(130342615328)
(130342615330)
BAB 7
REKOMBINASI: PENGERTIAN HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN
TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA
BAB 8
REKOMBINASI PADA MAKHLUK HIDUP EUKARIOTIK
tumbuh
dan
berkembang
menghasilkan
miselia
multiseluler yang seluruh selnya tetap hapoid (dengan demikian genotip tiap
produk meiosis dapat didektesi tanpa pelaksanaan testcross atau manipulasi
genetik lain), karena misellium bersifat diploid maka keberadaan allela penanda
yang resesif tidak tertutup oleh alela-alela dominan.
d. N. crassa dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya
mengandung garam-garam anorganik, suatu sumber karohidrat (biasanya
sukrosa), serta satu senyawa organik lain (vitamin bioitin)
e. N. crassa berbiak secara tak kawin maupun kawin, dalam hal ini strain
bergenotip tertentu dapat dipertahankan
Satu ascus terdapat empat data (dari empat ascospora yang sudah ditumbuhkan)
yang disebut sebagai data tetrad. Data tetrad dengan dasar dua faktor gen yang terletak
pada suau kromosom yang sama, kedua faktor ini digunakan sebagai penanda bahwa
peristiwa pindah silang lebih sering terjadi sesudah replikasi (pada tahap tetrad) dari
pada sebelum replikasi.
3. Pemetaan Kromosom
Pertukaran bagian-bagian antara kromosom-kromosom homolog, menyebabkan
perubahan posisi faktor gen tertentu dari suatu kromoso ke pasangan homolognya,
akibatnya muncul tipe tururunan yang bukan tipe parental yang disebut tipe
rekombinan. Pemetaan kromosom dilakukan pertama kali oleh A.H Sturtvant dengan
memanfaatkan data frekuensi rekombinan (hasil persilangan) akibat peristiwa pindah
silang selama meiosis.
1. Pemetaan Kromosom yang Memanfaatkan Sarana Persilangan Trihibridisasi
Persilangan trihibidasi berlangsung antara starin +++ >< ywm
+++
+++
><
Data
tipe-tipe
rekombinan
hasil
persilangan
testcroaa
BAB 9
ENZIM ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI
plating memungkinkan orang mengidentifikasi mutan pada cawan yang mulanya tidak
membentuk rekombinansetelah berkonjugasi dengan sel Hfr. Mutan tidak bisa
berekombinasi berkaitan dengan adanya tiga gen, recA, recB, recC.
A. Enzim enzim yang dikode gen recA, recB, recC
Protein recA adalah enzim yang berperan pada rekombinasi umum maupun pada
perbaikan DNA (Ayala,dkk., 1984). Gen recA dibutuhkan untuk rekombinasi umum
pada E.coli. Pada kondisi in vitro protein yang dimurnikan mengkatalisasi pembentukan
struktur Holliday (Ayala,dkk.,1984, Watson,dkk.,1987). Protein recA berikatan pada
molekul DNA unting ganda atau tunggal. Kemudian menggunakan energi yang
diperoleh dari hidrolisis ATP untuk membuka DNA unting ganda, memungkinkan
terjadi perpasangan dengan DNA unting tunggal. Hal ini memungkinkan terjadi sinapsis
molekul DNA yang memiliki urutan pasangan nukleotida yang mirip. Protein recA juga
mengkatalisasi transfer unting berikutnya sehingga terbentuk suatu jembatan silang(
struktur Holliday) diikuti migrasi jembatan silang tadi.
Bukti bahwa rekombinasi E.coli berlangsung di plasmid ditunjukkan pada hasil
pemotongan palsmid Col E1 pada tapak restriksi dengan bantuan enzim EcoR1.
Bentukan molekul serupa angka delapan sebelum terpotong enzim endonuklease EcoR1,
sama sekali tidak ditemukan pada preparat DNA plasmid yang berasal dari sel sel
E.coli yang memiliki gen recA. Ini menunjukkan bahwa bentukan serupa angka delapan
merupakan perantara rekombinasi yang dikatalisasi oleh protein recA antara molekul molekul plasmid. Bentukan serupa angka delapan sebaliknya ditemukan pada preparat
DNA yang berasal dari sel E. Coli yang memiliki gen recB atau recC. Jadi disimpulkan
bahwa produk kedua gen baru bekerja setelah protein recA bekerja. Dalam hal ini recB
+
dan recC
nuklease berperan sebagai suatu resolvase yang memotong jembatan silang pada
struktur Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi.
