1.

Latar Belakang
Jarak pagar (Jatropha curcas L.) adalah tanaman non pangan yang bijinya
dapat menghasilkan minyak untuk digunakan dalam produksi biodiesel atau langsung
dipakai sebagai bahan bakar bagi mesin diesel yang telah dimodifikasi. Semakin
meningkatnya jumlah pendududk Indonesia dan semakin berkembangnya ekonomi
dari tahun ke tahun sejalan dengan meningkatnya kebutuhan akan bahan bakar fosil.
Sehingga posisi negara bergeser dari eksportir menjadi importer. termasuk
mengeksplorasi sumber energi alternatif pengganti bahan bakar fosil dengan yang
terbarukan. Salah satu alternatif adalah dengan menggunakan sumber energi nabati
seperti yang berasal dari minyak sawit, tebu, jagung, kedelai, sorgum manis, dan
Jatropha curcas L. J. Curcas memiliki beberapa keunggulan dibandingkan dengan
sumber bio-energi lain.
Pemahaman tentang keragaman genetik sangat penting bagi keberhasilan
program pemuliaan. Penggunaan metode tradisional menggunakan karakterisasi
morfologi untuk mengetahui keragaman genetik dan hubungan antar varietas
sebagian besar kurang berhasil karena pengaruh kuat dari lingkungan pada sifat benih
sangat diwariskan seperti berat 100 biji, protein biji, dan kandungan minyak pada J.
curcas. Oleh karena itu, berdasarkan informasi genetik yang akan didapatkan
penggunakan penanda molekuler (marka molekuler) sangat penting karena lebih
akurat dan stabil.
2. Tujuan
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik koleksi
tanaman jarak pagar untuk meningkatkan produktivitas tanaman melalui teknik
pemuliaan tanaman.
3. Bahan dan Metode
Tanaman yang digunakan sebagai bahan dalam penelitian ini terdiri dari 52
sampel dari J. curcas dan satu asalnya dari J. integerrima. Sampel ini dikumpulkan
dari daerah Indonesia dari barat, bagian tengah, dan timur yang meliputi daerah
basah, lembab, dan daerah kering. individu tanaman dipilih secara acak untuk
mewakili asalnya, sehingga DNA per asalnya diwakili oleh tanaman tunggal dari
kelompok. Tanaman yang dipilih yang diperbanyak menggunakan stek batang dan

ditanam di ICABIOGRAD rumah kaca. Daun muda dengan luas daun sekitar 9 cm2
kemudian dikumpulkan dari setiap tanaman, kecuali sampel BGR-3 dan Lam-4, yang
tidak responsif terhadap perbanyakan dengan stek. Daun muda dari 51 sampel
dikumpulkan dalam kantong plastik kecil yang didinginkan kemudian disimpan
dalam lemari es. Selanjutnya sampel dibekukan dalam nitrogen cair dan dihaluskan
menggunakan mortar dan pistil. Serbuk daun kemudian digunakan untuk isolasi
DNA.
Metode yang digunakan dengan tahap-tahap sebagai berikut :
Isolasi DNA
DNA diisolasi dari bubuk daun muda dari sampel tanaman masing-masing.
ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan protokol modifikasi. J. curcas
serbuk daun dipindahkan ke dalam tabung yang berisi 2-ml ependorf sampai
sepertiga dari volume tabung (Sekitar 667 ul). 600 l pada suhu 60C di ekstraksi
dengan CTAB buffer (100 mM Tris pH 8, 1,4 M Na Cl, 20 mM EDTA pH 8, 0,2%
(v/v) beta mercaptoethanol, 2% Polyvinylpirrolidone (PVP), 2% CTAB)
ditambahkan ke dalam tabung dan di homogenkan. Kemudian cairan diinkubasi
pada suhu 60C selama 1 jam dan tabung dihomogenkan selama

15 menit.

