Asam Nukleat

(Struktur Asam Nukleat, DNA dan RNA)

Rafitri Rusmala Dewi/ 1206202135/ Teknik Kimia
Abstrak
LTM ini menguraikan struktur molekul dan komponen asam nukleat, termasuk macammacam ikatan kimia yang menghubungkan komponenkomponen tersebut. Selain itu, dijelaskan
pula perbedaan struktur antara DNA dan RNA. Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot
molekul tinggi dengan unit monomernya mono nukleotida. Asam Nukleat juga merupakan senyawa
majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida. Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA
(deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam
ribonukleat. DNA dan RNA terdiri dari kumpulan-kumpulan nuklotida yang saling berikatan .
Nukleotida terdiri dari fosfat, gula, dan basa nitrogen. Basa Nitrogen terdiri dari purin dan pirimidin.
Untuk basa purin terdapat adenine dan guanine. Sedangkan basa pirimidin terdiri dari timin, sitosin
dan urasil. Bentuk-bentuk dari DNA maupun RNA berbeda-beda, hal tersebut dipengaruhi oleh
adanya ikatan hidrogen. DNA memiliki bentuk double helix, sedangkan untuk RNA berbentuk
single strand. DNA memiliki tipe A,B dan Z, RNA memiliki tipe r-RNA, m-RNA, t-RNA. Dan i-RNA.
Ketidakstabilan bentuk DNA dan RNA dapat disebabkan adanya konformasi dan denutrasi.
Kata Kunci : deoxyribonucleic acid, denutrasi, double helix, konformasi, ribonucleic acid, single
strand.

1.

Asam Nukleat

1.1. Pengertian Asam Nukleat dan Struktur Penyusunnya

Asam Nukleat merupakan polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta
pemindahan informasi genetik. Asam nukleat utama di dalam inti sel adalah deoxyribonucleic
acid (DNA). DNA mengandung gula pentosa deoksiribosa sebagai salah satu komponennya.
Tipe asam nukleat yang lain adalah ribonucleic acid (RNA) yang mengandung gula pentosa
ribosa. Peran utamanya adalah transmisi informasi genetik dari DNA ke protein. Struktur asam
nukleat terdiri dari nukleotida. Dimana nukleotida terdiri dari nukleosida dan asam fosfat.
Penyusun nukleosida ialah basa nitrogen dan gula.
Nukleosida adalah merupakan senyawa n-glikosida dari basa purin dan pirimidin yang
dihubungkan oleh ikatan glikosida antara atom C-1 dari
pentosa dengan N1 dari
pirimidin atau N-9 purin. Nukleotida adalah ester asam
fosfat
dari
nukleosida yang telah terfosforilasi.

Gbr.1. Nukleotida

Gbr.2. Struktur Asam Nukleat

1

1.2. Gugus Penyusun Nukleotida

Penyusun gugus nukleotida salah satunya adalah gugus
fosfat. Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui
ikatan fosfoester. Untuk membentuk polimer nukleotida atau
Asam Nukleat maka terjadi ikatan fosfodiester yaitu ikatan
gugus fosfat dengan gugus gula pentosa dari satu nukleotida
dengan nukleotida lain yaitu pada atom karbon nomer 5 dan
3. Gugus fosfat menyebabkan asam nukleat bermuatan
negatif kuat dan bersifat asam.Gugus fosfat dapat berikatan
dengan gugus fosfat lain dan penamaannya sesuai jumlah
gugus fosfat (mono, di, tri), contohnya pada ATP, ADP, dan
AMP .

