RIBOSOM
DAN
RETIKULUM ENDOPLASMA
OLEH :
ANDI MARYAM MUNANDAR
LUTFIATUL HIDAYAT
PENDIDIKAN BIOLOGI
PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR
2015
KATA PENGANTAR
Segala puji penulis ucapkan kehadirat Allah SWT, yang telah memberikan kesempatan
dan kesehatan pada kami sehingga kami dapat menyelesaikan makalah yang berjudul Ribosom
dan Retikulum Endoplasma.
Salawat beserta salam semoga tercurahkan kepada Nabi Muhammad SAW sebagai suri
tauladan bagi seluruh umat di dunia.
Kami menyadari bahwa makalah ini tidak akan selesai tanpa dukungan, nasehat dan
bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu kami mengucapkan banyak terima kasih kepada
pihak-pihak yang telah membantu dalam penyusunan bahan materi makalah ini.
Selanjutnya tak ada gading yang tak retak, atas segala kesalahan yang telah kami lakukan
dalam penulisan makalah ini, kami mohon maaf yang sebesar-besarnya. Kritik dan saran yang
membangun sangat kami harapkan guna perbaikan penulisan makalah di masa yang akan datang.
Penulis
PEMBAHASAN
A. Ribosom
1. Struktur Ribosom
Ribosom merupakan organel berupa padatan yang tidak bermembran dan
berukuran sangat kecil (20 25 nm). Ribosom tersusun sebagian besar atas RNA
(RibonucleicAcid) sekitar 60% dan protein sebesar 40%. RNA ribosom (rRNA)
disintesis di dalam nukleolus inti sel dan diekspor serta difungsikan di sitoplasma.
Ribosom berfungsi sebagai alat untuk sintesis protein. Ribosom yang bekerja
menyintesis protein berada dalam suatu unit yakni gabungan antara sub unit besar dan
sub unit kecil (Rahman, 2007 : 5). Kedua sub unit tersebut berhubungan dalam suatu
ikatan yang distabilkan oleh ion magnesium.
Ribosom merupakan organel berbentuk butiran kecil (nucleoprotein) berukuran
17 20 m yang tersebar di dalam sitoplasma dan ada yang melekat pada permukaan
eksternal dari Retikulum Endoplasma. Pada dasarnya, ribosom eukaryot berukuran
sedikit lebih besar daripada ribosom prokaryot.
Secara tiga dimensi, sub unit besar ribosom dapat digambarkan seperti
mempunyai tangan berjumlah tiga, sedangkan pada sub unit kecil ribosom tidak
memiliki tonjolan yang mirip tangan tersebut. Kedua sub unit hanya bergabung ketika
melaksanakan fungsinya dalam sintesis protein.
Di dalam ribosom diketahui terdapat 3 bagian yang memiliki fungsi tersendiri,
yaitu bagian E (exit site), bagian P (peptidil site), dan bagian A (aminoacyl site). Bagian/
situs P merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa rantai polipeptida yang
sedang tumbuh, situs A merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa asam
amino yang akan ditambahkan pada rantai polipeptida, sedangkan situs E merupakan
tempat keluarnya tRNA yang sudah terdeasilisasi.
Terdapat dua macam persebaran butiran nucleoprotein pada permukaan ribosom.
Butiran nukleoprotein yang tersebar bebas pada sitoplasma disebut ribosom bebas,
dengan koefisien
panjang terdapat bagian yang menjorok ke dalam sehingga bagian itu membagi sub
unit dalam 1/3 dan 2/3 bagian. Sub unit besar bentuknya lebih bulat, mempunyai
terjadi pada kedua sisi sub unit sub unit tersebut dan terbentuk suatu lorong yang
digunakan pada mRNA dan amino asil tRNA selama sintesis protein. Monomer 70 S
S berbentuk elipsoid yang agak pipih berdimensi 115 x 140 x 230 A . Terdapat lekukan
yang menjorok yang membagi ribosom menjadi segmen 1/3 dan 2/3. Sub unit 60 S
umumnya lebih bulat, mempunyai diameter sekitar 200 A . jika kedua sub unit
bergabung akan terdapat lorong yang digunakan untuk akomodasi rantai mRNA selama
translasi.