Protein recA berperan dalam perbaikan DNA. Protein recA memiliki suatu
aktivitas proteolitik yang distimulasi DNA unting tunggal. Aktivitas ini memotong
sekurang kurangnya dua macam molekul reseptor profag lamda, yang menyebabkan
induksi profag. Molekul reseptor lain adalah suatu produk dari gen lex A. Represor
kedua ini mengatur tingkat ekpresi gen recA maupun sejumlah gen yang terlibat pada
mekanisme perbaikan DNA fungsi survival yang disebut fungsi SOS. Berkenaan
dengan fungsi SOS, dalam keadaan normal represor lexA hanya mengkondisikan
ekpresi gen A pada tingkat rendah tapi menghasilkan cukup protein recA yang
dibutuhkan untuk rekombinasi. Di lain pihak, bilamana sel terancam mengalami
tersebut. Contoh protein pada sintesis DNA antara lain protein SSB yang membantu
fungsi protein enzim recA. Demikian pula enzim polymerase DNA yang mengisi
(menyambung) bagian yang hilag akibat DNA rekombinan terpotong dan DNA ligase
yang menutup celah yang tertinggal setelah enzim polymerase DNA bekerja.
Enzim pada Insersi kedalam genom E.coli yang terjadi melalui rekombinasi
Fag mengkode enzim inegrase yang berperan pada saat insersi DNA fag ke
dalam E.coli. insersi tersebut terjadi melalui rekombinasi pada tapak-tapak spesifik di
kedua genom DNA dan hasil insersi melalui rekombinasi itu adalah terbentuknya satu
molekul sirkuler baru yang lebih besar.
Selain enzim integrasi, genom fag ke dalam genom E.coli juga membutuhkan
protein IHF serta ion-ion magnesium (Watson,dkk, 1987). Tapak-tapak spesifik yang
menjadi tempat berlangsungnya rekombinasi dalam rangka insersi itu adalah auP (pada
genom fag ) dan auB(pada genom E.coli).
Berkenaan dengan peran enzim integrase itu, sudah ada pengujian yang
memasukkan bahwa enzim tersebut dapat berperan pada proses penggabungan, yang
akhirnya berakibat terbentuknya dua molekul DNA yang terpisah-pisah. Pengujian itu
dilakukan dengan terlebih dahulu merancang terbentuknya suatu plasmid buatan yang
memiliki tapak spesifik auB maupun auP, dalam orientasi yang memungkinkan
terbentuknya dua molekul DNA sirkuler yang lebih kecil (Watson,dkk, 1987)
Enzim integrase pada kenyataannya dapat berperan sebagai suatu enzim
topoisomerase. Dalam hal ini enzim integrase membuat suatu pemutusan, dalam posisi
menyamping; jarak antara kedua tempat yang terpotong adalah sejauh 7 nukleotida.
Pemutusan unting DNA itu terjadi pada tapak auP maupun tapak auB.
Kajian terhadap jumlah pasangan nukleotida pada tapak auP dan auB
memperlihatkan bahwa tapak auP terdiri dari 250 pasang nukleotida; sedangkan tapak
auB.terdiri dari sekitar 20 pasang nukleotida (Watson,dkk, 1987). Diketahui pula bahwa
baik enzim integrase maupun protein CHF berikatan pada posisi yang berbeda
sepanjang tapak auP. Segmen tapak auP 250 pasang nukleotida itu tampaknya
melingkari enzim integrase membentuk semacam struktur seperti suatu nukleosom
yang terkondensasi dan nukleus tersebut dapat mengandung sebanyak delapan monomer
BAB 10
BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI
A. Rekombinasi Spesifik Tapak
Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapaktapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu (Gardner,1991).Rekombinasi
spesifik tapak pada E coli tidak membutuhkan fungsi protein rec A, rec B dan rec C
Sumber :
http://pathmicro.med.sc.edu/mayer/phage-6.jpg
antibody hasil penataan kembai DNA spesifik tapak yang terjadi atas suatu perangkat
urut-urutan precursor.
