Proses penyelesaian pekerjaan administrasi, pembayaran, dan penerbitan saham
kepemilikan ini disebut dengan kliring dan perusahaan yang dipercaya untuk menanganinya adalah PT Kliring Pinjaman Efek Indonesia (KPEI) (sebelumnya adalah PT Kliring Deposit Efek Indonesia (KDEI)) dan PT Kustodian Sentral Efek Indonesia (KSEI). PT Kliring Deposit Efek Indonesia didirikan di tahun 1992 oleh 7 bank BUMN (PT Bank Bumi Daya, PT Bank Dagang Negara, PT Bank Ekspor Impor Indonesia, PT Bank Negara Indonesia, PT Bank Pembangunan Indonesia, PT Bank Rakyat Indonesia, dan PT Bank Tabungan Negara) dan BEJ dan BES. Tujuannya adalah merancang dan mengembangkan sistem kliring yang efisien dan efektif. Pada Januari 1992, PT KDEI berhasil mencoba sistem penyelesaian saham (kliring) untuk pertama kalinya dengan sistem netting. Sistem ini dapat menghitung penghasilan neto (net) dari dana dan efek terhadap seluruh transaksi yang dilakukan oleh anggota bursa pada satu hari kerja bursa. Pada tanggal 27 Juni 1994, BAPEPAM dan team kerja dari wakil-wakil asosiasi profesional pasar modal mengevaluasi kinerja sistem ini dan menyetujui penerapan secara penuh. Target utama lainnya adalah mengembangkan dan menerapkan sistem penyelesaian transaksi tanpa sertifikat. Dengan sistem ini, pemindah-tanganan suatu sekuritas cukup dicatat dan dilakukan pemindahbukuan secara elektronik tanpa perlu mencetak sertifikat dan akhirnya sistem ini dikenal sebagai sistem pemindahbukuan (scriptless system).