2. Ribosom Bebas dan Ribosom Terikat
komplementasi antara kodon dengan antikodon, maka urutan asam amino akan
didikte oleh urutan kodon mRNA.
4. Faktor faktor
Ada 3 kelompok faktor yang terlibat dalam sintesis protein, yaitu faktor inisiasi,
elongasi dan terminasi. Faktor inisiasi merupakan faktor yang mengawali
pembentukan rantai peptida, faktor elongasi merupakan faktor yang berperan dalam
pemanjangan rantai peptida, sedangkan faktor terminasi berperan dalam penghentian
pemanjangan rantai peptida dan mengakhiri sintesis protein.
Fungsi ribosom dalam sintesis protein akan dijelaskan lebih terperinci dalam sub bab
translasi.
a. Translasi
Translasi merupakan mekanisme sintesis ptotein. Pada mekanisme ini empat
abjad asam nukleat diterjemahkan menjadi abjad protein yang sama sekali berbeda.
Proses translasi lebih kompleks daripada proses replikasi maupun transkripsi. Proses
translasi memerlukan kerja sama yang terkoordinasi lebih dari seratus macam
makromolekul. Molekul tRNA, mRNA dan banyak macam protein diperlukan, selain
ribosom sendiri.
Suatu protein disintesis dengan arah ujung amino ke karboksil melalui
penambahan secara berurutan asam amino ke gugus karboksil rantai polipeptida yang
sedang diperpanjang. Prekursor yang aktif adalah aminoasil-tRNA, di mana gugus
karboksil suatu asam amino terikat pada gugus 3-OH suatu tRNA.
Sebelum pembelahan sel, DNA di dalam kromosom mengganda sehingga setiap
sel anak memiliki kromosom yang sama. DNA bertanggungjawab untuk mengkode
semua protein. Setiap asam amino di kode oleh satu atau lebih triplet nukleotida. Kode ini
dihasilkan dari satu untai DNA melalui proses yang disebut dengan transkripsi. Proses ini
menghasilkan mRNA yang akan dibawa keluar dari inti untuk selanjutnya diterjemahkan
menjadi protein. Translasi berlangsung di ribosom.
Kode seperti yang disebut di atas diterjemahkan pada suatu struktur yang disebut
ribosom yang juga dibuat di dalam inti. Ribosom ini merupakan tempat bagi mRNA di
mana mRNA akan terikat. Asam amino untuk sintesis protein akan di bawa ketempat ini
oleh RNA transfer (tRNA). Setiap tRNA memiliki triplet yang akan berikatan dengan
urutan nukleotida yang sesuai pada mRNA. Sebagai contoh fenil alanin yang terikat pada
tRNA yang miliki tiplet AAA (adenin-adenin-adenin) akan berikatan dengan urutan
nukleotida yang sesuai pada mRNA yaitu UUU (urasil, urasil, urasil).
Translasi suatu protein terdiri dari tiga langkah, yaitu inisiasi, pemanjangan
(elongasi) dan penghentian (terminasi). Translasi berawal dengan pembentukan kompleks
inisiasi, kemudian sintesis polipeptida melalui serangkaian langkah pemanjangan yang
diulang-ulang sewaktu masing-masing asam amino ditambahkan kerantai polipeptida
yang tumbuh. Terjadi penghentian sintesis di tempat dimana mRNA mengandung kodon
stop, dalam rangka rantai polipeptida yang telah lengkap tersebut dilepaskan.