Gbr.3. Ikatan Fosfodiester

Gbr.4. Proses Terikatnya Gugus Fosfat

1.3. Gugus Penyusun Asam Nukleat
Jenis gula dalam Asam Nukleat adalah gula aldopentosa yakni ribosa dengan struktur
Hawort (siklik)nya menunjukkan posisi beta-

Furanosa (beta untuk posisi OH yang diatas, Furanosa untuk siklik dari 5 atom karbon). Gula
dalam DNA adalah 2-deoksi-D-ribosa, dan dalam RNA adalah D-ribosa. Berikut adalah
struktur kimia gula pentosa yang terdapat dalam DNA dan RNA:

Gbr.5. Gugus Gula pada DNA

Gbr.6. Gugus Gula pada RNA

1.4. Gugus Basa Nitrogen

Basa Nitrogen pada asam amino ada dua jenis, yaitu PURIN dan PIRIMIDIN. Basa
PURIN terdiri dari Adenine (A) dan Guanine (G). Perbedaan struktur ini berpengaruh pada
jumlah ikatan hidrogen saat berpasangan dengan basa pirimidin. Basa purin mempunyai dua
buah cincin (bisiklik). Pada DNA, dan juga RNA,purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G).
Keduanya berbeda dalam tipe dan posisi gugus kimia yang terikat pada cincin purin. Adenin
adalah memiliki isomer 6-aminopurin sedangkan Guanin isomernya 6-oksi-2-aminopurin.

Adenin

Guanin

Gbr.7. Gugus Fungsi Basa Purin dan Struktur Kimia Adenin serta Guanin
Basa PIRIMIDIN terdiri Thymine (T) / Uracil (U), Cytosine (C). sedangkan basa pirimidin
hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara
DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA
tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya
karena
adanya
gugus
metil
pada posisi
nomor
5
sehingga
timin
dapat
juga
dikatakan
sebagai 5metilurasil.
Ketiga jenis
3

basa ini berbeda dalam tipe dan posisi gugus kimia yang terikat pada cincin yaitu timin 5 metil2,4-dioksipirimidin, sitosin 2-oksi-4-aminopirimidin dan urasil 2,4-dioksipirimidin.

Gbr.8. Gugus Fungsi Basa Pirimidin dan Struktur Kimia Timin, Sitosin serta Urasil

2.

DNA

2.1. Struktur DNA

DNA merupakan struktur yang dibangun oleh gugus pentose (deoksiribosa), fosfat dan
suatu basa dalam bentuk polimeran berkombinasi membentuk helix ganda. Blok pembangun
DNA adalah 5-carbon sugar deoxyribose yang saling dihubungkan oleh ikatan fosfodiester
sehingga terbentuk dua untai ganda dengan tulang punggungnya dibentuk dari ikatan gugus
fosfat pada bagian luar helix. Basa Nitrogen pada DNA yaitu adenine-guanine (purin),
sedangkan timin-sitosin (pirimidin). Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Strukturstruktur DNA tersebut adalah sebagai berikut:
a. Struktur Primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida.
Setiap nukleotida terdiri dari satu basa nitrogen berupa
senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa berupa 2deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul
fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5
bebas (tidak terikat nukleotida lain) menuju ujung dengan
gugus 3 hidroksil bebas atau dengan arah 5->3. Kerangka
gula deokribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di
bagian luar molekul sedangkan basa purin atau pirimidin
ada di sebelah dalam untaian (helix). Basa Purin akan
selalu berpasangan dengan basa Pirimidin. (A-T ; G-C)
disebut KOMPLEMENTARITAS.
b. Struktur Sekunder

Gbr.9. Struktur Primer

Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan

fungsinya sebagai pembawa informasi genetik adalah
komposisi basa penyusun. Pada tahun 1949-1953, Edwin
Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk
pemisahan dan analisis kuantitatif keempat basa DNA,
yang diisolasi dari berbagai organisme. Kesimpulan yang
diambil dari data tersebut ialah Jarak di antara kedua
untai hanya memungkinkan pemasangan basa purin
(lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil). Adenin
berpasangan dengan timin membentuk dua ikatan
hidrogen sedangkan guanin berpasangan dengan sitosin
membentuk tiga ikatan hidrogen. Dua ikatan glikosidik
yang mengikat pasangan basa pada cincin gula, tidak
persis berhadapan. Akibatnya, jarak antara unit-unit gula
fosfat yang berhadapan sepanjang heliks ganda tidak
sama dan membentuk celah antara yang berbeda, yaitu
celah mayor dan celah minor. Satu putaran komplementer
terdiri dari 10 pasang basa dan berotasi 3600.
c. Struktur Tersier

Gbr.10. Struktur Sekunder

Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar. Konformasi
ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur tertutup yang tidak
berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari bakteri, virus dan mitokondria
seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA dapat berbentuk molekul linier dengan ujungujung rantai yang bebas.

