix
Struktur protein sekunder yang terbentuk akibat dari ikatan hidrogen antara atom
hidrogen dari gugus amino (N-H) dengan atom oksigen dari gugus karbonil (C=O) di sepanjang
rantai polipeptida memugkinkan untuk terbentuknya struktur helix. Jika tulang punggung dari
polipeptida ini terpilin dengan jumlah yang sama akan terbentuk helix (ulir) reguler dimana
masing-masing ikatan peptida dihubungkan dengan ikatan hidrogen ke ikatan residu asam
amino di depannya dan 4 asam amino di belakangnya dalam urutan primer.
Berbagai tipe helix yang terbentuk lewat pemilinan dengan taraf dan arah yang berbeda
digambarkan oleh jumlah residu aminoasil perputaran dan jumlah tonjolan (pitch) atau jarak
perputaran yang dibentuk helix sepanjang sumbunya. Helix polipeptida yang terbentuk dari
asam amino kiral akan memperlihatkan kiralitas, yaitu helix tersebut dapat dominan kanan atau
kiri.
Gambar 3.2.B. Konformasi -helix (a) The ideal right-handed -helix. C: green; O:
red; N: blue; H: not shown; hydrogen bond: dashed line. (b) The right-handed
helix without showing atoms. (c) the left-handed -helix.
(sumber: Karp, Gerald. 2010. Cell and Molecular Biology. Sixth Editon. United State: John Wiley
& Sons, Inc )
-sheet
Jenis struktur protein sekunder lainnya adalah -pleated sheet atau -konformasi. Simbol
menunjukkan bahwa struktur ini merupakan struktur reguler kedua yang dijelaskan. Istilah
pleated sheet menunjukkan penampakan struktur apabila dilihat dari pinggir atas. Pada struktur
-sheet ini terdapat dua bentuk, yaitu paralel dan anti-paralel. Perbedaan dari kedua bentuk ini
terletak pada arah dari rantainya. Apabila arah rantainya sama, maka struktur tersebut
dikatakan sebagai parallel -pleated sheet. Sedangkan, apabila arah rantainya berbeda maka
struktur tersebut merupakan struktur anti-parallel -pleated sheet.
Gambar 3.2.B. (a) anti-parallel -pleated sheet (b) parallel -pleated sheet.
(sumber: Principles of Biochemistry Fifth Edition. New York: Lehninger )
turn
Berbeda dengan kumparan -helix, -sheet terbentuk melalui ikatan hidrogen antara
daerah linear rantai polipeptida. Ikatan ini terjadi antara oksigen karbonil dari satu ikatan
peptida dengan nitrogen dari ikatan peptida lainnya. Ikatan hidrogen dapat terbentuk antara dua
rantai polipeptida yang terpisah atau antara dua daerah pada sebuah rantai tunggal yang
melipat sendiri. Pelipatan ini yang sering melibatkan empat struktur asam amino yang dikenal
sebagai turn. Terdapat dua jenis turn, yaitu turn tipe 1 dan turn tipe 2. tipe 1 terjadi lebih
dari dua kali sesering dengan tipe 2 dan tipe 2 biasanya memiliki Glycine sebagai residu ketiga.
amino
berinteraksi
sekelilingnya.
dengan
air
di
10
Gambar 3.2.D. (kiri) Struktur Protein Tersier, (kanan) Struktur Protein Kuartener
(sumber: Principles of Biochemistry Fifth Edition. New York: Lehninger )
4. Pelipatan (folding) pada Protein
Protein merupakan suatu polimer yang mengalami denaturasi dan kemudian disintesis di
ribosom yang kemudian membentuk asam amino linear dan tidak bercabang. Pelipatan protein
ini termasuk dalam struktur sekunder protein, di mana pada struktur ini terdapat struktur dua
dimensi protein sehingga dapat terjadi lipatan (folding) yang beraturan seperti -helix, -sheet,
- turn dan random karena adanya ikatan hidrogen di antara gugus-gugus polar dari asam
amino dalam rantai protein tersebut. Protein yang merupakan rangkaian dari asam-asam amino
ini harus mengalami pelipatan (folding) untuk dapat mencapai struktur aslinya, karena protein
hanya dapat berfungsi jika mempunyai struktur asli tersebut.