1. Translasi Prokaryot
Pada dasarnya mekanisme translasi pada prokaryot sama seperti eukaryot,
dengan tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Hanya saja sintesis protein pada
prokaryot dimulai dengan N-formilmetionin (fMet) yang dibawa oleh tRNA khusus
(tRNAf dan tRNAm). Kompleks inisiasi 70S menempatkan formilmetionine tRNA
pada situs P ribosom. Kompleks inisiasi ini terdiri dari 30S dan 50S. Untuk
membawa formilmetionil dan mRNA ke ribosom diperlukan tiga macam protein
yang merupakan faktor inisiasi (IF1, IF2, IF3).
a. Inisiasi
Tahap pertama dalam proses translasi
pada
prokaryot
adalah
sendirian dapat berikatan dengan 30S. Tetapi ikatan tersebut distabilkan oleh IF-1
dan IF-2. Setelah ketiga faktor inisiasi berikatan dengan subunit 30S, mRNA dan
amino asil tRNA yang pertama bergabung dengan rangkaian tersebut secara acak.
Asam amino yang digabungkan pertama adalah N-formil metionin (fMet).
Dalam proses inisiasi, IF-3 berperan dalam pengikatan mRNA pada unit
30S. Sedangkan IF-2 berperan dalam mengikatkan fMet-tRNAMet pada kompleks
inisiasi 30S, dalam pengikatan tersebut diperlukan molekul GTP.
Setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S
bergabung membentuk kompleks inisiasi 70S. Pada pembentukan kompleks
inisiasi ini IF-1 dan IF-3 terlepas dari kompleks. Pembentukan kompleks ini
dilakukan dengan menggunakan hasil hidrolisis GTP yang terjadi waktu IF-2
terlepas dari kompleks. Hidrolisis GTP mendorong pelepasan IF-2 dan dapat
menghambat pembentukan kompleks inisiasi 70S, IF-2 yang terlepas dapat
digunakan kembali dalam pembentukan kompleks inisiasi 30S yang lain. Setelah
tahapan ini terbentuk kompleks inisiasi 70S siap melakukan proses pemanjangan
(elongasi) polipeptida.
b. Elongasi
Proses pemanjangan polipeptida disebut elongasi secara umum sama
antara prokaryot dan eukaryot terjadi tiga tahapan :
1) Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A pada ribosom
Apabila fMet-tRNAMet berikatan dengan tempat P, kodon mRNA di
tempat A menentukan aminoasil-tRNA mana yang akan berikatan di tempat
itu. Sebelum terikat ke mRNA, aminosil-tRNAmula-mula berikatan dengan
GTP dan suatu faktor pemanjangan yaitu EF-Tu. Ketika aminoasil-tRNA
berikatan dengan tempat A, GTP mengalami hidrolisis membentuk GDP.
Kompleks GDP dan faktor pemanjangan (EF-Tu) berikatan dengan faktor lain
yaitu EF-Ts sehingga GDP dapat dibebaskan. Kompleks kemudian mengikat
protein yaitu release factor (RF), misalnya RF1 mengenali kodon UAA atau
UAG, RF2 mengenali kodon UAA atau UGA. Penempelan RF pada kodon
terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang menghidrolisis
ikatan antara polipeptida dengan tRNA pada sisi P dan menyebabkan tRNA yang
kosong pada mengalami translokasi ke sisi P. Polipeptida yang sudah dipotong
dari tRNA lepas dari ribosom. Setelah itu subunit 30S dan 50S terdisosiasi dan
adpat digunakan untuk sintesis protein berikutnya.
2. Translasi Eukaryot
Pada dasarnya mekanisme translasi pada eukaryot sama seperti prokaryot,
dengan tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Hanya sajasintesis protein pada
eukaryot dimulai dengan metionin yang dibawa oleh tRNA khusus. Kompleks
inisiasi ini terdiri dari 60S dan 40S. Untuk membawa metionin dan mRNA ke
ribosom diperlukan merupakan faktor inisiasi faktor inisiasi (eIF).
a. Inisiasi
Pada eukaryot, kodon inisiasi adalah metionin molekul tRNA inisiator
disebut tRNAiMet . Ribosom bersama tRNAiMet dapat menemukan kodon awal
dengan berikatan dengan ujung 5 (tudung), kemudian melakukan pelarikan
(scanning) transkrip kearah hilir (dengan arah 5 ke 3) sampai menemukan
kodon awal.