Gbr.11. Konformasi DNA Sirkuler

Gbr.12. Konformasi DNA Linear

2.2. Bentuk DNA

DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang saling
berpilin
membentuk heliks ganda (Double helix) dengan orientasi yang
berlawanan (antiparalel). Hal ini sesuai dengan aturan WatsonCrick.
Watson dan Crick menemukan Heliks Ganda dengan cara
membuat model-model yang sesuai dengan data sinar-x. Dimana
dari eksperimen tersebut disimpulkan bahwa model tangga berpilin
menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah
pilinan ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai
menghadap ke arah luar sumbu pilinan,sedangkan basa N
menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Gbr.13. Double Helix
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basaDNA
T pada rantai
lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini
5

dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh
ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat
satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai
diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. Menurut James Watson
& Francis Crick :
1. Ukuran jarak antara pasangan basa 0,34 nm (3,4 oA).
2. Setiap putaran untaian tadi 10 pasangan basa dan jarak satu putar heliks 3,4 nm .
3. Diameter untaian DNA 2,0 nm.

2.3. Ikatan Kimia pada DNA

a. Ikatan Hidrogen
Antar satu basa
nitrogen dengan basa
nitrogen lain dalam
satu nukleotida tidak
saling
berikatan,
penghubung
antar
basa nitrogen dari dua
untai
nukleotida
adalah
IKATAN
HIDROGEN. Terdapat
Gbr.14. Ikatan Hidrogen
3 ikatan hidrogen pada
basa Guanine dan
Citosune, dan 2 ikatan
hidrogen pada basa Adenine dan Thymine. Sehingga ikatan G-C lebih kuat daripada A-T.
Ikatan hidrogen adalah suatu bentuk interaksi lemah antara suatu atom elektro negatif
(atom akseptor) dengan atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada atom yang lain
(atom donor). Ikatan hydrogen juga menentukan struktur untaian ganda pada DNA.

N
H

N
H
2

N
H
2

N
H
2

N
H

b. Ikatan fosfodiester
Pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus
hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester. Oleh karena
ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada
nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang
berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang
masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
c. Ikatan glikosidik
Ikatan yang menghubungkan gula pentosa dengan basa nitrogen.
2.4. Tipe-Tipe DNA
a. DNA tipe A : tipe helix berpilin ke kanan, terdapat 11 pasangan basa dalam satu pilin,
lekukan mayor sempit- dalam dan lekukan minor lebar-dangkal.
b. DNA tipe B : tipe helix berpilin ke kanan, terdapat 10 pasangan basa dalam satu pilin,
lekukan mayor dalam-lebar, dan lekukan minor sempit-tidak dalam.
c. DNA tipe Z : tipe helix berpilin ke kiri, terdapat 12 pasangan basa dalam satu pilin, lekukan
mayor rata, dan lekukan minor sempit-dalam.
6

Gbr.15. Struktur DNA tipe A, B, dan Z

3.