Alternatif kejadian rekombinasi yang melibatkan 2 tapak pada satu moleku DNA
Sumber: http://www.pnas.org/content/100/25/15000/F4.large.jpg
Promotor untuk untuk gen H2 terletak pada suatu segmenDNA yang dapat
mengalami pembalikan di dekatnya seukuran 970psang nukleotida, dan diikat oleh
urutan berulang seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah berlawanan.Apabila segmen
DNA yang engandung promoter itumengarah dalam arah yang sama, maka letak
promoter adalah di samping gen H2. Dalm kondisi semacam ini gen H2 ditranskripsikan
dan demikian pula suatu gen lain di dekatnya yang mengkode suatu protein repressor
dari gen pengkode proten flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi
sedangkan kerja gen H2 justru ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami
pembalikan, maka gen H2 tidak ditranskripsikan lagi dan gen untuk pengkode protein
untuk repressor
Gambar 10.4
Bagan Rekombinasi yang tidak resiprok (Watson, dkk., 1987)
Dalam hal ini misalnva dilakukan persilangan antara dua mutan khamir
Saccharomyces cerevisiae (jarak tapak kedua mutan itu sangat dekat dalam satu gen
yang sama). Lebih lanjut jika askus-askus yang mengandung spora dianalisis, seringkali
askus-askus tersebut tidak mengandung rekornbinasi mutan ganda yang resiprok
sebagaimana yang diharapkan. Sebagai contoh dilakukan persilangan dengan penauda
mutan m1 dan m2. Jika persilangan tersebut adalah m1 m2+ >< m1+ m2, maka askus-askus
yang sering kali dijumpai adalah yang mengandung pasangan spora: m1+ m2, m1+ m2+,
serta m1 m2+ (Gardner, dkk., l99l). Dalam hal ini spora-spora mutan ganda m1 m2 yang
merupakan hasil rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m 2+
: rn2 = 3 : 1 dan.bukan 2 : 2 seperti yang diharapkan. Kenyataan seperti tersebut
merupakan akibat rekombinasi yang tidak resiprok.
D.
Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-
molekui DNA yang non homolog (Gardner, dkk, l99l). Seperti halnya rekombinasi
spesifik tapak, mekanisme rekombinasi illegitimate juga tidak sama dengan mekanisme
rekonbinasi umum (lazim). Lebih lanjut pada E. coli. Macam rekombinasi itu juga tidak
membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC (Ayala, dkk., 1984). Contoh
rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaan dengan insersi elemen transposabel
(misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen (Strickberger, 1985). Pada peristiwa
tersebut memang urut-urutan DNA lokus tersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA
elemen Is. Sebagaimana diketahui akibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan
insersi elemen tersebut, fungsi gen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh misalnya
insersi yang dilakukan oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T)
pada genom E. coli, yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu
metabolisme galaktose.
terhadap genotif partikel fag-fag yang tidak bereplikasi rnenunjukkan bahwa beberapa
diantaranya bergenotip ++; dan memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotipgenotip induk dapat berlangsung secara independen terhadap replikasi DNA.
Pertanyaan:
1. Mengapa pindah silang tidak terjadi pada individu jantan?
Jawab: karena genotip untuk faktor gen y tidak dapat diketahui, sebagai akibatdari
kenyataan bahwa pada testcross semua individu betina memperoleh y+ dari induk
jantan.
2.` Bagaimana rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali DNa yang
diteliti?
Fungsi ini termasuk fungsi regulasi ekspressi gen tertentu , promosi penyusunan
kembali gen yang diprogram berikatan pada lingkaran replikasi beberapa viral dan
DNA plasmid, seperti yang akan diilustrasikan kemudian. Sistem rekombinasi daerah
spesifik terdiri atas enzim yang disebut rekombinase dan sebuah pendekan (20-200
pasangan basa, tergantung sistem) susunan DNA unik dimana rekombinase berperan
(daerah rekombinasi). Beberapa sistem juga termasuk protein tambahan yang
mergulasi pemilihan waktu atau hasil reaksi