Pada eukariotik, faktor inisiasi translasi yang diperlukan adalah eIF-1, -2,
-3, -4,
mengubah sub unit kecil ribosom eukariotik (40S) menjadi suatu bentuk yang
siap untuk menerima amioasil-tRNA pertama. Setelah aminoasil-tRNA yang
pertama melekat dengan bantuan eIF-2, terbentuklah kompleks 43S. Selanjutnya,
dengan bantuan eIF-4, mRNA melekat ke kompleks 43S membentuk kompleks
48S. Akhirnya, faktor eIF-5 membantu sub unit besar (60S) untuk melekat pada
kompleks 48S sehingga dihasilkan kompleks 80S yang siap untuk melakukan
translasi mRNA. Faktor eIF-6 adalah suatu faktor anti asosiasi yang mencegah
sub unit 60S untuk berasosiasi dengan subunit 40S sebelum terbentuk kompleks
inisiasi. Faktor eIF-4F adalah suatu faktor yang melekat pada struktur tudung
pada ujung 5. Faktor ini terdiri atas 3 bagian, yaitu eIF-4E, eIF-3, dan poly[A]binding protein, faktor eIF-4G menarik sub unit 40S ke mRNA sehingga
menstimulasi inisiasi translasi.
b. Elongasi
Proses pemanjangan polipeptida disebut elongasi secara umum sama antara
prokaryot dan eukaryot terjadi tiga tahapan :
1) Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A pada ribosom
Apabila Met-tRNAMet berikatan dengan tempat P, kodon mRNA di
tempat A menentukan aminoasil-tRNA mana yang akan berikatan di tempat
itu. Sebelum terikat ke mRNA, aminosil-tRNAmula-mula berikatan dengan
GTP dan suatu faktor pemanjangan yaitu EF1 Ketika aminoasil-tRNA
berikatan dengan tempat A, GTP mengalami hidrolisis membentuk GDP.
Kompleks GDP dan faktor pemanjangan (EF1) berikatan dengan
faktor lain yaitu E y sehingga GDP dapat dibebaskan. Kompleks kemudian
mengikat GTP , dan EF terlepas meningggalkan EF-Tu terikat ke GTP, siap
digunakan untuk pemanjangan berikutnya.
2) Pembentukan ikatan peptida
Pada putaran pertama pemanjangan aminoasil-tRNA di tempat A
sekarang membentuk ikatan peptida dengan metionil-tRNA di tempat .
Peptidiltransferase yang bukan protein melainkan rRNA subunit ribosom
besar mengkatalisis pembentukan ikatan peptida tRNA di tempat A sekarang
mengandung rantai polipeptida yang sedang tumbuh dan tRNA di tempat P
tidak mengandung asam amino.
retikulum
diturunkan dari bahasa latin berarti :jaringan) RE ini terdiri dari jaringan tubula dan
gelembung membran yang disebut sisterne (cisternae) (bahasa Latin cisterna, berarti
kotak atau peti). Membran RE memisahkan ruangan internal, yaitu ruang
sisternal dari sitosol. Dan karena membran RE ini bersambungan dengan selubung
nukleus, ruang di antara kedua membran selubung itu bersambung dengan ruang
sisternal RE ini.
2. Struktur Retikulum Endoplasma
Struktur membran retikulum endoplasma sesuai dengan model membran
mosaik cair dari Singer dan Nicolson. Dalam beberapa hal, membran retikulum
endoplasma berbeda dengan membran plasma, antara lain :
a. Ketebalan membran
retikulum endoplasma.
Fluiditas
Membran plasma lebih bersifat cair dibandingkan dengan membran
retikulum endoplasma. Hal ini disebabkan karena kandungan protein yang
terdapat pada membran plasma lebih sedikit dibandingkan dengan membran
retikulum endoplasma.
Perbandingan tebal antara membran retikulum plasma dengan membran
digunakan untuk membangun organelorganel seluler yang lain. Lipida, protein, dan
kompleks karbohidrat di transpor ke badan golgi, ke membran plasma atau ke
lisosom atau ke bagian luar sel.
