Dengan tujuan untuk memperoleh wawasan yang berguna bagi pengembanganmolekul kecil baru sebagai inhibitor dari IN-LEDGF

/ P75 interaksi (LEDGINs),

kami sebelumnya diselidiki paling interaksi antara beberapa inhibitor PPI dan INLEDGF / P75 kompleks. Secara khusus, dengan cara kombinasi docking dan
ultrashort MD, kami menghasilkan ensemble tertimbang konfigurasi
proteinligand dan diperkirakan afinitas pengikatan rata-rata lebih dari snapshot
diambil dari lintasan MD, bersama-sama dengan adanya hidrogen mendasar
bonds.26 menggunakan informasi ini di strategi skrining virtual berbasis struktur
kita mengidentifikasi senyawa aktif A. modus mengikat The masuk akal dari
derivatif ini menunjukkan pada Gambar 2.
Modus acuan senyawa A di kompleks mengikat dengan IN CCD. Residu kunci dari
saku disajikan. Ikatan hidrogen yang ditunjukkan oleh garis putus-putus serta
hunian mereka selama MD simulasi dalam persen. Sosok itu dibuat
menggunakan PyMOL.29
Itu
Kelompok p-metoksifenil ditampung ke dalam saku mengikat membentuk panel
interaksi hidrofobik dengan residu Ala128, Ala129, dan Trp132, dan Met178 IN;
sedangkan kelompok karboksilat membentuk ikatan hidrogen yang stabil dengan
residu penting (tingkat hunian dari 96.00% dengan Glu170 NH backbone;
91,60% dengan His171 NH backbone; 78,70% dengan rantai samping Thr174
OH). Interaksi antara DI CCD dan senyawa A diperiksa menggunakan PyMOL dan
LIGPLUS.30
Kami mengamati bahwa bentuk saku diduduki oleh kelompok metoksifenil p bisa
rumah kelompok yang lebih besar dan lipofilik dan bahwa ada tidak adanya
kontak dengan Gln168 residu penting diletakkan di dekat gugus fenil. Selain itu
tidak jelas peran kelompok isopropil yang tampaknya tidak mampu menciptakan
kontak penting.

Analisis data ini mendorong kita untuk mempertimbangkan kembali kelas

senyawa menjaga A tidak berubah inti rhodanine dan memodifikasi, dalam tahap
ini penelitian kami, dua bagian lainnya dari molekul yang kami beri nama sisi
kanan (bagian asam 3-metilbutanoik) dan sisi kiri (4-methoxybenzylidene
bagian) masing-masing (Gambar 3).

Keputusan untuk mengubah porsi pada suatu waktu ditentukan oleh kebutuhan
untuk mengidentifikasi pharmacophore penting derivatif membangun fitur
struktural yang penting untuk aktivitas biologis.

Untuk mengidentifikasi beberapa kelompok alternatif perwakilan, basis data

SENG telah diakses untuk mencari molekul yang bervariasi hanya bagian sisi kiri.
Subset molekul dipilih dari SENG terdiri dari 674 senyawa. Subset ini disaring
oleh aturan Lipinki ini, struktur berlebihan telah dihapus, maka negara ionisasi

yang tepat dan struktur 3D yang dihasilkan. Subset diperoleh terdiri dari 64
molekul.

Senyawa ini berlabuh ke situs pengikatan / P75 LEDGF tentang HIV-1 integrase
mengingat protein diambil oleh 2B4J kompleks yang digunakan untuk senyawa
referensi A (lihat Bagian Eksperimental) .25 Setelah pemeriksaan visual dari
molekul skor tertinggi, 13 protein-ligan kompleks yang diambil, diminimalkan dan
rescored menggunakan metode MM-GSBA. Berdasarkan hasil tersebut, simulasi
ultrashort MD (100 ps) dilakukan memperoleh hasil terbaik selama delapan
senyawa (1-8) menunjukkan pada Gambar 4. Untuk menyelidiki dampak efek
penghambatan turunan modifikasi sisi kiri 1-4 awalnya dibeli. Berturut-turut,
setelah kami mengembangkan jalur kimia yang cocok, senyawa 5-8 disintesis
untuk membangun sebuah perpustakaan kecil SAR untuk studi SAR. Pendekatan
sintetis yang digunakan untuk analog 5-8 digambarkan dalam Skema 1.

Mulai dari referensi senyawa A, beberapa modifikasi di sisi kanan molekul juga
diperhitungkan. Mengingat ruang saku di mana kelompok isopropil senyawa
referensi A berada (Gambar 2) dan ketersediaan komersial dan harga beberapa
asam amino kami memilih 5 dari mereka. Substitusi dari isopropil bagian dengan
kelompok-kelompok ini dihasilkan senyawa 11-15 yang diserahkan ke protokol
komputasi yang sama untuk memprediksi substitusi pengaruh pada aktivitas
penghambatan. Berdasarkan hasil perhitungan lima senyawa yang dipilih dan
disintesis. (Gambar 5) Senyawa-senyawa baru yang dirancang diperoleh
mengikuti prosedur sintetik yang dijelaskan dalam Skema 2.