Gbr.16. Perbedaan Helix Belok Kiri

dan Kanan

RNA

3.1. Struktur dan Bentuk RNA

RNA hanya terdiri dari satu untai tunggal, akan tetapi dapat melipat lipat
dirinya dalam suatu aturan tertentu. RNA terdiri dari kumpulan-kumpulan
nukleosida. Nukleosida tersebut terdiri dari fosfat, ribose, dan basa nitrogen.
Basa nitrogen pada RNA untuk purin sama dengan DNA yaitu adenineguaine. Hal yang berbeda terletak pada basa pirimidin dimana RNA tidak
memiliki timin melainkan urasil dam sitosin. Sebagian besar RNA memiliki
struktur sekunder yang terdiri dari domain stem (batang) dan loop
(lingkaran). Double helical stem domains terbentuk dari ikatan pasangan
basa nitrogen yang saling berkomplemen dalam satu untaian yang sama.
Loop domains terbentuk ketika pasangan basa nitrogen tidak saling
berkomplemen sehingga tidak terbentuk ikatan atau dapat disebakan
adanya basa termodifikasi yang mencegah terbentuknya pasangan basa.
3.2. Tipe-Tipe RNA dan Strukturnya

Gbr.17. Struktur RNA

a. r-RNA
Ribosomal RNA (rRNA) adalah RNA yang merupakan bagian dari Ribosom dan
berfungsi untuk sintesis protein pada makhluk hidup. Disintesis dalam inti sel. rRNA dan
Ribosomal protein membentuk Ribosom dengan presetanse berat 60% rRNA dan 40%
protein. Terdapat dua jenis rRNA yaitu Large Subunit (LSU) dan Small Subunit (SSU).
Sebesar 75% total RNA adalah rRNA. rRNA LSU dan SSU terletak berhimpitan dengan
mRNA berada diantaranya. Terdapat tiga binding sites pada Ribosom yaitu A (AminoacyltRNA bidnign site), P (Peptidyl-tRNA binding site) dan E
(Exit site).
b. t-RNA
RNA Transfer adalah RNA yang berfungsi
menerjemahkan kode genetik dari RNA Duta (mRNA)
dan membawa asam amino spesifik ke Ribosom dalam
proses sintesis protein. tRNA disebut juga antikodon
yang memiliki kodon komplemen dari mRNA atau kodon.
Terdapat 61 jenis kodon yang mengkode 20 jenis asam
amino. Diperlukan minimal 31 tRNA untuk melakukan
translasi dalam proses sintesis protein.

Gbr.18. Struktur r-RNA

Struktur tRNA sekunder berbentuk menyerupai clover, hal ini menunjukan bahwa tRNA terdiri
atas dua struktur RNA yaitu stem (batang) dan loop (lingkaran). tRNAs biasanya terdiri dari
beberapa basa termodifikasi yang treletak pada bagian loop. Struktur RNA Tersier
dipengaruhi oleh interaksi basa pada sites yang berbeda. Interaksi ini melibatkan pasangan
basa nitrogen yang tidak umum atau adanya interaksi tiga atau lebih basa nitrogen.
Adenosin yang tidak berpasangan mempengaruhi interaksi sehingga terbentuk struktur RNA
tersier yang stabil. tRNA memiliki struktur tersier yang menyerupai huruf L
anticodon

Phe

tRNA

acceptor
stem

c. m-RNAGbr.19. Struktur t-RNA Sekunder

Gbr.20. Struktur t-RNA Tersier

RNA yang bertugas untuk mengkopi susunan genetik suatu DNA untuk dapat dibawa
ke ribosom dimana nantinya akan dimulai pembentukan protein. Dalam pembentukan
protein, mRNA akan dicari pasanganan asam aminonya oleh tRNA. Susunan m-RNA adalah
Tersusun dari Polinukleotida: gugus fosfat, gula ribosa, dan basa nitrogen (Guanin, Adenin,
Sitosin dan Urasil). Merupakan satu rantai panjang tunggal .
8