Pelipatan protein di dalam sel merupakan proses kompleks yang membutuhkan bantuan
molekul lain dan energi. Proses pelipatan dimulai dari rantai polipeptida yang baru terbentuk di
ribosom yang berbentuk sangat tak beraturan (random coil state) sebelum proses pelipatan.
Selain itu, konsentrasi makromolekul dalam sitosol, yang termasuk di dalamnya ribosom, asam
nukleat dan protein lain sangat tinggi. Dalam keadaan ini, residu asam amino hidrofobik dari
polipeptida naik ke permukaan dan proses pelipatan dari intermediet dapat berlangsung secara
tidak tepat dapat mengakibatkan terjadinya misfolding dan agregasi sebelum sintesis selesai.
Kegagalan suatu protein dalam proses folding protein (misfolding) ini dapat menyebabkan
malfungsi berbagai sistem biologis yang dapat menimbulkan berbagai penyakit, seperti
Alzheimer, parkinson, katarak dan kanker.
11
6. Interaksi Protein
Pada dasarnya, protein tidaklah hanya berikatan dengan protein lainnya, akan tetapi
juga berikatan dengan molekul atau senyawa lainnya. Contoh dari interaksi protein dengan
molekul atau senyawa lainnya, antara lain adalah:
Lipoprotein
12
Glikoprotein
Glikoprotein merupakan interaksi antara protein dengan karbohidrat.
Fosfoprotein
Fosfoprotein merupakan interaksi antara protein dengan fosfat.
Nukleoprotein
Hemoprotein merupakan interaksi antara protein dengan asam nukleat.
Flavoprotein
Flavoprotein merupakan interaksi antara protein dengan flavo nukleotida.
Kromaprotein
Kromaprotein merupakan interaksi antara protein dengan pigmen warna.
7. Kesimpulan
Protein merupakan suatu senyawa yang memiliki peran sangat penting bagi semua
makhluk hidup di Bumi. Protein merupakan susunan dari monomer-monomer asam amino
yang dihubungkan satu sama lain oleh ikatan peptida sehingga menjadi suatu senyawa
organik yang kompleks. Berbagai protein yang berbeda dapat diciptakan dari 20 jenis asam
amino yang umum, karena asam amino dapat saling berikatan dalam banyak kombinasi yang
berbeda. Perbedaan dalam urutan asam amino di sepanjang rantai polipeptida menyebabkan
pembentukan struktur tiga dimensi yang berbeda pula.
Sifat-sifat struktural protein dianggap berada dalam empat buah susunan, yaitu struktur
protein primer, struktur protein sekunder, struktur protein tersier, dan struktur protein kuartener.
Struktur primer suatu protein merupakan urutan linear asam amino yang disatukan oleh ikatan
peptida yang mencakup lokasi setiap ikatan disulfida. Struktur protein sekunder merupakan
struktur yang terbentuk akibat dari ikatan hidrogen antara atom-atom ikatan peptida. Hal ini
berhubungan dengan pengaturan kedudukan ruang residu asam amino yang berdekatan
dengan urutan linear. Terdapat beberapa jenis struktur protein sekunder, yaitu -helix, -sheet,
dan -turns. Struktur protein tersier meruupakan struktur tiga dimensi dari molekul protein
tunggal. Struktur tersier menggambarkan pegaturan ruang residu asam amino yang berjauhan
dalam urutan linear dan pola ikatan-ikatan disulfida. Struktur protein tersier ini mengacu pada
hubungan spesial antar unsur struktur protein sekunder. Struktur protein kuartener merupakan
struktur yang berupa kumpulan dua atau lebih polipeptida, masing-masing terlipat menjadi
struktur tersier, dalam protein multi-sub-unit. Struktur tersier ini kemudian akan membentuk
suatu protein kompleks yang fungsional.
Protein dapat berikatan dengan molekul atau senyawa lainnya, seperti dengan lipid,
karbohidrat, fosfat, asam nukleat, dan lain sebagainya.
Referensi
Campbell, Reece, dan Mitchell., 2002. Biologi. Edisi Kelima, Jilid 1, Terjemahan.
Jakarta: Penerbit Erlangga.
Karp, Gerald. 2010. Cell and Molecular Biology. Sixth Editon. United State: John Wiley & Sons,
Inc.
13
Lehringer. 2008. Principles of Biochemistry Fifth Edition. United State: W. H. Freeman and
Company.
14