Reagen dan kondisi: a) NaOH, CS2, 23 C, semalam; b) ClCH2CO2Na, 23 C, 3

jam; c) HCl, refluks, 12h, d) benzaldehida cocok, NH4OAc, toluena, refluks, 1-2h.
Pada valin pertama (9) itu disiklisasi dengan CS2 dan -chloroacetate untuk
memberikan inti rhodanine (10). Pada langkah kedua, setelah Knoevenagel
kondensasi rhodanine dengan benzaldehida diganti sesuai, analog yang
diinginkan akhir 5-8 diperoleh. Seperti yang diharapkan kondensasi yang
dihasilkan dua isomer (E dan Z); produk utama adalah Z isomer termodinamika
stabil yang ditandai dengan pergeseran ke bawah-bidang metilen proton bila
dibandingkan dengan yang ada pada E isomer.

Reagen dan kondisi: a) NaOH, CS2, MW: 5 menit pada suhu terus menerus (100
C), 100 Watt; b) ClCH2CO2Na, MW: 5 menit pada suhu terus menerus (100 C),
100 Watt; c) HCl, MW: 30 menit pada suhu terus menerus (120 C), 100 Watt; d)
p-metoksi benzaldehida, NH4OAc, toluena, refluks, 1-2h. Asam amino yang
tersedia secara komersial 16-20 yang disiklisasi dengan CS2 dan -chloroacetate

untuk membentuk turunan rhodanine tersubstitusi 21-25. Pada langkah ini

Microwave prosedur sintetik Assisted Sintesis Organik (Maos) dipekerjakan
sehingga mengurangi waktu reaksi (40 menit vs semalam) dan biasa degradasi
reagen termal.

Berturut-turut, intermediet 21-25 diubah menjadi senyawa akhir 11-15 oleh

reaksi dengan p-metoksi benzaldehida. Juga dalam hal ini karakterisasi
spektroskopi dari turunan disintesis dikonfirmasi stabilitas thermodinamical
utama Z isomer.

2.3. hasil biologis

Kami menguji semua senyawa baru (1-8, 11-15) di AlphaScreen uji untuk
mengevaluasi efek penghambatan mereka pada LEDGF interaksi / P75-IN. (Tabel
1)
Hasil biologi menunjukkan bahwa semua derivatif memperoleh baru, dengan
pengecualian senyawa 8, dipamerkan efek penghambatan pada dosis tetap 100
pM konsentrasi dengan persentase berkisar antara 20% sampai 93%. Khususnya,
mengenai seri baru ini IN-LEDGF / P75 SMPPIIs kami mengamati bahwa hasil
terbaik yang ditampilkan untuk rhodanine-derivatif 1-4 di mana kiri modifikasi
sisi dilakukan. Di antara mereka senyawa 1,2 dan 4 hadir peningkatan aktivitas
dibandingkan dengan senyawa referensi A dan lebih aktif daripada derivatif
ditandai dengan substitusi yang berbeda di sisi sebelah kanan senyawa induk A.
Untuk menjelaskan peningkatan aktivitas ini modus mengikat senyawa 1, salah
satu rhodanine analog yang paling aktif, kita menunjukkan hasil perhitungan
pada Gambar 6.
Gambar 6: modus senyawa 1 di kompleks mengikat dengan DI CCD. Residu kunci
dari saku disajikan. Ikatan hidrogen yang ditunjukkan oleh garis putus-putus
serta hunian mereka selama MD simulasi dalam persen. Sosok itu dibuat
menggunakan PyMOL.29
Membandingkan hasil senyawa 1 dengan yang diperoleh untuk prototipe A
(Gambar 2), kami menekankan bahwa stabilitas keseluruhan ikatan hidrogen
mirip untuk kedua derivatif. The methoxyquinoline bagian ditampung ke dalam
saku hidrofobik dibentuk oleh residu, Ala128, Ala129, Trp131, Gln168, Ala169.
Kelompok karboksilat mampu membangun kontak sama dengan residu dari
Glu170, His171 dan Thr174 rantai A IN. Selain itu, atom sulfur senyawa 1 bentuk
ikatan hidrogen dengan residu Gln95 memberikan stabilitas yang lebih baik dari
kompleks sehingga menunjukkan penjelasan yang mungkin untuk potensi tinggi
dari derivatif baru ini. Interaksi antara DI CCD dan senyawa 1 diperiksa
menggunakan PyMOL dan LIGPLUS.30
Mengenai modifikasi sisi kanan dilakukan pada senyawa A kita dapat mengamati
secara umum penurunan aktivitas, untuk senyawa ini (11-15), bila dibandingkan
dengan tangan kiri sisi dimodifikasi derivatif. Akun ini menunjukkan bahwa
bagian 3methylbutanoic asam, khas dari 2- (5- (4 methoxybenzylidene) -2,4-

thioxothiazolidin-3-il) -3 asam butanoic metil (A), adalah bagian yang paling

menguntungkan untuk kontak dengan DI.

Derivatif 1-8 dan 11-15 juga diuji di MT-4 / MTTassay sebagai agen anti-HIV dan
di antara mereka derivatif 12 menunjukkan aktivitas antiviral (EC50 = 2.41M)
dan indeks selektivitas yang sangat menarik (SI = 61). Menurut hasil ini, adalah
wajar untuk berpikir ke mekanisme lain tindakan untuk senyawa ini. Penelitian
lebih lanjut sedang berlangsung.