Gbr.21. Struktur m-RNA

Ujung 5 adalah ujung awal dari mRNA yang terbuat dari guanin yang telah dimodifikasi
yang berfungsi sebagai ujung yang dapat diidentifikasi oleh ribosom dan melindungi dari
degradasi eksonukleat hanya terdapat sel eukariotik.
Daerah Koding adalah daerah dimana transkripsi terjadi. Terdiri dari kodon-kodon
yang terbentuk dari transkripsi dengan DNA dan nantinya akan di translasi dengan tRNA.
Daerah koding biasanya dimulai dengan kodon AUG (kodon start) dan diakhiri dengan kodon
UAA, UAG atau UGA (kodon stop). Untranslated Region (UTR) daerah yang tidak di
translasi dari awal sampai akhir (5UTR dan 3UTR). Terletak di kedua ujung mRNA. Ujung
Poly(A) ujung mRNA yang terdiri daru adenin yang membantu dalam translasi.
d. i-RNA
RNAi adalah suatu proses dimana terjadi penghambatan aktivitas atau ekspresi dari
suatu gen tertentu. Ditemukan oleh Andrew Z. Fire (Stanford University) dan Craig C. Mello
(University of Massachusetts). Diteliti menggunakan cacing (C. elegans) dan lalat buah (D.
melanogaster). Merupakan potongan gen dengan panjang 21-23 nukleotida yang berasal
dari dsRNA. Rantai ganda 21 nt terdiri dari 19 pasangan basah dan 2 nt belalai 3. RNAi
terdiri dari 2 jenis RNA yaitu microRNA (miRNA) dan small interfering (siRNA)

Gbr.22. Tahapan pada i-RNA

e. si-RNA
1. Rantai dsRNA masuk kedalam sitoplasma sel (baik dalam bentuk alami ataupun
sentetis), dan akan langsung dikenali oleh enzim yang disebut Dicer (pemotong). Enzim
ini akan memotong rantai dsRNA menjadi rantai yang pendek-pendek (21 base pair,
termasuk 2 nucleotide dengan 3-end di kedua ujungnya).
9

2. Dicer-dicer tadi (bersama co-factor lainnya) akan sangat aktif memotong-motong dsRNA
sehingga akan terdapat banyak potongan-potongan kecil dari dsRNA, yang kita sebut
dengan small interfering RNA (siRNA) yang masih memiliki rantai ganda (doublestranded).
3. Selanjutnya siRNA akan dikenali oleh RNA-Induced Silencing Complex (RISC) yang
mengandung enzim Argonaut, dimana pada fase ini siRNA akan dibelah menjadi rantai
tunggal (single-stranded) yang akan mengaktifkan RISC.
4. RISC yang aktif akan segera mencari messenger RNA (mRNA) yang baru keluar dari inti
sel, setelah proses transkripsi dari DNA . Dan single-stranded siRNA didalam RISC akan
dengan tepat mengenali target dan mengikat pasangan basa-komplemen-nya (basepairing with the complementary) di mRNA.
5. Setiap RISC mengandung aktifitas enzim endonuclease (Argonaut subunit) yang
bertugas memotong target mRNA menjadi bagian-bagian kecil, sehingga informasi
genetik dari DNA untuk dirubah menjadi protein musnah. Potongan-potongan mRNA ini
akan terdegradasi secara alami dengan mekanisme endogenous.
3.3. Ikatan Kimia pada RNA
1. Ikatan Hidrogen
mRNA akan memiliki ikatan hidrogen dengan DNA untuk mengkopi nukleotidnya
dan dengan antikodon yang dimiliki oleh tRNA.

Gbr.23. Rangkaian Ikatan Hidrogen pada m-RNA

2. Ikatan Fosfodiester
Pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus
hidroksil pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester. Oleh karena
ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada
nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang
berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang
masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
3. Ikatan glikosidik
Ikatan yang menghubungkan gula pentosa dengan basa nitrogen.

10

Gbr.24. Ikatan Glikosida

Daftar Pustaka

Albert, Johnson. 1994. Molecular Biology of The Cell. USA: Garland Science.
Nelson, David L dan Michael M. Cox. 2008. Lehninger Principles of Biochemistry. New York:
WH Freeman and Company.
Karp, Geral. 2006. Cell and Molecular Biology. United States of America: Wiley.
Interference (RNAi). Bandung: PS. Bioteknologi SITH-ITB.

11