Berikutnya, 600 ml kloroform: Alkohol isoamil (24: 1) yang ditambahkan ke dalam

tabung dan dicampur dengan vortexing setelah itu sampel di cetrifuged selama 5
menit pada 2.500 rpm dan cairan paling atas dipindahkan ke dalam tabung
eppendorf 2 ml.
Sampel hasil ekstraksi kloroform: Alkohol isoamil (24: 1) dihomogenkan
kembali hingga cairan terlihat jelas (tidak keruh). Cairan bagian atas yang telah di
ambil kemudian dipindahkan ke dalam microtube 1,5 mL sebelum menambahkan
400 ml isopropanol. Tabung kemudian diinkubasi pada suhu kamar selama 1x24
jam. Hari berikutnya DNA dikumpulkan dengan sentrifugasi pada 5.000 rpm selama
10 menit. DNA yang terkumpul kemudian dicuci menggunakan larutan pencuci (10
mM amonium asetat dan 70% etanol). DNA dikumpulkan dengan sentrifugasi
kembali sebelum dicuci ulang satu kali lagi dan DNA bersih yang dikumpulkan
kemudian dikeringkan 1x24 jam sebelum dicampur dengan 100 l buffer TE (10

mM Tris pH 8, 1 mM EDTA). Konsentrasi DNA adalah dilihat menggunakan

spektrofotometer (Bio Rad, California, USA). DNA kemudian diencerkan dengan
konsentrasi 10 ng / L.
RAPD Primer
14 primer dipilih dari daftar primer yang digunakan yang menunjukkan
polimorfisme dalam singkong (Manihot esculenta). primer RAPD yang dipilih
diharapkan polimorfik pada Jatropha juga, karena singkong berkaitan erat dengan J.
curcas.
PCR dan RAPD genotipe
51 sampel DNA dimurnikan dari sampel Jatropha dan 1 sampel dari (J.
integerrima) yang digunakan sebagai template dalam reaksi PCR. Reaksi yang di
gunakan 10 M PCR. Reaksi PCR terdiri dari 20 ng DNA, 0,4 mM dNTP, 4.0 mM
MgCl2, 1,0 M primer, dan satu unit sistem Taq DNA polymerase Inti. Reaksi PCR
dilakukan dalam 96-mesin. Penelitian PCR (MJ Research, New Jersey, USA)
sebagai berikut: Pemanasan di 95C selama 5 menit, diikuti oleh 30 siklus
denaturasi. di 95C 1 menit, anil primer di 32C 3 menit, dan ekstensi primer di
72C 2 menit. Reaksi terakhir adalah ekstensi DNA pada 72C selama 10 menit.
Produk PCR kemudian dielektroforesis menggunakan 1,5% agarosa pada 70 volt
selama 2 jam. Gel bernoda etidium bromida dan divisualisasikan di bawah sinar UV
menggunakan Bio Rad Chemidoc (Bio Rad, California, USA). Setiap RAPD reaksi
primer diulang dua kali untuk mendapatkan pita RAPD konsisten.
Analisis Data
Analisis data pita RAPD dicetak sebagai berikut: setiap pita DNA dalam gel
merupakan fragmen DNA dari lokus dalam genotipe tanaman. Gambar pita DNA
yang sama (tingkat garis) diasumsikan berasal dari lokus yang sama dan diberi nilai
1 ketika pita ada dan 0 bila tidak ada pita yang muncul. kesamaan genetik dihitung
menggunakan metode Rohlf (2000). Sebuah dendrogram kemudian dibuat
menggunakan analisis Metode Unweighted Pair Grup Aritmatika metode (UPGMA)

melalui Numerik Taksonomi dan Sistem multivariat (NTSYS) Program Versi 2.1-pc
(Rohlf, 2000).
4. Hasil
Sebanyak 50 aksesi jarak pagar dan satu aksesi Jatopha integerrima
dianalisis keragaman genetiknya menggunakan 14 primer RAPD dengan kandungan
G+C antara 60-80%. Dari 14 primer tersebut diperoleh 64 pita DNA dengan tingkat
poli-morfisme sebanyak 95,7%.

5. Kesimpulan
Hasil dari penelitian menunjukkan nilai koefisien kekerabatan sebesar 0.75
yang berarti sampel tanaman Jatropha tidak memiliki kekeragaman genetic yang
cukup tinggi.

Referensi :
Dani Satyawan and I Made Tasma. 2011. Genetic Diversity Analysis of Jatropha
Curcas Provenances Using Randomly Amplified Polymorphic DNA Markers.
Jurnal AgroBiogen. 7(1): 47-55

Makalah Teknik Khusus Pemuliaan Tanaman

Marka Molekuler: Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha Curcas)
Menggunakan Marka RAPD

Whenni Kusumaningtyas

135040207111018

Evi Yulia Elimawati

135040207111023

Selvi Clara Tustika

135040207111052

Santi Permatasari

135040218114002

Krisna Amdian Permana

135040218114004

Dosen Pengampu: Dr. Darmawan Saptadi, SP.,MP.

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2016