3. Macam Retikulum Endoplasma
Terdapat dua daerah RE yang struktur dan fungsinya berbeda jelas, sekalipun
tersambung: RE halus dan RE kasar. RE halus diberi nama demikian karena
permukaan sitoplasmiknya tidak mempunyai ribosom. RE kasar tampak kasar melalui
mikroskop elektron karena ribosom menonjol di permukaan sitoplasmik membran.
Ribosom juga dilekatkan pada sisi sitoplasmik membran luar selubung nukleus, yang
bertemu dengan RE kasar (Gambar 4).
bentuk vesikula atau tubulus. Retikulum endoplasma kasar umumnya dijumpai pada
sel-sel yang dikhususkan untuk mengsekresi protein seperti sel-sel asinar pankreas,
sel-sel plasma yang mengekskresikan antibodi atau pada sel-sel yang aktif
mengsintesis membran misalnya sel telur muda atau sel-sel batang pada retina.
Retikulum endoplasma kasar merupakan tempat berlangsungnya sintesis protein yang
ditunjukkan untuk (i) digetahkan atau disekresikan, (ii) sintesis untuk membran, dan
(iii) organel-organel intra membran lainnya.
seks vertebrata dan berbagai hormon steroid yang disekresi oleh kelenjar
adrenal. Sel yang sebenarnya mensintesis dan mensekresi hormon ini
dalam testis dan ovarium, misalnya mengandung banyak RE halus ciri
struktural yang sesuai dengan fungsi sel ini.
Sel hati merupakan salah satu contoh peran RE halus dalam
metabolisme karbohidrat. Sel hati menyimpan karbohidrat dalam bentuk
glikogen, suatu polisakarida. Hidrolisis glikogen menyebabkan pelepasan
glukosa dari sel hati yang penting dalam pengaturan konsentrasi gula
dalam darah. Akan tetapi, produk pertama hidrolisi glikogen ialah glukosa
fosfat, suatu bentuk ionik gula yang tidak dapat keluar dari sel dan
memasuki darah. Enzim yang ditanam dalam membran RE halus sel hati
membuang fosfat dari glukosa yang kemudian dapat meninggalkan selnya.
Enzim RE halus membantu menawarkan obat dan racun,
khususnya dalam sel hati. Penawaran racun biasanya melibatkan
penambahan gugus hidroksil ke dalam obat, yang menyebabkan obat
tersebut lebih mudah larut dan lebih mudah dikeluarkan dari tubuh.
Fenobartial dan barbiturat penenang lainnya merupakan contoh obatobatan yang dimetabolisme dengan cara ini oleh RE halus dalam sel hati.
Sebenarnya, barbiturat, alkohol, dan banyak obat lainnya mempengaruhi
proliferasi RE halus dan enzim penawar racun yang berkaitan. Hal ini
selanjutnya meningkatkan toleransi terhadap obat tersebut yang berarti
bahwa dibutuhkan dosis yang lebih tinggi untuk mencapai pengaruh
tertentu, seperti penenangan. Selain itu, karena sebagian enzim penawar
racun memiliki tindakan yang relatif luas, proliferasi RE halus dalam
merespons satu obat dapat meningkatkan toleransi terhadap obat lain juga.
Misalnya, penyalahgunaan barbiturat dapat menurunkan keaktifan
antibiotika tertentu dan obat-obat bermanfaat lainnya.
Sel otot memperlihatkan fungsi terspesialisasi RE halus lainnya.
Membran RE memompa ion kalsium dari sitosol ke dalam ruang rongga
sisternal. Apabila sel otot dirangsang oleh impuls saraf, kalsium akan
bergerak cepat kembali melewati membran RE untuk masuk ke dalam
sitosol dan memicu kontraksi sel otot.
DAFTAR PUSTAKA
Amstrong, Frank B. 1995. Buku Ajar Biokomia. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran.
Campbell. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga.
https://id.scribd.com/doc/20536627/RETIKULUM-ENDOPLASMA-Adnan-UNM/7/8/2015.
Juwono. 2003. Biologi Sel. Jakarta: EGC.
Yuwono, Tribuwono.2002. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.