Praktikum Variasi Intra Populasi menggunakan software DnaSP dan Arlequin untu

mengetahui besarnya variasi pada atau antar populasi. Prosedur penggunaan DnaSP dan
Arlequin ini dimulai dengan membuka sekuen DNA yang memiliki format FAS file dengan
DnaSP. Kemudian jika ada windows berjudul Data Information, cukup di close. Klik Data
pada menubar lalu pilih Define Sequence Sets maka akan ada windows baru yang terbuka.
Semua data sekuen ada di sana, pilih populasi sekuen, lalu dipindah ke Include list dengan
memencet tombol >>, klik Add new Sequence Sets, dan beri judul populasi sesuai yang
diinginkan, ulangi pemilihan populasi sekuen, hingga sekuen habis, lalu klik Update All
Entries. Klik Generate pada menubar lalu pilih Haplotype Data File maka akan keluar
windows baru. Pilih Considered pada Sites with gap/missing, Include pada Invariable
Sites, dan Arlequin Haplotype List pada Generate, tekan OK. Kita akan diminta untuk
menyimpan data yang sudah ada dengan format hap dan arp, maka output data sekuen dari
populasi-populasi yang telah disimpan tadi akan keluar. Buka software Arlequin > Open
project, dan pilih data dengan format arp yang tadi telah disimpan. Klik Settings yang ada
dibagian bawah toolbar, lalu klik AMOVA, pada kolom sebelah kanan akan keluar
pengaturan dari AMOVA tersebut, checklist Standard AMOVA Computations (haplotype
format), Compute distance matrix diganti dengan Use conventional F-statistics (only
haplotype frequencies). Kembali ke kolom pengaturan di sebelah kiri dan klik Population
comparions, Compute pairwise FST di checklist. Klik pengaturan Population
differentiation, Exact test of population differentiation di checklist. Klik Molecular
diversity indices pada pengaturan, dan checklist Standard diversity indices, kemudian klik
Start pada toolbar, tunggu hingga loading selesai, dan hasil analisis arlequin akan keluar
pada default browser komputer.